📢 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC


دومین دوره از این جلسات، با موضوع " طراحی پروتئین"برگزار می‌گردد.

📝 سرفصل ارائه ها به شرح زیر می باشد:

📊 بررسی نقش ژن های ضروری در پایداری شبکه های بر هم کنش پروتئین-پروتئین

🧬 طراحی معکوس پروتئین با استفاده از ماتریس بلوسام

🧫 پیش بینی بی نظمی پروتئین

🦠 بررسی تعامل پروتئین - متابولیت با استفاده از شبکه متابولیک

💻 بررسی تعامل پروتئین - متابولیت با استفاده از یادگیری عمیق

📅از چهارشنبه، ۲۶ آبان ماه ۱۴۰۰

@cbrc_aut

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

📊 جلسه اول : نقش ژن‌های ضروری در پایداری شبکه‌های برهمکنش پروتئین-پروتئین

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: دکتر جواد رضایی

⏰ چهارشنبه، ۲۶ آبان ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

📊 #نقش_ژن_های_ضروری_در_پایداری_شبکه_های_برهمکنش_پروتئین_پروتئین

در شبکه هاي زیستی نظیر شبکه‌هاي برهمکنش پروتئین-پروتئین، یافتن ژن‌ها و محصولات ژنی ضروري یک مسئله بسیار مهم به شمار میرود. شبکه‌هاي زیستی، نمونه‌هایی از یک سیستم پیچیده هستند که در آنها عملکرد سیستم، از نحوه تعامل بین مولفه‌هاي تشکیل دهنده‌اش تاثیر می‌پذیرد.
یکی از چالشهاي اساسی در رابطه با شبکه‌هاي پیچیده زیستی، یافتن مولفه‌هاي موثر و مهم آن‌ها است. براي سنجش اهمیت یک مولفه، معیارهاي بسیار زیادي نظیر معیارهاي مرکزیت، می‌توان در نظر گرفت. با این وجود، هیچ یک از این معیارها به عنوان یک معیار استاندارد و قطعی در سنجش میزان اهمیت یک مولفه در شبکه به حساب نمیآیند.
از این رو در مطالعات اخیر براي تشخیص میزان اهمیت یک مولفه، از میزان تخریبی که حذف آن مولفه میتواند در سیستم به وجود بیاورد، به عنوان یک معیار اصلی استفاده می‌شود.
در این سمینار، مسئله “پیدا کردن گرههاي حیاتی شبکه” مورد مطالعه قرار گرفته و دو الگوریتم جدید براي شناسایی گره‌هاي حیاتی که در پایداري شبکه موثر هستند، ارائه میگردد. نتایج به دست آمده، نمایانگر عملکرد بسیار بهتر الگوریتم‌هاي معرفی شده در حل مسئله بالا هستند. در حالی که الگوریتم پایه، مسئله را بر روي شبکه‌هایی با اندازه حداکثر 50 گره حل می‌نماید، الگوریتم پیشنهادي، مسئله را بر روي گراف‌هایی با 500 گره نیز به خوبی حل می‌نماید. همچنین، با ارائه یک الگوریتم ژنتیک براي حل مسئله نامبرده در شبکه‌هاي برهمکنش پروتئین-پروتئین، تعریفی جدید از گره‌هاي مرکزي یک شبکه ارائه کرده و قانون مرکزیت-کشندگی از نگاهی متفاوت مورد بررسی قرار می‌گیرد.

🧑🏻‍💻#ارائه_دهنده : #دکتر_جواد_رضایی
⏰ چهارشنبه، ۲۶آبان ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

📝📌 پیش سمینار دوره " طراحی پروتئین"

در این ارائه با مفاهیم اولیه زیستی پروتئین از قبیل ساختارهای اصلی و عملکرد این درشت مولکول آشنا می‌شویم.

جهت مشاهده روی لینک زیر کلیک کنید:
🌐 https://aparat.com/v/cQIjS

@CBRC_aut

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه دوم : طراحی معکوس پروتئین با استفاده از ماتریس بلوسام

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: امین رحمانی

⏰ چهارشنبه، ۳ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🧬 #طراحی_معکوس_پروتئین_با_استفاده_از_ماتریس_بلوسام

طراحی پروتئین یک مسئله شناخته شده است که در آن سعی داریم دنباله ای را پیدا کنیم که به یک ساختار سوم معین مربوط می شود.
در این ارائه، ما توسعه‌ای را برای مدل یادگیری عمیق وانگ ارائه می‌کنیم که از اطلاعات تکاملی در ماتریس جایگزینی Blosum62 برای در نظر گرفتن احتمال جایگزینی اسید آمینه هنگام طراحی یک دنباله استفاده می‌کند.

🧑🏻‍💻 #ارائه_دهنده: #امین_رحمانی
⏰ چهارشنبه، ۳ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

بزرگترین رویداد بین‌المللی بیوانفورماتیک کشور
با همکاری انجمن بیوانفورماتیک ایران و پردیس‌های بین‌المللی دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران در جزیره کیش
اولین کنفرانس بین‌المللی و دهمین کنفرانس ملی بیوانفورماتیک ایران
سوم تا پنجم اسفندماه 1400
مهلت ارسال چکیده مقالات: یکم بهمن ماه
وبسایت همایش: icb10.ut.ac.ir
ما را در شبکه‌های اجتماعی دنبال بفرمایید :
لینکدین:
https://www.linkedin.com/in/iranian-bioinformatics-society-ibis-8b9a65120/
تلگرام:
https://www.tgoop.com/IranianBioinformaticsSociety
@IranianBioinformaticsSociety

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه سوم : پیش‌بینی بی نظمی پروتئین

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: فاطمه مردانی

⏰ چهارشنبه، ۱۰ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 #پیش_بینی_بی_نظمی_پروتئین


یک پروتئین ذاتا بی‌نظم، پروتئینی است که فاقد ساختار سه بعدی ثابت یا منظم است. یافتن پروتئین‌های ساختاری ناپایدار یا پروتئین‌های نامنظم، یک مسئله مهم در طول سه دهه گذشته بوده است. روش‌های آزمایشگاهی معمولاً زمان‌بر و پرهزینه هستند و به همین دلیل نیاز است تا از روش‌های محاسباتی برای پر کردن شکاف بین توالی‌ها و ساختارهای کشف‌شده برای یافتن پروتئین‌های ذاتا بی‌نظم استفاده شود.
در این سمینار مدلی ارائه می‌شود که با استفاده از روش‌های محاسباتی، بی‌نظمی پروتئین‌ها را پیش بینی کند.

👩🏻‍💻 #ارائه_دهنده: #فاطمه_مردانی
⏰ چهارشنبه، ۱۰ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

🔔پنجمین شماره از نشریه "به توان سلول" منتشر شد.✨
🧬🔬🧫🧪

🔅صاحب امتیاز: انجمن سلول‌های بنیادی و پزشکی بازساختی دانشگاه الزهرا تهران

🔅سال دوم، شماره پنجم، پاییز ۱۴۰۰

🔅مدیرمسئول و سردبیر:
شایسته مقدم‌راد

•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•

🔰در این شماره خواهید خواند:

🌀نقش اگزوزوم‌ها در پزشکی بازساختی

🌀کاشفان ایدز: دو دانشمند افسانه‌ای

🌀هوش مصنوعی به جنگ کرونا می‌رود

🌀سلول بنیادی، پایانی بر کابوس بیماری EB

🌀 ذخیره‌سازی اطلاعات روی DNA

🌀دارورسانی هدفمند

🌀نقش HSP70 در حفاظت از تاردیگریدها

🌀زیست نگار

🧬📚✨
📚نشریه دانشجویی به توان سلول
📚@Btavancell_AUT

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه چهارم : بررسی تعامل پروتئین-متابولیت با استفاده از شبکه متابولیک

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: فیاض سلیمانی

⏰ چهارشنبه، ۱۷ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 بررسی تعامل پروتئین-متابولیت با استفاده از شبکه‌های متابولیک

شبکه‌های متابولیک در سطح ژن برای میکروارگانیسم های مختلف به سرعت در حال دسترسی‌پذیری هستند. در نتیجه ابزارهای محاسباتی گوناگونی  به خصوص برای بهینه‌سازی ریاضی درحال توسعه هستند که کمک قابل ملاحظه‌ای برای آنالیز شبکه‌های متابولیکی می‌کنند.
در این ارائه ابتدا تعاریف و مفاهیم پایه‌ای شبکه‌های متابولیک بیان می‌شود. در ادامه پایگاه داده BiGG برای استفاده از شبکه‌های در سطح ژن معرفی می‌گردد. سپس  نحوه مدلسازی شبکه‌های متابولیک با استفاده از ماتریس استکیومتری بیان می‌شود. سپس مسئله تعامل بین متابولیت و پروتئین بیان گردیده و روش‌های آزمایشگاهی و محاسباتی بررسی می‌شوند و پایگاه داده مورد نیاز برای مسئله، STITCH مورد بررسی قرار می‌گیرد.

🧑🏻‍💻#ارائه_دهنده : #فیاض_سلیمانی
⏰ چهارشنبه، ۱۷ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

تمامی ویدئوهای مربوط به دوره "طراحی پروتئین" از سلسله سمینارهای آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی CBRC بارگذاری شده است.
هم اکنون با کلیک بر روی لینک زیر، می‌توانید آن‌ها را مشاهده نمایید:

🌐https://www.aparat.com/v/cQIjS?playlist=1383510&Weekly_Online_Seminars_-_2021-_Protein_Desig

📢 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC


🔔 سومین دوره از این جلسات، با موضوع "RNA"برگزار می‌گردد.



📝 سرفصل ارائه ها به شرح زیر می باشد:

🔹 ابزار CRISPER

🔸 طراحی سه بعدی RNA

🔹 تنظیم اپی ژنیتیکی بیان ژن در سرطان

🔸 تعامل پروتئین و RNA

🔹 رمزگذار RNA

🔸 Read Mapping

🔹 شناسایی توالی‌های کات به وسیله یادگیری ماشین


📅 از چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰

@cbrc_aut

📢 شروع سمینارهای زمستانه آزمایشگاه CBRC

پس از برگزاری سمینارهای پاییزه با موضوعات "طراحی دارو" و "پروتئین"، مفتخریم به اطلاع شما برسانیم سمینارهای زمستانه آزمایشگاه CBRC از چهارشنبه، هشتم دی ماه، در دو دسته RNA و بیماری آغاز خواهد شد.

@CBRC_aut

برای آشنایی با مفاهیم مرتبط با RNA، می توانید با کلیک بر روی لینک زیر و یا اسکن کد QR تصویر به صفحه مربوطه هدایت شوید:

https://www.aparat.com/v/4KG7a?playlist=938672

@CBRC_aut

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه اول : ابزار CRISPR

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: زهرا وحدانی

⏰ چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🧬 ابزار CRISPR

کریسپر ابزاری جهت ویرایش ژن برای درمان بیماری های ژنتیکی که در اثر جهش های ژنتیکی ایجاد شدند، می‌باشد. یک سیستم کریسپر شامل چند بخش است:
۱-ا DNA ای که می خواهیم عمل ویرایش را روی آن انجام بدهیم.
۲-ا Guide RNA را که طراحی می کنیم جهت شناسایی DNA مورد نظر.
۳-ا پروتئین Cas که قرار است DNA شناسایی شده را برای ما برش بدهد.
از سیستم کریسپر برای جهش زایی، خاموش کردن ژن، انتقال و جایگزینی توالی، اتصال به توالی ژن برای تنظیم بیان ژن، نشان گذاری DNA و یا ایجاد تغییرات اپی ژنتیک هدفمند نیز استفاده می شود. در کریسپر gRNA را می توان با روش‌های محاسباتی هدفمند طراحی کرد که بتواند محل مورد نظر را شناسایی کند و برای عمل برش را انجام دهد.

#ارائه_دهنده : #زهرا_وحدانی

⏰ چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰،ساعت ۱۸

@CBRC_aut

✨ رویداد CWS، کنفرانسی با جدیدترین دستاوردها و پژوهش های علوم و مهندسی کامپیوتر

موضوعاتی چون : بیوتکنولوژی، ماشین لرنینگ، رباتیک، کلود کامپیوتینگ، محاسبات کوانتومی

🎙 رویداد شامل سخنرانی های آکادمیک، صنعتی، ورک شاپ و میزگرد می باشد.

🔗 ثبت نام رایگان : ۱۰ الی ۲۵ دی ماه در سایت
📆 زمان برگزاری : ۱۰ الی ۱۵ بهمن ماه، آنلاین

Twitter | LinkedIn | Instagram

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه دوم : طراحی سه بعدی RNA

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: سارا نوری زاده

⏰ چهارشنبه، ۱۵ دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut