🔥پیشرفتی جدید در مهندسی #پروتئین : گامی به سوی درمان‌های پیشرفته 🔥

✔️طراحی دقیق و نوآورانه برهم‌کنش‌های پروتئین-پروتئین هتروکایرال

🟢در یک مطالعه پیشگامانه، پژوهشگران موفق به طراحی پروتئین‌های مصنوعی D شده‌اند که قادرند به طور خاص به پروتئین‌های طبیعی L متصل شوند. این دستاورد که مبتنی بر روش‌های محاسباتی و آزمایشگاهی پیشرفته است، گامی بزرگ به سوی توسعه داروهایی با پایداری و اثربخشی بالا محسوب می‌شود و می‌تواند کاربردهای مهمی در درمان دردهای مزمن، بیماری‌های خودایمنی و سرطان داشته باشد.

➕پروتئین‌های D از اسیدهای آمینه D تشکیل شده‌اند که تصاویر آینه‌ای از اسیدهای آمینه L که به تعداد زیاد در پروتئین‌های طبیعی وجود دارند هستند.
پروتئین‌های D به دلیل ساختار منحصربه‌فردشان، پایداری و مقاومت بالایی در برابر تخریب دارند و این ویژگی آن‌ها را به گزینه‌های مناسبی برای توسعه دارو تبدیل می‌کند.

⚠️طراحی پروتئین‌های D که به پروتئین‌های L متصل می‌شوند، به دلیل فقدان اطلاعات ساختاری در مورد نحوه وقوع این برهمکنش‌های هتروکایرال(کایرالیت مخالف) دشوار است.

✔️هدف این مطالعه غلبه بر این چالش‌ها با توسعه یک رویکرد محاسباتی و تجربی برای طراحی پروتئین‌های D است که می تواند به طور خاص به پروتئین های L متصل شود.


🖥در این تحقیق از یک روش جدید به نام "طراحی تصویر آینه‌ای" استفاده شده است. پژوهشگران ابتدا پروتئین‌های L را به صورت محاسباتی طراحی کردند تا به تصویر آینه‌ای مصنوعی پروتئین D هدف متصل شوند. پس از شناسایی و بهینه‌سازی این پروتئین‌های L، نسخه‌های D آن‌ها را برای اتصال به پروتئین‌های طبیعی L سنتز کردند.
✔️این روش امکان طراحی و آزمایش با دقت و کارایی بالاتری را فراهم کرده است.


🟢از اهداف اصلی این پژوهش می‌توان به دامنه D5 از TrkA اشاره کرد که یک گیرنده مهم در توسعه و عملکرد سیستم عصبی است و با شرایطی مانند دردهای عصبی و بیماری‌های نورودژنراتیو(زوال عصبی) مرتبط می‌باشد.
🟢همچنین، اینترلوکین-۶ (IL-6) که یک سیتوکین کلیدی در فرایندهای التهابی و واکنش‌های ایمنی بدن است، مورد بررسی قرار گرفته است. پروتئین‌های D طراحی شده در این مطالعه توانسته‌اند با اتصال به این اهداف مهم، فعالیت زیستی آن‌ها را متوقف یا کاهش دهند و به این ترتیب، مسیرهای سیگنال‌دهی حیاتی را کنترل کنند.
این پروتئین‌های D با میل اتصال بسیار قوی، پایداری حرارتی بالا، و مقاومت چشمگیر در برابر تخریب پروتئازها، توانایی بالقوه‌ای برای ایجاد روش‌های درمانی جدید فراهم کرده‌اند.

⭐️یکی از نکات برجسته این مطالعه، تأیید این طراحی‌ها از طریق کریستالوگرافی است که در آن ساختار کریستالی یک پروتئین D متصل به هدف L با مدل محاسباتی مطابقت نزدیکی داشت. این موضوع شواهد قوی از دقت و پتانسیل روش‌های محاسباتی مورد استفاده ارائه می‌دهد و دیدگاه‌های جدیدی درباره تعاملات مولکولی بین پروتئین‌های D و L فراهم می‌کند.

🎮این تحقیق نه تنها درک ما از تعاملات پروتئینی را گسترش می‌دهد، بلکه زمینه‌ساز توسعه داروهای جدیدی می‌شود که پایدارتر، موثرتر و مقاوم‌تر در برابر تخریب هستند.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

گردآورنده: هانیه ملائی

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

🔥دیتابیس UniProt یکی از مهم‌ترین و کاربردی‌ترین دیتابیس‌ها در زمینه زیست‌محاسباتی و #بیوانفورماتیک 🔥


🌐دیتابیس UniProt یک پایگاه داده پروتئینی جامع است که اطلاعاتی دقیق و به‌روز در مورد توالی‌های پروتئینی، ساختارهای پروتئین، و عملکردهای آن‌ها ارائه می‌دهد. این دیتابیس توسط محققان در زمینه‌های مختلف #زیست‌‌شناسی_محاسباتی ، #زیست‌شناسی_مولکولی ، و #داروسازی برای تجزیه و تحلیل پروتئین‌ها و پیش‌بینی ساختارها و عملکردهای آن‌ها استفاده می‌شود.

🔗صفحه اصلی UniProt با آدرس [uniprot.org] در دسترس است.
این وبسایت دارای یک رابط کاربری ساده و کاربرپسند است که امکان جستجوی پروتئین‌ها با استفاده از نام، توالی یا سایر ویژگی‌ها را فراهم می‌کند. همچنین، کاربران می‌توانند با استفاده از ابزارهای موجود، توالی‌ها را تحلیل کرده و داده‌های مرتبط با پروتئین‌ها را استخراج کنند.

✔️برای استفاده از این سایت کافی‌ست:
🥇 ورود به وبسایت: به صفحه [UniProt] بروید.
🥈 جستجوی پروتئین: نام #پروتئین یا توالی مورد نظر خود را وارد کنید و نتایج را مشاهده کنید.
🥉 دانلود و تحلیل: داده‌ها و توالی‌های مورد نیاز را دانلود کرده و از ابزارهای تحلیل برای بررسی بیشتر استفاده کنید.

⚡️دیتابیس UniProt یک منبع قدرتمند برای پژوهشگران زیستی است که به دنبال اطلاعات جامع و دقیق در مورد پروتئین‌ها هستند.⚡️

گرد آورنده: نعیمه آزادی‌خواه

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_سایت
#معرفی_پایگاه‌داده

📣«بیست و دومین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

❓موضوع:

"Simulation-based inference on virtual brain models of disorders"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای دکتر ابوالفضل ضیائی‌مهر

✨«آقای دکتر ضیائی‌مهر در حال حاضر محقق دانشگاه Aix-Marseille فرانسه هستند و دکترای فیزیک محاسباتی خود را از دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم‌پایه زنجان دریافت کردند.
ایشان علاقمند به تحقیق در زمینه توسعه روش‌های استنتاج بیزین(Bayesian Inference) با استفاده از روش‌های یادگیری عمیق برای مطالعه دینامیک مغز هستند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل‌اسکالر ایشان مراجعه نمائید.

🗓تاریخ: یکشنبه، ۱۸ شهریور ۱۴۰۳(۸ سپتامبر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در #ژورنال_کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقاله‌ی زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

⚡️گزارش تصویری از دومین کارگاه عملی شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران⚡️

✔️آشنایی با محیط لینوکس برای کاربران بیوانفورماتیک✔️

در این کارگاه، با افتخار میزبان شما عزیزان بودیم؛ این رویداد به‌صورت حضوری و آنلاین برگزار شد و شرکت‌کنندگان از آموزش‌های ارزشمند دکتر رضا کربلایی، پژوهشگر ارشد دانشگاه جانز هاپکینز، بهره‌مند شدند.

🙂از شما دعوت می‌کنیم که منتظر کارگاه‌های آینده‌ی انجمن باشید. 🙂

🔥همچنین، در انتهای شهریور، فرصتی بی‌نظیر برای شرکت در یک CB Talk متفاوت از سوی انجمن را از دست ندهید.🔥

🔔با ما همراه باشید تا از تمامی رویدادهای علمی و آموزشی انجمن در حوزه #بیوانفورماتیک و #زیست‌شناسی_محاسباتی بهره‌مند شوید و به روزترین اطلاعات را دریافت کنید.

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ورکشاپ

🌐پایگاه‌های داده #سرطان در تحقیقات زیستی و محاسبات زیستی به چند دلیل مهم استفاده می‌شوند:

1.Biomarker Discovery:
🔍 محققان از پایگاه‌های داده سرطان برای شناسایی نشانگرهای زیستی(#بیومارکر) استفاده می‌کنند که می‌توانند پیشرفت بیماری، پاسخ به درمان و اثرات بیماری را پیش‌بینی کنند.

2.Genomic Studies:
🔍 پایگاه‌های داده‌ای مانند اطلس ژنوم سرطان (TCGA) داده‌های ژنومی جامعی را ارائه می‌دهند که به درک جهش‌های ژنتیکی که منجربه سرطان می‌شوند کمک می‌کند.

  3.Drug Development:
📊 با تجزیه و تحلیل داده‌هایی که در پایگاه‌های داده سرطان است، محققان می‌توانند اهداف دارویی مورد نظر و پر‌پتانسیل را شناسایی کرده و درمان‌های جدیدی را توسعه یا بهبود ببخشند.



⭐️مهم‌ترین‌ پایگاه‌های داده در حوزه‌ی سرطان:

🥇The National Cancer Database(NCDB)
✔️ اولین پایگاه داده در زمینه سرطان است که در سال ۱۹۸۹ تأسیس شد.

🥈The Global Cancer Observatory(GCO)
✔️ یکی از جدیدترین پایگاه‌های داده است که آمار جهانی سرطان را برای اطلاع رسانی به کنترل سرطان و تحقیق ارائه می‌کند.
 

🏆 The National Cancer Database(NCDB)
➕یکی از پرکاربردترین پایگاه‌های داده است که حاوی داده های بالینی سرطان‌شناسی گسترده از بیش از ۱۵۰۰ کمیسیون سرطان است.



🖥 کلمات کلیدی که در جست‌وجوهایی که در پایگاه‌های داده سرطان استفاده می‌شوند یا مفاهیم آن‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد

➡️Genomics 
➡️Proteomics 
➡️Biomarker
➡️Clinical Trials   
➡️Cancer Genome Atlas (TCGA)
➡️Mutation
➡️Gene Expression
➡️Oncogenomics
➡️Survival analysis
➡️Tumor Microenvironment

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_پایگاه‌داده

🔍ارزیابی #پروتئین واکنشی سی(CRP) در ادرار انسان با استفاده از سنسور نوری والگوریتم‌های ماشین لرنینگ🔍


✔️در این مطالعه‌ی منتشر شده در ژورنال "Nature" از یک سنسور نوری پیشرفته مبتنی بر فناوری رزونانس پلاسمون سطحی(SPR) برای تشخیص سطوح پروتئین واکنشی سی(CRP) در ادرار انسان استفاده شده است. SPR یک روش بسیار حساس است که تغییرات در ضریب شکست نزدیک به سطح یک سنسور فلزی را اندازه‌گیری می‌کند.
🟢این تکنیک شامل هدایت یک پرتوی نور قطبی‌شده به یک لایه فلزی نازک با زاویه خاص است. زمانی که نور به سطح فلز برخورد می‌کند، پلاسمون‌های سطحی تولید می‌شوند که نوسانات هماهنگ الکترون‌ها در  بین فلز و یک محیط دی‌الکتریک مانند ادرار هستند.
🟢این پلاسمون‌ها به شدت به تغییرات محیطی در ناحیه خود حساس هستند، مانند اتصال مولکول‌های CRP، که SPR را به ابزاری ایده‌آل برای تشخیص غلظت‌های پایین #بیومارکر ها تبدیل می‌کند.

➕سنسور با تشخیص تغییرات در سیگنال SPR زمانی که مولکول‌های CRP با سطح سنسور تعامل می‌کنند، عمل می‌کند. به‌طور خاص، اتصال CRP به سطح، ضریب شکست را تغییر می‌دهد که منجر به تغییر قابل اندازه‌گیری در زاویه رزونانس پرتو منعکس شده می‌شود.
این تغییر به طور مستقیم به غلظت CRP در نمونه ادرار مرتبط است. سنسور برای تشخیص غلظت‌های CRP در محدوده ۱ تا ۱۰۰۰ میلی‌گرم بر لیتر کالیبره شده است که نشان‌دهنده دامنه دینامیکی گسترده و حساسیت آن است.

📊برای افزایش دقت و قابلیت اطمینان اندازه‌گیری‌های CRP، در این مطالعه از #الگوریتم‌ های #یادگیری‌ماشین_ML شامل: (Random Forest) و (SVM) استفاده شده است. این الگوریتم‌ها داده‌های پیچیده تولید شده توسط سنسور SPR را تحلیل کرده و الگوها و همبستگی‌های ظریفی که ممکن است با روش‌های سنتی قابل بررسی نباشند را شناسایی می‌کنند. ادغام این الگوریتم های یادگیری ماشین منجر به ضریب همبستگی بالا (R² = 0.912) بین مقادیر پیش‌بینی شده و واقعی CRP شد که نشان می‌دهد مدل با دقت بالایی غلظت CRP را بر اساس سیگنال SPR پیش‌بینی می‌کند.

🔥ترکیب SPR و یادگیری ماشین، نمایانگر پیشرفتی مهم در فناوری تشخیصی غیرتهاجمی است که یک روش حساس، دقیق و مقرون به صرفه برای تشخیص زودهنگام بیماری‌ها و مراقبت‌های بهداشتی شخصی‌سازی شده ارائه می‌دهد، به‌ویژه در نظارت بر شرایط التهابی مانند بیماری‌های قلبی-عروقی و عفونت‌ها.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

گردآورنده: حسین الله‌دادی

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

📣«بیست و سومین #ژورنال_کلاب شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران»

❓موضوع:

"Introduction to Systems biology and integration of proteomics data with genome-scale models"

🧑🏻‍💻 با حضور جناب آقای فرید زارع

✨«آقای فرید زارع، دانشجوی مقطع دکتری پزشکی در دانشگاه Galway در ایرلند می‌باشد. پیش از این مدرک کارشناسی و کارشناسی ارشد خود را در رشته‌ی مهندسی شیمی با تحقیقات در زمینه‌ی زیست‌شناسی سامانه‌ای محاسباتی گرفته است. ایشان هم اکنون عضو پروژه‌ی Recon4IMD و مسئول پروژه‌ی COBRA Toolbox V4.0 هستند.»

❗️جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین ایشان مراجعه نمائید.

🗓 تاریخ: یکشنبه، ۲۵شهریور۱۴۰۳(۱۸ سپتامبر)
⏰ ساعت: ۲۰ الی ۲۲

🔗 لینک ثبت‌نام: سایت رایازی
🌐 این رویداد به صورت آنلاین برگزار می‌گردد.

🔖 دوستان علاقه‌مند جهت شرکت در #ژورنال_کلاب توجه داشته‌باشند که جهت ایجاد پیش‌زمینه‌ی ذهنی بهتر و بهره‌مندی و مشارکت بیش‌تر شما عزیزان، مطالعه‌ی مقالات زیر پیشنهاد می‌شود.

📌 لینک مقاله اول
📌 لینک مقاله دوم
📌 لینک مقاله سوم

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#ژورنال_کلاب

💎به جمع ما در پنجمین جلسه CB Talk که به همت ISCB RSG ایران و همکاری ISCB RSG استرالیا برگزار می‌شود، بپیوندید!💎

⭐️این جلسه‌ی ویژه، نخستین همکاری بین RSGهای ایران و استرالیا است که به بررسی جدیدترین موضوعات علم زیست‌شناسی محاسباتی می‌پردازد و به سوالات مخاطبان علاقمند پاسخ می‌دهد.

🎤در این جلسه، با افتخار میزبان ارائه‌های ارزشمند سرکار خانم دکتر کاترین پیلمن و جناب آقای دکتر مهدی اسکندریان بروجنی هستیم.


✨دکتر کاترین پیلمن(Katherine A. Pillman)، مدیر گروه بیوانفورماتیک Gene Regulation در مرکز زیست‌شناسی سرطان دانشگاه آدلاید(Adelaide) استرالیا هستند. ایشان پیش از این محقق پست‌داک دانشگاه اورگان استیت(Oregon State) آمریکا بوده و مدرک دکترای خود را از دانشگاه آدلاید دریافت کرده‌اند.
حوزه‌های تحقیقاتی ایشان شامل زیست‌شناسی محاسباتی، ترنسکریپتومیکس و تنظیم ژن‌ها است.

➕جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل اسکالر ایشان مراجعه نمائید.


✨دکتر مهدی اسکندریان بروجنی، محقق مرکز آلمانی بیماری‌های نورودژنراتیو (DZNE) هستند. ایشان پیش از این محقق پست‌داک دانشگاه آدام میکویچ(Adam Mickieeicz) بوده و مدرک دکترای خود را در رشته‌ی ژنتیک مولکولی از پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی دریافت کرده‌اند. حوزه‌های تحقیقاتی دکتر اسکندریان شامل زیست‌شناسی محاسباتی، بیوتکنولوژی و ژنتیک است.

✔️ایشان در این جلسه به این موضوع می‌پردازند: 
➡️From Brain to Blood Vessels: Decoding The Role Of Inflammatory Response

➕جهت کسب اطلاعات بیش‌تر درمورد سابقه‌ی آموزشی و پژوهشی ایشان، می‌توانید به صفحه‌ی لینکدین و گوگل اسکالر ایشان مراجعه نمائید.


🔗لینک ثبت‌نام
🗓زمان: جمعه، ۳۰شهریور
🔜به وقت ایران: ۱۰ الی ۱۲ صبح
🔜به وقت استرالیا: ۱۶:۳۰ الی ۱۸:۳۰
🗣️این رویداد آنلاین و به زبان انگلیسی است🗣️

🔥فرصت را از دست ندهید و به ما بپیوندید تا با هم به دنیای جذاب زیست‌شناسی محاسباتی سفر کنیم!🔥



💎Join us for the fifth session of CB Talk, organized by ISCB RSG Iran in collaboration with ISCB RSG Australia!💎

⭐️This special session marks the first collaboration between RSGs from Iran and Australia, focusing on the latest topics in computational biology and addressing questions from interested audiences.

🎤We are honored to host valuable presentations by Dr. Katherine A. Pillman and Dr. Mahdi Eskandarian Boroujeni.


✨Dr. Katherine A. Pillman is the head of the Gene Regulation Bioinformatics Group at the Cancer Biology Center, University of Adelaide, Australia. She previously served as a postdoctoral researcher at Oregon State University and obtained her PhD from the University of Adelaide. Her research areas include computational biology, transcriptomics, and gene regulation.

➕For more information about their educational and research background, you can visit their LinkedIn and Google Scholar pages.


✨Dr. Mehdi Eskandarian Boroujeni is a researcher at the German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE). He was previously a postdoctoral researcher at Adam Mickiewicz University and earned his PhD in molecular genetics from the National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology. His research focuses on computational biology, biotechnology, and genetics.

✨Presentation topic by Dr. Mahdi Eskandarian Boroujeni: 
✔️From Brain to Blood Vessels: Decoding The Role Of Inflammatory

➕For more information about their educational and research background, you can visit their LinkedIn and Google Scholar pages.


🗓September 20
🔜Australia: 4:30-6:30 PM
🔜Iran:10:00-12:00 AM
🔗Registration

🔥Don’t miss this opportunity to join us as we explore the fascinating world of computational biology together!🔥

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

❓آیا هوش مصنوعی می‌تواند ذهن افراد را بخواند؟

🔥در ویدیوی این هفته به بررسی تحقیقاتی که توسط دانشمندان دانشگاه تگزاس و دانشگاه فناوری سیدنی انجام می‌شود، می‌پردازیم.
این محققان در تلاش هستند تا با استفاده از تکنیک‌های پیشرفته هوش مصنوعی، افکار انسانی را رمزگشایی کنند. با تحلیل اسکن‌های fMRI و داده‌های EEG، آن‌ها فعالیت‌های مغز را به کلمات و عبارات خاصی نقشه‌برداری می‌کنند.

⚡️این تحقیق پتانسیل عظیمی برای افراد دارای معلولیت دارد، زیرا می‌تواند به آنها کمک کند تا به طور مؤثرتری ارتباط برقرار کنند. علاوه بر این، این فناوری می‌تواند بینش‌های ارزشمندی درباره ذهن انسان ارائه دهد و به ما کمک کند تا بفهمیم چگونه افکار و احساسات ما شکل می‌گیرند و پردازش می‌شوند.

⚠️با این حال، توانایی رمزگشایی افکار انسان نگرانی‌های اخلاقی قابل توجهی را به همراه دارد زیرا می‌تواند منجر به از دست رفتن حریم شخصی و آزادی فکر شود. همچنین نگرانی‌هایی درباره سوءاستفاده احتمالی از این فناوری، مانند استفاده برای نظارت یا دستکاری، وجود دارد.

✔️این ویدیو به بررسی مزایا و خطرات احتمالی این فناوری می‌پردازد و بینندگان را تشویق می‌کند تا به پیامدهای اجتماعی این تحقیقات فکر کنند.

🎥مشاهده ویدئو کامل یوتوب.

🔍گردآورنده: سارا فریدونی

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#یوتوب‌گردی

🎮ابزارهای هوش مصنوعی برای شناسایی ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی🎮

🟢اين مقاله به بررسی دقیق و عمیق روش‌های نوین در شناسایی و طبقه‌بندی ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی (ARGs)  به وسیله هوش مصنوعی (AI) پرداخته است. مقاومت آنتی‌بیوتیکی یکی از بحران‌های مهم بهداشت جهانی است که با افزایش ژن‌های مقاوم در برابر آنتی‌بیوتیک‌ها، درمان عفونت‌ها را به چالش کشیده شده است.

⚠️روش‌های شناسایی متداول و قدیمی که بر اساس هم‌ترازی توالی‌های ژنتیکی هستند؛ در شناسایی ژن‌های جدید مقاومت، محدودیت دارند و احتمال خطا در آن‌ها بالاست. اینجا همان نقطه‌ای است که هوش مصنوعی می‌تواند به عنوان یک ابزار قدرتمند وارد عمل شود.


✔️نقش هوش مصنوعی در شناسایی ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی:

➕هوش مصنوعی با استفاده از الگوریتم‌های مختلفی مانند:
ماشین بردار پشتیبان (SVM)،
مدل‌های پنهان مارکوف (HMM)،
و یادگیری عمیق (DL)، توانایی شناسایی ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیکی را به‌صورت مستقیم از داده‌های توالی ژنومی دارد. این الگوریتم‌ها می‌توانند ویژگی‌هایی از ژن‌های مقاومت شناخته شده را استخراج کرده و از آن‌ها برای شناسایی ژن‌های جدید استفاده کنند.

🗣️یکی از شناخته‌شده‌ترین سیستم‌های مبتنی بر یادگیری عمیق  DeepARG است که برای شناسایی ژن‌های مقاومت از توالی‌های ژنتیکی خام استفاده می‌کند. این سیستم با دقت بالا ژن‌های مختلف مقاومت را شناسایی و دسته‌بندی می‌کند.

➕ PLM-ARG
با استفاده از مدل‌های زبانی پروتئینی (LLM) و الگوریتم‌های XGBoost، ژن‌های مقاومت را شناسایی و دسته‌بندی می‌کند و در برخی موارد عملکرد بهتری نسبت به روش‌های قدیمی داشته است.


🖥روش‌های دیگر هوش مصنوعی:

✔️الگوریتم‌های انتخاب ویژگی نیز یکی از ابزارهای مهم در شناسایی ژن‌های مقاومت هستند. این روش‌ها با انتخاب بهترین ویژگی‌ها از داده‌های ژنتیکی، ژن‌ها با پتانسیل مقاومت بالا را شناسایی می‌کنند. برای مثال، الگوریتم XGBoost که بر اساس درخت تصمیم‌گیری کار می‌کند، ژن‌های مهمی را از نمایه‌های ژنتیکی برای پیش‌بینی مقاومت به آنتی‌بیوتیک‌ها را شناسایی کرده است.

➕علاوه بر این، هوش مصنوعی در تشخیص پلاسمیدها نیز نقش مهمی دارد. پلاسمیدها بخش‌هایی از DNA هستند که می‌توانند ژن‌های مقاومت را بین باکتری‌ها انتقال دهند. تمایز پلاسمیدها از DNA کروموزومی به درک بهتر انتقال ژن‌های مقاومت کمک می‌کند. ابزارهایی مانند PlasFlow و DeepPlasmid برای این کار توسعه یافته‌اند و با دقت بالا پلاسمیدها را شناسایی می‌کنند.


⛔️محدودیت‌ها و چالش‌ها:

‼️علارغم قابلیت‌های بالای هوش مصنوعی، هنوز چالش‌هایی در این حوزه وجود دارد. یکی از مهم‌ترین محدودیت‌ها نیاز به داده‌های با کیفیت و برچسب‌گذاری شده است. بسیاری از مدل‌های هوش مصنوعی به داده‌های بزرگ و دقیق نیاز دارند تا به درستی آموزش ببینند. علاوه بر این، ژن‌های شناسایی‌شده با هوش مصنوعی باید به‌طور تجربی مورد بررسی و تأیید قرار گیرند.

🔗مقاله‌ی کامل را از این لینک می‌توانید دنبال کنید.

گردآورنده: ایلیا رضازاده
🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#مقاله

✉️معرفی RSG استرالیا، همکار RSG ایران:

⭐️انجمن بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی استرالیا(ABACBS) سازمانی پیشرو در حوزه بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی است که به تقویت همکاری‌ها، توسعه دانش و مهارت‌ها، و ترویج تحقیقات در این حوزه‌های علمی کمک می‌کند.

🗣️این انجمن، بستری را برای پژوهشگران و متخصصان فراهم می‌کند تا از طریق برگزاری کنفرانس‌ها، کارگاه‌ها و دیگر رویدادها، به تبادل اطلاعات و تجربیات بپردازند و از آخرین پیشرفت‌های علمی مطلع شوند.

🎮انجمن COMBINE: شبکه ملی دانشجویان و محققان جوان در زمینه‌های بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی در استرالیا است.

✔️این شبکه با فراهم کردن محیطی برای یادگیری، ارتباط و همکاری بین دانشجویان و محققان جوان، به توسعه حرفه‌ای آنها کمک می‌کند. COMBINE به عنوان زیرمجموعه‌ای از ABACBS، رویدادهای مختلفی مانند کارگاه‌ها، سمینارها و جلسات شبکه‌سازی را سازماندهی می‌کند تا فرصت‌های بیشتری برای دانشجویان جهت یادگیری و مشارکت در جامعه علمی فراهم شود.

🔥به زودی قرار است در یک رویداد بزرگ  با همکاری RSG استرالیا و با حضور محققان برجسته بین المللی، در خدمت شما عزیزان باشیم.🔥

🖥ثبت‌نام و جزئیات رویداد


 
✉️About Australian ISCB-RSG, RSG-IRAN’s collaborator

⭐️ABACBS: The Australian Bioinformatics and Computational Biology Society (ABACBS) is a leading organization in the fields of bioinformatics and computational biology, dedicated to fostering collaboration, enhancing knowledge and skills, and promoting research within these scientific domains.

🗣️The society provides a platform for researchers and professionals to exchange information and experiences through conferences, workshops, and other events, keeping them informed of the latest scientific advancements.
 
🎮COMBINE: This is the national network for students and early-career researchers in bioinformatics and computational biology across Australia.

✔️COMBINE helps in professional development by providing a supportive environment for learning, networking, and collaboration among young researchers. As a part of ABACBS, it organizes various events such as workshops, seminars, and networking sessions to offer students more opportunities to learn and engage with the scientific community.

🔥We are excited to announce that we will soon be hosting a major online event in collaboration with RSG Australia, featuring renowned international researchers. We look forward to welcoming you to this prestigious event.🔥

🖥Registration & Details


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram


#cb_talk

🎙با سخنرانان پنجمین CB Talk بیشتر آشنا شوید!

⭐️دکتر کاترین پیلمن یک محقق برجسته در زمینه بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی مولکولی‌ است. او به‌عنوان مدیر گروه تنظیم ژن در مرکز زیست‌شناسی سرطان در دانشگاه استرالیای جنوبی مشغول به کار است.
🔍تحقیقات او به‌طور عمده بر روی تنظیم ژن‌ها در سلول‌های سرطانی متمرکز است و او از تکنیک‌های بیوانفورماتیکی و آنالیز داده‌های نسل جدید توالی‌یابی برای بررسی شبکه‌های تنظیمی ژن‌ها، RNAهای حلقوی (circRNA)، میکرو RNAها و تغییرات اسپلایسینگ جایگزین(Alternative splicing) استفاده می‌کند.


🖥بخشی از رزومه‌ی دکتر پیلمن:
🥇یکی از دستاوردهای برجسته دکتر پیلمن و همکارانش کشف پروتئین Quaking است که در تنظیم اسپلایسینگ حلقوی و اسپلایسینگ جایگزین در سرطان‌ها نقش کلیدی دارد. این کشف او در مقاله‌ای در مجله Cell منتشر شد که به‌عنوان یک یافته مهم در زمینه زیست‌شناسی RNA و نقش آن در سرطان‌ها مورد توجه قرار گرفت. تحقیقات او همچنین به تحلیل شبکه‌های تنظیمی میکروRNAها پرداخته است که نقش مهمی در مهاجرت سلول‌های سرطانی دارند.
➡️The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs

🥈دکتر پیلمن دکترای خود را در سال ۲۰۰۹ از دانشگاه آدلاید دریافت کرده است و پس از یک دوره تحقیقاتی پسا‌دکترا در دانشگاه ایالتی اورگان به استرالیا بازگشت تا نقش فعلی خود را بر عهده بگیرد. همکاری او با پروفسور Greg Goodall در زمینه بیوانفورماتیک و تنظیم ژن نیز بسیار تاثیرگذار بوده است.

🔥ثبت‌نام و جزئیات رویداد🔥


✔️آشنایی با مرکز زیست‌شناسی سرطان استرالیا:
➕مرکز زیست‌شناسی سرطان(Centre for Cancer Biology) یکی از موسسات برجسته تحقیقاتی پزشکی در استرالیاست که از اتحاد بین دانشگاه استرالیای جنوبی (UniSA) و SA Pathology تشکیل شده است. این مرکز به تحقیقات نوآورانه در زمینه علل اصلی سرطان پرداخته و یافته‌های خود را به راهکارهای جدید برای پیشگیری و درمان این بیماری تبدیل می‌کند. این مرکز با بیش از ۲۲ تیم تحقیقاتی در حوزه‌های مختلفی از جمله لوسمی، سرطان پستان، سرطان پروستات، سرطان پوست، سرطان مغز و سرطان روده فعالیت دارد و تحقیقات گسترده‌ای در زمینه ژنومیک سرطان و تنظیم ژن انجام می‌دهد.

➕مرکز زیست‌شناسی سرطان با استفاده از تجهیزات پیشرفته مانند نسل جدید توالی‌یابی (NGS) و همکاری با بیمارستان رویال آدلاید و سایر موسسات، تحقیقات خود را با کاربردهای بالینی پیوند می‌دهد. این مرکز همچنین با شرکت‌های داروسازی بین‌المللی همکاری می‌کند تا یافته‌های خود را سریع‌تر به درمان‌های جدید تبدیل کند.

➕این مرکز بخشی از پردیس بیومدیکال آدلاید است که در ساختمانی به ارزش ۲۴۷ میلیون دلار قرار دارد و بزرگ‌ترین تجمع محققان سرطان در جنوب استرالیا را در خود جای داده است.



🎙Get to Know the Speakers of the Fifth CB Talk!

⭐️Dr. Katherine A. Pillman is a distinguished researcher in bioinformatics and molecular biology. As the Head of the Gene Regulation Group at the Centre for Cancer Biology, University of South Australia, her research primarily focuses on gene regulation in cancer cells. She utilizes bioinformatics and next-generation sequencing (NGS) data analysis to investigate gene regulatory networks, circular RNAs (circRNAs), microRNAs, and alternative splicing changes in cancer.

🖥Key Achievements:
🥇One of Dr. Pillman’s notable contributions is the discovery of the Quaking protein, which plays a crucial role in regulating circular and alternative splicing in cancer. This discovery was published in the journal Cell, making a significant impact in the field of RNA biology and its role in cancer progression. Her research also delves into the microRNA regulatory networks that influence cancer cell migration.
➡️The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs

🥈Dr. Pillman received her PhD from the University of Adelaide in 2009 and later pursued postdoctoral research at Oregon State University. She returned to Australia to take on her current role and has been collaborating with Professor Greg Goodall, a leading figure in bioinformatics and gene regulation research.

🔥Registration & Details🔥


🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram


#cb_talk

💎با سخنرانان پنجمین CB Talk بیشتر آشنا شوید!

⭐️دکتر مهدی اسکندریان بروجنی متخصص ژنتیک مولکولی و بیوانفورماتیک است که دوره پسادکترای خود را در بخش ژنتیک مولکولی انسانی و آزمایشگاه فناوری‌های پیشرفته (LHTT) در دانشگاه آدام میتسکیویچ لهستان به پایان رسانده است.

✨او در حال حاضر به عنوان محقق در مرکز آلمانی بیماری‌های نورودژنراتیو (DZNE) مشغول به کار است و تمرکز اصلی تحقیقاتشان بر روش‌های مولکولی و محاسباتی برای درک مکانیسم‌های بیماری‌های نورودژنراتیو است.
تحقیقات دکتر اسکندریان بروجنی شامل بررسی تنظیمات رونویسی، پاسخ‌های ایمنی، و استراتژی‌های ژن‌درمانی برای بیماری‌های نورودژنراتیو مانند آلزایمر و پارکینسون است.

⚡️ایشان با داشتن یک پیش‌زمینه میان‌رشته‌ای که زیست‌شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک را با هم ترکیب می‌کند، از تکنیک‌های پیشرفته محاسباتی برای تحلیل داده‌های بزرگ و مطالعه فرآیندهای مولکولی مرتبط با این بیماری‌ها استفاده می‌کند.

✔️دستاوردهای پژوهشی ایشان به‌طور گسترده مورد توجه قرار گرفته است و کارهای او بر مکانیسم‌های مولکولی تخریب بافت عصبی و رویکردهای درمانی نوآورانه متمرکز است.


🎙دکتر مهدی اسکندریان بروجنی در سخنرانی خود در پنجمین CB Talk، با موضوع "از مغز تا رگ‌های خونی: رمزگشایی از نقش پاسخ التهابی" به بررسی ارتباط پیچیده بین التهاب و سیستم‌های عصبی و عروقی خواهد پرداخت.
➕ایشان به نقش کلیدی التهاب در بیماری‌های نورودژنراتیو مانند آلزایمر و پارکینسون اشاره خواهند کرد، جایی که پاسخ‌های التهابی منجر به مرگ نورون‌ها می‌شود. یکی از تحقیقات ایشان نشان داده که ویروس‌ها، از جمله ویروس کووید-۱۹، می‌توانند واکنش‌های التهابی شدیدی در مغز ایجاد کرده و باعث مرگ نورون‌ها شوند.

➕در سیستم عروقی، التهاب مزمن می‌تواند دیواره‌های رگ‌های خونی را تخریب کرده و منجر به مشکلاتی مانند آترواسکلروز شود. این آسیب‌ها نه تنها به رگ‌ها بلکه به سیستم عصبی نیز منتقل می‌شوند، که به توسعه بیشتر بیماری‌های نورودژنراتیو منجر می‌شود.

➕درک دقیق مکانیسم‌های التهابی و تعاملات بین سیستم‌های عصبی و عروقی برای توسعه روش‌های درمانی جدید بسیار اهمیت دارد. روش‌های زیست‌شناسی محاسباتی در این زمینه بسیار موثر است و این مطالعات می‌تواند به کشف درمان‌های مؤثرتر برای بیماری‌های عصبی و عروقی کمک کند.

🔥ثبت‌نام و جزئیات رویداد🔥

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram


#cb_talk

💎Get to Know the Speakers of the Fifth CB Talk!💎

⭐️Dr. Mahdi Eskandarian Boroujeni is a molecular geneticist and bioinformatics expert who has completed his postdoctoral research at the Department of Human Molecular Genetics and Laboratory of High Throughput Technologies (LHTT) at Adam Mickiewicz University in Poland.

✨He is now working as a researcher at the German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), focusing on molecular and computational approaches to understanding the mechanisms underlying neurodegenerative diseases.
Dr. Eskandarian Boroujeni’s work involves exploring transcriptional regulation, immune responses, and gene therapy strategies for neurodegenerative conditions such as Alzheimer’s and Parkinson’s disease.

⚡️He has an interdisciplinary background that bridges molecular biology and computational biology, utilizing advanced bioinformatics techniques to analyze large datasets and investigate the molecular processes involved in these diseases.

✔️His research contributions have been widely recognized, and he continues to be Involved In significant collaborations and presentations in the field. His work has been featured in various peer-reviewed journals, emphasizing the molecular mechanisms of neurodegeneration and innovative therapeutic approaches.

🎙In his upcoming speech at the 5th CB Talk, titled "From Brain to Blood Vessels: Decoding the Role of Inflammatory Response," Dr. Mahdi Eskandarian Boroujeni will delve into the complex relationship between inflammation and both the nervous and vascular systems.
➕He will highlight the crucial role inflammation plays in neurodegenerative diseases like Alzheimer's and Parkinson's, where inflammatory responses lead to neuron death.

➕One of his studies has shown that viruses, including COVID-19, can trigger severe inflammatory reactions in the brain, resulting in significant neuron damage.

➕In the vascular system, chronic inflammation can damage blood vessel walls, contributing to conditions such as atherosclerosis. This damage is not limited to blood vessels but can also impact the nervous system, further accelerating the progression of neurodegenerative diseases.

➕Dr. Eskandarian emphasizes the importance of understanding these inflammatory mechanisms and the interactions between the nervous and vascular systems to develop new therapeutic strategies. Computational biology methods are particularly effective in advancing this research, potentially leading to more effective treatments for both neurological and vascular conditions.

🔥Registeration & Details🔥

🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram


#cb_talk

⭐️در این ویدئو با همراهی الکس ژاورونکوو، مدیر عامل شرکت Insilico Medicine تجربه‌های جالب و پر از ربات در مسیر کشف دارو داشته باشید!

✨شرکت Insilico Medicine یک شرکت پیشرو در حوزه بیوتکنولوژی است که از هوش مصنوعی مولد برای کشف و توسعه داروها استفاده می‌کند. این شرکت با استفاده از پلتفرم اختصاصی Pharma.Al خود، فرآیند تولید داروهای جدید را سرعت می بخشد و بیشتر بر داروهای نوآورانه تمرکز دارد.

👀داروها از طریق برهم‌کنش با مولکول‌های بدن ما عمل می‌کنند.
پژوهش‌های بسیاری نشان داده‌اند که انتخاب مولكول هدف مناسب(پروتئین، ژن و ...) مهم‌ترین و اثرگذار ترین مرحله در طراحی دارو است. این کمپانی در این مقاله مدعی می‌شود که در طی ۱۸ ماه از مرحله کشف هدف( Target Discovey) تا آزمایش‌های پیش‌بالینی(Preclinical Testing) را با استفاده از هوش مصنوعی خود پیش برده است که نشان دهنده‌ی کارآمدی بسیار بالای آن است.

🖥اگر علاقه‌مند به مدل‌سازی بیماری و کشف اهداف دارویی در پژوهش‌های زیست پزشکی هستید می‌توانید در کورس رایگان این کمپانی شرکت کنید.
➡️target-discovery

🎮محتوای دوره شامل هفت درس است که موضوعات کلیدی مانند: معیارهای انتخاب هدف‌دارویی، استفاده از روش‌های محاسباتی داده‌های اومیکس و روندهای نوظهور را پوشش می‌دهد.

گردآورنده: آی‌سان نقابی
🚀Telegram
🖼LinkedIn
🖼Instagram

#معرفی_سایت