Warning: Undefined array key 0 in /var/www/tgoop/function.php on line 65

Warning: Trying to access array offset on value of type null in /var/www/tgoop/function.php on line 65
209 - Telegram Web
Telegram Web
📰 Исследователи из Массачусетского технологического института и IBM Watson AI Lab представили Llamole — мультимодальную языковую модель (LLM + molecule), которая по простому описанию не только предлагает молекулу с нужными свойствами, но и сразу объясняет, как её синтезировать.

Принцип работы Llamole:
Извлекает ключевые молекулярные параметры (массу, активность, токсичность) из текстового запроса.
Использует графовые модули: один — генерирует структуру молекулы, второй — строит путь её синтеза.
Возвращает не только описание, но и полную ретросинтетическую схему: реакции, реагенты, последовательность шагов.

Система обучена на собственных наборах данных, созданных специально для проекта: они включают сотни тысяч патентованных молекул и сгенерированные AI-описания к ним.

🧫 Авторы статьи сообщают, что успешность ретросинтеза выросла с 5% до 35% благодаря объединению текстовых данных и графовых моделей. В основе планирования — алгоритм поиска, который быстро находит оптимальные пути синтеза.

При этом, в отличие от 14 других моделей, включая очень крупные с 70 миллиардами параметров, Llamole остаётся компактной: «всего» 7 миллиардов параметров, но именно на их основе достигаются лучшие результаты по 12 ключевым метрикам.

🟢 Создатели планируют расширить Llamole: выйти за рамки 10 текущих свойств и применить мультимодальную архитектуру в других задачах — от энергетики до финансов.

🔸 Попробовать скачать себе модельку и поиграться можно тут.

📌 Эксперты OpenBio уже рассказывали, почему сочетание обработки разных типов данных меняет правила игры. Загляните в наш пост с карточками от N+1, где Александр Сарачаков и другие спикеры курса делятся трендами ML в биологии.


✔️ Статья: Multimodal Large Language Models for Inverse Molecular Design with Retrosynthetic Planning

#openbio_news #биотех #наука #openbio_ai
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
15🔥6👍3🤔3
Сегодня в центре внимания — цикл While! 🔁

Это один из самых простых и мощных инструментов для автоматизации повторяющихся задач. Он позволяет выполнять блок кода многократно, пока выполняется определённое условие.

📌 Если вы уже освоили базовую работу с библиотеками NumPy и pandas, научились читать и обрабатывать датасеты, группировать, и визуализировать векторные операции — самое время перейти к управлению потоком выполнения кода. Цикл while — фундаментальная конструкция, которая пригодится в любом проекте.

Например:
ридов_прочитано = 0 # Количество прочитанных фрагментов ДНК
цель_ридов = 1000 # Требуемое количество

while ридов_прочитано < цель_ридов:
print(f"Прочитано {ридов_прочитано} ридов. Ещё собираем...")
ридов_прочитано += 100 # Имитация чтения 100 ридов за шаг


Здесь while проверяет условие ридов прочитано < цель_ридов. Пока оно истинно, выполняется print(count) и увеличивается значение переменной ридов прочитано. Когда ридов прочитано достигнет 1000 или больше — цикл завершится.

📌 Структура цикла while в Python:
while условие:
Тело цикла

Условие — логическое выражение, которое проверяется перед каждой итерацией.
Двоеточие (:) сообщает Python, что далее — блок команд.
Тело цикла — команды с отступом, которые выполняются, пока условие истинно.

While — это цикл с предусловием: сначала проверяется условие, и только если оно истинно — выполняется тело цикла.

📌 Сравнение с оператором if и логические операции

Цикл while напоминает условный оператор if, но с повторением:
if выполняет код один раз, если условие истинно.
while выполняет код многократно, пока условие остаётся истинным.

Оба могут использовать логические операторы and, or, not:
белок_свернут = 0 # Уровень правильной свёртки белка (0-10)
токсичность = True # Моделируем, что белок токсичен на старте

while белок_свернут < 8 and токсичность:
print(f"Свёртка: {белок_свернут}. Белок пока токсичен.")
белок_свернут += 1 # Улучшаем свёртку
if белок_свернут >= 5:
токсичность = False # Допустим, после 5 уровня свёртки токсичность исчезает


Этот цикл будет продолжаться, пока уровень свёртки меньше 8 и белок остаётся токсичным. Когда белок_свернут станет 5, токсичность переключится в False и цикл завершится, даже если свёртка не достигла 8.

📌 Бесконечные циклы

Цикл while может стать бесконечным, если условие всегда истинно:
while True:
print("Ищем идеальную последовательность...")
# Здесь могла бы быть сложная функция анализа


Чтобы остановить такой цикл, используют break:
консенсус_найден = False # Флаг нахождения консенсуса

while True:
показатель_качества = float(input("Введите показатель качества сборки (0.0-1.0): "))
if показатель_качества > 0.95:
print("Отлично! Сборка соответствует стандарту:", показатель_качества)
break # Выходим из цикла, т.к. цель достигнута
else:
print("Качество сборки недостаточно. Попробуйте ещё раз.")

Этот код будет спрашивать показатель качества, пока пользователь не введёт корректное значение выше 0.95.

Всегда следите за условиями цикла и используйте break осознанно, бесконечные циклы могут «повесить» программу.

Цикл while — универсальный инструмент, которым пользуется почти каждый биоинформатик, особенно при парсинге данных, автоматизации рутинных задач и построении пайплайнов. Он позволяет создавать гибкие конструкции и управлять выполнением кода с максимальной точностью.

↗️ Освоив базовые принципы, вы сможете перейти к более сложным паттернам: вложенным циклам, контролю итераций через continue и else, созданию симуляций и генераторов.

🔭 While обязательно пригодится в ваших проектах — от простых до исследовательских. Главное — начать, практиковать и не бояться экспериментов.

#openbio_python #openbio_ml #openbio_education
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
7😍4👍2🔥1🤓1👨‍💻1
Открываем третий сезон цикла лекций «Личный путь в сеньора биоинформатика» встречей с Никитой Ваулиным.

🔬 Никита - биоинформатик и преподаватель программирования для биологов в ВШЭ и Институте биоинформатики, сейчас PhD-студент в группе Игоря Адамейко в Вене, где изучает механизмы принятия клеточных решений (cell fate decisions). Закончил биофизику в питерском Политехе и магистратуру Сколтеха. Фанат Hi-C и 3D-геномики в целом. Мы пригласили Никиту рассказать, как ему дается обучение в Вене и о чем там мечтают биоинформатики.

Начало эфира 25 июня в 19:00 по Мск.

Трансляции проходят в рамках курса «Машинное обучение в биологии и биомедицине» от OpenBio.

До старта программы еще далеко, но уже можно записаться по минимальной цене ↗️


На встрече мы обсудим детали карьерного трека Никиты, лайфхаки поступления на PhD, тренды отрасли и образования в области биоинформатики и многое другое.

✔️ Зарегистрируйтесь, чтобы не пропустить напоминание о прямой трансляции и получить запись встречи.
Задавайте вопросы спикеру в комментариях к этому посту, чтобы мы могли их озвучить.

Увидимся на эфире!

#openbio_career #openbio_webinar #openbio_interview

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
510👍3👏1
Второй поток курса "Машинное обучение в биологии и биомедине" успешно завершил основную программу и сейчас работает над итоговым соревнованием.

А мы с радостью объявляем набор на осеннюю программу, которая стартует 1️⃣ октября! 🎉

Каждый запуск мы стремимся улучшить эффективность обучения. Главный плюс нашей программы — внушительный ассортимент методов и фокус на двух востребованных направлениях: ML в анализе омиксных данных и Computer Vision в биомедицине.

Курс подойдет:
🔺Биологам, биоинженерам, врачам и специалистам по данным
🔺Научным сотрудникам, аналитикам R&D, руководителям лабораторий
🔺Python-разработчикам, интересующихся задачами биоинформатики и медицины
🔺Студентам старших курсов, планирующих развитие в прикладном ML


Важно базовое владение python, хотя бы библиотеками pandas и numpy — это минимум. Невнезапный факт — чем лучше вы владеете питоном, тем легче вам на курсе.

Что вы получите за 4,5 месяца?
✔️Системное понимание ML в контексте биомедицинских данных
✔️6 практических кейсов для вашего портфолио
✔️Готовые протоколы обработки и реальные датасеты
✔️Уверенность в применении классических методов ML плюс опыт работы с нейросетями с углублением в Computer Vision

Формат обучения и поддержка:
Обучение проходит в гибком формате: смотрите видеолекции, когда удобно, участвуйте в прямых эфирах с преподавателями, а в чатах всегда можно задать вопрос кураторам и наставникам.
Поддержка не заканчивается с курсом — материалы и доступ к сообществу останутся с вами на целый год! 🤝

Наша фишка:
Групповая работа — она поможет вам держать динамику на протяжении всей учебы и подарит отличную компанию для встреч не только на курсе! 🤩


➡️ Узнать подробности и подать заявку на участие по стартовой цене можно по ссылке.

#openbio_ml #openbio_education #машинноеобучение #машинноеобучение #биотех #datascience #биоинформатика

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
4😍3👍2
Всегда ли шум имеет гауссовское распределение?

Центральная предельная теорема говорит, что если вы суммируете много одинаково распределенных (причем по любому закону) величин, то получаете нормальное распределение. Например, в физической реальности на объект действует много случайных сил (скажем, от броуновского движения молекул и частиц). Их равнодействующая — это как раз такая сумма, поэтому распределена нормально.

Но это не всегда так. В биомедицине встречаются распределения с тяжелыми хвостами, например, распределения Леви или Парето, характерные для редких событий (экстремальных значений).

Почему важно правильно учитывать экстремальные значения? 

Часто это ключевые сигналы в медицине: высокий уровень онкомаркеров → опухоль, повышенный тропонин → инфаркт, аномальные электрокардиограммы → тяжелые нарушения ритма.

Если предположить нормальность ошибок, такие показатели могут восприниматься как выбросы или ошибки измерений, а важные случаи — пропущены.

В биологических системах шум поступает из разных источников: молекулярные флуктуации, технические ошибки измерений, внешние воздействия окружающей среды и многое другое. Каждый источник имеет свою природу и характер распределения ошибок. Например, молекулярный шум часто моделируют как дискретный процесс с определенной вероятностью возникновения события (например, биномиальное или Пуассона), а технический шум — как гауссовский из-за случайных флуктуаций в электронике.

Что делать на практике?

🔷Постройте гистограмму ошибок или остатков. Посмотрите на форму: симметрична? Есть ли тяжелые хвосты? Выбросы?
🔷Проверьте через статистические тесты на нормальность - Шапиро-Уилка, Колмогорова-Смирнова, Андерсона-Дарлинга
🔷Проверьте наличие тяжелых хвостов — экстремальных значений, которые реже встречаются, чем по нормальному закону. Для этого помогут графики квантиль-квантиль (Q-Q plot).
🔷При подозрении на тяжелые хвосты — попробуйте модели с распределениями Леви, Парето, Стьюдента; для выбора оптимальной модели рассмотрите критерии выбора (AIC/BIC).

Предположение о нормальности — лишь приближение, а не догма. Ключ к точной интерпретации данных — понимание природы шума.

Сталкивались ли вы с "тяжелыми хвостами" в ваших биологических данных? Как решали эту проблему? Делитесь своим опытом в комментариях!

В следующий раз поговорим о том, как сделать надежные выводы и избежать переобучения, если данных мало.

#openbio_education

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
134👍3
📰 Открыта регистрация на OpenBio 2025!

Мы приглашаем всех, кто интересуется актуальными направлениями биоинформатики, биотехнологий и биомедицины, стать участником мероприятия 2025 года (с 23 по 26 сентября)!

Если вы студент, молодой ученый, исследователь или практикующий специалист до 35 лет, готовый поделиться своим опытом и новыми идеями, эта конференция для вас!

Вы сможете представить свои исследования в одной из шести актуальных секций:

🦠 Вирусология

🧪 Биоинформатика

💉 Фундаментальная медицина

🔬 Биотехнология

🧫 Биофизика

🧬 Молекулярная биология

Подробное описание каждой секции вы найдёте ЗДЕСЬ.

Формы участия:
Очное выступление
Онлайн-выступление
Заочное участие

🔺Участие в OpenBioэто шанс заявить о себе в научном сообществе, расширить контакты и получить поддержку ведущих экспертов.

Отобранные тезисы будут опубликованы в сборнике конференции, размещены в научной электронной библиотеке eLIBRARY с индексацией в РИНЦ и присвоением DOI каждому тезису, допущенному до публикации в сборнике.


Хотите быть в центре научных открытий? Подать тезисы для участия в конференции можно до 1 августа 2025 года.

➡️ ПОДАТЬ ТЕЗИСЫ ТУТ
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍51😍1
📰Сегодня собрали для вас дайджест мероприятий по биотехнологиям, вычислительной биологии, искусственному интеллекту и смежным областям, которые пройдут в России в 2025 году. Поехали:

1️⃣ 25 июня – 2 июля | Всероссийская конференция “Молекулярная динамика – 2025”

Новосибирск. Атомное и молекулярное моделирование: современные подходы и алгоритмы, Молекулярно-динамическое моделирование и его приложения, Технологии суперкомпьютерного и атомистического ML

2️⃣1–18 июля | Летняя школа искусственного интеллекта

Петрозаводск
. Теоретическая часть обучения пройдет в формате лекций и семинаров? А для решения кейсов – реальных задач от партнеров – будет сформировано несколько продуктовых команд под руководством опытных наставников
Дедлайн 27 июня.

3️⃣ 7–10 июля | DataCon 2025: Искусственный интеллект в разработке фармацевтических молекул

Университет ИТМО, Санкт-Петербург приглашает на воркшоп, который заканчивается решением реального кейса в формате хакатона.

4️⃣ 31 июля - 3 августа | 12-я Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (МССМВ)

Сколково, Институт науки и технологий. В программе секции по компьютерным наукам в биологии и смежным дисциплинам. Дедлайн подачи тезисов уже прошел, но можно посетить конференцию в качестве слушателя.

5️⃣ 15–19 сентября | Всероссийская конференция с международным участием “Генетика. Эволюция. Радиобиология”

В Екатеринбурге, на базе Института экологии растений и животных Уральского отделения РАН пройдет конференция? в которой затронут темы эволюционные процессы с точки зрения современной генетики. Эволюционная и историческая экология; Перспективы применения новых методов генетики, геномики и селекции в решении проблем продовольственной безопасности;
Дедлайн 1 июля.

6️⃣ 22–27 сентября и 7 –12 октября | XX юбилейная международная научная конференция “Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2025”

Конференция пройдет в 2 этапа: первый в сентябре, в Севастополе на базе Института перспективных исследований Севастопольского государственного университета; второй - в Москве на базе Физического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, в программе: Общая биофизика, Молекулярная биофизика и биоинформатика, Медицинская биофизика и биофизическая химия, Биофизическая экология.
Дедлайн 20 июля

7️⃣ 23–25 сентября | XII Российский форум биотехнологий OpenBio

Место проведения Наукоград Кольцово. OpenBio — крупнейший форум молодых ученых по биотеху и смежным отраслям. В программе: секции по генетике, биоинформатике, вирусологии, фундаментальной медицине и фарме.
Дедлайн 1 августа.

8️⃣ 20–22 октября | XXXI Symposium on Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery (BCADD-2025)

Онлайн-симпозиум для специалистов по компьютерному поиску и разработке лекарств, анализу биологических путей, моделированию молекул, ML и AI для фармацевтики и медицины.
Дедлайн подачи тезисов — до 31 августа, зарегистрироваться в качестве слушателя или представителя онлайн- постера можно до 25 сентября

9️⃣ 25–26 октября | Геномика метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов

Сколково, Институт науки и технологий.
В программе: доклады из области генетики, молекулярной биологии, метагеномики и биохимии микроорганизмов, включая трансляционную микробиологию и геномное редактирование.
Дедлайн подачи тезисов до 30 июня
Дедлайн регистрации на конференцию до 15 сентября

🔟 28–30 октября | XI Всероссийская конференция с международным участием «Физиология и биохимия медиаторных процессов"

Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН, г. Москва проводит конференцию по сравнительной физиологии сигнальных систем, эволюции механизмов сигнализации, генетическим и эпигенетическим механизмам физиологических процессов и поведения, молекулярно-клеточным механизмам функционирования сенсорных и двигательных систем.
Дедлайн подачи тезисов 31 августа

Поделись с друзьями и посещайте мероприятия вместе!

#openbio_events #биотех #openbio_education #конференции

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
👍53😍2
Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu
Открываем третий сезон цикла лекций «Личный путь в сеньора биоинформатика» встречей с Никитой Ваулиным. 🔬 Никита - биоинформатик и преподаватель программирования для биологов в ВШЭ и Институте биоинформатики, сейчас PhD-студент в группе Игоря Адамейко в…
➡️ Напоминаем, что сегодня в 19.00 по мск состоится встреча с Никитой Ваулиным.

Мы решили, что эфир будет проходить прямо здесь в телеграм -канале.
Вопросы можно задавать в комментариях под этим постом.

📌 Зарегистрируйтесь, если планируете смотреть встречу в записи.

До встречи!

📩📥📤
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
9👍2😍1
Для команды OpenBio отзывы — это не просто слова, а фундамент для роста. Мы стремимся создавать курсы, которые по-настоящему ценны и востребованы. Рады поделиться с вами впечатлениями участников весеннего потока — это подтверждает, что мы на верном пути. Наша главная награда — видеть, как вы с удовольствием учитесь, рекомендуете нас друзьям и возвращаетесь за новыми знаниями ❤️

P.S. Кстати, завтра у нас первое повышение цен, поэтому если планировали осенью прийти к нам — самое время оставить заявку и зафиксировать текущую стоимость.


#openbio_review #openbio_education #openbio_ml

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
6👍2🔥1👏1
2025/07/13 15:37:24
Back to Top
HTML Embed Code: