Сегодня мы завершим тему визуализации данных разбором еще одной библиотеки, а именно… Pandas! 🐼

Все верно — помимо функций из специальных библиотек Matplotlib и Seaborn инструменты для визуализации данных также встроены непосредственно в Pandas, что позволяет строить различные типы графиков прямо через методы, применяющиеся к DataFrame. Сегодня изучим особенности такого подхода.

➡️ И напоминаем, что вебинар «Карьерный путь биоинформатика: от студента до сеньора» с Анной Фоминой состоится уже сегодня! Подключайтесь 24 декабря в 19:00 по Мск.

1️⃣ Вновь создадим тренировочный датасет с медицинскими данными:

import pandas as pd # больше ничего не понадобится!

data = {
    'ID': range(1, 11),
    'Возраст': [45, 60, 25, 50, 75, 33, 40, 29, 65, 55],
    'Пол': ['М', 'Ж', 'М', 'М', 'Ж', 'М', 'Ж', 'Ж', 'М', 'Ж'],
    'Диагноз': ['Гипертония', 'Здоров', 'Здоров', 'Диабет', 'Гипертония', 'Диабет', 'Гипертония', 'Здоров', 'Гипертония', 'Здоров']
}

df = pd.DataFrame(data)
df.head()

2️⃣ Для построения графиков в Pandas используется метод df.plot(), который является “оберткой” для методов matplotlib (то есть, “под капотом” вызывает функции другой библиотеки).

Метод plot() имеет множество аргументов, позволяющих настроить как внешний вид графика, так и тип данных, которые будут отображены.

➕ Как и функции Seaborn, df.plot() имеет аргументы для выбора данных:

● Data: указывает объект, для которого будет построен график. Это может быть целый датафрейм или его отдельные столбцы.
● x и y: указывают имена столбцов для осей x и y.

❗️Для некоторых типов графиков, таких как scatterplot, необходимо указать обе оси.

➕ Еще одно сходство с Seaborn — возможность выбирать тип графика с помощью аргумента kind. Примеры частых значений: 'line', 'bar', 'hist', 'box', 'scatter'.

➕ subplots: по умолчанию, если построить график по двум или более столбцам датафрейма, данные из них будут отображены на одном графике. При значении аргумента subplots=True каждый столбец будет отображаться в отдельном подграфике. Это удобный способ добавить на рисунок несколько срезов данных одной командой.

# Попробуйте построить график с subplots и без:
df[['Возраст', 'Вес']].plot(kind='bar)

Ряд параметров позволяет повысить информативность графиков:

➕ Аргументы title, xlabel и ylabel добавляют подписи всему графику и осям, соответственно.

➕ legend: при выставленном значении True добавляет на график легенду, которую дальше тоже можно кастомизировать.

➕ Для детальной настройки графиков можно изменять стиль линий, устанавливать цвета, изменять размеры графиков, добавлять сетки, настраивать метки и т.д. Все это также можно сделать с помощью аргументов.

Рассмотрим пример использования этих параметров, построив максимально нарядный график:

df['Возраст'].plot(kind='line', 
                   color='teal',
                   marker='*', markersize=12,
                   linestyle='dashdot',
                   alpha=0.7,
                   xlabel='Пациент',
                   ylabel='Возраст'
                  )

Таким образом, встроенный функционал Pandas позволяет легко создавать простые графики и настраивать их стиль. Визуализация данных с помощью Pandas часто применяется для предварительного анализа, а Matplotlib и Seaborn подключают для более сложных визуализаций.

Однако у вас есть полная свобода выбора! Теперь, когда вы освоили основы работы с этими инструментами, вы можете выбирать те методы, которые вам больше всего нравятся. Желаем удачи в экспериментах и творчестве! ❤️

➡️ Ждем вас на курсе “Машинное обучение в биологии и биомедицине”, где вы сможете применить все новые знания на практике! Старт нового потока — 25 февраля 2025.

#openbio_python #openbio_pandas #openbio_visualization

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

🎁 Разыгрываем три гранта на обучение на курсе «Машинное обучение в биологии и биомедицине»!

Приближается пора новогодних обещаний. Мы решили добавить немного волшебства ✨ и помочь исполнить желания, связанные с построением карьеры в сфере биоинформатики, обработки данных и машинного обучения.

При помощи бота, мы выберем трех победителей, которые получат скидки 50%, 70% и 90% на обучение на курсе «Машинное обучение в биологии и биомедицине» соответственно.

🎇 Условия участия:
1. быть подписанным на канал Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu;
2. нажать кнопку «Хочу изучать ML с OpenBio!» в посте ниже.

Итоги конкурса будут подведены и опубликованы в канале 31 декабря в 16:00 по Москве. Желаем удачи!

А для всех, кто не полагается на удачу, а верит только в свои силы🪄💪, мы дарим скидку на обучение 20% по промокоду NEWYEAR.

Промокод активен до 31 декабря 23:59 и исчезнет вместе с боем курантов🥂

Правила участия в конкурсе:
- Наличие репоста конкурсного поста — не обязательное условие участия в розыгрыше, но нам будет приятно, если вы это сделаете и расскажете вашим друзьям о такой возможности.🙃
- Первый отобранный ботом победитель получит скидку 50%, второй 70%, третий 90%.
- Скидки распространяются только на участие в весеннем потоке курса, который стартует 25 февраля, и имеют срок действия до 25 февраля включительно.
- Применить каждую скидку можно только 1 раз.

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

#openbio_дарит_подарки

Друзья!

⏱ Уже завтра, в 16:00 по Москве, будут подведены итоги розыгрыша. Успейте принять участие и рассказать вашим коллегам и сокурсникам о такой возможности!

Также завтра, 31 декабря в 23:59, вместе с боем курантов 🔔 закончит свое действие промокод NEWYEAR, который дает скидку 20% на курс «Машинное обучение в биологии и биомедицине».

Уже на первой неделе следующего года будет повышение цен на обучение.
Эти дни уходящего года — последняя возможность инвестировать в свою карьеру на максимально выгодных условиях.

Приходите на курс, чтобы усилить свои профессиональные компетенции:
🔷изучить и начать применять передовые методы биоинформатики, а также нейросети;
🔷углубить знание Python;
🔷использовать ML в NGS и распознавании изображений из клинических данных;
🔷расширить понимание составных частей процессов, которые лежат в основе популярных пайплайнов.

Желаем удачи, и с нетерпением ждем результатов конкурса вместе с вами!🫰А тех, кто не полагается на волю случая, приглашаем на курс «Машинное обучение в биологии и биомедицине» уже сейчас.

#openbio_дарит_подарки

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

Наш новогодний розыгрыш завершен! 🎉 Поздравляем победителей! Админ канала свяжется с вами для обсуждения деталей.

Команда проекта «Машинное обучение в биологии и медицине» поздравляет подписчиков нашего канала с Новым годом! 🥳

🪄Пусть:
- риды мапятся;
- антитела (и вы) не выгорают;
- модели (и вы!)) быстро учатся;
- ROC AUC стремится к 1, а p-value — к 0.

Также мы благодарим всех, кто принимал участие в конкурсе. Розыгрыш вызвал большой резонанс, и мы решили подарить гайд со списком литературы и ресурсов по изучению ML всем вам.🫴 Переходите по ссылке, чтобы скачать подарок.

У вас еще есть возможность присоединиться к курсу «Машинное обучение в биологии и биомедицине» со скидкой 20% по промокоду NEWYEAR! Промокод активен до конца дня.

Создайте базу для вашего профессионального роста в следующем году уже сегодня.

До встречи в 2025м!🎆

#openbio_дарит_подарки

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

Команда проекта «Машинное обучение в биологии и биомедицине» от OpenBio желает вам отличных новогодних праздников! Надеемся, у вас найдется время, чтобы уютно устроиться перед экраном с чашечкой горячего напитка и посмотреть интересные фильмы и сериалы. ⛄️❄️

☺️ Как истинно увлеченные темой биомедицины люди, мы подготовили подборку, где сюжет крутится вокруг биотехнологий, учёных, врачей и искусственного интеллекта!

Собрали всего понемножку, чтобы каждый мог выбрать что-то по душе: старые добрые комедии, мультфильмы, триллеры, аниме, а для самых пытливых — документальный сериал. 🤓

Приятного просмотра!

🍿 Эволюция (2001)
● Фантастика, комедия

Группа учёных и студентов становится свидетелями падения метеорита в пустыне. Из загадочной голубой жидкости внутри него развиваются живые организмы, которые эволюционируют на глазах. Ожидание Нобелевской премии превращается в кошмар, когда эти новые формы жизни начинают угрожать человечеству.

🍿 Джуниор (1994)
● Фантастика, мелодрама, комедия

В центре сюжета — двое учёных, которые разрабатывают препарат для предотвращения выкидышей. Из-за финансовых трудностей они решают провести эксперимент: один из них, профессор Алекс, соглашается стать носителем чуждой яйцеклетки. Комедия, в которой необычный научный эксперимент превращается в источник весёлых ситуаций.

🍿 BBC: Клетка (2009)
● Документальный фильм

Фильм рассказывает историю того, как учёные поняли, что все живые существа, от микроскопических амёб до человека, состоят из клеток. Биолог Адам Резерфорд проведёт нас в мир клеток, объяснив, как именно эти невероятно сложные структуры делают возможной жизнь, дыхание, движение и мыслительные процессы.

🍿 Клетки за работой! (2018–2021)
● Аниме, боевик, комедия

Этот милый сериал погружает нас в работу клеток человеческого организма. Красная кровяная клетка, новичок по имени AE3803, должна доставить углекислый газ в лёгкие, но её ждут опасности и приключения! Лейкоциты, тромбоциты и другие клеточные герои всегда готовы прийти на помощь в борьбе с вирусами, бактериями и травмами.

🍿 Оззи и Дрикс (2002–2004)
● Мультфильм, фантастика, боевик, комедия

Два необычных полицейских, лейкоцит Оззи и пилюля Дрикс, охраняют организм 13-летнего школьника Гектора. Они патрулируют его тело и защищают от болезней и вирусов. Задача — не допустить, чтобы чуждые организмы нарушили спокойствие организма подростка.

🍿 Из машины (2014)
● Фантастика, триллер, драма

Молодой сотрудник получает задание провести неделю в уединённом доме, тестируя женщину-робота с искусственным интеллектом. Постепенно он начинает сомневаться, что искусственный интеллект может стать сознательным существом, а также в своём восприятии человеческой природы.

🍿 Выбывшая (2022)
● Драма, биография

Мини-сериал о Элизабет Холмс, основательнице компании Theranos, которая обещала революцию в области диагностики. Она бросила учёбу и создала стартап, который стал одним из самых громких финансовых обманов в истории медицины. История о том, как высокие амбиции могут привести к падению.

🍿 Николай Вавилов (1990)
● Драма, биография

Сериал о судьбе советского учёного-генетика Николая Вавилова, который посвятил свою жизнь изучению генетики и селекции растений. Вавилов был одним из крупнейших учёных своего времени, но стал жертвой политических репрессий, несмотря на свои выдающиеся достижения.

🍿 РеГенезис (2004–2008)
● Фантастика, триллер, драма, детектив

Сюжет вращается вокруг вымышленной организации NorBac, занимающейся исследованием биотехнологий и спорных научных открытий. С каждым новым случаем учёные сталкиваются с этическими и политическими проблемами, а открытия, сделанные в области генетики и биотехнологий, могут изменить мир.

#openbio_fun

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

Плавно входим в новый год с новой лекцией из цикла «Личный путь в сеньора биоинформатика».

6 января нас ждет встреча с Андреем Девяткиным, к.б.н., заведующим Лабораторией вычислительных методов в биомедицине в Центре живых систем МФТИ.🔬

Андрей — автор десятков научных публикаций в ведущих международных журналах (h-index=13), лектор образовательного курса Эпитранскриптомика. Специализируется на вирусологии и генной терапии.

📰 Вебинар состоится 6 января в 19:00 по Мск.

На встрече будут обсуждаться детали карьерного трека спикера, лайфхаки трудоустройства, экспертное мнение по трендам отрасли, обзор «поляны» мира ML в биоинформатике и многое другое.

Трансляции проходят в рамках курса «Машинное обучение в биологии и биомедицине», весенний поток которого стартует 25 февраля.

7 января цены вырастут. Записывайтесь на курс сейчас, чтобы зарезервировать за собой место на самых выгодных условиях.

✔️ Зарегистрируйтесь, чтобы получить ссылку на эфир.
❔ Задавайте свои вопросы спикеру в комментариях к этому посту, чтобы они точно были озвучены.

До встречи в эфире!

#openbio_career #openbio_webinar #openbio_interview #openbio_expert

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

Праздничная неделя в самом разгаре, но если вам уже надоело отдыхать, сыграйте с нами в 🚩 небольшую викторину! 🚩

Предлагаем освежить в памяти одну из тем прошлого года — визуализация данных в Python. Ниже вы найдете несколько вопросов, каждый — с одним правильным вариантом ответа.

🎁 Тем, кто ответит на все вопросы верно, мы подарим скидку 15% на курс «Машинное обучение в биологии и биомедицине», который стартует 25 февраля.

Используйте эту возможность, чтобы выгодно подключиться к курсу перед повышением цен 7 января↗️

Напишите «ответ готов» в комментариях к этому посту, если вы ответили на все вопросы верно, и мы пришлем вам промокод на скидку в личные сообщения.

Желаем удачи! 🍀

#openbio_дарит_подарки

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu

Собрали 📈 все актуальные акции и скидки📈 в один пост, в преддверии сегодняшнего повышения цен на курс «Машинное обучение в биологии и биомедицине».

Выбирайте то, что вам подходит, чтобы сделать обучение наиболее выгодным. Но выбирайте мудро🤔, поскольку промоакции не суммируются.

Для тех, кто учится:
➕скидка 30% для студентов дневных и вечерних отделений бакалавриата, магистратуры и специалитета по промокоду STUDENT;
➕скидка 10% для аспирантов по промокоду ASP10.

Для тех, кто в команде:
➕скидка 30% вам и второму человеку, если приходите на обучение вдвоем. Укажите это в заявке, и наши менеджеры пересчитают сумму к оплате.

Для тех, кто любит выигрывать:
➕пришлем промокод на скидку 15% всем, кто правильно ответит на 3 вопроса нашей викторины в этом посте.

Для тех, кто умеет убеждать:
➕специальные условия при оплате обучения от юридического лица. Оставьте заявку на бесплатную консультацию, чтобы обсудить детали с нашим менеджером.

➡️ Применить промокод и оплатить участие можно по ссылке.
Также возможна оплата в рассрочку или долями через Яндекс.Сплит.

Надеемся, вы найдете удобный для себя вариант участия в программе «Машинное обучение в биологии и биомедицине»!

#openbio_navigator #openbio_полезное #openbio_ML

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu