А если попробовать посмотреть что это?

А это колонии бацилл

Ну не только бацилл, но и многих других бактерий, но мы посмотрим именно на бацилл - это то что называется Bacillus liquefaciens - одна из форм пангеномного комплекса Bacillus subtilus (сенная палочка)

А если посмотреть на отдельные колонии - то мы увидим весьма организованное строение

По бокам пушистые белые воротнички - "плодовые тела" - место, где происходит образование покоящихся спор, способных выносить долгосрочное хранение и даже кипячение. В середине – слизистая капля в ней происходит образование клеток в K-state («компетентных клеток) способных захватывать ДНК, а так же значительное клеток подвергается разрушению (лизису) обеспечивая выход свободной ДНК из клеток.
При созревании спорулирующих клеток по бокам, клетки капли постепенно лизируются, обеспечивая питательными веществами (в основном глутамином) спорулирующие клетки.
Образование такой грибовидной колонии осуществляется при помощи одного из согласованного quorum sensing поведения, называемого swarming - "роение"

Знающие люди передают, что Ротем Сорек работает не в том корпусе, в который попала ракета. Ну в общем иммунные системы бактерий в порядке. Это дрозофилистов разбомбили.

К слову о дрозофилистах: коллега передает, что у них там в Швеции ищут PhD в лабораторию по изучению вот этого вот всего (мушья регуляция экспрессии генов, эпигенетика, короче говоря, именно то, в чем я не разбираюсь). Передают, что лаборатория очень хорошая.

https://su.varbi.com/en/what:job/jobID:831665/where:4/

Всегда было интересно, каким образом люди додумывались до каких-то решений; порой они кажутся совершенно не очевидными. Читаю вот одну статью, в ней есть раздел с описанием методов электронной микроскопии. Используется буфер на основе какодилата натрия. Вещество выглядит не особенно приятным в обращении, почему используют его, как будто буферов других мало? Впрочем, возможно, это наследие древних, которое в электронной микроскопии так и осталось. Видел вот, к примеру, в старых работах для денатурации РНК при электрофорезе гидроксид метилртути использовали. Не знаю, так ли уж у нее много преимуществ перед мочевиной, но пишут, что как денатурирующий агент для РНК оно работает очень мощно (10 мМ хватает).
Но это ладно. Далее пишут - образцы фиксировали экстрактом чая улун (oolong tea extract). Я на всякий случай проверил, что это не шутка из разряда "все равно до этого места никто не дочитает" - нет, в самом деле экстракт из чая улун используют для фиксации препаратов для электронной микроскопии. Кому это только пришло в голову? И почему именно улун, а не, скажем, шэн пуэр или красный чай?

#читаювсякоеговно

С курса молекулярной биологии я помнил, что у бактерий одна из самых ранних стадий инициации трансляции - это распознавание последовательности Shine-Dalgarno малой субъединицей рибосомы. Упоминалось там, помимо этого, что бактерий бывают безлидерные мРНК, у которых первый нуклеотид это аденозин инициаторного кодона с тремя фосфатами на 5' конце. Почему-то у меня сложилось впечатление, что безлидерные мРНК это очень редкое явление, которое бывает в основном у вирусов всяких. Видимо, это впечатление происходило от того, что безлидерных мРНК у E. coli действительно очень мало, а первой открытой безлидерной мРНК была мРНК гена cI фага лямбда.

Вчера с очень большим запозданием (но лучше поздно, чем никогда) открыл для себя, что у некоторых бактерий безлидерных мРНК бывает много - порядка 20-30% у разных актинобактерий, у деинококков около половины мРНК безлидерные. У моих возлюбленных T. thermophilus, с которыми я уже много лет ковыряюсь, безлидерных мРНК тоже много - порядка 20%. Что самое смешное, я видел много таких транскриптов на РНК-секах, но почему-то всегда думал, что это, наверное, артефакты какие-то, или еще что-то непонятное - не может же быть такое, что мРНК прямо с инициаторного кодона начинается. Ну вот может, и с предсказанием промоторов там тоже все неплохо сходится.

https://journals.asm.org/doi/10.1128/microbiolspec.rwr-0016-2017

Пишут, что у некоторых архей, вроде Haloferax и Sulfolobus, вообще большая часть (~70%) мРНК безлидерные. И еще пишут, что безлидерные мРНК могут транслироваться и в бактериях, и в археях, и в эукариотах; можно поспекулировать насчет того, как могла выглядеть инициация транскрипции у LUCA.

#читаювсякоеговно

Нет, не особо хороший тул - лепит какую-то хуйню очень часто. Мне кажется, сливание парных ридов перед сборкой это ошибочный шаг, как и полировка сборок короткими ридами. Короткие риды и так точные, SPAdes и так делает коррекцию, смысла в полировке нет.

Лучше unicycler, в общем.

Было бы интересно сделать так, чтобы в клетке синтезировалась куча тРНК с рандомными мутациями в антикодонах, чтобы клетка при трансляции лепила повышенное число ошибок. Не знаю, например, вживить в клетку мутагенную РНК полимеразу, которая будет транскрибировать кластер генов тРНК. Как бы такая клетка жила? Может быть, с течением поколений в клетке стали бы появляться белки, сверхустойчивые к аминокислотным заменам, со сверхстабильной структурой.

Или, как справедливо заметили в комментариях, проще сделать, чтобы РНК полимераза ошибки лепила.

Скажу честно, мой интерес к вторичным метаболитам бактерий в значительной степени угас после того, как я понял, что там практически нечем обдолбаться.

Что там есть? Циклосерин разве что.

Круто, больше прикольных самостоятельных работ на ЗБС

Еще больше красивых цветных белков:

https://www.tgoop.com/protein_friendship/12

Узнал, что прибор для измерения мощности ядерного взрыва называется bhangmeter. Пишут, что во время взрыва ядерной или термоядерной бомбы видны две вспышки, и, как я понял, чем мощнее взрыв, тем больше промежуток между вспышками. Интересна этимология названия (см. скриншот).

Похоже, у ученых-ядерщиков XX века, что у американских, что у советских, было какое-то нездоровое чувство юмора (или наоборот слишком здоровое). Впрочем, можно понять - наверное, на такой работе несложно головой ебануться.

Это очень хорошие, умелые люди, хорошо! Присоединяюсь к поздравлениям!
https://www.tgoop.com/rlabrats/7090