☀️ هوش مصنوعی در خدمت درمان سرطان کبد

🖼 در بیماری‌هایی نظیر سرطان کبد که اغلب با ضایعات متعدد در کبد همراه است، ارزیابی دقیق پاسخ به درمان دشوار است. به همین دلیل، یک ابزار جدید مبتنی بر دیپ لرنینگ به‌نام "RECORD"، طراحی شده‌است که به‌صورت خودکار و دقیق، ارزیابی‌های درمانی را انجام می‌دهد.

💬 این سیستم از الگوریتم‌های ديپ لرنینگ، مبتنی بر "CNN" و "ViT" استفاده می‌کند که برای تقسیم‌بندی تومورها و ارزیابی پاسخ درمانی براساس حجم کلی ضایعات کاربرد دارد. این سیستم وضعیت بیماری را نیز به‌صورت پاسخ، ثبات یا پیشرفت طبقه‌بندی می‌کند.

😀 نتایج نشان داد که RECORD، نه تنها دقت بالاتری در ارزیابی‌های درمانی و تشخیص بیماران پرخطر نسبت به پزشکان دارد، بلکه بقای بدون پیشرفت و زمان پاسخ درمانی را دقیق‌تر محاسبه می‌کند.

🔗 اطلاعات بیشتر

👱‍♀️ روژینا احسانی
🔍 فاطمه براری

「#بیوانفورماتیک #Deep_Learning #هوش_مصنوعی #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📌 معرفی فرصت‌های شغلی بیوانفورماتیک

🔍 با پیشرفت فناوری و افزایش داده‌های زیستی، نیاز به متخصصان بیوانفورماتیک به‌طور چشم‌گیری افزایش یافته است. این رشته نه‌تنها در تجزیه و تحلیل داده‌های ژنتیکی و پروتئینی کمک کرده، بلکه امکان کشف الگوها و روابط جدید را فراهم می‌آورد که می‌تواند به پیشرفت‌های علمی و پزشکی منجر شود.

💡 اگر به دنبال یک مسیر شغلی پویا و پر از چالش هستید، بیوانفورماتیک می‌تواند گزینه‌ای عالی باشد!

🆗 شرکت در دوره مقدماتی بیوانفورماتیک، فرصتی تکرار نشدنی برای آشنایی با اصول و مبانی این حوزه است. سرفصل‌های خاص این دوره باعث می‌شوند شما مهارت‌های لازم برای تحلیل داده‌های زیستی را کسب کرده و درکی عمیق از فرآیندهای مولکولی پیدا کنید.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

👩‍💻 طراحی، محاسبه و تجسم با نرم‌افزار "ChemDraw"

☢️ یکی از پرکاربردترین نرم‌افزارها در حوزه شیمی که برای طراحی و ترسیم ساختارهای شیمیایی و مکانیسم‌های واکنش مورد استفاده قرار می‌گیرد، "ChemDraw" است. این نرم‌افزار توسط شرکت "PerkinElmer" توسعه یافته و ابزاری قدرتمند برای دانشجویان، اساتید و پژوهشگران در زمینه شیمی، بیوشیمی و داروسازی محسوب می‌شود.

🧬 یکی از کاربرد‌های آن، امکان ترسیم پلیمرها، ترکیبات زیستی مانند DNA و پروتئین‌ها و همچنین شیمی‌ دارویی است که کار را برای زیست شناسان، راحت‌تر می‌کند. همچنین، امکان رسم ساختار‌های مولکولی، نمایش سه‌بعدی آن‌ها، محاسبه جرم مولکولی و درصد جرمی عناصر، دیگر کاربرد‌های این نرم‌افزار است.

🌎 به‌دلیل دقت بالا، رابط کاربری آسان و ابزارهای متنوع، "ChemDraw" به یکی از استانداردهای جهانی در طراحی و رسم ساختارهای شیمیایی تبدیل شده‌است. یادگیری این نرم‌افزار، به‌عنوان یک مهارت ارزشمند و کارآمد شناخته می‌شود؛ از این رو، دوره جامع بیوانفورماتیک در این زمینه، کمک‌کننده و روشنگر راه شما خواهد بود.

✏️ اَوین آسایش‌ فرد

「#بیوانفورماتیک #نرم‌افزار #ChemDraw #طراحی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

#معرفی_اساتید_دوره_مقدماتی

🔽 گذری به‌دنیای درمان‌های دقیق و شخصی‌سازی‌شده

📈 در گذشته، پزشکی بیش‌تر به روش‌های عمومی و یکسان برای همه بیماران متکی بود و توجه کم‌تری به تفاوت‌های فردی آن‌ها می‌شد. اما با ظهور پزشکی شخص‌محور (Personalized Medicine)، نیازها و ویژگی‌های شخصی بیماران مورد توجه قرار گرفته و این رویکرد به بهبود درمان و کیفیت زندگی آن‌ها کمک می‌کند.

✅ به‌دلیل هزینه و زمان بالای تحلیل ویژگی‌های فردی بیماری، پزشکی دقیق (Precision Medicine) به‌وجود آمد که با تمرکز بر تفاوت‌های فردی مانند ژنتیک و بیولوژیک هر فرد، درمان‌های مؤثرتری را ارائه می‌دهد و به بهبود نتایج درمانی کمک می‌کند.

⭐️ آکادمی بیوانفورماتیک ایران با همکاری اتحاد زیست‌شناسان ایران، فرصتی را برای شما عزیزان ایجاد کرده تا توسط اساتید برجسته چون دکتر ساجده باهنر، این مباحث به‌طور کامل آموزش ببینید. این دوره بی‌نظیر را از دست ندهيد.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔎 از نمونه‌های باستانی تا پرونده‌های جنایی؛ کاربرد علوم داده‌ها در شناسایی هویت

⬅️ پارت ۱: ترکیب داده‌ها با زیست

💉 تصور کنید با یک قطره خون بتوانید هویت افراد را شناسایی کنید، ویژگی‌های ظاهری آن‌ها را پیش‌بینی کنید یا حتی سابقه ژنتیکی‌شان را بازسازی کنید. این ایده دیگر متعلق به داستان‌های علمی‌تخیلی نیست؛ بلکه واقعیتی است که با ترکیب بیوانفورماتیک و دیپ لرنینگ امکان‌پذیر شده‌است.

🖊 بیوانفورماتیک، به‌عنوان علم تحلیل داده‌های زیستی، نقش کلیدی در آماده‌سازی و بررسی اطلاعات دارد. در همین حال، دیپ لرنینگ با الگوریتم‌های پیچیده خود، از داده‌های بزرگ یاد می‌گیرد و پیش‌بینی‌هایی با دقت شگفت‌انگیز ارائه می‌دهد. این دو فناوری در کنار هم، انقلاب بزرگی در حوزه تشخیص هویت به‌وجود آورده‌اند.

🔵 نمونه‌ای جذاب از این کاربردها، در بازسازی هویت‌های تاریخی است. در یک پروژه، پژوهشگران موفق به بازسازی DNA از بقایای استخوان‌های باستانی شدند و با کمک دیپ لرنینگ، ویژگی‌های احتمالی چهره و پیشینه افراد را تحلیل کردند. چنین فناوری‌هایی می‌توانند نه‌تنها در کشف هویت گمشده، بلکه در درک تاریخ بشر نیز تأثیرگذار باشند.

✏️ محمد قلیزاده

「#بیوانفورماتیک #Deep_Learning #تشخیص_هویت」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

👈 تلاقی علم و تولد؛ گامت‌های هوشمند

🤱 اخیراً، فناوری‌های مرتبط با سلول‌های بنیادی در حوزه باروری، پیشرفت چشم‌گیری داشته‌اند، به‌طوری‌که اولین تولد موفق از طریق استفاده از سلول‌های بنیادی به‌ثبت رسیده است. در این روش، سلول‌های بنیادی بالغ بازبرنامه‌ریزی شده و به گامت‌های مصنوعی تبدیل شدند که قابلیت بارورسازی تخمک را فراهم کرد.

💎 این دستاورد، می‌تواند راه‌حلی برای مشکلات ناباروری باشد و افق‌های جدیدی در درمان‌های باروری بگشاید. به‌ویژه، این فناوری در آینده می‌تواند برای افرادی که توانایی تولید گامت‌های طبیعی را از دست داده‌اند، امیدبخش باشد. 

🗝 بیوانفورماتیک نقش کلیدی در این پیشرفت ایفا کرده است. تحلیل داده‌های ژنتیکی و پروتئومیک برای شناسایی مسیرهای بیولوژیکی مؤثر در تمایز سلول‌های بنیادی ضروری بوده‌است. همچنین مدل‌سازی کامپیوتری و الگوریتم‌های یادگیری ماشین، برای بهینه‌سازی برنامه‌ریزی مجدد سلولی و پیش‌بینی موفقیت تبدیل سلول‌ها به گامت مورد استفاده قرار گرفته‌اند.

🔹 علاوه‌بر‌این، ارزیابی کیفیت گامت‌های تولیدشده و پیش‌بینی نتایج بالینی نیز برای تضمین ایمنی و کارایی این روش‌های نوین نقش حیاتی دارد.

🔍 Source

📝 اَوین آسایش فرد

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🦠 عملکرد هوش‌مصنوعی در مقابله با مقاومت ضدمیکروبی

❤️ هوش مصنوعی قادر است به‌طور روزانه، ارزیابی‌های دقیقی از مقاومت آنتی‌میکروبی بیماران در "ICU" ارائه دهد که در پیشگیری از سپسیس حیاتی است. محققان از این فناوری برای شناسایی عفونت‌های خونی و سنجش مقاومت آنتی‌میکروبی بهره می‌برند.

🖋 مقاومت ضدمیکروبی، فرآیندی است که در آن میکروارگانیسم‌ در برابر درمان‌ مقاومت می‌کند که چالشی بزرگ برای جهان به شمار می‌آید. الگوریتم‌های هوش‌مصنوعی، داده‌ها را تحلیل کرده تا الگوهای مقاومت و عوامل خطر شناسایی شوند. این رویکرد می‌تواند به نجات بیماران و بهبود نتایج درمان کمک کند.

💊 این روش، به پزشکان کمک می‌کند تا به طور سریع‌تر و دقیق‌تر عفونت‌ها را تشخیص داده و درمان‌های مؤثرتری را برای بیماران ارائه دهند. استفاده از ماشین لرنینگ راه جدیدی برای مقابله مقاومت ضدمیکروبی فراهم می‌کند.

🔗 اطلاعات بیشتر

👆 مریم ولی‌محمدی
🔍 فاطمه براری

「#بیوانفورماتیک #هوش_مصنوعی #Machine_learning #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

💎 داستان سرقتی بزرگ برای طراحی الماس‌های گران‌قیمت پروتئینی...

🔬 در دنیای میکروسکوپی، جایی که پروتئین‌ها مانند قطعات پنهانی حیات در هم تنیده‌اند، هوش مصنوعی وارد میدان شده‌است تا این رمزها را بشکند. با قدرتی نامرئی اما دقیق، دانشمندان اکنون قادرند به کمک این تکنولوژی، در ساختارهای ژنتیکی تغییراتی اساسی ایجاد و توالی‌های پروتئینی را بهینه‌سازی کنند. این بار، آن‌ها تنها ناظران طبیعت نیستند، بلکه طراحانی هستند که توالی‌های پروتئینی جدید را با ظرافتی شگرف بازنویسی می‌کنند.

💻 بهینه‌سازی توالی پروتئینی با هوش مصنوعی از طریق مدل‌های یادگیری عمیق مانند ترنسفورمرها، شبکه‌های عصبی گرافی "GNN" و مدل‌های مولد انجام می‌شود. ابتدا، توالی‌های آمینواسیدی به بردارهای عددی تبدیل شده و سپس مدل‌های ترنسفورمر با مکانیزم توجه چندسکویی، به شناسایی الگوهای پیچیده و ارتباطات میان اسیدهای آمینه می‌پردازند.

🔊 شبکه‌های عصبی گرافی، ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها را به‌عنوان گراف تحلیل می‌کنند و مدل‌های مولد مانند "GAN"ها و "VAEs"، توالی‌های جدیدی را براساس داده‌های پروتئینی تولید می‌کنند. آموزش این مدل‌ها با توابع هزینه پیچیده مثل کروس-انتروپی و "KL-divergence"، انجام شده و اعتبارسنجی آن‌ها از طریق شبیه‌سازی و آزمایش‌های تجربی بهبود می‌یابد.

🟡 اکنون آینده‌ای در حال شکل‌گیری است که در آن، پروتئین‌ها از محدودیت‌های طبیعی خود رها شده‌اند و تحت کنترل هوش مصنوعی، به‌صورت دقیق بهینه‌سازی می‌شوند. داروهای نوین و آنزیم‌های کاربردی، نتیجه این تلاش‌ها هستند؛ دنیایی که در آن، فناوری و زیست‌شناسی با هم پیوند می‌خورند تا مسیرهای جدیدی در درمان و نوآوری‌های زیستی گشوده شود.

💠 مهران عبادی

「#بیوانفورماتیک #طراحی_پروتئین #GNN #هوش_مصنوعی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

#تکنیک_کاربردی

🔥 ارزشیابی اساتید رو در چند ثانیه انجام بده...!

🏷 یکی از رو مخ‌ترین کارها نزدیک امتحانات، دریافت کارت امتحان و پرکردن فرم ارزشیابی اساتید هست. ولی می‌تونید این کار رو در چندثانیه و بدون دردسر انجام بدید!

1️⃣ روی صفحه ارزشیابی اساتید، راست‌کلیک کنید و "Inspect" رو بزنید.

2️⃣ در پنجره بازشده، روی سه نقطه بالا سمت راست کلیک کنید و در قسمت "Dock side"، حالت افقی رو انتخاب کنید.

3️⃣ سپس به بخش "Console" رفته و آیکون 🚫 را بزنید تا کدهای اضافی حذف بشن.

4️⃣ درنهایت، کد زیر رو کپی کنید و اینتر بزنید:

const buttons = document.querySelectorAll("[title='قابل قبول']");
buttons.forEach(button => {
  button.click();
});

5️⃣ اگر می‌خواید همه گزینه‌ها "خوب" یا هرچیزی که می‌خواید تیک بخوره، کلمه یا عدد مدنظرتون رو جایگزین کنید.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📃 کاتالوگ سمپوزیوم آنلاین تازه‌های ژن‌درمانی در علوم پایه و پزشکی

📌این رویداد، در ۲۷ مهرماه ساعت ۱۹

✨ و با حضور جمعی از اساتید برجسته این حوزه، برگزار شد.

┏━━━━━━
     🆔 @UIBiologists🌱💡
┗━━━━━━

🖥 دیتابس PreDigs، کاربردی در تومورهای دستگاه گوارشی

📋 سرطان‌های گوارشی، ازجمله سرطان‌های مری، معده، کبد، پانکراس و کولورکتال، بیش‌از ۵۰٪ از مرگ‌ومیر مرتبط با سرطان در جهان را تشکیل می‌دهند. محققان، دیتابیسی به‌نام "PreDigs" ایجاد کرده‌اند که ۱۲۴ مجموعه داده "scRNA-seq"، متناسب با بیش از ۳/۴ میلیون سلول را برای دانلود در دسترس قرار می‌دهد.

📊 ازطریق تجزیه و تحلیل یکپارچه داده‌های گوارشی "PreDigs"، دانشمندان زیرجمعیت‌های سلولی متمایز منحصر به تومورها را شناسایی کرده‌اند که یکی از آن‌ها مربوط به سلول‌های اندوتلیال خاص تومور (TEC) است. علاوه بر این، "PreDigs"، ابزارهای حاشیه نویسی سلولی آنلاین را در خود دارد که به کاربران امکان مشاهده طبقه‌بندی تک سلولی را می‌دهد.

😀 همچنین کل نتایج تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک در "PreDigs" توسط اسکریپت‌های R داخلی تولید شده‌است. تحقیقات بر نشانگرهای نوع سلولی به محققان در کشف ترکیبات سلولی متنوع در تومورهای گوارشی کمک می‌کند و درک آن‌ها را در رابطه با پیشرفت بیماری و پاسخ به درمان را افزایش می‌دهد.

🔗 اطلاعات بیشتر

🖊 سهیلا سلحشورفرد

「#بیوانفورماتیک #خبر #database #bioinformatic #پایگاه_داده」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📜 مروری جامع بر پیشرفت‌های اخیر در پیش‌بینی‌ تمایل اتصال دارو به هدف بر‌اساس Deep Learning

✍️ ژورنال: Frontiers in Pharmacology
(ضریب انتشار: ۴/۴)

🗓 سال انتشار: ۲۰۲۴

「#بیوانفورماتیک #دارو #Deep_Learning #معرفی_مقاله 」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📣خبر خوب برای شرکت‌کنندگان دوره جامع بیوانفورماتیک؛ از صفر تا تسلط
(بخش اول: مقدمات بیوانفورماتیک)


⭐ظرفیت کارآموزی رایگان این دوره، به ۷۰ نفر افزایش پیدا کرد⭐


برای دریافت اطلاعات بیشتر و کد تخفیف ویژه اتحاد، به آیدی زیر پیام دهید:⤵️

🔵 @bioinfoetehad

┏━━━━━━ 
     🆔 @UIBiologists🌱💡 
┗━━━━━━

🔴 از جست‌وجو تا تحلیل و اشتراک‌گذاری با "GEO"

🔵 دیتابیس "GEO"، یک پایگاه‌داده عمومی است که توسط مؤسسه ملی ژنوم انسانی (NCBI) اداره می‌شود. GEO داده‌های مرتبط با ریزآرایه‌های DNA، توالی‌های RNA، داده‌های بیان ژن و سایر اطلاعات مرتبط با ژنومیک را به اشتراک بگذارند.

🔍 این پایگاه‌داده، به محققان امکان می‌دهد تا داده‌ها را به‌طور مؤثر بررسی و مقایسه کنند. هم‌چنین با داشتن رابط کاربری مناسب و ابزارهایی مانند "GEO2R" برای تحلیل مقایسه‌ای، دسترسی به اطلاعات پیچیده ژنومی را تسهیل می‌کند.

↘️ برای کار با دیتابیس GEO، مراحل زیر معمولاً طی می‌شود:

1️⃣جست‌وجوی داده‌ها: برای یافتن داده‌ها، می‌توانید از صفحه اصلی GEO در وبسایت NCBI استفاده کنید. جست‌وجو براساس کلمات کلیدی (مانند نام ژن، نوع بیماری، یا نوع سلول) امکان‌پذیر است.

2️⃣دریافت و تحلیل داده‌ها: بعد از یافتن داده‌های مرتبط، می‌توانید اطلاعات مربوط به هر پروژه یا آزمایش را مشاهده کرده و داده‌های خام یا پردازش‌شده را دانلود کنید. برای تحلیل ومقایسه داده‌ها، می‌توانید از ابزارهای داخلی GEO مانند "GEO2R" استفاده کنید.

3️⃣بارگذاری داده‌ها: اگر شما داده‌های جدیدی از آزمایش‌های خود دارید و می‌خواهید آن‌ها را در GEO به اشتراک بگذارید، می‌توانید داده‌‌های خود را از طریق "Submission Portal" بارگذاری کرده و فرم‌های مربوطه را پر کنید تا با تایید داده‌ها، در دسترس دیگر محققان قرار بگیرد.

🏆 با استفاده از این ابزارها و امکانات، دیتابیس GEO به یک منبع قدرتمند برای تحلیل و مقایسه داده‌های بیان ژن تبدیل شده‌است‌.

✏️ محمد قلیزاده

「#بیوانفورماتیک #GEO #دیتابیس #NCBI」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔆 آموزش کامل نرم‌افزار GEO

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group