🧬 کاتالوگ ژنوم تنفسی انسان، زیربنای میکروبیوم تنفسی

📌 مطالعات نشان می‌دهند که میکروب‌های گسترده در دستگاه تنفسی انسان، در حفظ سلامت تنفسی نقش دارند. نکته قابل توجه درمورد این میکروبیوم‌، این است که هیچ کاتالوگ ژنوم تنفسی جامعی (RGC) برای مطالعه میکروبیوم وجود ندارد. دراین مطالعه داده‌های توالی‌یابی شاتگان کل متاژنوم را جمع‌آوری کرده‌اند.

👨‍🌾 برای توالی‌یابی نسل بعد، از نرم‌افزار "prinseq++" برای انجام فیلترینگ با کیفیت روی تمام داده‌های توالی‌یابی نسل بعدی استفاده کرده‌اند. سپس برای مونتاژ داده‌های توالی نسل بعدی متاژنومی، عمدتاً از نرم‌افزار و پایگاه‌های داده ادغام شده در "MetaWRAP" استفاده و در نهایت بالاترین کیفیت را در مونتاژ انتخاب و ادغام کرده‌اند.

💻 کاتالوگ ژنوم تنفسی جامع، تحقیقات میکروبی تنفسی را با ارائه داده‌های ژنومی با کیفیت بالا و گسترده افزایش داده و دقت بالاتری برای تشخیص عفونت تنفسی نشان می‌دهد. با این‌حال، در بازیابی قارچ‌ها، باستانی‌ها و ویروس‌ها محدودیت‌هایی دارد. به‌طور کلی "RGC"، به‌عنوان یک منبع کلیدی برای تحقیقات و کاربردهای بالینی عمل می‌کند.

🔹 اطلاعات بیشتر

🖊 سهیلا سلحشورفرد
🔍 مهدی قربانی

「#بیوانفورماتیک #ژنوم #میکروبیوم #توالی‌یابی #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

❗️ ریویوی سیستمیک از رویکرد‌های محاسباتی در درک زیست‌شناسی سرطان، برای تغییر کاربرد آگاهانه دارو

📌 ژورنال: Journal of Biomedical Informatics
(ضریب تاثیر: ۴)

🗓 سال انتشار: ۲۰۲۳

「#بیوانفورماتیک #دارو #زیست‌شناسی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🏹 یک تیر و دو نشان برای ماشین لرنینگ
پارت ۲

✅ در پارت قبلی، روش "Synthetic Lethality" را به‌عنوان روشی مؤثر برای درمان هدفمند سرطان معرفی کردیم و به بیان اهمیت مدل‌های ماشین لرنینگ، برای دستیابی به این هدف پرداختیم. در این پارت، به‌طور اختصاصی با اهمیت‌ترین مدل را در این تعاملات مورد بررسی قرار می‌دهیم.

🔔 مدل "SLMGAE"، یکی از پیشرفته‌ترین مدل‌های ماشین لرنینگ برای پیش‌بینی تعاملات مرگ و میر مصنوعی سرطان است. این مدل داده‌های ژنتیکی را به‌صورت گراف، نمایش می‌دهد که در آن گره‌ها نماینده ژن‌ها و لبه‌ها معرف تعاملات مرگ و میر مصنوعی هستند.

📌 این مدل با کمک دو دستیار حرفه‌ای کار خود را به پیش می‌برد:
1️⃣ بخش "Autoencoder": این بخش با استفاده از چندین گراف خودرمزگذار، داده‌های منابع خاص را بازسازی می‌کند.
2️⃣ مکانیسم توجه "Attention": این مکانیسم وزن‌های متفاوتی به منابع مختلف داده اختصاص می‌دهد و داده‌های بازسازی‌شده را برای پیش‌بینی تعاملات ترکیب می‌کند.

👨‍👨‍👧‍👧 مطالعات نشان‌دهنده دقت بالای مدل SLMGAE نسبت‌به سایر مدل‌ها است، چرا که تعاملات ناشناخته مرگ و میر مصنوعی را که اغلب از دید آزمایش‌های تجربی پنهان می‌مانند، شناسایی می‌کند. همچنین به‌کارگیری شبکه‌های پروتئین-پروتئین (PPI) و "Gene Ontology"، این مدل را به ابزاری ارزشمند در زیست‌شناسی محاسباتی تبدیل کرده است.

🖊 زهرا مفیدی


「#بیوانفورماتیک #Machine_learning #هوش_مصنوعی #Synthetic_Lethality」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

💀 جنگ علیه بشریت ☠️

🎥 | نام فیلم: «اطلس ۲۰۲۴»
🎥 | ژانر: اکشن، درام، علمی_تخیلی، ماجراجویی

🌟 | امتیاز IMDB: ‏۶/۵ از ۱۰
🇺🇸 | محصول کشور: امریکا

💭 | داستان در آینده‌ای تیر و تار روایت می‌شود، زمانی که یک سرباز هوش مصنوعی به این نتیجه می‌رسد که برای پایان یافتن جنگ، باید نسل بشر را نابود کند. در سال ۲۰۴۳ هارلن، یک تروریست انسان‌نما و حاصل هوش مصنوعی است که جنگ ماشین‌ها علیه انسان‌ها را رهبری می‌کند؛ جنگی که باعث مرگ میلیون‌ها انسان شده‌است.

「#معرفی_فیلم #هوش_مصنوعی #سینمایی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🌾 بذر هوشمند
پارت ۲: ابزارهای ویرایش ژنوم و کشاورزی

🧬 ویرایش ژنوم، از طریق ابزارهایی مانند “CRISPR-CAS9” و “TALENs” انجام می‌شود. کریسپر یکی از شناخته‌شده‌ترین ویرایشگرهای ژنوم است که جایزه نوبل به خالقان آن تعلق گرفته است. این ابزار به‌دلیل دقت و کارایی بالا، نقش مهمی در پیشبرد بیوتکنولوژی کشاورزی ایفا می‌کند.

⬅️ یکی دیگر از ابزارهای کاربردی TALENs است که برای تولید اولین گیاه اصلاح‌شده ژنتیکی تجاری در ایالات متحده استفاده شد؛ این گیاه سویا قادر به تولید روغنی سالم‌تر به‌عنوان جایگزین روغن‌های هیدروژنه است.

📎 اگر به‌دنبال آشنایی با این فناوری پیشرفته و ایفای نقشی مؤثر در توسعه کشاورزی پایدار هستید، دوره جامع بیوانفورماتیک بهترین فرصت برای یادگیری و ورود به این حوزه هیجان‌انگیز است.

🔹Source

✏️ نگین رحیمی

<پارت قبلی

「#بیوانفورماتیک #ابزار_ویرایش_ژنوم #کشاورزی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🌍 سفری به اعماق تکامل با قدرت بیوانفورماتیک!

🤡 با ظهور فن‌آوری‌های جدید، داده‌های بیش‌تری در دسترس محققین قرار گرفته‌است. علم بیوانفورماتیک، رویکردی قدرتمند است که تحقیقات بیولوژیکی را متحول کرده است.

🧿 با ما همراه شوید و به‌دنیای شگفت‌انگیز بیوانفورماتیک وارد شوید.

🥄 زهرا مفیدی
🎙 سودا یکتایی

「#بیوانفورماتیک #تحلیل_داده #علم_مدرن #فرصت_آموزشی #پیشرفت_علمی #هوش_مصنوعی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔹 از ژن‌ها تا قوانین طبیعت: جادوی همگرایی بیوانفورماتیک و فیزیک

🖥 بیوانفورماتیک و فیزیک، دو حوزه علمی که در نگاه اول ممکن است جدا از هم به‌نظر برسند، اما در بسیاری از نقاط با یکدیگر تلاقی پیدا می‌کنند و به درک عمیق‌تر پدیده‌های زیستی کمک می‌کنند. بیوانفورماتیک، به تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی از طریق روش‌های محاسباتی می‌پردازد، در حالی که فیزیک اصول بنیادین حاکم بر جهان را بررسی می‌کند.

🌟 در این تلاقی، ابزارهای فیزیکی مانند دینامیک مولکولی و مکانیک کوانتومی برای شبیه‌سازی رفتار مولکول‌های زیستی مانند پروتئین‌ها و DNA به‌کار گرفته می‌شوند. این تعامل به دانشمندان، امکان می‌دهد تا ساختارها و عملکردهای زیستی را در سطح مولکولی با دقت بیشتری مطالعه کنند.

🧬 از سوی دیگر، مفاهیمی همچون ترمودینامیک و سینتیک در فیزیک برای مدل‌سازی فرآیندهای زیستی از جمله تاخوردگی پروتئین، تعاملات زیست‌مولکولی و انتقال سیگنال‌های زیستی در بیوانفورماتیک بسیار کاربردی است‌.



⬅️ این همگرایی میان بیوانفورماتیک و فیزیک، افق‌های جدیدی در تحقیقات زیستی گشوده و در زمینه‌هایی مانند طراحی دارو، زیست‌شناسی محاسباتی و پزشکی شخصی تأثیرات چشمگیری ایجاد کرده است.

👤 فاطمه داورزنی

「#بیوانفورماتیک #فیزیک #جادوی_همگرایی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🤔 متاژنومیکس: کلید درک زندگی میکروسکوپی

🧬 متاژنومیکس (Metagenomics)، شاخه‌ای از زیست‌شناسی است که به مطالعه مجموعه‌های ژنتیکی موجود در محیط‌های طبیعی، به بررسی و تحلیل DNA جمعی از میکروارگانیسم‌ها در یک محیط مانند خاک، آب، روده انسان یا هر محیط زیستی دیگر می‌پردازد.

👍 این رشته به محققان این امکان را می‌دهد تا بدون نیاز به کشت یا جداسازی میکروارگانیسم‌ها، اطلاعات گسترده‌ای از تنوع ژنتیکی و کارکردهای موجودات میکروسکوپی در یک محیط خاص به‌دست آورند. ابزارهای نوین، مانند توالی‌یابی نسل جدید (NGS)، امکان مطالعه این داده‌های ژنتیکی را در مقیاس وسیع فراهم کرده‌اند.

「#بیوانفورماتیک #سرفصل_دوره_مقدماتی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🌿 مسیری هموار به‌سوی موفقیت حرفه‌ای

⬅️ یادگیری مهارت‌های عملی، تکمیل‌کننده مسیر آموزش و دریچه‌ای برای درک عمیق‌تر دانشی است که فرا گرفته‌ایم. اگر علاقه‌مند هستید که در کنار یادگیری آموزش‌های تئوری بیوانفورماتیک، دانش خود را در این زمینه محک بزنید، کارآموزی دوره جامع بیوانفورماتیک، راهنمای شما برای ورود به یک دنیای حرفه‌ای است!

🔴 در این دوره، با بهره‌گیری از یک کارآموزی جامع و ارزشمند، فرصت خواهید داشت تا با ابزارهای پیشرفته‌ای مانند R و پایتون آشنا شوید و مهارت تحلیل مقالات علمی بین‌المللی را به‌دست آورید. این ترکیب منحصر‌به‌فرد از دانش و تجربه عملی، شما را برای مواجهه با چالش‌های پیچیده پژوهشی و ورود به عرصه‌های شغلی آینده آماده می‌کند.

✔️ این برنامه کارآموزی رایگان، در اختیار ۷۰ نفر برتر آزمون دوره بیوانفورماتیک قرار می‌گیرد تا در فضایی عملی، مفاهیم کلیدی بیوانفورماتیک را به‌طور مستقیم لمس کنند. همچنین، ارتباطات حرفه‌ای و فرصت شبکه‌سازی در این دوره، می‌تواند سکوی پرتابی برای آینده شغلی شما باشد.

🏆 اگر به دنبال تجربه‌ای ارزشمند و متمایز هستید، به دوره جامع بیوانفورماتیک ما بپیوندید و مهارت‌های خود را به سطح بالاتری ارتقا دهید!

✨ @ir_bioinf_academy_admin

👤 زهرا مفیدی

「#بیوانفورماتیک #دوره #کارآموزی #مقدماتی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

✈️ فنون جست‌وجوی نظام‌مند در بیوانفورماتیک

📤 این مبحث ابزارهای مهمی هستند که از آن‌ها برای جست‌وجو، تجزیه و تحلیل اطلاعات ژنتیکی و مولکولی استفاده می‌شود. این فنون اهمیت زیادی در این حوزه دارد و به محققان و دانشجویان بیوانفورماتیک، کمک می‌کنند تا به‌عنوان یک منبع اصلی برای پیدا کردن اطلاعات علمی و تولید داده‌های مورد نیاز برای تحقیقات خود، استفاده کنند.

⚡️ این فنون ارزشمند، نه تنها کیفیت تحقیقات بیوانفورماتیکی را ارتقا می‌دهند، بلکه در پیشرفت‌های علمی و پزشکی نیز تأثیر بسزایی دارند.

「#بیوانفورماتیک #سرفصل_دوره_مقدماتی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

⚙️ تلاقی علم کامپیوتر و بیوانفورماتیک؛ یک همگرایی نوآورانه

❔ چگونه می‌توانیم دنیای پیچیده‌ی داده‌های زیستی را با قدرت الگوریتم‌ها و پردازش‌های کامپیوتری در هم آمیزیم تا رازهای ژنتیکی و پروتئینی را کشف کنیم؟ آیا می‌توانیم پیوندی میان علم کامپیوتر و بیوانفورماتیک برقرار کنیم تا بشریت را با دنیای جدیدی از دانش و نوآوری آشنا کنیم؟

🚛 این حوزه بر پردازش حجم عظیمی از داده‌های ژنتیکی و پروتئینی تمرکز دارد که از فناوری‌های پیشرفته توالی‌یابی ژنوم به‌دست می‌آیند. علم کامپیوتر با ارائه الگوریتم‌های پیچیده، یادگیری ماشین و تکنیک‌های ذخیره‌سازی داده‌ها، امکان استخراج اطلاعات معنادار و کشف الگوهای زیستی را فراهم کرده است.

📈 کاربردهایی مانند شناسایی توالی‌های ژنتیکی، تحلیل جهش‌ها و پیش‌بینی ساختارهای پروتئینی از جمله نتایج این تلاقی هستند که در کشف داروهای جدید و تشخیص بیماری‌های ژنتیکی نقشی کلیدی دارند.

🔴 این همکاری بین‌رشته‌ای نه‌تنها به پیشرفت علوم زیستی و پزشکی کمک کرده، بلکه راه‌حل‌هایی برای چالش‌های جهانی مانند بیماری‌های عفونی، سرطان و تغییرات زیست‌محیطی ارائه داده‌است.

📌 استفاده از داده‌های کلان و فناوری‌های پردازش ابری، سرعت و دقت پژوهش‌ها را افزایش داده و افق‌های جدیدی در علم و فناوری گشوده است. در نتیجه، این تلاقی علمی، پلی میان داده‌های زیستی و کشفیات علمی تبدیل شده‌است که تأثیرات عمیقی بر دانش بشر و بهبود کیفیت زندگی دارد.

📌 Source

✈️ اَوین آسایش فرد

「#بیوانفورماتیک #کامپیوتر #بین‌رشته‌ای #داده‌های_زیستی 」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🪄 یک قدم تا خلق تحول در داده‌های بیولوژیکی

🔵 داده‌کاوی در زیست‌شناسی، به‌ویژه از طریق بیوانفورماتیک، یک زمینه در حال تکامل است که از تکنیک‌های محاسباتی برای تجزیه و تحلیل و تفسیر مقادیر زیادی از داده‌های بیولوژیکی استفاده می‌کند. داده‌کاوی در بیوانفورماتیک شامل استخراج اطلاعات مفید از مجموعه داده‌های بیولوژیکی بزرگ است.

✅ با ظهور فن‌آوری‌های جدید، داده‌های بیش‌تری در دسترس محققین قرار گرفته‌است. داده‌کاوی در بیوانفورماتیک یک رویکرد قدرتمند است که تحقیقات بیولوژیکی را متحول کرده است و همچنان بینش‌های مهمی را در مورد مکانیسم‌های پیچیده زندگی ارائه می‌دهد.

☑️ اگر به یادگیری این حوزه علاقه‌مند هستید، دوره جامع بیوانفورماتیک فرصتی عالی برای شماست. با حضور متخصصان، می‌توانید مهارت‌های خود را در این زمینه ارتقا دهید. همین حالا ثبت‌نام کنید و به جمع دانشجویان این دوره ارزشمند بپیوندید!

「#بیوانفورماتیک #سرفصل_دوره_مقدماتی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔹 از توالی‌های تک سلولی به "multi-omics"

✅ توالی‌یابی تک سلولی، وضوح بی‌سابقه‌ای را برای شناسایی اتصال چند سلولی و ناهمگنی فراهم می‌کند. فن‌آوری‌های "Multi-omics" به "scRNA-seq" قدرت داده‌اند تا از محدودیت‌های اصلی مرتبط با تکیه بر پروفایل‌های بیان ژن رونویسی عبور کند.

🔬 در بررسی حاضر فناوری‌های رو‌به‌رشد زیست‌شناسی محاسباتی، گام بزرگ دیگری در جهت کشف و رمزگشایی اسرار درون مجموعه داده‌های چند بعدی است. این ابزارهای بیوانفورماتیکی مجموعه داده‌ها را از روش‌های مختلف پیوند می‌دهند، عملکرد داده‌ها را در انواع سلول‌های مختلف بهتر می‌کنند و طیف وسیعی از اطلاعات را، از طریق مدل‌سازی ریاضی و روش‌های هوش مصنوعی ارائه می‌دهند.

📊 در مجموع، روش‌های چند omics تک سلولی، اساساً ابزارهایی را برای کشف منابع غنی و درک عملکرد درونی فرآیندهای بیولوژیکی در سطح تک سلولی گسترش داده‌اند. با توجه به مطالعات چند omics، در آینده به بررسی تحقیقات بیولوژیکی و اقدامات بالینی متعدد کمک خواهد کرد، این فناوری‌ها به ابزار استاندارد برای مطالعات زیست‌شناسی سلولی‌مولکولی تبدیل خواهند شد.

🖇 اطلاعات بیشتر

👆 سهیلا سلحشورفرد

「#بیوانفورماتیک #multi_omics #توال‌یابی #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group