🔍 پیش‌بینی ساختارهای پروتئین و برهمکنش‌های بیولوژیکی

📌 آلفافولدAlphaFold) 3)، جدیدترین نسخه از مدل هوش مصنوعی است که این مدل با تکیه بر موفقیت‌های مد‌ل‌های پیشین خود، نه تنها با پیش‌بینی ساختارهای سه‌بعدی پروتئین‌ها بلکه با ترسیم نحوه تعامل این پروتئین‌ها با سایر مولکول‌های زیستی مانند DNA ،RNA، یون‌ها و مولکول‌های کوچک، به فعالیت خود ادامه می‌دهد.

✅ این قابلیت برای درک فرآیندهای بیولوژیکی پیچیده و تسریع در طراحی دارو ضروری است. یکی از پیشرفت‌های قابل توجه در آلفا فولد ۳ توانایی آن در پیش‌بینی برهمکنش بین پروتئین‌ها و طیف گسترده‌ای از مولکول های دیگر است که می‌تواند به طراحی داروهای جدید و درک بیماری‌ها در سطح مولکولی کمک کند.

📖 نمونه‌برداری از حالت‌های مختلف ساختاری گیرنده‌های "P2X" با استفاده از AlphaFold 3 می‌تواند درک ما از این پروتئین‌های منحصربه‌فرد را که نقش مهمی در فرآیندهای فیزیولوژیکی مختلف بازی می‌کنند، متحول کند.

「#بیوانفورماتیک #دانستنی #AlphaFold3 #هوش_مصنوعی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🖥 شرکت‌کنندگان "دوره جامع بیوانفورماتیک"

📌 جلسه پنجم دوره، امروز ساعت ۱۹ برگزار خواهد شد.

🕖 لطفا ساعت ۱۸:۴۵ از طریق پنل کاربری خودتون وارد کلاس شوید.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔖 راز ۳۷ ژن کلیدی مرتبط با سلامت باروری و افزایش طول عمر

🖱 با استفاده از کاتالوگ "GWAS"، محققان موفق شدند ۳۷ ژن کلیدی مرتبط با ویژگی‌های تولید مثلی مانند سن اولین زایمان، زمان یائسگی و سطح هورمون‌ها را شناسایی کردند.

📣 قابل ذکر است که ژن "FSHB" با پیامدهای باروری مختلف، مرتبط است و نقش آن در سلامتی و پیری و تولید مثل را پررنگ می‌کند. این مطالعه تأثیر ژنتیک بر باروری و نتایج گسترده‌تر سلامتی مانند شاخص توده بدنی (BMI)، چاقی، سرطان‌های حساس به هورمون و ویژگی‌های روان‌پزشکی تأکید دارد.

🧬 همچنین پژوهشگران توانستند ارتباط بین ژن‌های تولیدمثلی و طول عمر را مورد بررسی قرار دهند و ژن‌هایی مانند "ESR1" را دریابند که با ویژگی‌های تولیدمثلی و خطر سرطان، مرتبط هستند. ژن‌های دیگری از جمله "FTO" نیز با خطر چاقی و ویژگی‌های مختلف تولید مثلی ارتباط دارد.

✔️ ژنتیک باروری در آقایان، مورد بررسی قرار گرفت و ژن‌هایی مانند "DNAH2" را شناسایی کردند که بر سطح تستوسترون و عملکرد اسپرم تأثیر دارند. علاوه‌براین، بررسی‌ها نشان می‌دهند که چگونه تغییرات ژنتیکی در والدین می‌تواند از طریق جهش‌های جدید (de novo)، نسل‌های آینده را تحت تأثیر قرار دهد.

🔹 اطلاعات بیشتر

✒️ مهدی احمدی‌فر
🔎 روشنک رشیدی

「#بیوانفورماتیک #gene #تولید_مثل #سرطان #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔻شرکت‌کنندگان گرامی "دوره جامع بیوانفورماتیک"

✅ محتوای ویدیویی و صوتی به همراه اسلاید جلسه پنجم دوره در پنل کاربری شما قرار گرفت.

🎥 شما می‌توانید از مسیر زیر به ویدیو و فایل صوتی دسترسی پیدا کنید:

⬅️ پنل کاربری، دوره‌های من، دوره جامع بیوانفورماتیک، جلسات

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

☑️ قدرت شگفت‌انگیز مولکول‌های کوچک در سلامت!

🌿 تحقیقات جدید نشان می‌دهد که سطح برگ‌های گیاهان، پوشیده از RNAهایی است که جوامع میکروبی این سطوح را تعیین می‌کنند.‌ این RNAها، علاوه‌بر تأثیر بر سلامت گیاه، ممکن است بر میکروبیوم روده انسان نیز اثر بگذارند؛ به‌ویژه زمانی‌که در وعده‌های غذایی از برگ‌هایی مانند سالاد استفاده می‌کنیم.

⭐️ Source

✍️ زهرا مفیدی

「#بیوانفورماتیک #دانستنی #میکروبیوم」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🦴 نبردی در دل استخوان‌ها

🦴 سرطان استخوان (OSA)، شایع‌ترین بدخیمی استخوان در نوجوانان است که با پتانسیل متاستاز به ریه‌ها، تاثیر چشمگیری بر کاهش نرخ بقای پنج‌ساله بیماران دارد. میتوفاژی دارای نقش دوگانه‌ای در پیشرفت سرطان است و علاوه‌بر جلوگیری از تومورزایی، به متاستاز نیز کمک کند.

📌 زیست‌شناسان با استفاده از "sc-RNA seq" و روش‌های "CRISPR-Cas9"، ویژگی‌های ژنتیکی مرتبط با میتوفاژی را شناسایی کرده‌اند.

⚡️ از "SecRNA_seq"، برای بارگذاری داده‌ها در R استفاده شده و برای تحلیل سلول‌های منفرد، داده‌های مقیاس شده را به‌دست آورده‌اند.

🔗 از غربالگری "CRISPRCas9"، امکان حذف ژن با توان بالا فراهم شده و توسعه MIP_score می‌تواند به درمان‌های شخصی‌سازی‌شده، ارزیابی پیش‌آگهی و شناسایی اهداف درمانی و درنتیجه به پیشرفت پزشکی دقیق در مدیریت بالینی OSA کمک کند.

🔬 شناسایی ژن‌های میتوفاژی به‌عنوان اهداف درمانی آینده‌نگر، در هر دو سطح ترانسکریپتومیک و پروتئومیک می‌تواند پیامدهای بالینی قابل توجهی داشته‌ باشد و طبقه‌بندی بیماران "OSA" را با استفاده از "MIP_score" برای استراتژی‌های درمانی بهینه و بهبود نتایج پیش‌آگهی تسهیل کند.

🔹 یافته‌های محققان نشان می‌دهد که چگونه میتوفاژی به‌طور مستقیم در ارتباط سلولی بین سلول‌های OSA استئوبلاستیک و سایر سلول‌های موجود در ریزمحیط تومور و بر متاستاز تومور اثر دارد.

✔️ Source

✏️ آیناز نصیری

「#بیوانفورماتیک #OSA #مهندسی_ژنتیک #سرطان」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🌿 شرکت کنندگان عزیز دوره جامع بیوانفورماتیک

🔴 جلسه ششم دوره، امروز ساعت ۱۸:۳۰ برگزار خواهد شد.

🔴 مهم: جلسات دکتر سیاوش کاووسی نیم ساعت زودتر شروع شده و از ساعت ۱۸:۳۰ تا ۱۹ تایم رفع اشکال از جلسات قبلی است.

🔴 زین پس فقط از طریق پنل کاربری خود می‌توانید در کلاس شرکت کنید.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔗 شناسایی لیگاندها درنقشه‌های "CryoEM" به‌ وسیله Deep learning

🔬 شناسایی دقیق لیگاندها، نقش مهمی در فرآیند طراحی دارو با هدایت ساختار ایفا می‌کند. براساس نقشه‌های چگالی از پراکندگی پرتو x یا میکروسکوپ الکترونی نمونه برودتی (cryoEM)، دانشمندان بررسی می‌کنند که آیا لیگاندهای مولکول کوچک به مکان‌های فعال مورد نظر متصل می‌شوند یا خیر. 

📍 با این‌حال، تفسیر نقشه‌های چگالی چالش برانگیز است و جهت‌یابی شناختی، گاهی اوقات می‌تواند محققان را در مدل‌سازی ترکیبات ساختگی گمراه کند. استفاده از Deep Learning برای شناسایی لیگاندها در نقشه‌های اشعه x و "cryoEM"، نتایج امیدوارکننده‌ای را نشان می‌دهد اما با چالش‌هایی نیز مواجه است.

🩸 این رویکرد یادگیری جدید در مقایسه با روش‌های موجود در داده‌های اشعه x، عملکرد بهتری دارد و اولین رویکردی است که لیگاندها را در cryoEM شناسایی می‌کند. اعتبار سنجی لیگاندهای cryoEM هنوز در حال توسعه است و معیارهای موجود مانند "Q-score"، نیاز به ابزارهای اعتبارسنجی بیش‌تری دارند.

✉️ اطلاعات بیشتر

✏️ سهیلا سلحشورفرد

「#بیوانفورماتیک #Deep_Learning #اشعهx #خبر 」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📢 شرکت‌کنندگان گرامی "دوره جامع بیوانفورماتیک"

◀️ محتوای ویدیویی و صوتی به همراه اسلاید جلسه ششم دوره در پنل کاربری شما قرار گرفت.

🎙️ شما می‌توانید از مسیر زیر به ویدیو و فایل صوتی دسترسی پیدا کنید:

➖ پنل کاربری، دوره‌های من، دوره جامع بیوانفورماتیک، جلسات

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📔 درخت زندگی، میکروبیولوژی و هوش مصنوعی: ارتباطی شگفت‌انگیز

✅ درخت زندگی نشان‌دهنده‌ی روابط تکاملی بین تمام موجودات زنده است؛ از ساده‌ترین باکتری‌ها تا پیچیده‌ترین جانداران چندسلولی. سیستمی پویا که به‌طور مداوم تکامل می‌یابد و گونه‌های جدیدی در آن ظاهر می‌شوند. میکروبیولوژی، که به مطالعه‌ی موجودات میکروسکوپی می‌پردازد، نقش کلیدی در درک این درخت دارد و تنوع گسترده‌ی باکتری‌ها و ویروس‌هایی را که اکوسیستم‌ها و حتی سلامت انسان را شکل می‌دهند، آشکار می‌سازد.

🧠 میکروبیولوژی به روش‌های مختلفی بر هوش مصنوعی تأثیر گذاشته است. امروزه از هوش مصنوعی برای تجزیه‌وتحلیل داده‌های عظیم ژنتیکی استفاده می‌شود و این امر به دانشمندان کمک می‌کند گونه‌های میکروبی جدیدی کشف کنند. از سوی دیگر، مطالعه‌ی هوش میکروبی، یعنی نحوه‌ی ارتباط و سازگاری باکتری‌ها، الهام‌بخش الگوریتم‌های هوش مصنوعی مانند شبکه‌های عصبی بوده است.

💫 ارتباط بین این سه حوزه نوید آینده‌ای هیجان‌انگیز را می‌دهد. ممکن است به کشف گونه‌های جدید یا مهندسی ارگانیسم‌های مصنوعی منجر شود. همان‌گونه که میکروب‌ها به‌طور نامرئی زیست‌کره را شکل می‌دهند، هوش مصنوعی نیز می‌تواند به‌عنوان یک کاتالیزور عمل کرده و کاوش ما در شبکه‌ وسیع و پیچیده‌ی حیات را تسریع کند. این سه حوزه، با هم، درحال بازنویسی درک ما از حیات هستند.

📎 Source

✍️ اَوین آسایش فرد

「#بیوانفورماتیک #میکروبیولوژی #درخت_زندگی #AI」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📌 کاربرد طیف‌سنجی در اندازه‌گیری پروتئین

📏 اندازه‌گیری دقیق بیان پروتئین برای توسعه درمان‌های ژنی حیاتی است، اما روش‌های سنتی به‌دلیل محدودیت حساسیت و دقت، نتایج قابل اعتمادی ارائه نمی‌دهند. طیف‌سنجی حرکتی یونی (IMS) با حساسیت بالا و توانایی تمایز ترکیبات مشابه، اندازه‌گیری پروتئین‌ها را در محیط‌های پیچیده زیستی ممکن می‌سازد.

📈 روش IMS در تحلیل نمونه‌های پیچیده‌ای مانند خون و بافت، عملکرد قابل‌توجهی دارد و خطاهای ناشی از روش‌های کروماتوگرافی را کاهش می‌دهد. این فناوری به شناسایی دقیق پروتئین‌های درمانی با غلظت‌های پایین کمک می‌کند.

📊 علاوه‌بر افزایش دقت در بیان پروتئین‌ها، امکان تمایز ایزومرها و کاهش مشکلات ناشی از پیچیدگی نمونه‌ها را فراهم می‌کند. این فناوری روشی سریع، قابل‌اعتماد و مقیاس‌پذیر برای تسریع توسعه درمان‌های ژنی ارائه می‌دهد.

🖇 اطلاعات بیشتر

📝 روژینا احسانی
🔎 روشنک رشیدی

「#بیوانفورماتیک #پروتئین #IMS #طیف_سنجی #درمان_ژنی #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

👤 شرکت کنندگان عزیز دوره جامع بیوانفورماتیک

🔴 جلسه هفتم دوره، امروز ساعت ۱۸:۳۰ برگزار خواهد شد.

🔴 مهم: جلسات دکتر سیاوش کاووسی نیم ساعت زودتر شروع شده و از ساعت ۱۸:۳۰ تا ۱۹ تایم رفع اشکال از جلسات قبلی است.

💙 زین پس فقط از طریق پنل کاربری خود می‌توانید در کلاس شرکت کنید.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

💡 کشف ارتباطات پنهان میکروبیوم و سرطان

➡️ میکروبیوم روده انسان، دنیای شگفت‌انگیز از میکروارگانیسم‌ها‌ی گوناگون است که نقش کلیدی در سلامت ایفا می‌کند. با برهم خوردن تعادل، دیس‌بیوز رخ داده و منجر به بروز سرطان روده بزرگ می‌شود. تشخیص و درک این ارتباط دریچه‌ای به‌سوی پیشگیری و درمان این بیماری را باز می‌کند.

📌 ابزارهای پیشرفته بیوانفورماتیکی، هوش مصنوعی و یادگیری ماشین به بهبود پیش‌بینی خطر سرطان کمک می‌کنند. مدل‌های هوش‌مصنوعی قادر به تجزیه‌وتحلیل داده‌های بزرگ و شناسایی همبستگی‌های پیچیده هستند.

⬇️ برخی از ابزارهای بیوانفورماتیکی که درک بهتری در زمینه تحلیل داده‌های میکروبیوم دارند، عبارتنداز:
● توالی‌یابی نسل جدید "NGS":
با قطعه قطعه شدن DNA، برچسب‌گذاری و اسکن، توالی نوکلئوتیدها مشخص شده و موجب افزایش دقت معاینات سرطان و میکروبیوم می‌شود.

● توالی‌یابی ژن 16S rRNA:
در ارزیابی تنوع باکتری‌ها و تغییرات در ترکیب میکروبیوتای مرتبط با سرطان مؤثر هستند.

● توالی‌یابی کل متاژنوم "WMS":
این تکنیک، امکان کشف ژن‌های مرتبط با مسیرهای متابولیک و مقاومت آنتی‌بیوتیکی را فراهم کرده و تأثیر قابل توجهی بر توسعه سرطان و اثربخشی درمان دارد.

🩻 این ابزارها، به‌ویژه در تحلیل تصاویر پزشکی برای شناسایی سرطان‌های اولیه، بسیار مؤثر هستند. آن‌ها قادرند پاسخ بیماران به درمان‌ها را پیش‌بینی کنند و به اقدامات پیشگیرانه و غربالگری هدفمند برای افرادی که در معرض خطر قرار دارند، کمک می‌کند.

🔒 استفاده از ابزارهای پیشرفته با چالش‌هایی مانند حفظ حریم خصوصی داده‌ها و شفافیت مدل‌ها برای پذیرش گسترده‌تر روبه‌رو است. بنابراین، کاوش در این دنیای میکروبی نه‌‌تنها ضروری است، بلکه می‌تواند کلید درک جدیدی از سلامت انسان باشد.

🔘 Source

📝 آیناز نصیری

「#بیوانفورماتیک #میکروبیوم #هوش_مصنوعی #میکروارگانیسم #Machine_learning #سرطان」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

📍 پایگاه "Ensembl": مرجعی جامع برای داده‌های ژنومی

📃 پایگاه داده "Ensembl" یکی از معتبرترین منابع در حوزه ژنومیکس است. این پایگاه اطلاعات ژنومی گونه‌های مختلف را جمع‌آوری و تحلیل کرده و به پژوهشگران امکان دسترسی به داده‌های دقیق و به‌روز را می‌دهد. هدف اصلی Ensembl تسهیل مطالعات ژنتیکی و فراهم کردن ابزارهایی پیشرفته برای تحلیل داده‌های ژنومی است.

📌 این پایگاه، کاربردهای متنوعی از جمله مطالعه جهش‌ها و تنوع‌های ژنتیکی، مقایسه ژنوم گونه‌های مختلف و طراحی پروژه‌های زیست‌پزشکی دارد. ابزارهای تحلیلی Ensembl مانند "BioMart" و "VEP" به پژوهشگران در مدیریت داده‌های زیستی بزرگ و انجام تحلیل‌های پیشرفته کمک می‌کنند. همچنین این پایگاه برای کشف داروها و تشخیص بیماری‌های ژنتیکی بسیار کارآمد است.


🧬 از دستاوردهای Ensembl در ژنومیکس و بیوانفورماتیک، می‌توان به مشارکت در پروژه ژنوم انسان، مطالعات تکاملی و پشتیبانی از پژوهش‌های مرتبط با بیماری‌های ژنتیکی اشاره کرد. تمامی داده‌ها و ابزارهای این پایگاه، به‌صورت رایگان در اختیار پژوهشگران قرار دارند و نقش مهمی در پیشرفت علم ژنتیک و بیوانفورماتیک ایفا کرده‌اند.

🧩 پایگاه داده Ensembl با ارائه داده‌های جامع و ابزارهای پیشرفته، پلی برای آینده‌ تحقیقات علمی محسوب می‌شود. این پایگاه، به پژوهشگران کمک می‌کند تا مطالعات خود را با سرعت و دقت بیش‌تری انجام دهند و همچنان منبعی ارزشمند برای جامعه علمی باقی بماند.

🔗 Source

✍🏻 زینب کارگر

「#بیوانفورماتیک #دیتابیس #ژنومیکس #هوش_مصنوعی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

👤 شرکت کنندگان عزیز دوره جامع بیوانفورماتیک

⏱ جلسه هشتم دوره، امروز ساعت ۱۸:۳۰ برگزار خواهد شد.

ℹ️ مهم: جلسات دکتر سیاوش کاووسی نیم ساعت زودتر شروع شده و از ساعت ۱۸:۳۰ تا ۱۹ تایم رفع اشکال از جلسات قبلی است.

⏹ زین پس فقط از طریق پنل کاربری خود می‌توانید در کلاس شرکت کنید.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

💎 آینده‌ای نوین با هوش مصنوعی!

🌱 از بهبود بهداشت و کشاورزی تا مقابله با چالش‌های جهانی، این ترکیب می‌تواند راه‌حل‌های خلاقانه‌ای برای مشکلات امروز ارائه دهد.

✍🏻 مریم ولی‌محمدی
🔍 سهیلا سلحشورفرد
🎙 نگار سادات نخلی

「#بیوانفورماتیک #پادکست #زیست‌شناسی_مصنوعی #هوش_مصنوعی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group