👩💻 Julia Programming Language for Biologists
📗 Journal: Nature Methods (🔥 I.F.=36.1)
🗓Publish year: 2023
🧑💻Authors: Elisabeth Roesch, Joe G. Greener, Adam L. MacLean, ...
🏢Universities: University of Melbourne - Australia, University of Southern California, Berkeley, Massachusetts Institute of Technology - USA, Cambridge, UK
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#programming #julia
📗 Journal: Nature Methods (🔥 I.F.=36.1)
🗓Publish year: 2023
🧑💻Authors: Elisabeth Roesch, Joe G. Greener, Adam L. MacLean, ...
🏢Universities: University of Melbourne - Australia, University of Southern California, Berkeley, Massachusetts Institute of Technology - USA, Cambridge, UK
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#programming #julia
👍1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
هرآنچه که باید در مورد کرم های ضدآفتاب بدانید...
عمدتا کرم‌های ضدآفتاب از طریق ایجاد یک سد محافظ روی پوست عمل می‌کنند تا اثرات مضر اشعه‌های فرابنفش (UV) خورشید را کاهش دهند. این کرم‌ها معمولاً از ترکیبی از فیلترهای شیمیایی و فیزیکی استفاده می‌کنند. مکانیسم عمل آنها را می‌توان به دو دسته تقسیم کرد:
1. فیلترهای فیزیکی (Mineral Sunscreens):
این فیلترها شامل موادی مانند اکسید روی (Zinc Oxide) و دی‌اکسید تیتانیوم (Titanium Dioxide) هستند.
این مواد روی سطح پوست می‌نشینند و اشعه‌های UV را منعکس یا پراکنده می‌کنند، شبیه به آینه‌ای که نور را بازتاب می‌دهد.
فیلترهای فیزیکی در برابر هر دو نوع اشعه UVA و UVB محافظت ایجاد می‌کنند و به طور کلی برای پوست‌های حساس مناسب‌تر هستند.
2. فیلترهای شیمیایی (Chemical Sunscreens):
این فیلترها شامل ترکیباتی مانند آووبنزون (Avobenzone)، اکسی‌بنزون (Oxybenzone)، و اکتوکریلن (Octocrylene) هستند.
این مواد به داخل لایه سطحی پوست جذب می‌شوند و اشعه‌های UV را پیش از آسیب رساندن به پوست، به گرما تبدیل کرده و دفع می‌کنند.
کرم‌های شیمیایی اغلب سبک‌تر و کمتر قابل مشاهده هستند، اما ممکن است برای پوست‌های حساس تحریک‌کننده باشند.
3. محافظت در برابر اشعه‌های مختلف UV:
UVA: اشعه‌ای با طول موج بلند که به عمق پوست نفوذ کرده و باعث پیری زودرس و آسیب به کلاژن می‌شود.
UVB: اشعه‌ای با طول موج کوتاه‌تر که بیشتر مسئول آفتاب‌سوختگی است و با سرطان پوست مرتبط است.
یک کرم ضدآفتاب مؤثر باید برچسب طیف گسترده (Broad-Spectrum) داشته باشد، به این معنا که در برابر هر دو نوع اشعه محافظت می‌کند.
4. SPF (Sun Protection Factor):
عدد SPF نشان‌دهنده سطح محافظت در برابر UVB است.
به طور مثال، SPF 30 به این معناست که کرم 97% از اشعه‌های UVB را مسدود می‌کند.
هیچ کرمی نمی‌تواند 100% محافظت ایجاد کند، اما استفاده صحیح از کرم ضدآفتاب به کاهش خطرات کمک می‌کند.
5. نکات استفاده:
کرم ضدآفتاب باید 30 دقیقه قبل از قرارگیری در معرض آفتاب استفاده شود.
هر 2 ساعت یا پس از شنا یا تعریق باید تجدید شود.
برای محافظت بهتر، ضدآفتاب باید به مقدار کافی روی تمامی نواحی پوست استفاده شود.
6. مزایا:
کاهش خطر سرطان پوست.
پیشگیری از پیری زودرس پوست و چین و چروک.
جلوگیری از آفتاب‌سوختگی و آسیب‌های طولانی‌مدت ناشی از نور خورشید.
بنابراین، کرم ضدآفتاب یکی از مهم‌ترین ابزارهای محافظت از پوست در برابر آسیب‌های ناشی از نور خورشید است.
1. فیلترهای فیزیکی (Mineral Sunscreens):
این فیلترها شامل موادی مانند اکسید روی (Zinc Oxide) و دی‌اکسید تیتانیوم (Titanium Dioxide) هستند.
این مواد روی سطح پوست می‌نشینند و اشعه‌های UV را منعکس یا پراکنده می‌کنند، شبیه به آینه‌ای که نور را بازتاب می‌دهد.
فیلترهای فیزیکی در برابر هر دو نوع اشعه UVA و UVB محافظت ایجاد می‌کنند و به طور کلی برای پوست‌های حساس مناسب‌تر هستند.
2. فیلترهای شیمیایی (Chemical Sunscreens):
این فیلترها شامل ترکیباتی مانند آووبنزون (Avobenzone)، اکسی‌بنزون (Oxybenzone)، و اکتوکریلن (Octocrylene) هستند.
این مواد به داخل لایه سطحی پوست جذب می‌شوند و اشعه‌های UV را پیش از آسیب رساندن به پوست، به گرما تبدیل کرده و دفع می‌کنند.
کرم‌های شیمیایی اغلب سبک‌تر و کمتر قابل مشاهده هستند، اما ممکن است برای پوست‌های حساس تحریک‌کننده باشند.
3. محافظت در برابر اشعه‌های مختلف UV:
UVA: اشعه‌ای با طول موج بلند که به عمق پوست نفوذ کرده و باعث پیری زودرس و آسیب به کلاژن می‌شود.
UVB: اشعه‌ای با طول موج کوتاه‌تر که بیشتر مسئول آفتاب‌سوختگی است و با سرطان پوست مرتبط است.
یک کرم ضدآفتاب مؤثر باید برچسب طیف گسترده (Broad-Spectrum) داشته باشد، به این معنا که در برابر هر دو نوع اشعه محافظت می‌کند.
4. SPF (Sun Protection Factor):
عدد SPF نشان‌دهنده سطح محافظت در برابر UVB است.
به طور مثال، SPF 30 به این معناست که کرم 97% از اشعه‌های UVB را مسدود می‌کند.
هیچ کرمی نمی‌تواند 100% محافظت ایجاد کند، اما استفاده صحیح از کرم ضدآفتاب به کاهش خطرات کمک می‌کند.
5. نکات استفاده:
کرم ضدآفتاب باید 30 دقیقه قبل از قرارگیری در معرض آفتاب استفاده شود.
هر 2 ساعت یا پس از شنا یا تعریق باید تجدید شود.
برای محافظت بهتر، ضدآفتاب باید به مقدار کافی روی تمامی نواحی پوست استفاده شود.
6. مزایا:
کاهش خطر سرطان پوست.
پیشگیری از پیری زودرس پوست و چین و چروک.
جلوگیری از آفتاب‌سوختگی و آسیب‌های طولانی‌مدت ناشی از نور خورشید.
بنابراین، کرم ضدآفتاب یکی از مهم‌ترین ابزارهای محافظت از پوست در برابر آسیب‌های ناشی از نور خورشید است.
❤6👍1
در مقاله جدیدی که در ساینس چاپ شده است با عنوان Synthetic biology, once hailed as a moneymaker, meets tough times
به صورت گسترده چالش های پیش روی دانش زیست شناسی سنتیتیک را مورد بحث قرار می دهد و اوج و افول این فیلد جذاب را با ذکر موانع و چالش ها به دقت مورد بررسی قرار داده است. این مقاله به صورت رایگان در دسترس است و از این لینک می توانید آن را مطالعه کنید.
به صورت گسترده چالش های پیش روی دانش زیست شناسی سنتیتیک را مورد بحث قرار می دهد و اوج و افول این فیلد جذاب را با ذکر موانع و چالش ها به دقت مورد بررسی قرار داده است. این مقاله به صورت رایگان در دسترس است و از این لینک می توانید آن را مطالعه کنید.
👍2
در چنین روزی در سال ۱۹۳۵، اروین شرودینگر آزمایش فکری معروف خود به نام گربه شرودینگر را منتشر کرد.
شرودینگر گربه‌ای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو، باعث می‌شد چکشی بیفتد و یک شیشه حاوی سم کشنده را بشکند و گربه فوراً کشته شود
شرودینگر گربه‌ای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو، باعث می‌شد چکشی بیفتد و یک شیشه حاوی سم کشنده را بشکند و گربه فوراً کشته شود
👍4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
در چنین روزی در سال ۱۹۳۵، اروین شرودینگر آزمایش فکری معروف خود به نام گربه شرودینگر را منتشر کرد. شرودینگر گربه‌ای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو،…
منبع رادیواکتیو به گونه‌ای انتخاب شده بود که احتمال واپاشی آن در هر ساعت به طور کوانتومی ۵۰٪ باشد. پس از یک ساعت، احتمال زنده یا مرده بودن گربه به طور مساوی تقسیم می‌شد. بر اساس تفسیر مکانیک کوانتومی توسط ماکس بورن، دقیقاً یک ساعت پس از شروع این آزمایش وهم‌آور، جعبه حاوی گربه‌ای خواهد بود که نه زنده است و نه مرده، بلکه در ترکیبی از این دو حالت قرار دارد.
در زبان مکانیک کوانتومی، تابع موج گربه حالتی از برهم‌نهی بین توابع موج «زنده» و «مرده» است. شرودینگر این تفسیر احتمالاتی نظریه خود را بی‌معنی می‌دانست! اما بورن پاسخ داد که به محض برداشتن درِ جعبه برای مشاهده گربه، عمل مشاهده باعث فروریختن تابع موج از حالت دوگانه به یک حالت واحد می‌شود، که منجر به تعیین قطعی زنده یا مرده بودن گربه می‌گردد. با وجود این تردیدها، شرودینگر به همراه پل دیراک در سال ۱۹۳۳ به دلیل کارهای خود در ارائه نظریه‌های جدید مکانیک کوانتومی، جایزه نوبل فیزیک را دریافت کرد.
در زبان مکانیک کوانتومی، تابع موج گربه حالتی از برهم‌نهی بین توابع موج «زنده» و «مرده» است. شرودینگر این تفسیر احتمالاتی نظریه خود را بی‌معنی می‌دانست! اما بورن پاسخ داد که به محض برداشتن درِ جعبه برای مشاهده گربه، عمل مشاهده باعث فروریختن تابع موج از حالت دوگانه به یک حالت واحد می‌شود، که منجر به تعیین قطعی زنده یا مرده بودن گربه می‌گردد. با وجود این تردیدها، شرودینگر به همراه پل دیراک در سال ۱۹۳۳ به دلیل کارهای خود در ارائه نظریه‌های جدید مکانیک کوانتومی، جایزه نوبل فیزیک را دریافت کرد.
👍4
How do you anticipate computational protein design will change biotechnology and therapeutic development?
https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00309-0
https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00309-0
👍3
فیلترینگ در سه مرحله و تا پایان سال برداشته می‌شود
🔹رئیس شورای مرکزی حزب ندای ایرانیان که معاون هماهنگی و پیگیری معاون اجرایی رئیس‌جمهور هم هست در کنگره این تشکل اصلاح‌طلب گفت: فیلترینگ تا پایان سال جاری و در سه مرحله اجرایی به طور کامل برداشته خواهد شد. / ایرنا
🔹رئیس شورای مرکزی حزب ندای ایرانیان که معاون هماهنگی و پیگیری معاون اجرایی رئیس‌جمهور هم هست در کنگره این تشکل اصلاح‌طلب گفت: فیلترینگ تا پایان سال جاری و در سه مرحله اجرایی به طور کامل برداشته خواهد شد. / ایرنا
👍8🤷♂2😁2
دنیای طراحی پروتئین ها انقدر قوی شده که دیگه به شکل حروف انگلیسی پروتئین با الفافولد طراحی میکنن
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.21.624687v1
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.21.624687v1
👍5
معرفی ابزار fastP
این ابزار یک نرم افزار کلیدی برای انالیز داده های ژنومیکسی و ترانسکریپتومیکسی است که از طریق آن می توانید داده های توالی یابی شده در فرمت fastq را از لحاظ کیفی کنترل نمایید.
برای دانلود و اجرا کد زیر را اجرا کنید.
این ابزار یک نرم افزار کلیدی برای انالیز داده های ژنومیکسی و ترانسکریپتومیکسی است که از طریق آن می توانید داده های توالی یابی شده در فرمت fastq را از لحاظ کیفی کنترل نمایید.
برای دانلود و اجرا کد زیر را اجرا کنید.
# download the latest build
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp
# or download specified version, i.e. fastp v0.23.4
wget http://opengene.org/fastp/fastp.0.23.4
mv fastp.0.23.4 fastp
chmod a+x ./fastp
👍5
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
معرفی ابزار fastP این ابزار یک نرم افزار کلیدی برای انالیز داده های ژنومیکسی و ترانسکریپتومیکسی است که از طریق آن می توانید داده های توالی یابی شده در فرمت fastq را از لحاظ کیفی کنترل نمایید. برای دانلود و اجرا کد زیر را اجرا کنید. # download the latest…
برای ایجاد فایل خروجی کنترل کیفی از داده های ژنومی خود با این ابزار کدهای زیرا را اجرا کنید- با توجه به نوع توالی هایی که دارید.
برای داده های single-end:
برای داده های paired-end:
برای داده های single-end:
fastp -i in.fq -o out.fq
برای داده های paired-end:
fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
👍4
اینترلوکین-6 (IL-6) یک سایتوکاین چندکاره است که نقش مرکزی در تنظیم پاسخ‌های ایمنی، التهاب و خون‌سازی ایفا می‌کند. IL-6 که ابتدا به‌عنوان یک عامل تمایزی سلول‌های B شناخته شد، از آن زمان در طیف گسترده‌ای از فرآیندهای فیزیولوژیکی و پاتولوژیکی، از جمله واکنش‌های فاز حاد، بیماری‌های التهابی مزمن، سرطان و اختلالات متابولیکی، دخیل شناخته شده است.
اینترلوکین IL-6 یک گلیکوپروتئین کوچک متشکل از 184 اسید آمینه با وزن مولکولی تقریباً 21-30 کیلو دالتون است که بسته به تغییرات پس از ترجمه، مانند گلیکوزیلاسیون، متغیر است. این مولکول به دسته‌ای از سایتوکاین‌ها به نام سایتوکاین‌های چهار مارپیچی تعلق دارد که با ساختار چهار آلفا-هلیکس در یک آرایش بالا-بالا-پایین-پایین مشخص می‌شوند. این پیکربندی ساختاری تعامل IL-6 با کمپلکس گیرنده آن را تسهیل می‌کند که برای انتقال سیگنال حیاتی است.
اینترلوکین IL-6 یک سایتوکاین چندوجهی با اثرات گسترده در سلامت و بیماری‌ها است. توانایی آن در القای دایمر شدن gp130 و فعال‌سازی چندین مسیر سیگنالینگ اهمیت آن را در ارتباطات سلولی برجسته می‌کند. در حالی که IL-6 نقش‌های غیرقابل‌انکاری در حفظ تعادل فیزیولوژیکی ایفا می‌کند، اختلال در تنظیم آن به بسیاری از بیماری‌ها کمک می‌کند و بر اهمیت تنظیم دقیق فعالیت IL-6 در راهبردهای درمانی تأکید دارد.
اینترلوکین IL-6 یک گلیکوپروتئین کوچک متشکل از 184 اسید آمینه با وزن مولکولی تقریباً 21-30 کیلو دالتون است که بسته به تغییرات پس از ترجمه، مانند گلیکوزیلاسیون، متغیر است. این مولکول به دسته‌ای از سایتوکاین‌ها به نام سایتوکاین‌های چهار مارپیچی تعلق دارد که با ساختار چهار آلفا-هلیکس در یک آرایش بالا-بالا-پایین-پایین مشخص می‌شوند. این پیکربندی ساختاری تعامل IL-6 با کمپلکس گیرنده آن را تسهیل می‌کند که برای انتقال سیگنال حیاتی است.
اینترلوکین IL-6 یک سایتوکاین چندوجهی با اثرات گسترده در سلامت و بیماری‌ها است. توانایی آن در القای دایمر شدن gp130 و فعال‌سازی چندین مسیر سیگنالینگ اهمیت آن را در ارتباطات سلولی برجسته می‌کند. در حالی که IL-6 نقش‌های غیرقابل‌انکاری در حفظ تعادل فیزیولوژیکی ایفا می‌کند، اختلال در تنظیم آن به بسیاری از بیماری‌ها کمک می‌کند و بر اهمیت تنظیم دقیق فعالیت IL-6 در راهبردهای درمانی تأکید دارد.
👍2