دانشمندان مرکز جان اینز کشف کردند که توانایی باکتریها در گسترش بیماری در گیاهان گستردهتر از تصورات قبلی است. آنها با بررسی باکتری Pseudomonas syringae نشان دادند که توکسین «سیرینگومایسین» میتواند هم بر گیاهان گلدار و هم بر گیاهان بدون گل تأثیر بگذارد. آزمایشها نشان داد که این توکسین در گیاهان بدون گل، مانند جگرواشها و سرخسها، آسیب بافتی ایجاد کرده و فعالیت ژنهای مرتبط با استرس را تحریک میکند. این نتایج نشان داد که گیاهان بدون گل نیز به اندازه گیاهان گلدار مستعد ابتلا به بیماریهای باکتریایی هستند، حتی با وجود تفاوتهای تکاملی ۵۰۰ میلیون ساله بین این گیاهان.
@irbioinformatics
@irbioinformatics
👍4
مطالعات اخیر DNA نشان میدهند که دوره همزیستی و آمیزش انسانهای نئاندرتال و انسانهای مدرن حدود ۷ هزار سال، از ۵۰ هزار و ۵۰۰ سال پیش آغاز شده و تا زمانی که نئاندرتالها منقرض شدند ادامه داشته است. این تعاملات ژنتیکی باعث شد که امروزه ۱ تا ۲ درصد از ژنوم انسانهای اوراسیایی از نئاندرتالها به ارث رسیده باشد. این نتایج، همراه با شواهد باستانشناسی، به فهم بهتر زمان و مسیر مهاجرتهای انسانهای مدرن از آفریقا کمک میکند و نقش ژنهای نئاندرتال در سلامت انسان را روشنتر میسازد.
@irbioinformatics
تحلیل ژنتیکی، که شامل بررسی ۵۸ ژنوم باستانی و ژنومهای انسانهای امروزی بود، نشان داد که تاریخ تقریبی آمیزش بین نئاندرتالها و انسانهای مدرن حدود ۴۷ هزار سال پیش بوده است. این دادهها همچنین تأیید میکنند که مهاجرت اولیه انسانهای مدرن از آفریقا به اوراسیا حدود ۴۳ هزار و ۵۰۰ سال پیش به پایان رسیده است. این یافتهها بازه زمانی دقیقتری از تعاملات میان این دو گونه ارائه میدهند و اهمیت ژنهای مشترک را در تکامل و زیستشناسی انسان نشان میدهند.
@irbioinformatics
تحلیل ژنتیکی، که شامل بررسی ۵۸ ژنوم باستانی و ژنومهای انسانهای امروزی بود، نشان داد که تاریخ تقریبی آمیزش بین نئاندرتالها و انسانهای مدرن حدود ۴۷ هزار سال پیش بوده است. این دادهها همچنین تأیید میکنند که مهاجرت اولیه انسانهای مدرن از آفریقا به اوراسیا حدود ۴۳ هزار و ۵۰۰ سال پیش به پایان رسیده است. این یافتهها بازه زمانی دقیقتری از تعاملات میان این دو گونه ارائه میدهند و اهمیت ژنهای مشترک را در تکامل و زیستشناسی انسان نشان میدهند.
👍3
پرسش سادهای مانند "چرا گیاهان خار دارند؟" پاسخ مشخصی دارد: خارها از گیاهان در برابر حیوانات گرسنه محافظت میکنند. اما پرسشی پیچیدهتر این است که "خارها از کجا به وجود میآیند؟" دانشمندان دانشگاه ییل اخیراً به این سوال پاسخ دادهاند و یافتههای خود را در مجله Current Biology منتشر کردهاند که میتواند نحوه پرورش مرکبات و محصولات دیگر را تغییر دهد.
@irbioinformtics
مطالعات نشان داد که خارها در گیاهانی مانند مرکبات از سلولهای بنیادی آنها تشکیل میشوند. برخلاف سلولهای بنیادی معمول که به تقسیم ادامه میدهند، سلولهای بنیادی خارها دچار توقف برنامهریزیشده میشوند. دو تنظیمکننده ژنتیکی با نامهای TI1 و TI2 فعالیت سلولهای بنیادی را به تدریج متوقف کرده و موجب میشوند که خارها به شکل نوک تیز خاتمه یابند. با حذف این تنظیمکنندهها، سلولهای بنیادی به تقسیم ادامه داده و به جای خار، شاخههای جدید رشد کردند. این کشف میتواند به تولید درختان مرکباتی با شاخههای میوهده بیشتر و بدون خطر خارها برای کارگران کمک کند.
@irbioinformtics
مطالعات نشان داد که خارها در گیاهانی مانند مرکبات از سلولهای بنیادی آنها تشکیل میشوند. برخلاف سلولهای بنیادی معمول که به تقسیم ادامه میدهند، سلولهای بنیادی خارها دچار توقف برنامهریزیشده میشوند. دو تنظیمکننده ژنتیکی با نامهای TI1 و TI2 فعالیت سلولهای بنیادی را به تدریج متوقف کرده و موجب میشوند که خارها به شکل نوک تیز خاتمه یابند. با حذف این تنظیمکنندهها، سلولهای بنیادی به تقسیم ادامه داده و به جای خار، شاخههای جدید رشد کردند. این کشف میتواند به تولید درختان مرکباتی با شاخههای میوهده بیشتر و بدون خطر خارها برای کارگران کمک کند.
👍6
فناوری نوینی تحت عنوان PhenoChip برای انتخاب تکسلولهای فتوسنتزی با کاربردهای صنعتی و درک بهتر اکوسیستمها معرفی شده است. تحقیقاتی که در مجله Science Advances منتشر شده، نشان میدهد چگونه فناوریهای میکروفلوئیدی میتوانند برای شناسایی، جداسازی، و تکثیر سلولهای فتوسنتزی خاص استفاده شوند. این روش جدید، کاربردهای بنیادی در صنعت و درک عمیقتر از اکوسیستمها را ممکن میسازد.
@irbioinformatics
در محیطهای طبیعی که به طور ذاتی پویا هستند، موجودات فتوسنتزی باید فیزیولوژی خود را برای استفاده بهینه از منابع موجود تنظیم کنند. این توانایی در همه موجودات یکسان نیست؛ برخی تحت تأثیر تنشهای محیطی مانند دما از بین میروند، در حالی که برخی دیگر به رشد خود ادامه میدهند. این فناوری جدید مشابه انتخاب گونههای مقاومتر در کشاورزی است، اما این بار برای میکروجلبکها و سیانوباکتریها که پتانسیل زیادی برای تولید انرژی زیستی و سنتز مواد غذایی و شیمیایی دارند. این رویکرد میتواند جایگزین روشهای غیر دقیق قبلی برای انتخاب این موجودات در مقیاس کلان شود.
@irbioinformatics
در محیطهای طبیعی که به طور ذاتی پویا هستند، موجودات فتوسنتزی باید فیزیولوژی خود را برای استفاده بهینه از منابع موجود تنظیم کنند. این توانایی در همه موجودات یکسان نیست؛ برخی تحت تأثیر تنشهای محیطی مانند دما از بین میروند، در حالی که برخی دیگر به رشد خود ادامه میدهند. این فناوری جدید مشابه انتخاب گونههای مقاومتر در کشاورزی است، اما این بار برای میکروجلبکها و سیانوباکتریها که پتانسیل زیادی برای تولید انرژی زیستی و سنتز مواد غذایی و شیمیایی دارند. این رویکرد میتواند جایگزین روشهای غیر دقیق قبلی برای انتخاب این موجودات در مقیاس کلان شود.
👍6👏1
پژوهشگران دانشگاه نورثوسترن از ترکیب دادههای بیوانفورماتیک عمومی و هوش مصنوعی (AI) برای پیشبینی ترکیبهای ژنی استفاده کردهاند که میتواند رفتار سلولها را تغییر دهد یا سلولهای بیمار را به حالت سالم بازگرداند. این تحقیق که در مجله Proceedings of the National Academy of Sciences منتشر شده است، از یادگیری انتقالی مبتنی بر هوش مصنوعی بهره میبرد تا از دادههای موجود برای طراحی تغییرات ژنی استفاده کند.
@irbioinformatics
این روش، که بر اساس دادههای بیان ژن عمومی آموزش داده شده است، مدلی پیشبینیکننده ارائه میدهد که میتواند برای کاربردهای خاص بازبرنامهریزی سلولی استفاده شود. توانایی کنترل رفتار سلولها، مانند بازسازی بافتهای آسیبدیده یا بازگرداندن سلولهای سرطانی به حالت عادی، پتانسیل گستردهای برای درمان بیماریهای جدی دارد. بیماریهای ناشی از آسیبهای بافتی، مانند سکته و آرتریت، سالانه میلیونها نفر را تحت تأثیر قرار میدهد و میلیاردها دلار هزینه در بر دارد، در حالی که سرطانها باعث ۱۰ میلیون مرگ در سال میشوند
@irbioinformatics
این روش، که بر اساس دادههای بیان ژن عمومی آموزش داده شده است، مدلی پیشبینیکننده ارائه میدهد که میتواند برای کاربردهای خاص بازبرنامهریزی سلولی استفاده شود. توانایی کنترل رفتار سلولها، مانند بازسازی بافتهای آسیبدیده یا بازگرداندن سلولهای سرطانی به حالت عادی، پتانسیل گستردهای برای درمان بیماریهای جدی دارد. بیماریهای ناشی از آسیبهای بافتی، مانند سکته و آرتریت، سالانه میلیونها نفر را تحت تأثیر قرار میدهد و میلیاردها دلار هزینه در بر دارد، در حالی که سرطانها باعث ۱۰ میلیون مرگ در سال میشوند
👍6
زندگی همچون رودی است که همیشه در جریان است؛ گاهی آرام و گاهی پرخروش. اما آنچه که اهمیت دارد، مسیر است نه مقصد. در هر لحظه باید از زیباییهای کنار راه لذت برد، از دل تنگیهای شب تا درخشش خورشید در سپیدهدم. هیچ چیزی در این دنیا دائمی نیست، پس بیایید هر لحظه را به بهترین نحو زیبا کنیم و در دل تاریکیها، نور را بیابیم. یلدا مبارک، با تقدیم مراتب احترام. رسولی
❤14
تکنولوژی DNA chip ابزاری برای ذخیره میلیاردها گیگابایت اطلاعات بر روی قطعات DNA
ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
21 دسامبر 2024
ادامه مطلب...
ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
21 دسامبر 2024
ادامه مطلب...
👍3👏2
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
تکنولوژی DNA chip ابزاری برای ذخیره میلیاردها گیگابایت اطلاعات بر روی قطعات DNA ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران 21 دسامبر 2024 ادامه مطلب...
مولکول DNA به دلیل توانایی ذخیره حجم عظیمی از اطلاعات در فضای کوچک و برای مدت طولانی، توجه محققان را به خود جلب کرده است. دانشمندان حدود ده سال است که در تلاشند تراشههای DNA را برای فناوری کامپیوتر توسعه دهند. این تراشهها از نظر چگالی ذخیرهسازی، طول عمر و پایداری برتریهای قابل توجهی نسبت به تراشههای سیلیکونی دارند.
@irbioinformatics
ملکول DNA شامل چهار بلوک پایه است که میتوان از ترکیب خاصی از این بلوکها برای کدگذاری اطلاعات استفاده کرد. برای ساخت تراشههای DNA، باید DNA کدگذاریشده بهطور پایدار سنتز و ذخیره شود. در صورت انجام موفقیتآمیز این فرایند، اطلاعات میتواند برای هزاران سال حفظ شود و با خواندن خودکار و رمزگشایی توالی DNA بازیابی شود.
@irbioinformatics
با وجود اثبات امکان ذخیرهسازی دادههای دیجیتال در DNA با ظرفیت بالا و طول عمر طولانی، چالشهایی نظیر هزینه بالا و سرعت کم بازیابی اطلاعات وجود دارد. هزینه ذخیرهسازی در حال حاضر حدود 400,000 دلار برای هر مگابایت است و بازیابی دادهها از چند ساعت تا چند روز زمان میبرد. ابزارهایی مانند آنزیمهای کنترلشده با نور و نرمافزارهای طراحی شبکههای پروتئینی میتوانند به حل این مشکلات کمک کنند.
@irbioinformatics
تیم پژوهشی دانشگاه وورتسبورگ در حال توسعه تراشههای DNA از نانو سلولز نیمههادی با استفاده از باکتری است. این تراشهها قابلیتهایی نظیر پایداری بالا، بازیافت کامل و چگالی ذخیرهسازی تا یک میلیارد گیگابایت در هر گرم DNA دارند. این فناوری میتواند به ایجاد فناوریهای پایدارتر و حذف زبالههای الکترونیکی کمک کند.
@irbioinformatics
پژوهشگران در حال بهبود عملکرد تراشههای DNA و ترکیب آنها با آنزیمهای طراحیشده خود هستند تا ظرفیت ذخیرهسازی و کاهش هزینهها را افزایش دهند. هدف نهایی، عملی کردن استفاده از تراشههای DNA به عنوان یک رسانه ذخیرهسازی کاربردی در زندگی روزمره است.
منبع:
“How to make DNA data storage more applicable” by Aman Akash, Elena Bencurova and Thomas Dandekar, 15 August 2023, Trends in Biotechnology.
DOI: 10.1016/j.tibtech.2023.07.006
@irbioinformatics
ملکول DNA شامل چهار بلوک پایه است که میتوان از ترکیب خاصی از این بلوکها برای کدگذاری اطلاعات استفاده کرد. برای ساخت تراشههای DNA، باید DNA کدگذاریشده بهطور پایدار سنتز و ذخیره شود. در صورت انجام موفقیتآمیز این فرایند، اطلاعات میتواند برای هزاران سال حفظ شود و با خواندن خودکار و رمزگشایی توالی DNA بازیابی شود.
@irbioinformatics
با وجود اثبات امکان ذخیرهسازی دادههای دیجیتال در DNA با ظرفیت بالا و طول عمر طولانی، چالشهایی نظیر هزینه بالا و سرعت کم بازیابی اطلاعات وجود دارد. هزینه ذخیرهسازی در حال حاضر حدود 400,000 دلار برای هر مگابایت است و بازیابی دادهها از چند ساعت تا چند روز زمان میبرد. ابزارهایی مانند آنزیمهای کنترلشده با نور و نرمافزارهای طراحی شبکههای پروتئینی میتوانند به حل این مشکلات کمک کنند.
@irbioinformatics
تیم پژوهشی دانشگاه وورتسبورگ در حال توسعه تراشههای DNA از نانو سلولز نیمههادی با استفاده از باکتری است. این تراشهها قابلیتهایی نظیر پایداری بالا، بازیافت کامل و چگالی ذخیرهسازی تا یک میلیارد گیگابایت در هر گرم DNA دارند. این فناوری میتواند به ایجاد فناوریهای پایدارتر و حذف زبالههای الکترونیکی کمک کند.
@irbioinformatics
پژوهشگران در حال بهبود عملکرد تراشههای DNA و ترکیب آنها با آنزیمهای طراحیشده خود هستند تا ظرفیت ذخیرهسازی و کاهش هزینهها را افزایش دهند. هدف نهایی، عملی کردن استفاده از تراشههای DNA به عنوان یک رسانه ذخیرهسازی کاربردی در زندگی روزمره است.
منبع:
“How to make DNA data storage more applicable” by Aman Akash, Elena Bencurova and Thomas Dandekar, 15 August 2023, Trends in Biotechnology.
DOI: 10.1016/j.tibtech.2023.07.006
👍4👏2
زندگی آینهای: فرصتها و تهدیدهای موجودات مصنوعی با ساختار معکوس
ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
21 دسامبر 2024
ادامه مطلب...
ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
21 دسامبر 2024
ادامه مطلب...
👍5🤔1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
زندگی آینهای: فرصتها و تهدیدهای موجودات مصنوعی با ساختار معکوس ترجمه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران 21 دسامبر 2024 ادامه مطلب...
زندگی آینهای یا mirror life به موجودات مصنوعی (Synthetic organisms) اطلاق میشود که ساختارهای مولکولی معکوس نسبت به موجودات طبیعی دارند. این مفهوم که هنوز در مرحله نظری است، میتواند در دهههای آینده با پیشرفتهای سریع در زیستفناوری عملی شود. در حالی که این موجودات پتانسیل انقلابی در توسعه داروها دارند، ممکن است خطرات زیستمحیطی غیرقابل پیشبینی و خطرناکی نیز به همراه داشته باشند.
@irbioinformatics
در مولکولهای زیستی مانند DNA و پروتئینها، تقارن مولکولی یا همسانی ساختاری وجود دارد. همه موجودات زنده از پروتئینهای چپگرد استفاده میکنند. زندگی آینهای به نوعی زندگی اشاره دارد که به صورت مصنوعی از پروتئینهای راستگرد ساخته شده است. این موجودات میتوانند از نظر بیولوژیکی مشابه موجودات طبیعی باشند، اما به دلیل ساختار معکوس خود، در طبیعت وجود ندارند.
@irbioinformatics
در حوزه پزشکی، زندگی آینهای میتواند درمانهای جدیدی را ارائه دهد. مولکولهای آینهای در برابر آنزیمهای گوارشی مقاوم هستند و میتوانند مدت بیشتری در بدن دوام بیاورند. این قابلیت به درمان بیماریهای مزمن کمک میکند. تولید این مولکولها به روشهای شیمیایی انجام میشود، اما اگر باکتریهای آینهای ایجاد شوند، تولید در مقیاس بزرگتر و با هزینه کمتر ممکن خواهد بود.
@irbioinformatics
خطرات موجودات آینهای شامل احتمال تکثیر کنترلنشده و اختلال در اکوسیستم است. این موجودات ممکن است منابع غذایی را به شکل آینهای تغییر دهند و از کنترل مکانیسمهای طبیعی مانند سیستم ایمنی یا آنتیبیوتیکها خارج شوند. اگرچه رشد آنها در محیط طبیعی محدود است، تکامل ممکن است توانایی سازگاری و رشد آنها را افزایش دهد.
@irbioinformatics
با وجود این خطرات، فناوری ساخت سلولهای آینهای هنوز به پیشرفتهای بزرگی نیاز دارد. دانشمندان تخمین میزنند که عملی کردن این مفهوم بین یک تا سه دهه زمان میبرد و نیازمند همکاری بینالمللی و سرمایهگذاری عظیم است. اگرچه این موضوع در حال حاضر خطری فوری ندارد، اما باید برای جلوگیری از خطرات آینده برنامهریزی شود.
@irbioinformatics
دانشمندان بر لزوم بحث و تنظیم مقررات پیشگیرانه تأکید دارند. کنفرانسهای بینالمللی و همکاری با نهادهای نظارتی میتواند چارچوبی برای استفاده مسئولانه از این فناوری ایجاد کند. کاربردهای فعلی فناوری آینهای، مانند داروهای شیمیایی، ایمن هستند؛ اما زمانی که سلولهای آینهای خودتکثیر ایجاد شوند، کنترل آنها دشوار خواهد بود. تنظیمگری پیش از وقوع خطرات، از اولویتهای اصلی این حوزه است.
منبع:
این متن برگرفته از مقاله جدیدی با عنوان Confronting risks of mirror life که در تاریخ 12 دسامبر 2024 در ژورنال ساینس چاپ شده است. برای مطالعه بیشتر کلیک کنید.
@irbioinformatics
در مولکولهای زیستی مانند DNA و پروتئینها، تقارن مولکولی یا همسانی ساختاری وجود دارد. همه موجودات زنده از پروتئینهای چپگرد استفاده میکنند. زندگی آینهای به نوعی زندگی اشاره دارد که به صورت مصنوعی از پروتئینهای راستگرد ساخته شده است. این موجودات میتوانند از نظر بیولوژیکی مشابه موجودات طبیعی باشند، اما به دلیل ساختار معکوس خود، در طبیعت وجود ندارند.
@irbioinformatics
در حوزه پزشکی، زندگی آینهای میتواند درمانهای جدیدی را ارائه دهد. مولکولهای آینهای در برابر آنزیمهای گوارشی مقاوم هستند و میتوانند مدت بیشتری در بدن دوام بیاورند. این قابلیت به درمان بیماریهای مزمن کمک میکند. تولید این مولکولها به روشهای شیمیایی انجام میشود، اما اگر باکتریهای آینهای ایجاد شوند، تولید در مقیاس بزرگتر و با هزینه کمتر ممکن خواهد بود.
@irbioinformatics
خطرات موجودات آینهای شامل احتمال تکثیر کنترلنشده و اختلال در اکوسیستم است. این موجودات ممکن است منابع غذایی را به شکل آینهای تغییر دهند و از کنترل مکانیسمهای طبیعی مانند سیستم ایمنی یا آنتیبیوتیکها خارج شوند. اگرچه رشد آنها در محیط طبیعی محدود است، تکامل ممکن است توانایی سازگاری و رشد آنها را افزایش دهد.
@irbioinformatics
با وجود این خطرات، فناوری ساخت سلولهای آینهای هنوز به پیشرفتهای بزرگی نیاز دارد. دانشمندان تخمین میزنند که عملی کردن این مفهوم بین یک تا سه دهه زمان میبرد و نیازمند همکاری بینالمللی و سرمایهگذاری عظیم است. اگرچه این موضوع در حال حاضر خطری فوری ندارد، اما باید برای جلوگیری از خطرات آینده برنامهریزی شود.
@irbioinformatics
دانشمندان بر لزوم بحث و تنظیم مقررات پیشگیرانه تأکید دارند. کنفرانسهای بینالمللی و همکاری با نهادهای نظارتی میتواند چارچوبی برای استفاده مسئولانه از این فناوری ایجاد کند. کاربردهای فعلی فناوری آینهای، مانند داروهای شیمیایی، ایمن هستند؛ اما زمانی که سلولهای آینهای خودتکثیر ایجاد شوند، کنترل آنها دشوار خواهد بود. تنظیمگری پیش از وقوع خطرات، از اولویتهای اصلی این حوزه است.
منبع:
این متن برگرفته از مقاله جدیدی با عنوان Confronting risks of mirror life که در تاریخ 12 دسامبر 2024 در ژورنال ساینس چاپ شده است. برای مطالعه بیشتر کلیک کنید.
Science
Confronting risks of mirror life
Broad discussion is needed to chart a path forward
👍5🤔2
science.ads9158.pdf
1.1 MB
Confronting risks of mirror life
زندگی آینهای: فرصتها و تهدیدهای موجودات مصنوعی با ساختار معکوس
زندگی آینهای: فرصتها و تهدیدهای موجودات مصنوعی با ساختار معکوس
👍3😱1