"بیش از حد واجد شرایط بودن" اصطلاحی است که کارفرمایان از آن استفاده می‌کنند تا افراد دارای مدرک دکتری و سایر متخصصان بسیار ماهر را با نیروی کار ارزان‌تر و دارای مدرک لیسانس جایگزین کنند. بسیاری از مدیران استخدام تصور می‌کنند که یک کارگر کم‌تحصیل‌تر و ارزان‌تر به همراه برخی ابزارهای هوش مصنوعی می‌تواند جایگزین یک کارگر بسیار تحصیل‌کرده و بسیار ماهر شود. این یک اشتباه پرهزینه است. مهارت‌های کلیدی سطح دکتری مانند نوآوری، حل مسئله، یادگیری مستقل، تحقیق دقیق و تحلیل عمیق، غیرقابل جایگزینی هستند.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1647
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1647
👍7
دانلود آخرین نسخه های نرم افزارهای R، RStudio و RTools از طریق لینک های زیر:
1- لینک دانلود R برای ویندوز 64 بیتی
2- دانلود RStudio برای ویندوز 64بیتی
3- دانلود RTools
نکات نصب برنامه:
1- لینک دانلود R برای ویندوز 64 بیتی
2- دانلود RStudio برای ویندوز 64بیتی
3- دانلود RTools
نکات نصب برنامه:
برای نصب و استفاده از R نکات زیر را در نظر داشته باشید
1- سیستم شما حداقل 30 گیگ فضای خالی داشته باشد
2- نسخه های R و RStudio و RTools به روز باشند
3- موقع نصب R امکان دسترسی به محتویات پوشه C به نرم افزار داده شود.
4- برای نصب صحیح: ابتدا R را نصب کنید. بعد Rtools و سپس Rstudio را نصب کنید.
5-دوستانی که بنابرهر دلیلی کامپیوتر ندارند می توانند از کلود Posit برای ران کدهاشون استفاده کنند. حداکثر 25 ساعت در ماه میتونن به صورت انلاین در مرورگر کروم کدهای R خودشون رو ران کنند.
6- برای استفاده از کلود مذکور، ابتدا در لینک مربوطه ثبت نام کنید و پلن رایگان را انتخاب کنید.
👏4👍2
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
دانلود آخرین نسخه های نرم افزارهای R، RStudio و RTools از طریق لینک های زیر: 1- لینک دانلود R برای ویندوز 64 بیتی 2- دانلود RStudio برای ویندوز 64بیتی 3- دانلود RTools نکات نصب برنامه: برای نصب و استفاده از R نکات زیر را در نظر داشته باشید 1- سیستم شما حداقل…
نمایی از محیط آنلاین Posit cloud برای انجام آنالیزهای موردنیاز بدون نصب Rstudio یا ابزارهای مربوطه..
این کلود دوستان برای حالتی خوبه که شما میخواین سر کلاس یه چیزی رو توضیح بدین یا اینکه براتون مقدور نیست همه جا لپتاپتون رو ببرین. اگرم دوست داشتین میتونین اکانتش بخرین و ارتقا بدین دسترسی خودتون تا به فضای بیشتری دسترسی داشته باشین. از این ویژگی برنامه Rstudio من واقعیتش ندیدم افراد زیادی در ایران استفاده کنند ولی در عمل همچین چیزی هست و میتونین با ایجاد این اکانت بدون نیاز کوچکترین نرم افزاری روی سیستمتون کدهای R رو ران کنید. فقط ی نکته مدنظر داشته باشین و اونم اینه چون کلا 1 گیگ فضا بهتون میده سعی کنین وقتی ی پکیچی باهاش کارتون تموم شد حذفش کنین تا بتونین از بسته های متنوع تری استفاده کنین. این کلود برای کسایی که فقط رو لینوکس کار میکنن و براشون سخته هی بیان روی ویندوز هم خیلی خوبه و میتونن تستش کنن.
#ترفند_های_R
این کلود دوستان برای حالتی خوبه که شما میخواین سر کلاس یه چیزی رو توضیح بدین یا اینکه براتون مقدور نیست همه جا لپتاپتون رو ببرین. اگرم دوست داشتین میتونین اکانتش بخرین و ارتقا بدین دسترسی خودتون تا به فضای بیشتری دسترسی داشته باشین. از این ویژگی برنامه Rstudio من واقعیتش ندیدم افراد زیادی در ایران استفاده کنند ولی در عمل همچین چیزی هست و میتونین با ایجاد این اکانت بدون نیاز کوچکترین نرم افزاری روی سیستمتون کدهای R رو ران کنید. فقط ی نکته مدنظر داشته باشین و اونم اینه چون کلا 1 گیگ فضا بهتون میده سعی کنین وقتی ی پکیچی باهاش کارتون تموم شد حذفش کنین تا بتونین از بسته های متنوع تری استفاده کنین. این کلود برای کسایی که فقط رو لینوکس کار میکنن و براشون سخته هی بیان روی ویندوز هم خیلی خوبه و میتونن تستش کنن.
#ترفند_های_R
👍3
معرفی SRPlot
اگه دنبال یه ابزار خوب و انلاین بدون دردسر برای ترسیم صدهانوع پلات مختلف با کیفیت عالی و قابلیت تنظیم فونت و رنگ و ابعاد گراف ها می گردین این ابزار امتحان کنین. فوق العاده عالی هستش و می تونین از این ابزار به راحتی در تهیه گراف هاتون برای مقالات و پایان نامتون استفاده کنین. برای استفاده از این ابزار باید یک اکانت در اون ایجاد کنین و سپس از محتویات ابزار استفاده کنید.
https://bioinformatics.com.cn/en
اگه دنبال یه ابزار خوب و انلاین بدون دردسر برای ترسیم صدهانوع پلات مختلف با کیفیت عالی و قابلیت تنظیم فونت و رنگ و ابعاد گراف ها می گردین این ابزار امتحان کنین. فوق العاده عالی هستش و می تونین از این ابزار به راحتی در تهیه گراف هاتون برای مقالات و پایان نامتون استفاده کنین. برای استفاده از این ابزار باید یک اکانت در اون ایجاد کنین و سپس از محتویات ابزار استفاده کنید.
https://bioinformatics.com.cn/en
👍5❤2
👍6
آشنایی با روش Bulk Segregant Analysis (BSA)
منبع تصویر پیوست: https://www.nature.com/articles/nbt.2095
منبع تصویر پیوست: https://www.nature.com/articles/nbt.2095
👍3
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
آشنایی با روش Bulk Segregant Analysis (BSA) منبع تصویر پیوست: https://www.nature.com/articles/nbt.2095
روش Bulk Segregant Analysis (#BSA) یک روش ژنتیکی قدرتمند برای شناسایی ژن‌ها یا نواحی ژنومی مرتبط با صفات خاص است. این روش معمولاً در مطالعات ژنتیکی گیاهان و موجودات مدل استفاده می‌شود و به ویژه برای شناسایی ژن‌های مسئول صفات کمی (QTLs#) یا صفات کیفی مفید است. BSA بر اساس مقایسه‌ی فراوانی آلل‌ها در دو گروه از افراد یک جمعیت (معمولاً والدین و فرزندان) کار می‌کند. این دو گروه شامل یک گروه با فنوتیپ مورد نظر (مانند مقاومت به بیماری) و یک گروه بدون آن فنوتیپ (مانند حساسیت به بیماری) است. با مقایسه‌ی تفاوت‌های ژنتیکی بین این دو گروه، می‌توان نواحی ژنومی مرتبط با صفت مورد نظر را شناسایی کرد.
در مرحله‌ی اول، یک جمعیت در حال تفرق مانند F2 یا backcross ایجاد می‌شود که از تلاقی دو والد با فنوتیپ‌های متفاوت (مثلاً مقاوم و حساس) به‌دست می‌آید. سپس، افراد این جمعیت بر اساس فنوتیپ مورد نظر به دو گروه تقسیم می‌شوند: یک گروه با فنوتیپ مورد نظر (مانند مقاومت) و یک گروه بدون آن (مانند حساسیت). DNA این دو گروه به صورت جداگانه استخراج شده و با هم مخلوط می‌شوند تا دو bulk DNA ایجاد شود. این bulkها نماینده‌ی کل ژنوم هر گروه هستند. سپس، از روش‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) یا نشانگرهای مولکولی (مانند SNPها) برای مقایسه‌ی فراوانی آلل‌ها بین دو bulk استفاده می‌شود.
در نهایت، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، نواحی ژنومی که در آن‌ها تفاوت معناداری در فراوانی آلل‌ها بین دو bulk وجود دارد، شناسایی می‌شوند. این نواحی به عنوان کاندیدای مرتبط با صفت مورد نظر در نظر گرفته می‌شوند. سپس، این نواحی با دقت بیشتری بررسی می‌شوند تا ژن‌های خاص مسئول صفت شناسایی شوند. BSA یک روش سریع و مقرون‌به‌صرفه برای شناسایی ژن‌های مرتبط با صفات پیچیده است و به ویژه در مطالعات ژنتیکی گیاهان کاربرد گسترده‌ای دارد.
به طور کلی QTL مخفف عبارت Quantitative Trait Locus (مکان صفت کمی) است و به ناحیه‌ای از ژنوم اشاره دارد که با تغییرات در یک صفت کمی (Quantitative Trait) مرتبط است. صفات کمی، صفاتی هستند که به جای داشتن حالت‌های مجزا (مانند مقاوم یا حساس)، به صورت طیفی از مقادیر پیوسته ظاهر می‌شوند. این صفات معمولاً تحت تأثیر چندین ژن و همچنین عوامل محیطی قرار می‌گیرند. مثال‌هایی از صفات کمی شامل قد، وزن، عملکرد محصولات زراعی، مقاومت به بیماری‌ها و میزان تولید متابولیت‌های خاص هستند.
در مرحله‌ی اول، یک جمعیت در حال تفرق مانند F2 یا backcross ایجاد می‌شود که از تلاقی دو والد با فنوتیپ‌های متفاوت (مثلاً مقاوم و حساس) به‌دست می‌آید. سپس، افراد این جمعیت بر اساس فنوتیپ مورد نظر به دو گروه تقسیم می‌شوند: یک گروه با فنوتیپ مورد نظر (مانند مقاومت) و یک گروه بدون آن (مانند حساسیت). DNA این دو گروه به صورت جداگانه استخراج شده و با هم مخلوط می‌شوند تا دو bulk DNA ایجاد شود. این bulkها نماینده‌ی کل ژنوم هر گروه هستند. سپس، از روش‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) یا نشانگرهای مولکولی (مانند SNPها) برای مقایسه‌ی فراوانی آلل‌ها بین دو bulk استفاده می‌شود.
تلاقی Backcross (به فارسی: تلاقی بازگشتی) یک روش اصلاحی در ژنتیک و اصلاح نباتات زراعی است که برای انتقال یک یا چند ژن مطلوب از یک والد (معمولاً والد اهداکننده) به ژنوم والد دیگر (معمولاً والد گیرنده یا والد تکرارشونده) استفاده می‌شود. این روش به ویژه زمانی مفید است که بخواهیم یک صفت خاص (مانند مقاومت به بیماری یا یک ویژگی کیفی) را از یک والد به ژنوم والد دیگر منتقل کنیم، در حالی که بقیه ژنوم والد گیرنده حفظ شود.
در نهایت، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، نواحی ژنومی که در آن‌ها تفاوت معناداری در فراوانی آلل‌ها بین دو bulk وجود دارد، شناسایی می‌شوند. این نواحی به عنوان کاندیدای مرتبط با صفت مورد نظر در نظر گرفته می‌شوند. سپس، این نواحی با دقت بیشتری بررسی می‌شوند تا ژن‌های خاص مسئول صفت شناسایی شوند. BSA یک روش سریع و مقرون‌به‌صرفه برای شناسایی ژن‌های مرتبط با صفات پیچیده است و به ویژه در مطالعات ژنتیکی گیاهان کاربرد گسترده‌ای دارد.
👍8❤1
اخبار جدید حاکی از ورود ویروس HmPV یا Human metapneumovirusبه ایران دارد؟ این ویروس دارای قدرت تهاجمی بالا می باشد با درگیر کردن سیستم ریوی افراد مسن و خیلی جوان علائم و تظاهرات بالینی شدیدی از خود نشان دهد. برخلاف ویروس کرونا که یک ویروس ناشناخته بود، ویروس HMPV شناخته شده است و در حال حاضر درمان هایی هم برای مقابله با ان در دسترس است که بیشتر از نوع مراقبتی می باشد. با توجه به پیک شیوع سریع ان از #چین، امکان همه گیری جهانی ان طی ماه های اینده وجود دارد و در این خصوص CDC و WHO هشدارهای لازم را صادر کرده اند. بنابراین با رعایت پرتکل های بهداشتی می توانید از ابتلا به این بیماری جلوگیری نمایید.
برونشیولیت، برونشیت، پنومونی، آسم یا تشدید COPD و عفونت گوش (اوتیت میانی) از عوارض ابتلا به HMPV هستند
لینک های مفید
آشنایی با ویروس HMPV
اپدیت روزانهWHO در خصوص HMPV
اخرین بروزرسانی CDCدر خصوص HMPV
اطلاعات ژنومی ویروس HMPV
لینک های مفید
آشنایی با ویروس HMPV
اپدیت روزانهWHO در خصوص HMPV
اخرین بروزرسانی CDCدر خصوص HMPV
اطلاعات ژنومی ویروس HMPV
😢5🔥1
ربات های تلگرامی شبکه گیاهی ایران
شناسایی گیاهان (نسخه ۲)
با ارسال عکس، گیاه شناسایی و مشخصات گیاهان ارسال خواهد شد.
@picNetplantBot
دریافت اطلاعات گیاهان ایران (نسخه ۱)
با جستجو نام علمی، جنس و گونه گیاهان اطلاعات مربوط به گیاهان ایران دریافت کنید.
@netplantbot
در زمینم چه گیاه دارویی بکارم؟ (نسخه ۱)
با ارسال اطلاعات جغرافیایی، خاک و آب اطلاعات کامل چهار گیاه دارویی مناسب کشت دریافت کنید.
@medNetplantbot
شناسایی گیاهان (نسخه ۲)
با ارسال عکس، گیاه شناسایی و مشخصات گیاهان ارسال خواهد شد.
@picNetplantBot
دریافت اطلاعات گیاهان ایران (نسخه ۱)
با جستجو نام علمی، جنس و گونه گیاهان اطلاعات مربوط به گیاهان ایران دریافت کنید.
@netplantbot
در زمینم چه گیاه دارویی بکارم؟ (نسخه ۱)
با ارسال اطلاعات جغرافیایی، خاک و آب اطلاعات کامل چهار گیاه دارویی مناسب کشت دریافت کنید.
@medNetplantbot
👍4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
اخبار جدید حاکی از ورود ویروس HmPV یا Human metapneumovirusبه ایران دارد؟ این ویروس دارای قدرت تهاجمی بالا می باشد با درگیر کردن سیستم ریوی افراد مسن و خیلی جوان علائم و تظاهرات بالینی شدیدی از خود نشان دهد. برخلاف ویروس کرونا که یک ویروس ناشناخته بود، ویروس…
آشنایی با ژنوم HMPV
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس
ویروس متاپنوموویروس انسانی (Human Metapneumovirus یا HMPV) یک ویروس ns-ssRNA است که متعلق به خانواده Pneumoviridae و زیرخانواده Pneumovirinae می‌باشد. ژنوم HMPV حدود ۱۳ کیلوباز طول دارد و شامل هشت ژن است که پروتئین‌های ساختاری و غیرساختاری را کد می‌کنند. این ژن‌ها شامل پروتئین‌های ضروری مانند پروتئین اتصال (G)، پروتئین فیوژن (F)، پروتئین ماتریکس (M)، و پروتئین نوکلئوکپسید (N) هستند. پروتئین‌های F و G نقش کلیدی در اتصال و ورود ویروس به سلول‌های میزبان ایفا می‌کنند. HMPV به دو ژنوتایپ اصلی A و B تقسیم می‌شود که هر کدام شامل زیرگروه‌های متعددی هستند. این ویروس یکی از عوامل مهم عفونت‌های دستگاه تنفسی در کودکان، افراد مسن و افراد با سیستم ایمنی ضعیف است و علائمی مشابه ویروس سینسیشیال تنفسی (RSV) ایجاد می‌کند.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس
ویروس متاپنوموویروس انسانی (Human Metapneumovirus یا HMPV) یک ویروس ns-ssRNA است که متعلق به خانواده Pneumoviridae و زیرخانواده Pneumovirinae می‌باشد. ژنوم HMPV حدود ۱۳ کیلوباز طول دارد و شامل هشت ژن است که پروتئین‌های ساختاری و غیرساختاری را کد می‌کنند. این ژن‌ها شامل پروتئین‌های ضروری مانند پروتئین اتصال (G)، پروتئین فیوژن (F)، پروتئین ماتریکس (M)، و پروتئین نوکلئوکپسید (N) هستند. پروتئین‌های F و G نقش کلیدی در اتصال و ورود ویروس به سلول‌های میزبان ایفا می‌کنند. HMPV به دو ژنوتایپ اصلی A و B تقسیم می‌شود که هر کدام شامل زیرگروه‌های متعددی هستند. این ویروس یکی از عوامل مهم عفونت‌های دستگاه تنفسی در کودکان، افراد مسن و افراد با سیستم ایمنی ضعیف است و علائمی مشابه ویروس سینسیشیال تنفسی (RSV) ایجاد می‌کند.
1- Panda et al.2014
2. Hoogen et al. 2001
👍6🤬1