چند تکرار زیستی (Biological replicate) در یک آزمایش RNA-seq مورد نیاز است و از کدام ابزارهای تحلیل بیان متفاوت (Differential Expression) باید برای تحلیل آنها استفاده کرد؟
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1774
تهیه و تدوین: حسن رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تکرارهای زیستی در آزمایشات RNA-seq از اهمیت بالایی برخوردارند، زیرا به محققان اجازه می‌دهند تا تغییرات طبیعی بیولوژیکی را از خطاهای فنی و نویزهای آزمایشی که در طول انجام آزمایشات RNAseq ممکن است رخ دهد متمایز کنند.
با افزایش تعداد تکرارها، قدرت آماری آزمایش بهبود یافته و توانایی شناسایی دقیق ژن‌های با بیان متفاوت(Differentially Expressed Genes) افزایش می‌یابد.
تکرارهای بیشتر همچنین دقت در اندازه‌گیری تغییرات بیان ژن‌ها را بالا برده و نتایج را قابل اعتمادتر و قابل تعمیم‌تر می‌کنند.
....بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1774
تهیه و تدوین: حسن رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تکرارهای زیستی در آزمایشات RNA-seq از اهمیت بالایی برخوردارند، زیرا به محققان اجازه می‌دهند تا تغییرات طبیعی بیولوژیکی را از خطاهای فنی و نویزهای آزمایشی که در طول انجام آزمایشات RNAseq ممکن است رخ دهد متمایز کنند.
با افزایش تعداد تکرارها، قدرت آماری آزمایش بهبود یافته و توانایی شناسایی دقیق ژن‌های با بیان متفاوت(Differentially Expressed Genes) افزایش می‌یابد.
تکرارهای بیشتر همچنین دقت در اندازه‌گیری تغییرات بیان ژن‌ها را بالا برده و نتایج را قابل اعتمادتر و قابل تعمیم‌تر می‌کنند.
....بیشتر بخوانید...
1- Schurch et al. 2016-مطالعه آنلاین منبع
2- دانلود فایل مقاله منبع
👍3🔥1👏1
839.pdf
477 KB
چند تکرار زیستی (Biological replicate) در یک آزمایش RNA-seq مورد نیاز است و از کدام ابزارهای تحلیل بیان متفاوت (Differential Expression) باید برای تحلیل آنها استفاده کرد؟
لینک به اطلاعات تکمیلی
لینک به اطلاعات تکمیلی
👍2🔥1🥰1
برای افزایش مخاطبان کانال، ادرس ما را با دوستان خود به اشتراک بگذارید...
@irbioinformatics
چرا باید در این کانال عضو باشید؟
1- دسترسی به بروزرسانی نرم افزارها و فایل های اپدیت هر نرم افزار اختصاصی
2- دسترسی به بروزترین اخبار حوزه بیوتکنولوژی، بیوانفورماتیک و سایر مسائل زیستی مرتبط
3- دسترسی به محتوای آموزشی و علمی متنوع
4- دسترسی به ویدیوها و دوره های آموزشی
5- عدم تبلیغات نابجا و مزاحم
6- دسترسی و تبادل اطلاعات با ادامین کانال
7- دسترسی به شبکه پویا و دینامیک از کتاب ها و مقالات زیستی
8- و دهها مزیت دیگر...
@irbioinformatics
👍4👏1
آشنایی با روش طیف سنجی جرمی MALDI-TOF
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
روش MALDI-TOF مخفف Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight می باشد و به عنوان یک تکنیک تحلیلی پیشرفته در طیف‌سنجی جرمی است که برای شناسایی و تحلیل مولکول‌های زیستی مانند پروتئین‌ها، پپتیدها، DNA و سایر ترکیبات آلی با وزن مولکولی بالا استفاده می‌شود.
این روش به دلیل دقت بالا، سرعت و حساسیت زیاد، به طور گسترده در تحقیقات زیستی، پزشکی و صنعتی کاربرد دارد.
...بیشتر بخوانید... (این پست مجددا بروزرسانی می شود)
@irbioinformatics
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
روش MALDI-TOF مخفف Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight می باشد و به عنوان یک تکنیک تحلیلی پیشرفته در طیف‌سنجی جرمی است که برای شناسایی و تحلیل مولکول‌های زیستی مانند پروتئین‌ها، پپتیدها، DNA و سایر ترکیبات آلی با وزن مولکولی بالا استفاده می‌شود.
این روش به دلیل دقت بالا، سرعت و حساسیت زیاد، به طور گسترده در تحقیقات زیستی، پزشکی و صنعتی کاربرد دارد.
...بیشتر بخوانید... (این پست مجددا بروزرسانی می شود)
@irbioinformatics
❤3👍1👏1
معرفی افزونه Scholar PDF reader
تهیه و تدوین: ح. رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
برای شما پیش امده است مقالاتی را در Google scholar سرچ کنید و برای اینکه فایل pdf آنها را دانلود کنید بایستی کلی سایت های مختلف را جستجو کنید.
اکنون گوگل افزونه Scholar pdf reader را معرفی کرده است که نیاز به مطالعه سریع مقالات جستجو شده را در این پایگاه برطرف نموده و تنها با یک کلیک می توانید به فایل pdf مقالاتی که جستجو می کنید دسترسی پیدا کنید و آنها را همزمان با جستجو مطالعه کنید. همچنین می توانید در این سیستم جدید گوگل همزمان با مطالعه مقاله به آن ارجاع دهید یا به سراغ مقاله بعدی بروید.
برای نصب این افزونه بر روی این لینک کلیک کنید و در مرورگر کروم خود آن را نصب کنید.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1779
تهیه و تدوین: ح. رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
برای شما پیش امده است مقالاتی را در Google scholar سرچ کنید و برای اینکه فایل pdf آنها را دانلود کنید بایستی کلی سایت های مختلف را جستجو کنید.
اکنون گوگل افزونه Scholar pdf reader را معرفی کرده است که نیاز به مطالعه سریع مقالات جستجو شده را در این پایگاه برطرف نموده و تنها با یک کلیک می توانید به فایل pdf مقالاتی که جستجو می کنید دسترسی پیدا کنید و آنها را همزمان با جستجو مطالعه کنید. همچنین می توانید در این سیستم جدید گوگل همزمان با مطالعه مقاله به آن ارجاع دهید یا به سراغ مقاله بعدی بروید.
برای نصب این افزونه بر روی این لینک کلیک کنید و در مرورگر کروم خود آن را نصب کنید.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1779
👍6🍾2
آشنایی با Bioreactorها
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
بیوراکتور یک سیستم کنترل‌شده است که برای کشت میکروارگانیسم‌ها یا سلول‌ها در محیطی مناسب استفاده می‌شود. این دستگاه با تنظیم دقیق شرایط محیطی مانند دما، pH، اکسیژن و مواد مغذی، رشد بهینه و تولید محصولات زیستی مانند آنزیم‌ها، پروتئین‌ها، آنتی‌بیوتیک‌ها یا سوخت‌های زیستی را امکان‌پذیر می‌کند. بیوراکتورها در صنایع دارویی، غذایی، کشاورزی و زیست‌فناوری کاربرد گسترده‌ای دارند.
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1784
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
بیوراکتور یک سیستم کنترل‌شده است که برای کشت میکروارگانیسم‌ها یا سلول‌ها در محیطی مناسب استفاده می‌شود. این دستگاه با تنظیم دقیق شرایط محیطی مانند دما، pH، اکسیژن و مواد مغذی، رشد بهینه و تولید محصولات زیستی مانند آنزیم‌ها، پروتئین‌ها، آنتی‌بیوتیک‌ها یا سوخت‌های زیستی را امکان‌پذیر می‌کند. بیوراکتورها در صنایع دارویی، غذایی، کشاورزی و زیست‌فناوری کاربرد گسترده‌ای دارند.
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1784
❤4🔥2👏2👍1
معرفی روش قدرتمند بیوتکنولوژیکیBarnase/Barstar برای تولید بذر هیبرید گیاهان زراعی
تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
روش Barnase/Barstar یک سیستم بیوتکنولوژیکی قدرتمند برای ایجاد نر عقیمی یا (Male Sterility) در گیاهان است که از دو پروتئین باکتریایی به نام‌های Barnase و Barstar استفاده می‌کند.
پروتئین Barnase یک آنزیم RNase بسیار قوی است که RNA را تخریب می‌کند و در صورت بیان در سلول‌های گیاهی، باعث مرگ سلول می‌شود. پروتئین Barstar یک مهارکننده‌ی اختصاصی Barnase است که فعالیت آن را خنثی می‌کند.
این سیستم به‌طور گسترده در تولید بذرهای هیبرید بخصوص درتولید بذر هیبرید کلزا در کانادا به کار می‌رود، زیرا امکان کنترل دقیق فرآیند نرعقیمی را فراهم می‌کند. با توجه به وجود بانک بذر قوی ایران، این روش می تواند به عنوان یک روش هدفمند در تولید بذرهای هیبرید و پر عملکرد سبزی و صیفی و دانه های روغنی به کار رود تا ارزآوری اقتصادی گسترده ای برای کشور داشته باشد.
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1788
تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
روش Barnase/Barstar یک سیستم بیوتکنولوژیکی قدرتمند برای ایجاد نر عقیمی یا (Male Sterility) در گیاهان است که از دو پروتئین باکتریایی به نام‌های Barnase و Barstar استفاده می‌کند.
پروتئین Barnase یک آنزیم RNase بسیار قوی است که RNA را تخریب می‌کند و در صورت بیان در سلول‌های گیاهی، باعث مرگ سلول می‌شود. پروتئین Barstar یک مهارکننده‌ی اختصاصی Barnase است که فعالیت آن را خنثی می‌کند.
این سیستم به‌طور گسترده در تولید بذرهای هیبرید بخصوص در
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1788
❤4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
معرفی روش قدرتمند بیوتکنولوژیکیBarnase/Barstar برای تولید بذر هیبرید گیاهان زراعی تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران روش Barnase/Barstar یک سیستم بیوتکنولوژیکی قدرتمند برای ایجاد نر عقیمی یا (Male Sterility) در گیاهان…
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل امیدوارکننده در حال حاضر در درمان سرطان مطرح هستند، زیرا بیان آنها در سلول‌های سرطانی منجر به مرگ سلولی از طریق آپوپتوز می‌شود.
برای جلوگیری از سمیت در سلول‌های تولیدکننده‌ی ویروس، از روش‌هایی مانند استفاده از پروموترهای القایی، اینترون‌های species-specific و بیان همزمان Barstar/ Barnase استفاده می‌شود.
این استراتژی‌ها امکان تولید وکتورهای ویروسی حاوی ژن‌های سمی را فراهم کرده و نتایج امیدوارکننده‌ای در کشتن سلول‌های سرطانی نشان داده‌اند.
...بیشتر بدانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1791
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل امیدوارکننده در حال حاضر در درمان سرطان مطرح هستند، زیرا بیان آنها در سلول‌های سرطانی منجر به مرگ سلولی از طریق آپوپتوز می‌شود.
برای جلوگیری از سمیت در سلول‌های تولیدکننده‌ی ویروس، از روش‌هایی مانند استفاده از پروموترهای القایی، اینترون‌های species-specific و بیان همزمان Barstar/ Barnase استفاده می‌شود.
این استراتژی‌ها امکان تولید وکتورهای ویروسی حاوی ژن‌های سمی را فراهم کرده و نتایج امیدوارکننده‌ای در کشتن سلول‌های سرطانی نشان داده‌اند.
...بیشتر بدانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1791
❤5👌1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل…
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان تخمدان در شرایط درون سلولی
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در مطالعه پیوست، از فناوری پیش‌هدف‌گیری برای بهبود هدف‌گیری درون‌تنی نانولیپوزوم‌های حامل توکسین PE40 یک فرم کوتاه‌شده از اگزوتوکسین A باکتری سودوموناس آئروژینوزا به سلول‌های سرطانی استفاده شده است.
سیستم پیش‌هدف‌گیری شامل آنزیم Barnase و مهارکننده طبیعی آن Barstar است. Barstar که به پروتئین‌های مهندسی‌شده خاص آنتی‌ژن‌های توموری مانند HER2 و EpCAM متصل شده، به‌عنوان ماژول اولیه برای شناسایی دقیق سلول‌های سرطانی عمل می‌کند.
پروتئین Barnase نیز به عامل درمانی متصل شده و به‌عنوان ماژول ثانویه برای از بین بردن سلول‌های سرطانی استفاده می‌شود. آزمایش‌ها روی موش‌های حامل تومور SKOV-3 در این مطالعه نشان داد که رویکرد پیش‌هدف‌گیری، صرف‌نظر از نوع ماژول هدف‌گیرنده، بسیار مؤثرتر از هدف‌گیری تک‌مرحله‌ای است. این روش می‌تواند گامی نوین در درمان کارسینوم تخمدان با تکیه بر سیستم Barnase/Barstar باشد.
...بیشتر بدانید...
🆔@irbioinformatics
🆔 Instagram
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در مطالعه پیوست، از فناوری پیش‌هدف‌گیری برای بهبود هدف‌گیری درون‌تنی نانولیپوزوم‌های حامل توکسین PE40 یک فرم کوتاه‌شده از اگزوتوکسین A باکتری سودوموناس آئروژینوزا به سلول‌های سرطانی استفاده شده است.
سیستم پیش‌هدف‌گیری شامل آنزیم Barnase و مهارکننده طبیعی آن Barstar است. Barstar که به پروتئین‌های مهندسی‌شده خاص آنتی‌ژن‌های توموری مانند HER2 و EpCAM متصل شده، به‌عنوان ماژول اولیه برای شناسایی دقیق سلول‌های سرطانی عمل می‌کند.
پروتئین Barnase نیز به عامل درمانی متصل شده و به‌عنوان ماژول ثانویه برای از بین بردن سلول‌های سرطانی استفاده می‌شود. آزمایش‌ها روی موش‌های حامل تومور SKOV-3 در این مطالعه نشان داد که رویکرد پیش‌هدف‌گیری، صرف‌نظر از نوع ماژول هدف‌گیرنده، بسیار مؤثرتر از هدف‌گیری تک‌مرحله‌ای است. این روش می‌تواند گامی نوین در درمان کارسینوم تخمدان با تکیه بر سیستم Barnase/Barstar باشد.
...بیشتر بدانید...
🆔@irbioinformatics
❤6