بیوجرونتولوژی یا Biogerontology شاخه‌ای از علوم زیست‌شناسی است که به مطالعه فرآیندهای پیری و مکانیسم‌های زیستی مرتبط با افزایش سن می‌پردازد.
این حوزه علمی تلاش می‌کند تا دلایل بنیادی پیری را در سطح مولکولی، سلولی و فیزیولوژیکی درک کند و راه‌هایی برای کند کردن یا معکوس کردن اثرات پیری و بهبود کیفیت زندگی در سنین بالا ارائه دهد.
بیوجرونتولوژی ترکیبی از علوم مختلف مانند ژنتیک، بیوشیمی، فیزیولوژی و پزشکی است و به موضوعاتی مانند نقش تلومرها، استرس اکسیداتیو، اختلالات متابولیک و تأثیر ژن‌ها بر طول عمر می‌پردازد.
این حوزه همچنین به توسعه درمان‌ها و مداخلاتی مانند داروهای ضدپیری، رژیم‌های غذایی و تغییرات سبک زندگی که ممکن است به افزایش طول عمر سالم کمک کنند، علاقه‌مند است.
...مطالعه بیشتر...
این حوزه علمی تلاش می‌کند تا دلایل بنیادی پیری را در سطح مولکولی، سلولی و فیزیولوژیکی درک کند و راه‌هایی برای کند کردن یا معکوس کردن اثرات پیری و بهبود کیفیت زندگی در سنین بالا ارائه دهد.
بیوجرونتولوژی ترکیبی از علوم مختلف مانند ژنتیک، بیوشیمی، فیزیولوژی و پزشکی است و به موضوعاتی مانند نقش تلومرها، استرس اکسیداتیو، اختلالات متابولیک و تأثیر ژن‌ها بر طول عمر می‌پردازد.
این حوزه همچنین به توسعه درمان‌ها و مداخلاتی مانند داروهای ضدپیری، رژیم‌های غذایی و تغییرات سبک زندگی که ممکن است به افزایش طول عمر سالم کمک کنند، علاقه‌مند است.
...مطالعه بیشتر...
🤔2❤1👍1👀1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
اندر احوالات نیروی وظیفه شناس😂
👍6😁1😐1😨1
معرفی Anna’s Archive
یکی از پلتفرم های دانلود اسناد، مقالات و کتب دیجیتال که جایگزین Sci-hub شده این پلتفرم Anna’s Archive می باشد. شما در این سایت با جستجوی نام مقالات، شناسه DOI یا لینک آنها می توانید به فایل متن کامل انها دسترسی پیدا کنید.
https://annas-archive.org/
یکی از پلتفرم های دانلود اسناد، مقالات و کتب دیجیتال که جایگزین Sci-hub شده این پلتفرم Anna’s Archive می باشد. شما در این سایت با جستجوی نام مقالات، شناسه DOI یا لینک آنها می توانید به فایل متن کامل انها دسترسی پیدا کنید.
https://annas-archive.org/
👍5🥰1
تفاوت هیبریدهای F1 و F2
هیبرید F1 نتیجه تلاقی دو لاین خالص از گیاهان است که هر دو ویژگی‌های ثابت و یکسانی دارند. این هیبریدها معمولاً همگن و یکدست هستند و به دلیل اثر هتروزیس (پدیده برتری نسل اول) ممکن است قوی‌تر از والدین خود باشند. با این حال، اگر بذرهای حاصل از هیبرید F1 را بکارید، نسل دوم (F2) ایجاد می‌شود که گیاهان آن متنوع و متفاوت خواهند بود.
در نسل F2، برخی گیاهان ممکن است بهتر و برخی بدتر از اجداد خود باشند. برای ایجاد یک واریته جدید، می‌توان از این نسل گیاهان مناسب را انتخاب و طی چند نسل تثبیت کرد. این فرآیند پایه‌ای برای اصلاح نباتات و تولید انواع جدید گیاهان است.
@irbioinformatics
هیبرید F1 نتیجه تلاقی دو لاین خالص از گیاهان است که هر دو ویژگی‌های ثابت و یکسانی دارند. این هیبریدها معمولاً همگن و یکدست هستند و به دلیل اثر هتروزیس (پدیده برتری نسل اول) ممکن است قوی‌تر از والدین خود باشند. با این حال، اگر بذرهای حاصل از هیبرید F1 را بکارید، نسل دوم (F2) ایجاد می‌شود که گیاهان آن متنوع و متفاوت خواهند بود.
در نسل F2، برخی گیاهان ممکن است بهتر و برخی بدتر از اجداد خود باشند. برای ایجاد یک واریته جدید، می‌توان از این نسل گیاهان مناسب را انتخاب و طی چند نسل تثبیت کرد. این فرآیند پایه‌ای برای اصلاح نباتات و تولید انواع جدید گیاهان است.
@irbioinformatics
👍7
شواهی از کشف زمان منفی به دست آمده است؟
#خبر
در یک آزمایش جدید در حوزه فیزیک کوانتوم، محققان به رهبری دانیلا آنگولو از دانشگاه تورنتو شواهدی یافته‌اند که نشان می‌دهد فوتون‌ها می‌توانند زمان منفی را در عبور از ابری از اتم‌های سرد سپری کنند، به این معنا که به نظر می‌رسد فوتون‌ها قبل از ورود به ماده، از آن خارج می‌شوند.
این پدیده عجیب، که هنوز مورد بررسی بیشتر قرار نگرفته، از طریق اندازه‌گیری تأخیر زمانی در عبور فوتون‌ها از ابر اتم‌های روبیدیوم سرد مشاهده شد. در برخی موارد، اتم‌ها حتی بدون جذب فوتون‌ها برانگیخته می‌شدند، و گاهی فوتون‌ها به سرعت بازتاب می‌کردند، گویی زودتر از حد انتظار از ماده خارج شده‌اند.
این یافته‌ها درک ما از تعامل نور و ماده را به چالش می‌کشد و پدیده‌های ضد شهودی در دنیای کوانتوم را برجسته می‌کند.
#خبر
در یک آزمایش جدید در حوزه فیزیک کوانتوم، محققان به رهبری دانیلا آنگولو از دانشگاه تورنتو شواهدی یافته‌اند که نشان می‌دهد فوتون‌ها می‌توانند زمان منفی را در عبور از ابری از اتم‌های سرد سپری کنند، به این معنا که به نظر می‌رسد فوتون‌ها قبل از ورود به ماده، از آن خارج می‌شوند.
این پدیده عجیب، که هنوز مورد بررسی بیشتر قرار نگرفته، از طریق اندازه‌گیری تأخیر زمانی در عبور فوتون‌ها از ابر اتم‌های روبیدیوم سرد مشاهده شد. در برخی موارد، اتم‌ها حتی بدون جذب فوتون‌ها برانگیخته می‌شدند، و گاهی فوتون‌ها به سرعت بازتاب می‌کردند، گویی زودتر از حد انتظار از ماده خارج شده‌اند.
این یافته‌ها درک ما از تعامل نور و ماده را به چالش می‌کشد و پدیده‌های ضد شهودی در دنیای کوانتوم را برجسته می‌کند.
Evidence of ‘Negative Time’ Found in Quantum Physics Experiment
👍4🥴1
استفاده از روش کد QTY برای تولید آنزیم های جدید
محققان با استفاده از روشی به نام کد QTY، نسخه‌ای محلول در آب از آنزیم هیستیدین کیناز باکتریایی ایجاد کرده‌اند که عملکرد طبیعی خود را حفظ می‌کند.
این آنزیم، که هدفی امیدوارکننده برای توسعه آنتی‌بیوتیک‌های جدید است، به‌طور معمول در غشای سلولی قرار دارد و در خارج از آن ناپایدار می‌شود. با تبدیل آن به فرم محلول در آب، اکنون می‌توان از آن برای غربالگری سریع داروهای بالقوه استفاده کرد که می‌توانند عملکردهای آنزیم را مختل کنند.
این پیشرفت می‌تواند به ایجاد کلاس جدیدی از آنتی‌بیوتیک‌ها کمک کند، که برای مقابله با مقاومت آنتی‌بیوتیکی ضروری است. این مطالعه همچنین پتانسیل روش QTY را برای کاربردهای دیگر، مانند تبدیل متان به متانول برای کاهش تغییرات آب‌وهوایی، نشان می‌دهد.
@irbioinformatics
محققان با استفاده از روشی به نام کد QTY، نسخه‌ای محلول در آب از آنزیم هیستیدین کیناز باکتریایی ایجاد کرده‌اند که عملکرد طبیعی خود را حفظ می‌کند.
این آنزیم، که هدفی امیدوارکننده برای توسعه آنتی‌بیوتیک‌های جدید است، به‌طور معمول در غشای سلولی قرار دارد و در خارج از آن ناپایدار می‌شود. با تبدیل آن به فرم محلول در آب، اکنون می‌توان از آن برای غربالگری سریع داروهای بالقوه استفاده کرد که می‌توانند عملکردهای آنزیم را مختل کنند.
این پیشرفت می‌تواند به ایجاد کلاس جدیدی از آنتی‌بیوتیک‌ها کمک کند، که برای مقابله با مقاومت آنتی‌بیوتیکی ضروری است. این مطالعه همچنین پتانسیل روش QTY را برای کاربردهای دیگر، مانند تبدیل متان به متانول برای کاهش تغییرات آب‌وهوایی، نشان می‌دهد.
برای مشاهده منبع این خبر بر روی این لینک کلیک کنید
@irbioinformatics
👍5
یکی از بهترین کارهای علمی که در سال 2024 روی پیش بینی عملکرد پروتئین ها برمبنای جهش ها انجام شده به جرات این مقاله هستش که توسط یه گروهی از محققای دانشگاه MIT چاپ شده و روش GGS رو معرفی کردن.
این محققان با استفاده از داده‌های محدود، جهش‌های بهینه برای بهبود عملکرد پروتئین‌ها را پیش‌بینی کرده اند. این روش با آموزش یک مدل شبکه عصبی CNN و ایجاد یکfitness landscape همراه بوده که در آن، مسیرهای جهش احتمالی را شناسایی کرده و با هموار کردن این landscape، جهش‌هایی را پیشنهادمی‌دهد که منجر به ایجاد پروتئین‌های بهینه‌تر می‌شوند.
در نهایت اومدن این روش را روی پروتئین GFP و کپسید ویروس آدنو-آسوسییتد (AAV) آزمایش کردن و نتایج عالی داشته. روش کارشونم تو گیت هاب گذاشتن و میتونین از کدهاشون استفاده کنین.
این محققان با استفاده از داده‌های محدود، جهش‌های بهینه برای بهبود عملکرد پروتئین‌ها را پیش‌بینی کرده اند. این روش با آموزش یک مدل شبکه عصبی CNN و ایجاد یکfitness landscape همراه بوده که در آن، مسیرهای جهش احتمالی را شناسایی کرده و با هموار کردن این landscape، جهش‌هایی را پیشنهادمی‌دهد که منجر به ایجاد پروتئین‌های بهینه‌تر می‌شوند.
در نهایت اومدن این روش را روی پروتئین GFP و کپسید ویروس آدنو-آسوسییتد (AAV) آزمایش کردن و نتایج عالی داشته. روش کارشونم تو گیت هاب گذاشتن و میتونین از کدهاشون استفاده کنین.
1- Improving protein optimization with smoothed fitness landscapes
2- Gibbs sampling with Graph-based Smoothing v2
3- دانلود کدهای منبع و اجرای GGS
👍3
GGS-main.zip
18.2 MB
شیوه نصب و اجرای کدهای مورد استفاده در روش GGS برای پیش بینی عملکرد پروتئین ها براساس جهش
پیش نیازهای نصب:
1- Python 3.9
2- PyTorch Lightning 2.0 with Hydra
3- PyKeOps.
مراحل دانلود و نصب:
پیش نیازهای نصب:
1- Python 3.9
2- PyTorch Lightning 2.0 with Hydra
3- PyKeOps.
مراحل دانلود و نصب:
#clone the repository
git clone https://github.com/kirjner/GGS.git
# Navigate into the unzipped directory
cd GGS
# Install and activate the conda environment from the environment.yaml file
# then setup the ggs package
conda env create -f environment.yaml
conda activate ggs
pip install -e .
👍2
در آنالیز RNAseq چگونه روش‌های نرمال‌سازی (TPM/RPKM/FPKM) را برای بیان mRNA انتخاب کنیم؟
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
یکسان‌سازی اندازه‌گیری‌های مقدار بیان mRNA در مطالعات مختلف، یا نرمال‌سازی داده‌های mRNA، یک مسئله مهم در آنالیز داده های RNAseq است. فراوانی رونوشت‌ها (transcripts) به صورت دیجیتالی با استفاده از تعداد خوانش‌ها (read counts) اندازه‌گیری می‌شود.
برای حذف سوگیری‌های فنی در داده‌های توالی‌یابی شده، مانند عمق توالی‌یابی (توالی‌یابی عمیق‌تر باعث تولید تعداد خوانش‌های بیشتر برای یک ژن می‌شود) و طول ژن (ژن‌های طولانی‌تر در سطح یکسان توالی‌یابی، تعداد خوانش‌های بیشتری تولید می‌کنند)، نرمال‌سازی اندازه‌گیری‌های بیان ژن ضروری است.
...بیشتر بخوانید...(لینک این فرسته بروزرسانی می شود)
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
یکسان‌سازی اندازه‌گیری‌های مقدار بیان mRNA در مطالعات مختلف، یا نرمال‌سازی داده‌های mRNA، یک مسئله مهم در آنالیز داده های RNAseq است. فراوانی رونوشت‌ها (transcripts) به صورت دیجیتالی با استفاده از تعداد خوانش‌ها (read counts) اندازه‌گیری می‌شود.
برای حذف سوگیری‌های فنی در داده‌های توالی‌یابی شده، مانند عمق توالی‌یابی (توالی‌یابی عمیق‌تر باعث تولید تعداد خوانش‌های بیشتر برای یک ژن می‌شود) و طول ژن (ژن‌های طولانی‌تر در سطح یکسان توالی‌یابی، تعداد خوانش‌های بیشتری تولید می‌کنند)، نرمال‌سازی اندازه‌گیری‌های بیان ژن ضروری است.
...بیشتر بخوانید...(لینک این فرسته بروزرسانی می شود)
1- Zhao et al. 2021
2- Rashmi, et al. 2016
👍5👏2❤1👌1
#برگی_از_تاریخ
برنده جایزه نوبل، گرترود الیون، مدرک کارشناسی ارشد خود را در رشته شیمی در حالی به دست آورد که به عنوان معلم کار می‌کرد و تحقیقات خود را در شب‌ها و آخر هفته‌ها انجام می‌داد. حتی پس از اتمام تحصیلاتش، موانعی سر راه او قرار داشت، زیرا به عنوان یک زن، فرصت‌های شغلی در حوزه علم محدود بود. با این حال، با شروع جنگ جهانی دوم، کمبود شیمیدان‌ها به وجود آمد و الیون توانست در آزمایشگاهی به همراه جورج هیچینگز مشغول به کار شود.
الیون و هیچینگز با همکاری یکدیگر روش جدیدی برای طراحی داروها بر اساس دانش بیوشیمی و بیماری‌ها توسعه دادند. پیش از این، داروها از مواد طبیعی تولید می‌شدند. یکی از اولین داروهایی که این دو تولید کردند، برای درمان لوسمی (سرطان خون) بود و به بسیاری از کودکان مبتلا به این بیماری کمک کرد تا زنده بمانند. سایر داروهایی که آنها ایجاد کردند، برای مبارزه با مالاریا، عفونت‌ها و کمک به پیوند اعضا استفاده شده‌اند.
برنده جایزه نوبل، گرترود الیون، مدرک کارشناسی ارشد خود را در رشته شیمی در حالی به دست آورد که به عنوان معلم کار می‌کرد و تحقیقات خود را در شب‌ها و آخر هفته‌ها انجام می‌داد. حتی پس از اتمام تحصیلاتش، موانعی سر راه او قرار داشت، زیرا به عنوان یک زن، فرصت‌های شغلی در حوزه علم محدود بود. با این حال، با شروع جنگ جهانی دوم، کمبود شیمیدان‌ها به وجود آمد و الیون توانست در آزمایشگاهی به همراه جورج هیچینگز مشغول به کار شود.
الیون و هیچینگز با همکاری یکدیگر روش جدیدی برای طراحی داروها بر اساس دانش بیوشیمی و بیماری‌ها توسعه دادند. پیش از این، داروها از مواد طبیعی تولید می‌شدند. یکی از اولین داروهایی که این دو تولید کردند، برای درمان لوسمی (سرطان خون) بود و به بسیاری از کودکان مبتلا به این بیماری کمک کرد تا زنده بمانند. سایر داروهایی که آنها ایجاد کردند، برای مبارزه با مالاریا، عفونت‌ها و کمک به پیوند اعضا استفاده شده‌اند.
❤10👍1