یک مقاله جدیدی چاپ شده یکی دو هفته پیش و در این مقاله به سوداوری و حاشیه سود پابلیشرهای مطرح جهانی مثل Elsevier, MDPI, Springer Nature, Plos One, Frontiers پرداخته شده و براساس یافته های این مقاله طی سال های 2019 تا 2023 این ناشران بین المللی سالانه بیش از 600 میلیون دلار سود کردند و براورد شده که مبلغ سوداوری جهانی این ناشران روی هم رفته بیش از 8 میلیارد دلار هستش بدون اینکه این ناشران گام موثر و رایگانی در جهت خدمت به پژوهشگران بین المللی بردارند.
با وجود اینکه این داده ها تخمینی است، اما هنوز این ناشران در رابطه با درامد خودشون هیچ شفاف سازی نمی کنند، اینکه سودبدست امده کجا خرج میشه؟ کدام شرکت ها یا سازمان ها پشت این ناشران هستند و چرا اکثر این ناشران دیگه مقالات رایگان چاپ نمی کنند؟ خواندن این مقاله منتقدانه به شما عزیزان توصیه می شود تا بدانید چگونه زحمات شبانه روزی شما تبدیل به سود هنگفت برای ناشران بین المللی بدون پرداخت حتی یک ریال به شما می شود.
...دانلود مقاله...
با وجود اینکه این داده ها تخمینی است، اما هنوز این ناشران در رابطه با درامد خودشون هیچ شفاف سازی نمی کنند، اینکه سودبدست امده کجا خرج میشه؟ کدام شرکت ها یا سازمان ها پشت این ناشران هستند و چرا اکثر این ناشران دیگه مقالات رایگان چاپ نمی کنند؟ خواندن این مقاله منتقدانه به شما عزیزان توصیه می شود تا بدانید چگونه زحمات شبانه روزی شما تبدیل به سود هنگفت برای ناشران بین المللی بدون پرداخت حتی یک ریال به شما می شود.
...دانلود مقاله...
👍5👏1
2407.16551v1.pdf
927.4 KB
Estimating global article processing charges paid to six publishers for open access between 2019 and 2023
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1906
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1906
👍5👏1
در اواخر سال 2024 محققان MIT با توسعه یک مدل محاسباتی رایگان جدید به نام AbMap، توانایی پیش‌بینی ساختار آنتی‌بادی‌ها را بهبود بخشیده‌اند. این مدل با تمرکز بر مناطق هایپرواریابل آنتی‌بادی‌ها، که در شناسایی و اتصال به آنتی‌ژن‌ها نقش کلیدی دارند، می‌تواند ساختار آنتی‌بادی‌ها و قدرت اتصال آنها را بر اساس توالی اسیدهای آمینه پیش‌بینی کند. این روش به شناسایی آنتی‌بادی‌های مؤثرتر برای مقابله با بیماری‌هایی مانند کووید-۱۹ کمک می‌کند و می‌تواند در مراحل اولیه توسعه دارو، از هزینه‌های بالای آزمایش‌های ناموفق جلوگیری کند.
علاوه بر این، این مدل امکان تحلیل مجموعه آنتی‌بادی‌های افراد مختلف را فراهم می‌کند و می‌تواند به درک بهتر تفاوت‌های پاسخ ایمنی افراد به عفونت‌هایی مانند HIV و کووید-۱۹ کمک کند. با ترکیب تحلیل توالی و ساختار، این روش دقت بالاتری نسبت به روش‌های سنتی مبتنی بر توالی‌یابی دارد و می‌تواند به طراحی داروهای آنتی‌بادی مؤثرتر منجر شود.
...دانلود مقاله...
...دانلود نرم افزارAbMap...
علاوه بر این، این مدل امکان تحلیل مجموعه آنتی‌بادی‌های افراد مختلف را فراهم می‌کند و می‌تواند به درک بهتر تفاوت‌های پاسخ ایمنی افراد به عفونت‌هایی مانند HIV و کووید-۱۹ کمک کند. با ترکیب تحلیل توالی و ساختار، این روش دقت بالاتری نسبت به روش‌های سنتی مبتنی بر توالی‌یابی دارد و می‌تواند به طراحی داروهای آنتی‌بادی مؤثرتر منجر شود.
...دانلود مقاله...
...دانلود نرم افزارAbMap...
👍3👏1
singh_et_al_2024_learning_the_language_of_antibody_hypervariability.pdf
16.5 MB
Learning the language of antibody hypervariability
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1911
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1911
👍4👏1
abmap-main.zip
116.5 MB
نحوه نصب نرم افزار AbMap: برای نصب این نرم افزار بایستی از سیستم عامل لینوکس توزیع اوبنتو استفاده نمایید. نرم افزار نصب و اجراش تست گردید و بدون مشکل خروجی می دهد. از طریق دستورات زیر می توانید آن را نصب و اجرا کنید.
conda install -c conda-forge biopython -yconda install -c bioconda hmmer=3.3.2 -yپس از انجام مراحل بالا اکنون کد زیر را اجرا کنید:
git clone https://github.com/oxpig/ANARCI.gitcd ANARCI
python setup.py install
pip install abmap # (recommended) latest release from PyPI
pip install git+https://github.com/rs239/ablm.git # the live main branch
👍3👏1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
معرفی بسته نرم افزاری Progressr در R
با استفاده از این بسته نرم افزاری می توانید به راحتی مراحل اجرای کدهای R را رصد کنید و در صورت اجرای کدهای طولانی در هر مرحله وضعیت اجرا و ایجاد خروجی های مربوطه را رصد کنید. برای نصب و راه اندازی این بسته در R کدهای زیر را اجرا کنید
با استفاده از این بسته نرم افزاری می توانید به راحتی مراحل اجرای کدهای R را رصد کنید و در صورت اجرای کدهای طولانی در هر مرحله وضعیت اجرا و ایجاد خروجی های مربوطه را رصد کنید. برای نصب و راه اندازی این بسته در R کدهای زیر را اجرا کنید
▶️ # Load and install package:
> install.packages("progressr")
> install.packages("naptime")
> library(progressr)
> library(naptime)
👍4👏1
یک سوال کلاسیک در بیوشیمی این است: چرا طبیعت فسفات‌ها را انتخاب کرد به جای سولفات‌ها، کربنات‌ها یا هر ترکیب دیگری از این دست؟، در حالی که بدون آنها زندگی به شکلی که می‌شناسیم نمی‌تواند وجود داشته باشد؟
طبیعت فسفات‌ها را به دلیل ویژگی‌های الکترواستاتیک و سینتیک منحصر به فردشان انتخاب کرده است. فسفات‌ها به دلیل بار منفی و دافعه‌های بار-بار، مانع بالایی برای هیدرولیز ایجاد می‌کنند و استرهای فسفات را به ترکیباتی بسیار پایدار تبدیل می‌کنند.
این پایداری برای مولکول‌های حیاتی مانند DNA، RNA و ATP ضروری است، زیرا باید بین پایداری کافی برای ذخیره اطلاعات و انرژی و ناپایداری کافی برای ایجاد، تغییر و تجزیه سریع تعادل برقرار کنند.
از طرفی، همین دافعه‌های الکترواستاتیک امکان تنظیم دقیق هیدرولیز استر فسفات را فراهم می‌کنند، به طوری که می‌توان آن را با تغییر محیط الکترواستاتیک فعال یا غیرفعال کرد. این ویژگی‌ها فسفات‌ها را به گزینه‌ای ایده‌آل برای نقش‌های حیاتی در زیست‌شناسی تبدیل کرده است.
طبیعت فسفات‌ها را به دلیل ویژگی‌های الکترواستاتیک و سینتیک منحصر به فردشان انتخاب کرده است. فسفات‌ها به دلیل بار منفی و دافعه‌های بار-بار، مانع بالایی برای هیدرولیز ایجاد می‌کنند و استرهای فسفات را به ترکیباتی بسیار پایدار تبدیل می‌کنند.
این پایداری برای مولکول‌های حیاتی مانند DNA، RNA و ATP ضروری است، زیرا باید بین پایداری کافی برای ذخیره اطلاعات و انرژی و ناپایداری کافی برای ایجاد، تغییر و تجزیه سریع تعادل برقرار کنند.
از طرفی، همین دافعه‌های الکترواستاتیک امکان تنظیم دقیق هیدرولیز استر فسفات را فراهم می‌کنند، به طوری که می‌توان آن را با تغییر محیط الکترواستاتیک فعال یا غیرفعال کرد. این ویژگی‌ها فسفات‌ها را به گزینه‌ای ایده‌آل برای نقش‌های حیاتی در زیست‌شناسی تبدیل کرده است.
1- Frank Westheimer, 1987
2- Arieh Warshel et al. 2013
❤6👍2👏2🏆1
معرفی بسته نرم افزاری rnafolding در R
یه ابزار ساده و کاربردی در نرم افزار R برای پیش بینی ساختار ثانویه مولکول های RNA با استفاده از رویکرد sliding windows approach. این بسته را می توان در Rstudio نسخه لینوکسی نصب کرد و برای بررسی فولدینگ مولکول های RNA از آن استفاده کرد.
نصب:
اجرا:
نمایش:
یه ابزار ساده و کاربردی در نرم افزار R برای پیش بینی ساختار ثانویه مولکول های RNA با استفاده از رویکرد sliding windows approach. این بسته را می توان در Rstudio نسخه لینوکسی نصب کرد و برای بررسی فولدینگ مولکول های RNA از آن استفاده کرد.
نصب:
install.packages("devtools")devtools::install_github("ruthkr/rnafolding")
اجرا:
# Load the packagelibrary(rnafolding)
# Define the FASTA path from the sample 5S rRNA sequence
seq_5S <- system.file("extdata", "5S.fasta", package = "rnafolding")
# Fold 5S with Sliding Windowswindows_5S <- rnafolding::fold(
filename = seq_5S, winsize = 50,
stepsize = 5
)
نمایش:
plot_structure_map( windows_5S,
plot_list = c("entropy", "bpp"))
👍5❤2
تولد غول دوم هوش مصنوعی چین با نام Qwen
یک برنامه هوش مصنوعی منحصربه فرد و رایگان برای تولید عکس، محتوا و کدنویسی. به نظر میرسه دانشمندای چینی دارن یه شبه کابوس بزرگی رو به شرکت openai و سایر شرکت های هوش مصنوعی امریکایی وارد می کنند...
http://Qwenlm.ai/
این برنامه رایگان و بدون نیاز به استفاده از فیلترشکن در دسترس است
یک برنامه هوش مصنوعی منحصربه فرد و رایگان برای تولید عکس، محتوا و کدنویسی. به نظر میرسه دانشمندای چینی دارن یه شبه کابوس بزرگی رو به شرکت openai و سایر شرکت های هوش مصنوعی امریکایی وارد می کنند...
http://Qwenlm.ai/
این برنامه رایگان و بدون نیاز به استفاده از فیلترشکن در دسترس است
👌6🔥5❤2
سایت مختلف موزیک ♫ گلچین همایون شجریان
(Mokhtalef Music)
همچو نی می‌نالم از سودای دل
آتشی در سینه دارم جای دل
من که با هر داغ پیدا ساختم
سوختم از داغ ناپیدای دل
آتشی در سینه دارم جای دل
من که با هر داغ پیدا ساختم
سوختم از داغ ناپیدای دل
❤3🥰1😢1
این تصویر میکروسکوپ فلورسانس با وضوح بالا، لحظه‌ای حیاتی از میتوز را نشان می‌دهد که احتمالاً مربوط به آنافاز است، جایی که کروموزوم‌های تکثیرشده (زرد) در حال جدا شدن به دو سلول دختری هستند.
این فرآیند برای حفظ یکپارچگی ژنومی در موجودات یوکاریوتی ضروری است. کروموزوم‌ها توسط دوک میتوزی کشیده می‌شوند، در حالی که شبکه اکتین (قرمز) پشتیبانی ساختاری فراهم کرده و در سیتوکینز نقش دارد. میکروتوبول‌ها (آبی) نیز دوک میتوزی را تشکیل می‌دهند و نیروهای لازم برای جداسازی کروماتیدهای خواهری را اعمال می‌کنند.
هرگونه خطا در این فرآیند می‌تواند منجر به ناپایداری ژنومی و سرطان شود. درک تنظیم میتوز برای توسعه درمان‌های هدفمند سرطان حیاتی است، چرا که بسیاری از داروهای شیمی‌درمانی با اختلال در دینامیک میکروتوبول‌ها، باعث توقف میتوز و مرگ سلول‌های سرطانی می‌شوند.
این فرآیند برای حفظ یکپارچگی ژنومی در موجودات یوکاریوتی ضروری است. کروموزوم‌ها توسط دوک میتوزی کشیده می‌شوند، در حالی که شبکه اکتین (قرمز) پشتیبانی ساختاری فراهم کرده و در سیتوکینز نقش دارد. میکروتوبول‌ها (آبی) نیز دوک میتوزی را تشکیل می‌دهند و نیروهای لازم برای جداسازی کروماتیدهای خواهری را اعمال می‌کنند.
هرگونه خطا در این فرآیند می‌تواند منجر به ناپایداری ژنومی و سرطان شود. درک تنظیم میتوز برای توسعه درمان‌های هدفمند سرطان حیاتی است، چرا که بسیاری از داروهای شیمی‌درمانی با اختلال در دینامیک میکروتوبول‌ها، باعث توقف میتوز و مرگ سلول‌های سرطانی می‌شوند.
👍4❤1
پژوهش جدیدی در ژورنال New Physiologist اخیرا توسط گروهی از محققان ایرانی در موسسه IPK آلمان به سرپرستی پرفسور آندرس هوبون به چاپ رسیده است که در آن نشان داده شده است وضعیت بیان ژن و تغییرات اپی ژنتیکی پس از ویرایش ژنومی با استفاده از تکنیک CRISPR/Cas به صورت ثابت بافی می ماند.
براساس این مطالعه وارونگی‌های کروموزومی القاشده توسط CRISPR/Cas تأثیر حداقلی بر چشمانداز اپی‌ژنتیک و بیان ژن دارند و این پروفایل‌ها را در نسل‌های بعدی حفظ می‌کنند.
با آرزوی موفقیت و سلامتی روزافزون برای دوست و برادر ارجمند جناب آقای دکتر رضا حقی و سرکار خانم دکتر سولماز خسروی محققان ارشد ایرانی این پروژه علمی مهم و ارزنده
...دانلود مقاله...
براساس این مطالعه وارونگی‌های کروموزومی القاشده توسط CRISPR/Cas تأثیر حداقلی بر چشمانداز اپی‌ژنتیک و بیان ژن دارند و این پروفایل‌ها را در نسل‌های بعدی حفظ می‌کنند.
با آرزوی موفقیت و سلامتی روزافزون برای دوست و برادر ارجمند جناب آقای دکتر رضا حقی و سرکار خانم دکتر سولماز خسروی محققان ارشد ایرانی این پروژه علمی مهم و ارزنده
...دانلود مقاله...
❤3🔥1