در هنگام انجام تکنیک SDS-PAGE رعایت چه نکاتی برای حصول نتایج قابل اعتماد و با شفافیت بالا ضروری است؟
👍3
هنگام لود پروتئینها بر روی ژل SDS-PAGE (الکتروفورز ژل پلیآکریلآمید در حضور سدیم دودسیل سولفات)، توجه به نکات زیر برای اطمینان از دقت و صحت نتایج ضروری است:
1. آمادهسازی نمونهها:
هموژنسازی صحیح نمونهها: پروتئینها باید به طور کامل در بافر مناسب حل شوند. عدم حل شدن کامل پروتئینها میتواند باعث عدم بارگذاری یکنواخت و تاثیر بر نتایج شود.
استفاده از بافر لودینگ مناسب: نمونهها باید در بافر SDS-PAGE loading buffer که معمولاً حاوی SDS، گلیسین، دترجنت و ماده رنگی است، رقیق شوند. بافر باید حاوی عامل احیاء مانند DTT یا بتا-مرکاپتو اتانول برای حفظ پروتئینها در حالت کاهش یافته باشد.
پایداری پروتئینها: اگر پروتئینها زمان زیادی در دمای اتاق قرار گیرند، میتوانند دچار دناتوره شدن شوند. بنابراین، پروتئینها باید در یخ یا در دمای پایین ذخیره شوند تا از فعالیت آنزیمی یا تخریب آنها جلوگیری شود.
2. تنظیم غلظت پروتئین:
غلیظ بودن نمونهها: غلظت پروتئینها باید در محدوده مناسب باشد (معمولاً 10-50 میکروگرم در هر چاهک). غلظت بالاتر از حد معمول میتواند باعث بارگذاری بیش از حد شده و منجر به تداخل پروتئینها و نتیجهگیری اشتباه شود. از طرفی، غلظت خیلی کم ممکن است منجر به سیگنال ضعیف و عدم مشاهده پروتئینها شود.
اندازهگیری دقیق غلظت پروتئین: برای اندازهگیری دقیق غلظت پروتئینها میتوان از روشهای مختلفی مانند Bradford یا BCA استفاده کرد.
3. دمای نمونهها:
نمونهها باید قبل از بارگذاری بر روی ژل در دمای مناسب (معمولاً 95 درجه سانتیگراد به مدت 5 دقیقه) حرارت داده شوند تا پروتئینها به طور کامل دناتوره شده و به شکل زنجیره خطی (که برای الکتروفورز مناسب است) درآیند.
4. استفاده از لودینگ صحیح:
بارگذاری یکنواخت: هنگام بارگذاری نمونهها در چاهکهای ژل، باید دقت کرد که نمونه به طور یکنواخت و بدون ایجاد حباب به داخل چاهک وارد شود. استفاده از پیپت دقیق و آرام بسیار مهم است.
پرهیز از تماس مستقیم پیپت با ژل: از تماس نوک پیپت با ژل پرهیز کنید تا از آسیب به ژل و ایجاد سیگنالهای خطای غیرطبیعی جلوگیری شود.
5. استفاده از نشانگر وزن مولکولی (Marker):
لودینگ نشانگر وزن مولکولی: حتماً از نشانگر وزن مولکولی مناسب برای تعیین اندازه پروتئینها استفاده کنید. نشانگر باید در شرایط مشابه با نمونهها بارگذاری شود.
کنترلهای مناسب: بهتر است کنترلهایی مانند پروتئینهای شناختهشده با وزن مولکولی مشخص (مثلاً کنترلهای مثبت و منفی) در کنار نمونهها لود شود.
6. کنترل حجم بارگذاری:
حجم نمونه باید به گونهای باشد که در سطح ژل به طور یکنواخت پخش شود و از همپوشانی و پخش پروتئینها جلوگیری کند. معمولا حجم 10-20 میکرولیتر از نمونه مناسب است.
7. ملاحظات هنگام بارگذاری پروتئینهای غنی از لیپید یا مواد آنتیژنیک:
اگر پروتئینها حاوی لیپید یا آنتیژنهایی هستند که به دلیل ویژگیهای فیزیکوشیمیایی مشکل ایجاد میکنند، ممکن است نیاز به پیشدرمان با مواد خاصی مانند دترجنتها یا حلالها برای حل کردن این ترکیبات باشد.
8. کنترل pH بافر:
اطمینان حاصل کنید که بافر لودینگ و بافرهای دیگر (مثل بافر running buffer) دارای pH مناسب برای عملکرد صحیح باشند. معمولاً pH مناسب برای بافرها حدود 8.3 است.
9. مراقبت از ژل در حین اجرا:
از وارد کردن گرما به ژل به طور ناخواسته جلوگیری کنید. گرمای زیاد میتواند به ژل آسیب رسانده و نتایج را تحت تأثیر قرار دهد.
با رعایت این نکات میتوانید از دقت و صحت نتایج SDS-PAGE خود اطمینان حاصل کنید و از تداخل یا خطاهای تجربی جلوگیری کنید.
1. آمادهسازی نمونهها:
هموژنسازی صحیح نمونهها: پروتئینها باید به طور کامل در بافر مناسب حل شوند. عدم حل شدن کامل پروتئینها میتواند باعث عدم بارگذاری یکنواخت و تاثیر بر نتایج شود.
استفاده از بافر لودینگ مناسب: نمونهها باید در بافر SDS-PAGE loading buffer که معمولاً حاوی SDS، گلیسین، دترجنت و ماده رنگی است، رقیق شوند. بافر باید حاوی عامل احیاء مانند DTT یا بتا-مرکاپتو اتانول برای حفظ پروتئینها در حالت کاهش یافته باشد.
پایداری پروتئینها: اگر پروتئینها زمان زیادی در دمای اتاق قرار گیرند، میتوانند دچار دناتوره شدن شوند. بنابراین، پروتئینها باید در یخ یا در دمای پایین ذخیره شوند تا از فعالیت آنزیمی یا تخریب آنها جلوگیری شود.
2. تنظیم غلظت پروتئین:
غلیظ بودن نمونهها: غلظت پروتئینها باید در محدوده مناسب باشد (معمولاً 10-50 میکروگرم در هر چاهک). غلظت بالاتر از حد معمول میتواند باعث بارگذاری بیش از حد شده و منجر به تداخل پروتئینها و نتیجهگیری اشتباه شود. از طرفی، غلظت خیلی کم ممکن است منجر به سیگنال ضعیف و عدم مشاهده پروتئینها شود.
اندازهگیری دقیق غلظت پروتئین: برای اندازهگیری دقیق غلظت پروتئینها میتوان از روشهای مختلفی مانند Bradford یا BCA استفاده کرد.
3. دمای نمونهها:
نمونهها باید قبل از بارگذاری بر روی ژل در دمای مناسب (معمولاً 95 درجه سانتیگراد به مدت 5 دقیقه) حرارت داده شوند تا پروتئینها به طور کامل دناتوره شده و به شکل زنجیره خطی (که برای الکتروفورز مناسب است) درآیند.
4. استفاده از لودینگ صحیح:
بارگذاری یکنواخت: هنگام بارگذاری نمونهها در چاهکهای ژل، باید دقت کرد که نمونه به طور یکنواخت و بدون ایجاد حباب به داخل چاهک وارد شود. استفاده از پیپت دقیق و آرام بسیار مهم است.
پرهیز از تماس مستقیم پیپت با ژل: از تماس نوک پیپت با ژل پرهیز کنید تا از آسیب به ژل و ایجاد سیگنالهای خطای غیرطبیعی جلوگیری شود.
5. استفاده از نشانگر وزن مولکولی (Marker):
لودینگ نشانگر وزن مولکولی: حتماً از نشانگر وزن مولکولی مناسب برای تعیین اندازه پروتئینها استفاده کنید. نشانگر باید در شرایط مشابه با نمونهها بارگذاری شود.
کنترلهای مناسب: بهتر است کنترلهایی مانند پروتئینهای شناختهشده با وزن مولکولی مشخص (مثلاً کنترلهای مثبت و منفی) در کنار نمونهها لود شود.
6. کنترل حجم بارگذاری:
حجم نمونه باید به گونهای باشد که در سطح ژل به طور یکنواخت پخش شود و از همپوشانی و پخش پروتئینها جلوگیری کند. معمولا حجم 10-20 میکرولیتر از نمونه مناسب است.
7. ملاحظات هنگام بارگذاری پروتئینهای غنی از لیپید یا مواد آنتیژنیک:
اگر پروتئینها حاوی لیپید یا آنتیژنهایی هستند که به دلیل ویژگیهای فیزیکوشیمیایی مشکل ایجاد میکنند، ممکن است نیاز به پیشدرمان با مواد خاصی مانند دترجنتها یا حلالها برای حل کردن این ترکیبات باشد.
8. کنترل pH بافر:
اطمینان حاصل کنید که بافر لودینگ و بافرهای دیگر (مثل بافر running buffer) دارای pH مناسب برای عملکرد صحیح باشند. معمولاً pH مناسب برای بافرها حدود 8.3 است.
9. مراقبت از ژل در حین اجرا:
از وارد کردن گرما به ژل به طور ناخواسته جلوگیری کنید. گرمای زیاد میتواند به ژل آسیب رسانده و نتایج را تحت تأثیر قرار دهد.
با رعایت این نکات میتوانید از دقت و صحت نتایج SDS-PAGE خود اطمینان حاصل کنید و از تداخل یا خطاهای تجربی جلوگیری کنید.
👍5💯1
📑 A review of transformers in drug discovery and beyond
📕 Journal: Journal of Pharmaceutical Analysis (I.F.=6.1)
🗓Publish year: 2024
🧑💻Authors: Jian Jiang, Long Chen, Lu Ke, ...
🏢Universities: Wuhan Textile University, China - Michigan State University, USA
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #transformer
📕 Journal: Journal of Pharmaceutical Analysis (I.F.=6.1)
🗓Publish year: 2024
🧑💻Authors: Jian Jiang, Long Chen, Lu Ke, ...
🏢Universities: Wuhan Textile University, China - Michigan State University, USA
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#review #drug #transformer
👍1
👩💻 Julia Programming Language for Biologists
📗 Journal: Nature Methods (🔥 I.F.=36.1)
🗓Publish year: 2023
🧑💻Authors: Elisabeth Roesch, Joe G. Greener, Adam L. MacLean, ...
🏢Universities: University of Melbourne - Australia, University of Southern California, Berkeley, Massachusetts Institute of Technology - USA, Cambridge, UK
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#programming #julia
📗 Journal: Nature Methods (🔥 I.F.=36.1)
🗓Publish year: 2023
🧑💻Authors: Elisabeth Roesch, Joe G. Greener, Adam L. MacLean, ...
🏢Universities: University of Melbourne - Australia, University of Southern California, Berkeley, Massachusetts Institute of Technology - USA, Cambridge, UK
📎 Study the paper
📲Channel: @irBioinformatics
#programming #julia
👍1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
هرآنچه که باید در مورد کرم های ضدآفتاب بدانید...
عمدتا کرمهای ضدآفتاب از طریق ایجاد یک سد محافظ روی پوست عمل میکنند تا اثرات مضر اشعههای فرابنفش (UV) خورشید را کاهش دهند. این کرمها معمولاً از ترکیبی از فیلترهای شیمیایی و فیزیکی استفاده میکنند. مکانیسم عمل آنها را میتوان به دو دسته تقسیم کرد:
1. فیلترهای فیزیکی (Mineral Sunscreens):
این فیلترها شامل موادی مانند اکسید روی (Zinc Oxide) و دیاکسید تیتانیوم (Titanium Dioxide) هستند.
این مواد روی سطح پوست مینشینند و اشعههای UV را منعکس یا پراکنده میکنند، شبیه به آینهای که نور را بازتاب میدهد.
فیلترهای فیزیکی در برابر هر دو نوع اشعه UVA و UVB محافظت ایجاد میکنند و به طور کلی برای پوستهای حساس مناسبتر هستند.
2. فیلترهای شیمیایی (Chemical Sunscreens):
این فیلترها شامل ترکیباتی مانند آووبنزون (Avobenzone)، اکسیبنزون (Oxybenzone)، و اکتوکریلن (Octocrylene) هستند.
این مواد به داخل لایه سطحی پوست جذب میشوند و اشعههای UV را پیش از آسیب رساندن به پوست، به گرما تبدیل کرده و دفع میکنند.
کرمهای شیمیایی اغلب سبکتر و کمتر قابل مشاهده هستند، اما ممکن است برای پوستهای حساس تحریککننده باشند.
3. محافظت در برابر اشعههای مختلف UV:
UVA: اشعهای با طول موج بلند که به عمق پوست نفوذ کرده و باعث پیری زودرس و آسیب به کلاژن میشود.
UVB: اشعهای با طول موج کوتاهتر که بیشتر مسئول آفتابسوختگی است و با سرطان پوست مرتبط است.
یک کرم ضدآفتاب مؤثر باید برچسب طیف گسترده (Broad-Spectrum) داشته باشد، به این معنا که در برابر هر دو نوع اشعه محافظت میکند.
4. SPF (Sun Protection Factor):
عدد SPF نشاندهنده سطح محافظت در برابر UVB است.
به طور مثال، SPF 30 به این معناست که کرم 97% از اشعههای UVB را مسدود میکند.
هیچ کرمی نمیتواند 100% محافظت ایجاد کند، اما استفاده صحیح از کرم ضدآفتاب به کاهش خطرات کمک میکند.
5. نکات استفاده:
کرم ضدآفتاب باید 30 دقیقه قبل از قرارگیری در معرض آفتاب استفاده شود.
هر 2 ساعت یا پس از شنا یا تعریق باید تجدید شود.
برای محافظت بهتر، ضدآفتاب باید به مقدار کافی روی تمامی نواحی پوست استفاده شود.
6. مزایا:
کاهش خطر سرطان پوست.
پیشگیری از پیری زودرس پوست و چین و چروک.
جلوگیری از آفتابسوختگی و آسیبهای طولانیمدت ناشی از نور خورشید.
بنابراین، کرم ضدآفتاب یکی از مهمترین ابزارهای محافظت از پوست در برابر آسیبهای ناشی از نور خورشید است.
1. فیلترهای فیزیکی (Mineral Sunscreens):
این فیلترها شامل موادی مانند اکسید روی (Zinc Oxide) و دیاکسید تیتانیوم (Titanium Dioxide) هستند.
این مواد روی سطح پوست مینشینند و اشعههای UV را منعکس یا پراکنده میکنند، شبیه به آینهای که نور را بازتاب میدهد.
فیلترهای فیزیکی در برابر هر دو نوع اشعه UVA و UVB محافظت ایجاد میکنند و به طور کلی برای پوستهای حساس مناسبتر هستند.
2. فیلترهای شیمیایی (Chemical Sunscreens):
این فیلترها شامل ترکیباتی مانند آووبنزون (Avobenzone)، اکسیبنزون (Oxybenzone)، و اکتوکریلن (Octocrylene) هستند.
این مواد به داخل لایه سطحی پوست جذب میشوند و اشعههای UV را پیش از آسیب رساندن به پوست، به گرما تبدیل کرده و دفع میکنند.
کرمهای شیمیایی اغلب سبکتر و کمتر قابل مشاهده هستند، اما ممکن است برای پوستهای حساس تحریککننده باشند.
3. محافظت در برابر اشعههای مختلف UV:
UVA: اشعهای با طول موج بلند که به عمق پوست نفوذ کرده و باعث پیری زودرس و آسیب به کلاژن میشود.
UVB: اشعهای با طول موج کوتاهتر که بیشتر مسئول آفتابسوختگی است و با سرطان پوست مرتبط است.
یک کرم ضدآفتاب مؤثر باید برچسب طیف گسترده (Broad-Spectrum) داشته باشد، به این معنا که در برابر هر دو نوع اشعه محافظت میکند.
4. SPF (Sun Protection Factor):
عدد SPF نشاندهنده سطح محافظت در برابر UVB است.
به طور مثال، SPF 30 به این معناست که کرم 97% از اشعههای UVB را مسدود میکند.
هیچ کرمی نمیتواند 100% محافظت ایجاد کند، اما استفاده صحیح از کرم ضدآفتاب به کاهش خطرات کمک میکند.
5. نکات استفاده:
کرم ضدآفتاب باید 30 دقیقه قبل از قرارگیری در معرض آفتاب استفاده شود.
هر 2 ساعت یا پس از شنا یا تعریق باید تجدید شود.
برای محافظت بهتر، ضدآفتاب باید به مقدار کافی روی تمامی نواحی پوست استفاده شود.
6. مزایا:
کاهش خطر سرطان پوست.
پیشگیری از پیری زودرس پوست و چین و چروک.
جلوگیری از آفتابسوختگی و آسیبهای طولانیمدت ناشی از نور خورشید.
بنابراین، کرم ضدآفتاب یکی از مهمترین ابزارهای محافظت از پوست در برابر آسیبهای ناشی از نور خورشید است.
❤6👍1
در مقاله جدیدی که در ساینس چاپ شده است با عنوان Synthetic biology, once hailed as a moneymaker, meets tough times
به صورت گسترده چالش های پیش روی دانش زیست شناسی سنتیتیک را مورد بحث قرار می دهد و اوج و افول این فیلد جذاب را با ذکر موانع و چالش ها به دقت مورد بررسی قرار داده است. این مقاله به صورت رایگان در دسترس است و از این لینک می توانید آن را مطالعه کنید.
به صورت گسترده چالش های پیش روی دانش زیست شناسی سنتیتیک را مورد بحث قرار می دهد و اوج و افول این فیلد جذاب را با ذکر موانع و چالش ها به دقت مورد بررسی قرار داده است. این مقاله به صورت رایگان در دسترس است و از این لینک می توانید آن را مطالعه کنید.
👍2
در چنین روزی در سال ۱۹۳۵، اروین شرودینگر آزمایش فکری معروف خود به نام گربه شرودینگر را منتشر کرد.
شرودینگر گربهای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو، باعث میشد چکشی بیفتد و یک شیشه حاوی سم کشنده را بشکند و گربه فوراً کشته شود
شرودینگر گربهای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو، باعث میشد چکشی بیفتد و یک شیشه حاوی سم کشنده را بشکند و گربه فوراً کشته شود
👍4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
در چنین روزی در سال ۱۹۳۵، اروین شرودینگر آزمایش فکری معروف خود به نام گربه شرودینگر را منتشر کرد. شرودینگر گربهای را در یک جعبه تصور کرد که به همراه یک منبع رادیواکتیو قرار دارد. در کنار گربه، یک آشکارساز تابش وجود داشت که در صورت ثبت واپاشی رادیواکتیو،…
منبع رادیواکتیو به گونهای انتخاب شده بود که احتمال واپاشی آن در هر ساعت به طور کوانتومی ۵۰٪ باشد. پس از یک ساعت، احتمال زنده یا مرده بودن گربه به طور مساوی تقسیم میشد. بر اساس تفسیر مکانیک کوانتومی توسط ماکس بورن، دقیقاً یک ساعت پس از شروع این آزمایش وهمآور، جعبه حاوی گربهای خواهد بود که نه زنده است و نه مرده، بلکه در ترکیبی از این دو حالت قرار دارد.
در زبان مکانیک کوانتومی، تابع موج گربه حالتی از برهمنهی بین توابع موج «زنده» و «مرده» است. شرودینگر این تفسیر احتمالاتی نظریه خود را بیمعنی میدانست! اما بورن پاسخ داد که به محض برداشتن درِ جعبه برای مشاهده گربه، عمل مشاهده باعث فروریختن تابع موج از حالت دوگانه به یک حالت واحد میشود، که منجر به تعیین قطعی زنده یا مرده بودن گربه میگردد. با وجود این تردیدها، شرودینگر به همراه پل دیراک در سال ۱۹۳۳ به دلیل کارهای خود در ارائه نظریههای جدید مکانیک کوانتومی، جایزه نوبل فیزیک را دریافت کرد.
در زبان مکانیک کوانتومی، تابع موج گربه حالتی از برهمنهی بین توابع موج «زنده» و «مرده» است. شرودینگر این تفسیر احتمالاتی نظریه خود را بیمعنی میدانست! اما بورن پاسخ داد که به محض برداشتن درِ جعبه برای مشاهده گربه، عمل مشاهده باعث فروریختن تابع موج از حالت دوگانه به یک حالت واحد میشود، که منجر به تعیین قطعی زنده یا مرده بودن گربه میگردد. با وجود این تردیدها، شرودینگر به همراه پل دیراک در سال ۱۹۳۳ به دلیل کارهای خود در ارائه نظریههای جدید مکانیک کوانتومی، جایزه نوبل فیزیک را دریافت کرد.
👍4
How do you anticipate computational protein design will change biotechnology and therapeutic development?
https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00309-0
https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00309-0
👍3
فیلترینگ در سه مرحله و تا پایان سال برداشته میشود
🔹رئیس شورای مرکزی حزب ندای ایرانیان که معاون هماهنگی و پیگیری معاون اجرایی رئیسجمهور هم هست در کنگره این تشکل اصلاحطلب گفت: فیلترینگ تا پایان سال جاری و در سه مرحله اجرایی به طور کامل برداشته خواهد شد. / ایرنا
🔹رئیس شورای مرکزی حزب ندای ایرانیان که معاون هماهنگی و پیگیری معاون اجرایی رئیسجمهور هم هست در کنگره این تشکل اصلاحطلب گفت: فیلترینگ تا پایان سال جاری و در سه مرحله اجرایی به طور کامل برداشته خواهد شد. / ایرنا
👍8🤷♂2😁2