spatial_seq_intro.ipynb
2.3 MB
یه نوت بوک خیلی خوب در محیط پایتون برای انالیز داده های Spatial RNAseq
هواپیما با اون عظمتش میفته توِ دانشجو که چیزی نیستی.😁😂 حالا هی قهوه دم کن تا صبح بیدار بمون😂
What The Rain Whispered Softly
Jef Martens
موسیقی بی‌کلام این قدرت رو داره
که تو لحظه من رو به هر مکانی که میخوام ببره؛
وسط کویر، سیارات و کهکشان‌ها، دریا، زیر بارون یا حتی ستاره‌ها ✨
که تو لحظه من رو به هر مکانی که میخوام ببره؛
وسط کویر، سیارات و کهکشان‌ها، دریا، زیر بارون یا حتی ستاره‌ها ✨
تفاوت استیلاسیون و متیلاسیون هیستون ها
الف) استیلاسیون
استیلاسیون باعث کاهش بار مثبت لیزین‌ها می‌شود که تعامل بین دم‌های هیستونی و DNA (که بار منفی دارد) را کاهش می‌دهد.
نتیجه----> ساختار کروماتین باز (Euchromatin) و دسترسی بیشتر به عوامل رونویسی، که منجر به افزایش بیان ژن می‌شود.
ب) متیلاسیون
متیلاسیون اثر مستقیم بر بار الکتریکی ندارد، اما باعث تغییر در برهمکنش هیستون با پروتئین‌های تنظیمی (مانند کروماتین-مدولاتورها) می‌شود.
نتیجه بسته به مکان و نوع متیلاسیون متفاوت است:
افزایش بیان ژن: اگر متیلاسیون روی لیزین 4 هیستون 3 (H3K4me) باشد.
کاهش بیان ژن: اگر متیلاسیون روی لیزین 9 یا 27 هیستون 3 (H3K9me یا H3K27me) باشد.
الف) استیلاسیون
استیلاسیون باعث کاهش بار مثبت لیزین‌ها می‌شود که تعامل بین دم‌های هیستونی و DNA (که بار منفی دارد) را کاهش می‌دهد.
نتیجه----> ساختار کروماتین باز (Euchromatin) و دسترسی بیشتر به عوامل رونویسی، که منجر به افزایش بیان ژن می‌شود.
ب) متیلاسیون
متیلاسیون اثر مستقیم بر بار الکتریکی ندارد، اما باعث تغییر در برهمکنش هیستون با پروتئین‌های تنظیمی (مانند کروماتین-مدولاتورها) می‌شود.
نتیجه بسته به مکان و نوع متیلاسیون متفاوت است:
افزایش بیان ژن: اگر متیلاسیون روی لیزین 4 هیستون 3 (H3K4me) باشد.
کاهش بیان ژن: اگر متیلاسیون روی لیزین 9 یا 27 هیستون 3 (H3K9me یا H3K27me) باشد.
Are we becoming a post-literate society?
ایا ما در حال تبدیل شدن به یک جامعه پسا-بیسواد هستیم؟ مقاله ای به قلم Sarah O'Connor که در مجله فایننشیال تایمز به چاپ رسیده است که در ادامه خلاصه ای از این مقاله را خواهید خواهند.
ترجمه اختصاصی از کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
ادامه مطلب...
متن مقاله...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1564
ایا ما در حال تبدیل شدن به یک جامعه پسا-بیسواد هستیم؟ مقاله ای به قلم Sarah O'Connor که در مجله فایننشیال تایمز به چاپ رسیده است که در ادامه خلاصه ای از این مقاله را خواهید خواهند.
ترجمه اختصاصی از کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
ادامه مطلب...
متن مقاله...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1564
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
Are we becoming a post-literate society? ایا ما در حال تبدیل شدن به یک جامعه پسا-بیسواد هستیم؟ مقاله ای به قلم Sarah O'Connor که در مجله فایننشیال تایمز به چاپ رسیده است که در ادامه خلاصه ای از این مقاله را خواهید خواهند. ترجمه اختصاصی از کانال بیوانفورماتیک…
نگرانی از کاهش سواد در عصر دیجیتال
نیل پستمن، منتقد فرهنگی، در سال 1988 هشدار داد که تصاویر و رسانه‌های بصری در حال جایگزینی کلمات و متن در فرهنگ و سیاست آمریکا هستند. او معتقد بود تلویزیون و رسانه‌های تصویری ذهن انسان را به دیدگاه‌های سطحی و پراکنده عادت می‌دهند و این امر می‌تواند منجر به کاهش توانایی فکری و سواد جامعه شود.
شواهد جدید از کاهش سواد
بر اساس گزارش اخیر OECD، مهارت‌های سواد و عددی افراد بالغ در بسیاری از کشورها طی دهه گذشته کاهش یافته است. از میان 31 کشور بررسی‌شده، تنها فنلاند و دانمارک پیشرفت کرده‌اند، در حالی که در 11 کشور، از جمله کره جنوبی و نیوزلند، افت شدیدی دیده شده است. در ایالات متحده، یک سوم مردم سطح سواد معادل کودکان 10 ساله دارند.
@irbioinformatics
نقش فناوری و رسانه‌های اجتماعی
فناوری و شبکه‌های اجتماعی عامل مهمی در تغییر شیوه مصرف اطلاعات هستند. بسیاری افراد به جای مطالعه متون پیچیده به سمت محتوای کوتاه و سطحی مانند پست‌های اجتماعی و ویدیوها رفته‌اند. این تغییر موجب شده است توانایی تفکیک واقعیت از نظر، مدیریت ابهام و تحلیل محتوای پیچیده کاهش یابد.
@irbioinformatics
اثرات بر سیاست و فرهنگ عمومی
کاهش سواد تأثیرات منفی بر سیاست و کیفیت مباحث عمومی دارد. همان‌طور که نویسندگان گذشته پیش‌بینی کرده بودند، در فرهنگ‌های شفاهی، کلیشه‌ها و تضادها ارزشمندتر هستند و گفتار کمتر مورد بررسی و تصحیح قرار می‌گیرد. اما نمونه‌هایی مانند فنلاند نشان می‌دهند که با آموزش باکیفیت می‌توان سطح سواد را حتی در دنیای دیجیتال حفظ کرد.
تأثیر هوش مصنوعی
ابزارهای هوش مصنوعی مانند ChatGPT می‌توانند مهارت‌های خواندن و نوشتن را بهبود بخشند، به ویژه برای افرادی با مهارت‌های پایین. اما این ابزارها تنها زمانی مفید خواهند بود که افراد از یک پایه سواد مناسب برخوردار باشند. در غیر این صورت، افراد ممکن است به جای استفاده از این ابزارها برای پیشرفت، به آنها وابسته یا تحت سلطه آنها شوند.
نیل پستمن، منتقد فرهنگی، در سال 1988 هشدار داد که تصاویر و رسانه‌های بصری در حال جایگزینی کلمات و متن در فرهنگ و سیاست آمریکا هستند. او معتقد بود تلویزیون و رسانه‌های تصویری ذهن انسان را به دیدگاه‌های سطحی و پراکنده عادت می‌دهند و این امر می‌تواند منجر به کاهش توانایی فکری و سواد جامعه شود.
شواهد جدید از کاهش سواد
بر اساس گزارش اخیر OECD، مهارت‌های سواد و عددی افراد بالغ در بسیاری از کشورها طی دهه گذشته کاهش یافته است. از میان 31 کشور بررسی‌شده، تنها فنلاند و دانمارک پیشرفت کرده‌اند، در حالی که در 11 کشور، از جمله کره جنوبی و نیوزلند، افت شدیدی دیده شده است. در ایالات متحده، یک سوم مردم سطح سواد معادل کودکان 10 ساله دارند.
@irbioinformatics
نقش فناوری و رسانه‌های اجتماعی
فناوری و شبکه‌های اجتماعی عامل مهمی در تغییر شیوه مصرف اطلاعات هستند. بسیاری افراد به جای مطالعه متون پیچیده به سمت محتوای کوتاه و سطحی مانند پست‌های اجتماعی و ویدیوها رفته‌اند. این تغییر موجب شده است توانایی تفکیک واقعیت از نظر، مدیریت ابهام و تحلیل محتوای پیچیده کاهش یابد.
@irbioinformatics
اثرات بر سیاست و فرهنگ عمومی
کاهش سواد تأثیرات منفی بر سیاست و کیفیت مباحث عمومی دارد. همان‌طور که نویسندگان گذشته پیش‌بینی کرده بودند، در فرهنگ‌های شفاهی، کلیشه‌ها و تضادها ارزشمندتر هستند و گفتار کمتر مورد بررسی و تصحیح قرار می‌گیرد. اما نمونه‌هایی مانند فنلاند نشان می‌دهند که با آموزش باکیفیت می‌توان سطح سواد را حتی در دنیای دیجیتال حفظ کرد.
تأثیر هوش مصنوعی
ابزارهای هوش مصنوعی مانند ChatGPT می‌توانند مهارت‌های خواندن و نوشتن را بهبود بخشند، به ویژه برای افرادی با مهارت‌های پایین. اما این ابزارها تنها زمانی مفید خواهند بود که افراد از یک پایه سواد مناسب برخوردار باشند. در غیر این صورت، افراد ممکن است به جای استفاده از این ابزارها برای پیشرفت، به آنها وابسته یا تحت سلطه آنها شوند.
Are we becoming a post-literate society_.pdf
908.6 KB
Are we becoming a post-literate society?
خلاصه مقاله
خلاصه مقاله
معرفی SelenzymeRF
ابزار Selenzyme یک ابزار رتروبایوسنتزی است که آنزیم‌های کاندید برای واکنش‌های درخواست‌شده توسط کاربر را پیشنهاد می‌دهد. در این ابزار پیشنهادات آنزیم بر اساس واکنش‌های مشابه و یکسان ارائه می‌شود، زیرا آنزیم‌ها معمولاً قادر به اتصال به سوبستراهای مختلف هستند. این پلتفرم محاسباتی انلاین معمولا برای مهندسی مسیرهای کاتالیتیکی مورد استفاده در زیست شناسی مصنوعی در چرخه Design-Build-Test-Learn مورد استفاده قرار می گیرد. این ابزار به دیتابیس های Rhea و Uniprot متصل است و از اطلاعات آنها تغذیه می کند.
ابزار Selenzyme یک ابزار رتروبایوسنتزی است که آنزیم‌های کاندید برای واکنش‌های درخواست‌شده توسط کاربر را پیشنهاد می‌دهد. در این ابزار پیشنهادات آنزیم بر اساس واکنش‌های مشابه و یکسان ارائه می‌شود، زیرا آنزیم‌ها معمولاً قادر به اتصال به سوبستراهای مختلف هستند. این پلتفرم محاسباتی انلاین معمولا برای مهندسی مسیرهای کاتالیتیکی مورد استفاده در زیست شناسی مصنوعی در چرخه Design-Build-Test-Learn مورد استفاده قرار می گیرد. این ابزار به دیتابیس های Rhea و Uniprot متصل است و از اطلاعات آنها تغذیه می کند.
متخصص بیوشیمی، کری مولیس، در حالی که در شب و در مسیر آشنایی که به طور مکرر می‌رفت، در حال رانندگی بود، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) را کشف کرد.
@irbioinformatics
افکارش منحرف شد و قطعات یک معما که مدت‌ها در ذهنش در حال شکل‌گیری بود، به هم پیوستند و باقی ماجرا تاریخ ساز شد.
مولیس به خاطر اختراع روش PCR که به کمک آن مقدار کمی از DNA را می‌توان در مدت زمان کوتاهی به مقادیر زیادی تکثیر کرد، جایزه نوبل شیمی 1993 را دریافت کرد.
با اعمال گرما، دو رشته مولکول DNA از یکدیگر جدا می‌شوند و بلوک‌های ساختمانی DNA که به آن اضافه شده‌اند، به هر رشته پیوند می‌خورند. با کمک آنزیم DNA پلیمراز، زنجیره‌های جدید DNA تشکیل می‌شود و این فرایند می‌تواند دوباره تکرار شود. PCR در تحقیق پزشکی، بیوتکنولوژی و علوم جنایی از اهمیت زیادی برخوردار است.
@irbioinformatics
افکارش منحرف شد و قطعات یک معما که مدت‌ها در ذهنش در حال شکل‌گیری بود، به هم پیوستند و باقی ماجرا تاریخ ساز شد.
مولیس به خاطر اختراع روش PCR که به کمک آن مقدار کمی از DNA را می‌توان در مدت زمان کوتاهی به مقادیر زیادی تکثیر کرد، جایزه نوبل شیمی 1993 را دریافت کرد.
با اعمال گرما، دو رشته مولکول DNA از یکدیگر جدا می‌شوند و بلوک‌های ساختمانی DNA که به آن اضافه شده‌اند، به هر رشته پیوند می‌خورند. با کمک آنزیم DNA پلیمراز، زنجیره‌های جدید DNA تشکیل می‌شود و این فرایند می‌تواند دوباره تکرار شود. PCR در تحقیق پزشکی، بیوتکنولوژی و علوم جنایی از اهمیت زیادی برخوردار است.
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
آشنایی با انواع ترانسپوزون ها
ترانسپوزون‌ها، که به آنها "ژن‌های جهش‌زا" نیز گفته می‌شود، بخش‌هایی از DNA هستند که می‌توانند از یک نقطه به نقطه دیگر در ژنوم منتقل شوند. این انتقال می‌تواند در داخل یک ژنوم (درون‌ژنی) یا بین ژنوم‌های مختلف (بین‌ژنی) رخ دهد. ترانسپوزون‌ها معمولاً از مکانیسم‌های مختلفی برای انتقال استفاده می‌کنند. این مکانیسم‌ها به طور کلی به دو دسته اصلی تقسیم می‌شوند:
1. ترانسپوزون‌های کلاس 1 (ترانسپوزون‌های معکوس رونویسی، Retrotransposons)
این ترانسپوزون‌ها ابتدا به صورت RNA رونویسی می‌شوند و سپس از طریق یک فرایند به نام ترانسکریپت معکوس به DNA تبدیل می‌شوند. این DNA جدید به ژنوم میزبان وارد می‌شود. فرآیند انتقال شامل مراحل زیر است:
رونویسی به RNA: ترانسپوزون ابتدا به RNA رونویسی می‌شود.
ترانسکریپت معکوس: این RNA به کمک آنزیم معکوس ترانسکریپتاز به DNA تبدیل می‌شود.
ادغام در ژنوم میزبان: DNA معکوس شده به ژنوم میزبان وارد می‌شود.
این نوع ترانسپوزون‌ها معمولاً در دو دسته تقسیم می‌شوند:
عناصرLTR (Long Terminal Repeat) retrotransposons: این‌ها دارای تکرارهای بلند در انتهای خود هستند و مشابه ویروس‌های رتروویروس هستند.
عناصرNon-LTR retrotransposons: این‌ها بدون تکرارهای بلند انتهایی هستند و شامل گروه‌هایی مانند LINEs و SINEs می‌شوند
. ترانسپوزون‌های کلاس 2 (ترانسپوزون‌های مستقیم، DNA Transposons)
ترانسپوزون‌های کلاس 2 به صورت مستقیم از یک نقطه ژنوم به نقطه دیگر منتقل می‌شوند. این انتقال معمولاً بدون واسطه RNA صورت می‌گیرد و از طریق یک فرایند به نام انتقال قطع و چسباندن انجام می‌شود. مراحل این فرآیند به شرح زیر است:
برش از ژنوم میزبان: ترانسپوزون به کمک آنزیم‌های خاصی، مانند ترانسپوزاز، از محل اصلی خود بریده می‌شود.
انتقال به محل جدید: ترانسپوزون بریده‌شده به یک محل جدید در ژنوم منتقل می‌شود.
چسباندن به محل جدید: ترانسپوزون به محل جدید چسبانده می‌شود.
در این نوع ترانسپوزون‌ها، معمولاً هیچ RNA واسطه‌ای وجود ندارد و فقط DNA به محل جدید منتقل می‌شود.
تفاوت‌های اصلی بین کلاس 1 و کلاس 2:
کلاس 1: انتقال از طریق RNA به DNA (واسطه RNA).
کلاس 2: انتقال مستقیم از یک نقطه به نقطه دیگر در DNA (بدون واسطه RNA).
اهمیت ترانسپوزون‌ها:
ترانسپوزون‌ها می‌توانند تغییرات ژنتیکی ایجاد کنند و باعث تنوع ژنتیکی شوند.
آنها نقش مهمی در تکامل دارند، زیرا با ایجاد جهش‌های جدید، ممکن است ویژگی‌های جدیدی را در موجودات ایجاد کنند.
برخی ترانسپوزون‌ها می‌توانند باعث بروز بیماری‌های ژنتیکی یا سرطان شوند، زیرا انتقال آنها می‌تواند منجر به اختلال در عملکرد ژن‌ها و تنظیمات ژنومی شود.
1. ترانسپوزون‌های کلاس 1 (ترانسپوزون‌های معکوس رونویسی، Retrotransposons)
این ترانسپوزون‌ها ابتدا به صورت RNA رونویسی می‌شوند و سپس از طریق یک فرایند به نام ترانسکریپت معکوس به DNA تبدیل می‌شوند. این DNA جدید به ژنوم میزبان وارد می‌شود. فرآیند انتقال شامل مراحل زیر است:
رونویسی به RNA: ترانسپوزون ابتدا به RNA رونویسی می‌شود.
ترانسکریپت معکوس: این RNA به کمک آنزیم معکوس ترانسکریپتاز به DNA تبدیل می‌شود.
ادغام در ژنوم میزبان: DNA معکوس شده به ژنوم میزبان وارد می‌شود.
این نوع ترانسپوزون‌ها معمولاً در دو دسته تقسیم می‌شوند:
عناصرLTR (Long Terminal Repeat) retrotransposons: این‌ها دارای تکرارهای بلند در انتهای خود هستند و مشابه ویروس‌های رتروویروس هستند.
عناصرNon-LTR retrotransposons: این‌ها بدون تکرارهای بلند انتهایی هستند و شامل گروه‌هایی مانند LINEs و SINEs می‌شوند
. ترانسپوزون‌های کلاس 2 (ترانسپوزون‌های مستقیم، DNA Transposons)
ترانسپوزون‌های کلاس 2 به صورت مستقیم از یک نقطه ژنوم به نقطه دیگر منتقل می‌شوند. این انتقال معمولاً بدون واسطه RNA صورت می‌گیرد و از طریق یک فرایند به نام انتقال قطع و چسباندن انجام می‌شود. مراحل این فرآیند به شرح زیر است:
برش از ژنوم میزبان: ترانسپوزون به کمک آنزیم‌های خاصی، مانند ترانسپوزاز، از محل اصلی خود بریده می‌شود.
انتقال به محل جدید: ترانسپوزون بریده‌شده به یک محل جدید در ژنوم منتقل می‌شود.
چسباندن به محل جدید: ترانسپوزون به محل جدید چسبانده می‌شود.
در این نوع ترانسپوزون‌ها، معمولاً هیچ RNA واسطه‌ای وجود ندارد و فقط DNA به محل جدید منتقل می‌شود.
تفاوت‌های اصلی بین کلاس 1 و کلاس 2:
کلاس 1: انتقال از طریق RNA به DNA (واسطه RNA).
کلاس 2: انتقال مستقیم از یک نقطه به نقطه دیگر در DNA (بدون واسطه RNA).
اهمیت ترانسپوزون‌ها:
ترانسپوزون‌ها می‌توانند تغییرات ژنتیکی ایجاد کنند و باعث تنوع ژنتیکی شوند.
آنها نقش مهمی در تکامل دارند، زیرا با ایجاد جهش‌های جدید، ممکن است ویژگی‌های جدیدی را در موجودات ایجاد کنند.
برخی ترانسپوزون‌ها می‌توانند باعث بروز بیماری‌های ژنتیکی یا سرطان شوند، زیرا انتقال آنها می‌تواند منجر به اختلال در عملکرد ژن‌ها و تنظیمات ژنومی شود.
Scientists redesigning plants for astronauts to grow and eat in space
دانشمندان در حال توسعه گیاهان اصلاح‌شده ژنتیکی با محتوای غذایی غنی برای فضانوردان هستند. آنها می‌گویند انسان‌ها در چند سال آینده قادر خواهند بود گیاهان را روی ماه کشت و تکثیر کنند.
گام بعدی چیست؟ این تحقیق بخشی از محموله ارزشمندی خواهد بود که در ماموریت آرتمیس III ناسا، که قرار است در اواسط سال ۲۰۲۷ به فضا پرتاب شود، حمل خواهد شد.
دانشمندان در حال توسعه گیاهان اصلاح‌شده ژنتیکی با محتوای غذایی غنی برای فضانوردان هستند. آنها می‌گویند انسان‌ها در چند سال آینده قادر خواهند بود گیاهان را روی ماه کشت و تکثیر کنند.
گام بعدی چیست؟ این تحقیق بخشی از محموله ارزشمندی خواهد بود که در ماموریت آرتمیس III ناسا، که قرار است در اواسط سال ۲۰۲۷ به فضا پرتاب شود، حمل خواهد شد.