آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل…
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان تخمدان در شرایط درون سلولی
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در مطالعه پیوست، از فناوری پیش‌هدف‌گیری برای بهبود هدف‌گیری درون‌تنی نانولیپوزوم‌های حامل توکسین PE40 یک فرم کوتاه‌شده از اگزوتوکسین A باکتری سودوموناس آئروژینوزا به سلول‌های سرطانی استفاده شده است.
سیستم پیش‌هدف‌گیری شامل آنزیم Barnase و مهارکننده طبیعی آن Barstar است. Barstar که به پروتئین‌های مهندسی‌شده خاص آنتی‌ژن‌های توموری مانند HER2 و EpCAM متصل شده، به‌عنوان ماژول اولیه برای شناسایی دقیق سلول‌های سرطانی عمل می‌کند.
پروتئین Barnase نیز به عامل درمانی متصل شده و به‌عنوان ماژول ثانویه برای از بین بردن سلول‌های سرطانی استفاده می‌شود. آزمایش‌ها روی موش‌های حامل تومور SKOV-3 در این مطالعه نشان داد که رویکرد پیش‌هدف‌گیری، صرف‌نظر از نوع ماژول هدف‌گیرنده، بسیار مؤثرتر از هدف‌گیری تک‌مرحله‌ای است. این روش می‌تواند گامی نوین در درمان کارسینوم تخمدان با تکیه بر سیستم Barnase/Barstar باشد.
...بیشتر بدانید...
🆔@irbioinformatics
🆔 Instagram
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در مطالعه پیوست، از فناوری پیش‌هدف‌گیری برای بهبود هدف‌گیری درون‌تنی نانولیپوزوم‌های حامل توکسین PE40 یک فرم کوتاه‌شده از اگزوتوکسین A باکتری سودوموناس آئروژینوزا به سلول‌های سرطانی استفاده شده است.
سیستم پیش‌هدف‌گیری شامل آنزیم Barnase و مهارکننده طبیعی آن Barstar است. Barstar که به پروتئین‌های مهندسی‌شده خاص آنتی‌ژن‌های توموری مانند HER2 و EpCAM متصل شده، به‌عنوان ماژول اولیه برای شناسایی دقیق سلول‌های سرطانی عمل می‌کند.
پروتئین Barnase نیز به عامل درمانی متصل شده و به‌عنوان ماژول ثانویه برای از بین بردن سلول‌های سرطانی استفاده می‌شود. آزمایش‌ها روی موش‌های حامل تومور SKOV-3 در این مطالعه نشان داد که رویکرد پیش‌هدف‌گیری، صرف‌نظر از نوع ماژول هدف‌گیرنده، بسیار مؤثرتر از هدف‌گیری تک‌مرحله‌ای است. این روش می‌تواند گامی نوین در درمان کارسینوم تخمدان با تکیه بر سیستم Barnase/Barstar باشد.
...بیشتر بدانید...
🆔@irbioinformatics
❤6
معرفی کتاب The new statistics with R
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
یکی از بهترین و خلاصه ترین کتاب های کاربردی در زمینه یادگیری آنالیزهای آماری با استفاده از نرم افزار R. این کتاب در 20 فصل و 277صفحه نوشته شده است و مباحث مختلف آماری را همراه با کدهای مورداستفاده در تجزیه و تحیل های آماری را پوشش داده است. این کتاب از متن سلیس و ساده ای برخوردار است و برای دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری به راحتی قابل استفاده است.
...دانلود کتاب...
...لینک کانال...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1797
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
یکی از بهترین و خلاصه ترین کتاب های کاربردی در زمینه یادگیری آنالیزهای آماری با استفاده از نرم افزار R. این کتاب در 20 فصل و 277صفحه نوشته شده است و مباحث مختلف آماری را همراه با کدهای مورداستفاده در تجزیه و تحیل های آماری را پوشش داده است. این کتاب از متن سلیس و ساده ای برخوردار است و برای دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری به راحتی قابل استفاده است.
...دانلود کتاب...
...لینک کانال...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1797
👏4❤2🔥1
معرفی ابزار ژنومیکسی SynVisio
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزارSynVisio به شما امکان می‌دهد تا نتایج McScanX، یک نرم افزار محبوب برای تشخیص هم‌راستایی (Synteny) و هم‌خطی (Collinearity) ژن‌ها را بررسی کنید و تصاویر با کیفیتی برای انتشار در مقالات خود ایجاد نمایید.
ابزار SynVisio برای اجرا به دو فایل نیاز دارد:
1- فایل gff ساده‌شده که به عنوان ورودی برای جستجوی McScanX مورد استفاده قرار گرفته است.
2- فایل collinearity که توسط McScanX به عنوان خروجی برای همان جستجو تولید شده است.
ابزار SynVisio انواع مختلفی از نمودارها را ارائه می‌دهد، از جمله:
Linear Parallel Plots
Hive Plots
Stacked Parallel Plots
Dot Plots
@irbioinformatics
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزارSynVisio به شما امکان می‌دهد تا نتایج McScanX، یک نرم افزار محبوب برای تشخیص هم‌راستایی (Synteny) و هم‌خطی (Collinearity) ژن‌ها را بررسی کنید و تصاویر با کیفیتی برای انتشار در مقالات خود ایجاد نمایید.
ابزار SynVisio برای اجرا به دو فایل نیاز دارد:
1- فایل gff ساده‌شده که به عنوان ورودی برای جستجوی McScanX مورد استفاده قرار گرفته است.
2- فایل collinearity که توسط McScanX به عنوان خروجی برای همان جستجو تولید شده است.
ابزار SynVisio انواع مختلفی از نمودارها را ارائه می‌دهد، از جمله:
Linear Parallel Plots
Hive Plots
Stacked Parallel Plots
Dot Plots
@irbioinformatics
❤3👍1👏1
Souvenirs
Ô Lake
این آهنگ بی‌کلام یه آرامش خاصی به ادم می‌ده. انگار میگه ببین ادامه بده مسیرت، آخرش قشنگ می‌شه♥️
❤7🥰2👍1🔥1
معرفی نرم افزار QTL IciMapping
تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
✍ نرم افزار QTL IciMapping یک ابزار قدرتمند و کاربردی در حوزه ژنتیک و اصلاح نباتات است که برای شناسایی و نقشه‌یابی مکان‌های ژنی مرتبط با صفات کمی (QTL) استفاده می‌شود.
✍ نرم افزار IciMapping از الگوریتم‌های پیشرفتهای برای تجزیه و تحلیل داده‌ها استفاده می‌کند و قابلیت‌هایی مانند نقشه‌یابی فاصله‌ای، تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی و شناسایی QTLهای چندگانه را فراهم می‌کند. نسخه 4.2 این نرم افزار به راحتی بر روی سیستم عامل ویندوز 64 بیتی و 32 بیتی نصب می گردد. نسخه های قدیمی و جدید آن بر روی ویندوز 11 به راحتی نصب و اجرا می شوند. این نرم افزار رایگان است.
تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
✍ نرم افزار QTL IciMapping یک ابزار قدرتمند و کاربردی در حوزه ژنتیک و اصلاح نباتات است که برای شناسایی و نقشه‌یابی مکان‌های ژنی مرتبط با صفات کمی (QTL) استفاده می‌شود.
در مورد مکان های ژنی مرتبط با صفات کمی یا QTLها در لینک بیشتر بخوانید✍ این نرم افزار به محققان امکان می‌دهد تا با استفاده از داده‌های ژنتیکی و فنوتیپی، مکان‌های ژنی مؤثر بر صفات مهم زراعی مانند مقاومت به بیماری‌ها، عملکرد محصول و کیفیت را شناسایی کنند.
✍ نرم افزار IciMapping از الگوریتم‌های پیشرفتهای برای تجزیه و تحلیل داده‌ها استفاده می‌کند و قابلیت‌هایی مانند نقشه‌یابی فاصله‌ای، تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی و شناسایی QTLهای چندگانه را فراهم می‌کند. نسخه 4.2 این نرم افزار به راحتی بر روی سیستم عامل ویندوز 64 بیتی و 32 بیتی نصب می گردد. نسخه های قدیمی و جدید آن بر روی ویندوز 11 به راحتی نصب و اجرا می شوند. این نرم افزار رایگان است.
⬇1- x64 version
⬇2- x86 version
👍6💅1
آشنایی با پایگاه های داده بیوانفورماتیک
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
افزایش حجم داده‌های زیستی، نیاز به توسعه ابزارهای محاسباتی برای مدیریت و تحلیل این داده‌ها را ایجاد کرد که منجر به شکل‌گیری حوزه‌ای جدید به نام بیوانفورماتیک شد.
بیوانفورماتیک یک حوزه به سرعت در حال رشد در زیست‌شناسی است که بر توسعه و کاربرد ابزارهای محاسباتی برای تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی تمرکز دارد. نرم‌افزارها، ابزارها و پایگاه‌های داده بیوانفورماتیک برای پردازش، ذخیره‌سازی، تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی استفاده می‌شوند.
در این پست اطلاعات کلیدی در رابطه با پایگاه های داده بیوانفورماتیک خدمت همراهان گرامی ارائه می شود تا بدون شرکت در دوره های آشنایی با این پایگاه ها به صورت خودآماز اطلاعات کلیدی پیرامون این ابرپایگاه‌ها یا فراگیرند.
...بیشتر بدانید... (این فِرسته به مرور بروزرسانی می شود)
کانال آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی را با دوستان خود به اشتراک بگذارید.
@irbioinformatics
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
افزایش حجم داده‌های زیستی، نیاز به توسعه ابزارهای محاسباتی برای مدیریت و تحلیل این داده‌ها را ایجاد کرد که منجر به شکل‌گیری حوزه‌ای جدید به نام بیوانفورماتیک شد.
بیوانفورماتیک یک حوزه به سرعت در حال رشد در زیست‌شناسی است که بر توسعه و کاربرد ابزارهای محاسباتی برای تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی تمرکز دارد. نرم‌افزارها، ابزارها و پایگاه‌های داده بیوانفورماتیک برای پردازش، ذخیره‌سازی، تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی استفاده می‌شوند.
در این پست اطلاعات کلیدی در رابطه با پایگاه های داده بیوانفورماتیک خدمت همراهان گرامی ارائه می شود تا بدون شرکت در دوره های آشنایی با این پایگاه ها به صورت خودآماز اطلاعات کلیدی پیرامون این ابرپایگاه‌ها یا فراگیرند.
...بیشتر بدانید... (این فِرسته به مرور بروزرسانی می شود)
کانال آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی را با دوستان خود به اشتراک بگذارید.
@irbioinformatics
👍2👏1💯1💅1
معرفی دیتابیس FWAlgaeDB ویژه تحقیقات ژنومی حوزه جلبک
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تحقیقات ژنومیک جلبکی به درک عمیق‌تری از تکامل جلبک‌ها کمک کرده و استنتاجات ژنومیکی مرتبط با عملکردهای مختلف را فراهم می‌کند. با توجه به چالش‌های مونتاژ یا اسمبلی ژنوم، توالی‌های ژنومی منتشرشده جلبک‌ها بسیار محدود هستند و وجود یک دیتابیس برای سازماندهی این داده ها ضروری به نظر می رسد.
با افزایش سریع داده‌های ژنومی جلبک‌های آب شیرین به لطف پیشرفتهای اخیر در فناوری‌های نسل جدید توالی‌یابی و بیوانفورماتیک، نیاز به یک رابط برای ذخیره، اتصال و نمایش این داده‌ها احساس شده است.
در این راستا برای ارائه منبع ژنومی جامع مخصوص جلبک‌های آب شیرین، پایگاه داده FWAlgaeDB توسعه یافته است که یک مخزن آنلاین کاربرپسند و به‌روزرسانی‌شونده برای یکپارچه‌سازی داده‌های ژنومی و اطلاعات حاشیه‌نویسی است.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تحقیقات ژنومیک جلبکی به درک عمیق‌تری از تکامل جلبک‌ها کمک کرده و استنتاجات ژنومیکی مرتبط با عملکردهای مختلف را فراهم می‌کند. با توجه به چالش‌های مونتاژ یا اسمبلی ژنوم، توالی‌های ژنومی منتشرشده جلبک‌ها بسیار محدود هستند و وجود یک دیتابیس برای سازماندهی این داده ها ضروری به نظر می رسد.
با افزایش سریع داده‌های ژنومی جلبک‌های آب شیرین به لطف پیشرفتهای اخیر در فناوری‌های نسل جدید توالی‌یابی و بیوانفورماتیک، نیاز به یک رابط برای ذخیره، اتصال و نمایش این داده‌ها احساس شده است.
در این راستا برای ارائه منبع ژنومی جامع مخصوص جلبک‌های آب شیرین، پایگاه داده FWAlgaeDB توسعه یافته است که یک مخزن آنلاین کاربرپسند و به‌روزرسانی‌شونده برای یکپارچه‌سازی داده‌های ژنومی و اطلاعات حاشیه‌نویسی است.
1- Front. Environ. Sci., 18 July 2023
👍4👏1💅1
بیوجرونتولوژی یا Biogerontology شاخه‌ای از علوم زیست‌شناسی است که به مطالعه فرآیندهای پیری و مکانیسم‌های زیستی مرتبط با افزایش سن می‌پردازد.
این حوزه علمی تلاش می‌کند تا دلایل بنیادی پیری را در سطح مولکولی، سلولی و فیزیولوژیکی درک کند و راه‌هایی برای کند کردن یا معکوس کردن اثرات پیری و بهبود کیفیت زندگی در سنین بالا ارائه دهد.
بیوجرونتولوژی ترکیبی از علوم مختلف مانند ژنتیک، بیوشیمی، فیزیولوژی و پزشکی است و به موضوعاتی مانند نقش تلومرها، استرس اکسیداتیو، اختلالات متابولیک و تأثیر ژن‌ها بر طول عمر می‌پردازد.
این حوزه همچنین به توسعه درمان‌ها و مداخلاتی مانند داروهای ضدپیری، رژیم‌های غذایی و تغییرات سبک زندگی که ممکن است به افزایش طول عمر سالم کمک کنند، علاقه‌مند است.
...مطالعه بیشتر...
این حوزه علمی تلاش می‌کند تا دلایل بنیادی پیری را در سطح مولکولی، سلولی و فیزیولوژیکی درک کند و راه‌هایی برای کند کردن یا معکوس کردن اثرات پیری و بهبود کیفیت زندگی در سنین بالا ارائه دهد.
بیوجرونتولوژی ترکیبی از علوم مختلف مانند ژنتیک، بیوشیمی، فیزیولوژی و پزشکی است و به موضوعاتی مانند نقش تلومرها، استرس اکسیداتیو، اختلالات متابولیک و تأثیر ژن‌ها بر طول عمر می‌پردازد.
این حوزه همچنین به توسعه درمان‌ها و مداخلاتی مانند داروهای ضدپیری، رژیم‌های غذایی و تغییرات سبک زندگی که ممکن است به افزایش طول عمر سالم کمک کنند، علاقه‌مند است.
...مطالعه بیشتر...
🤔2❤1👍1👀1
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
اندر احوالات نیروی وظیفه شناس😂
👍6😁1😐1😨1