С днем рождения, AIRI! Рада что с тобой с самого начала!

Отметили 3 года Института!

Сегодня все сердца поста — команде AIRI ❤️

Не могу не поддержать коллег из ИППИ. Я уже несколько раз публично выступала с призывом начать учить менеджеров для науки. Но здесь не просто отсутствие гибридных компетенций менеджера-ученого, но и явно индивидуальные «особенности» дорвавшихся в управление личностей. Преступное поведение руководства института якобы на благо страны попахивает настоящим инагенством и работой на благо других государств, принимающих с радостью наших лучших ученых.

Друзья! Это очень особенное для меня видео. Вероятно, из-за него меня уволят.

Пятнадцать лет назад академик Александр Петрович Кулешов пригласил меня на работу в ИППИ РАН, и я сразу влюбился в свой институт. Наверное, нигде и никогда не было такой здоровой творческой атмосферы. Так было при Кулешове и при следующем директоре Андрее Николаевиче Соболевском. Но, к сожалению, дирекция сменилась еще раз и сейчас мой институт разрушают. Многие коллеги уже уволились, другие подумывают об увольнении, на третьих оказывают давление. Разумеется, когда обижают коллег молчать я не буду.

Если раньше на первом месте в ИППИ всегда были наука и специалисты, то теперь все изменилось. Я не мог представить, что конференцию научного коллектива будут сравнивать с «голой вечеринкой». Не ожидал, что попытку организовать эту конференцию назовут «подлой, мерзкой и низкой провокацией». Что от ученых с мировым именем будут требовать не качественных научных публикаций, а «лояльности», в жертву которой будут принесены целые научные направления и лаборатории. Дошло даже до того, что дирекция подала в суд на собственный ученый совет и не скрывает, что наказала ряд сотрудников за нелояльность. Как нам объяснили: «страна меняется».

Все это ощущается так, будто Швондер с Климом Чугункиным ворвались в самое сердце НИИЧАВО и устроили там «животноводство». Я хочу, чтобы о происходящих событиях узнало как можно больше людей. В конце концов, именно публичная огласка помогла спасти Институт Общей Генетики от директора, провозгласившего, что в мутациях виновато грехопадение.

Не сомневаюсь, что история запомнит героев моего рассказа и расставит все на свои места. А вы просто посмотрите, и расскажите другим.

https://youtu.be/EVBwYFQwPaU

Недавно доделали веб-сервер по работе с несколькими геномными задачами, используя языковые модели. Он правда очень прост в использовании. Делюсь постом от Вениамина: https://www.tgoop.com/fishmanvs/498

Я снова пропала, но скоро вернусь.

А пока делюсь новостью от Сергея Маркова. Я видела отдельные главы книги и знаю какой это огромный и фундаментальный труд. А еще Сергей всякий антинаучный бред отлично фильтрует. Рекомендую, написано понятным для большинства языком.

Мы строили, строили и наконец-то построили :) Книга «Охота на электроовец: большая книга искусственного интеллекта» вышла из печати и доступна к заказу. Полные электронные версии книги (epub, docx, pdf) можно скачать с сайта бесплатно: http://markoff.science#book

«Мифы и заблуждения об искусственном интеллекте, страхи, насущные проблемы, перспективные направления исследований — обо всём этом вы узнаете из «Большой книги искусственного интеллекта»

Пусть чуть позже, чем обычно, но школе «Лето с AIRI» быть! ⤵️

Открыт прием заявок на Лето с AIRI!⚡️

В этом году мы запускаем Школу совместно с Передовой Инженерной Школой ИТМО. Программа пройдет в Санкт-Петербурге с 20 по 30 августа.

🗓 Подать заявку можно по ссылке до 23:59 14 июля 2024 года.

Школа включает в себя лекции, семинары и практическую работу по направлениям:

— Мультимодальные архитектуры и генеративный ИИ в промышленности
— Модели воплощенного ИИ и обучение с подкреплением в робототехнике
— Искусственный интеллект и химия
— Доверенный искусственный интеллект

📍Питание, обучение и проживание бесплатное, оплатить самим нужно будет только проезд.

Подавайте заявки и делитесь постом с друзьями и коллегами!

Про хайп с AlphaFold3 или почему я критикую исключительно математическое оценивание инструментов для биологии:

Весь май тг-каналы разрывались от прогнозов очередной новой эры в драг дизайне, массового увольнения структурных биологов и биоинформатиков и быстрого (не боялись слова «революционного») решения всех проблем взаимодействий белок-белок, белок-лиганд, белок-ДНК или РНК. Ну что ж… и не такое читали мы в ваших пабликах, а что-то шар земной по-прежнему круглый.

Я тут как-то на досуге сравнивала как собирает AlphaFold-Multimer и AlphaFold3 комплекс лизоцима с дарпином, скачанный из Protein Data Bank (PDBid - 5op1, кому интересно). И что-то совсем не впечатлилась:

- 16 мая при первой попытке AlphaFold3 просто собрал по отдельности 2 белка и поставил их один за другим, никак не определяя их отношения между собой («тьфу»- сказала я и пошла делом заниматься).

- в середине июня попробовала еще раз. Ага! крутят что-то под капотом своего веб-сервиса. АФ3 сделал комплекс! Даже в петли дарпина запихнул лизоцим! прогнала аналогично АФ-мультимер - и этот делает (но в нем мы не сомневались уже), но комплексы разные. Посмотрев на исходную структуру ясно, что не знает ни второй, ни третий где конкретно наиболее эффективное место связывания структур (эпитоп для дарпина), хотя, казалось бы, уж из PDB ты должен был выучить этот пример… Кажется, что вместо этого предполагает, что в петли дарпина надо больше неструктурированных участков лизоцима впихнуть…plddt , в целом, высокий (средний для АФ-Мультимер - 86, а для АФ3 - 83), но вобще ни разу не за 90 для таких простых структур. Правда, это может быть связано с подвижными хвостами дарпина и петлями, он их не очень предсказывает, но если строить только дарпины вне комплекса - plddt за 90.

Ну а если АФ рандомно связывает белки в комплексы, даже видя исходный пример в обучении (или неужели не видел?….), то какая тут революция и массовые увольнения структурщиков. Работаем дальше и спим спокойно, коллеги. Заодно напоминаем всем впечатлительным друзьям из других областей, что при большом желании циферку в модели можно какую угодно получить, а вот сварится ли реально такой комплекс - это вообще не факт… Особенно когда не знаешь в какие позиции белки подставлять… ну а дальше - сами понимаете: нет комплекса - нет взаимодействия - нет нужного эффекта.

Итого, что имеем «с гуся»:

- тех.репорт по АФ3
- веб-сервер с ограниченным функционалом для работы
- отсутсвие кода
- слабо описанная архитектура
- и много, очень много хайпа

И как-то так грустно мне стало… вроде как обещали скорый отпуск и прокачку новых скиллов, тк старые уже ИИ отжал… вдруг дальше пересмотр трудового законодательства и эра с короткими рабочими неделями за те же деньги… но нет… придется еще ковыряться в структурах с осознанием реальности и хайпа вокруг красивой и важной темы.

Слушаю магистерские работы биоинформатиков в Сириусе. Очень качественные. Не боятся сложных тем. В двух работах использовали диффузию белков. В одной пытались сетями границы экзонов определять. Работы с классической биоинформатикой - все методы отработаны так, что придираешься не к результатам, а к постановке задачи. Этих студентов успевают за 2 года правильно научить и основам, и дать представление о современных методах. Однозначно рекомендую тем, кто думает о магистратуре по биоинформатике.

Есть такая рыбка, которой если не стоит еще памятник, то обязательно поставят. Называется она на латыни Danio rerio. Или Brachidanio rerio. Ихтиологи ее на русском именуют либо калькой с латыни («данио рерио») , либо калькой с английского (zebrafish - зебрафиш). Но нередко можно найти и более русское ассоциативное название, связанное с раскрасом этой рыбки - «дамский чулок». Памятник ей поставят за то, что как и мышь, является очень популярным модельным объектом для биологических исследований. Что с ней только не делали!!! И сколько открытий она помогла совершить. Вот сегодня были работы где рыбок вгоняли в стресс и даже изучали на них черепно-мозговые травмы с точки зрения изменения экспрессии генов… надо сказать, что и в моем самом первом дипломе данио была одним из объектов исследования: я смотрела как в эмбриогенезе этой рыбки закладываются временные покровы, а потом исчезают на стадии личинки.

Но сегодня меня как-то сильно тригернуло, когда эту прекрасную рыбку обозвали «зебраданио»… какой-то микс всех языков… ну как так неуважительно… ихтиологический объект, давно известен специалистам, но вот нейробиологи в своих статьях не хотят использовать корректные названия и называют как получилось… публикуются… и более того, один уважаемые доктор наук сегодня сказал что «уйдет на пенсию если в научной литературе будут использовать название «дамский чулок»»… ну и много чего еще про «детские книжки» и «отсутствие русского названия»…

ну что тут скажешь… про пенсию - это личное дело каждого когда и при каких обстоятельствах уходить… но отрицание такого прекрасного, пусть и не широко употребимого русского названия, давным давно закрепленного у ихтиологов, попахивает не только антипатией к самому словосочетанию…. Интересно как бы у этому отнеслись женщины западных стран…

Генеалогические тесты и семейные драмы

Меня достаточно часто спрашивают о тестах на происхождение, предлагаемых различными генетическими компаниями. Тут нет ничего нового: Y-хромосома передается исключительно по мужской линии, митохондриальная ДНК приходит к нам от матери. Далее, используя правильные алгоритмы и имея обширную базу клиентов с информацией о происхождении, можно достаточно точно установить, кто кому сват, брат и как-то предположить географическое расположение ваших предков. Пишу "как-то", так как все эти расчеты тоже опираются на базы данных, в которых информация о геномах, странах и временах собиралась «как могли». Утверждать на все 100%, что расчеты дают генеалогическую историю вашего рода и комплимент в виде предка Наполеона или Клеопатры, - это несколько преувеличенные обещания. В нашей точной науке все основано на вероятностях.

Но пост не об этом. Я решила посмотреть, как развивается область генетических тестов на происхождение, и обнаружила, что тысячи людей, желая узнать про своих великих предков, выяснили, что их родитель на самом деле не их родитель. Нет-нет, они не сдавали тесты на отцовство. Они купили или получили в подарок генеалогический тест от одной из многочисленных генетических компаний. По разным источникам, вероятность ошибочного отцовства (misattributed paternity (MAP) или non-paternity events or not parent expected (NPE)) составляет от менее 1% до более 10% (3). Для пользователей тестов компании FamilyTreeDNA было проведено отдельное исследование (4), где из 23,196 участников приблизительно 3% (n = 646) узнали, что человек, которого они считали своим биологическим родителем, не является таковым, и 5% от общей выборки (n = 1,171) узнали о существовании полного или единокровного/единоутробного брата или сестры. Далее участники, возможно, и узнавшие о своем великом историческом предке, но и получившие случайную находку, что мама и папа биологически не совпадают по геному, впадают в стресс, депрессию, объединяются в группы в соцсетях и различных пабликах и исследуются психиатрическим сообществом. Потом часть из них подтверждает, что родитель биологически не тот, с которым они всю жизнь живут. А часть находит логичное объяснение ошибочного результата техническими проблемами или сменой фамилий родственниками.

Вообще, находка, что родитель не является биологическим, регулярно встречается в медицинской генетике. И на такие случаи в Штатах, например, разработаны протоколы, как консультировать и в каких случаях сообщать или не сообщать этот факт семье. Но вот на развлекательные тесты вряд ли есть корректные консультации научных специалистов, проводивших исследование.

Никогда не любила развлекательную генетику. Но при этом я не сноб и считаю, что это дело лично каждого - играть в нее или нет. Но если играете, имейте в виду, что список возникающих вопросов о точности результатов, конфиденциальности данных или вторичном использовании ваших профилей заинтересованными структурами может пополниться стрессом и вопросами о подтверждении отцовства или материнства, а также психологическом принятии этой информации.

Источники:

1. «Discovering your presumed father is not your biological father…»

2. «Growth of ancestry DNA testing risks huge increase in paternity issues»

3. International Society of Genetic Genealogy Wiki

4. «Family secrets: Experiences and outcomes of participating in direct-to-consumer genetic relative-finder services»

До чего доводит работа с чужими фантазиями

Тут гуляя вечером вспомнила, решила с вами поделиться.

«- что это?…
- Оля! Тебе понравится!Запускай смело!

- …ok… “старт”
- «введите название заболевания для создания препарата»
- хм… «рак желудка»
- ….
….
….
«для лечения рака желудка я сгенерировал малую молекулу Х, пептид Y и антитело Z. Структуры и формулы найдете в прикрепленных файлах. Заказать синтез препаратов в лаборатории?»

- Эээээ… что это? На какие таргеты эти вещества? Что они вообще делают? Что со специфичностью и эффективностью?…Твою ж налево! Мне не нравится!!! Мне страшно!!!
- А чего ты боишься? Наш драгджипити решил все проблемы!Посмотри на метрики наших моделей! Посмотри на ауки! Все работает !!!!
- Вы это проверяли? Валидировали? Оно же не в открытом доступе?
- В смысле не в открытом?!!! Мы в основном трэке на NeurIPS уже с моделью! Для пиара даже маркетинг не нужен, через опенревью слава разлетелась! Лаба переполнена заказами на все подряд: от таблеток от ожирения, до лечения шизофрении!!!
- Ага, по пути захватывая таблетку от старости и смерти…
- Это вообще на изи делаем!
- Ребята, вы себя хорошо чувствуете? Закрывайте немедленно! Никому ничего не синтезируйте, стирайте как хотите формулы и структуры… Вы же сейчас настоящего «боевого комара» запустили! ….”

Вскакиваю с постели.. надо бежать в лабораторию… надо искать кто остановит… так… вижу своего кота… кот в шоке на меня смотрит. Кажется , я дома.. не у компа… кажется, приснилось…

Все, больше никогда перед сном не буду смотреть «обзорные» слайды, где альфафолд3 и чагпт наделяют суперсилой от всех бед. Достаточно днем дискуссий о реальных возможностях и их отличий от фантазий и хотелок…

Когда на двоих 5 высших образований, 4 красных диплома, 4 синих о проф переподготовке и одна степень) просто ботаны)

Знаете что это? Эта «безобидная» спамская смс , зачем-то с упоминанием gpt, привела к взлому госуслуг и последующей установке на телефон пенсионерки приложения с удаленным доступом ко всей ее информации .

После получения этой смс свекровь прочитала ее содержание по поступившему через 5 мин звонку. Все . Аккаунт на госуслугах взломан. Далее сложно отследить всю цепочку, но в телефоне появились 2 приложения: «ЕМИАС» и «ЕМИАС-ИНФО» с полным доступом ко всему происходящему . В записной книжке появился сохраненный контакт «Соколов Дмитрий», который по словам пенсионерки помогал ей вчера и сегодня настраивать программы в телефоне. Точных разговоров она воспроизвести не смогла ввиду своего возрастного диагноза. Но благодаря персональному менеджеру в банке мы узнали о 10 крупных переводах за 7 мин в 9 утра. Далее 4 часа в отделении полиции, очередное дело возбудили, но шансы на успешный исход, сами понимаете, никакие.

Я понятия не имею как защищать доверчивых пенсионеров. Видимо только отбирая все что у них есть себе на хранение. Но и против себя уже знаю схемы на которые точно смогла бы повестись.

Будьте бдительны. Насколько это возможно.