RANTIQUITY Telegram 362
🌳 Придется вам потерпеть еще несколько постов про #филогенетика, пока я разбираюсь в теме. Этот пост о силе консенсуса, но совсем не того, о котором сегодня можно было бы подумать.

Допустим, у нас есть три дерева. Таких, как на картинке 1. Вот код для воспроизведения:

library(ape)
tr1 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")
tr2 <- ape::read.tree(text = "((1,3),(2,4));")
tr3 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")


par(mfrow = c(1, 3), mar = c(5,1,5,1), cex = 1)
plot.phylo(tr1, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr2, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr3, tip.color = 2 )

Кластеры 1-2, 3-4 встречаются в двух деревьях, остальные лишь в одном. Задача — найти наиболее устойчивые кластеры методом простого большинства. Это можно сделать при помощи консенсусных деревьев.

Сначала считаем консенсус, аргумент p указывает, что кластер должен быть представлен не менее, чем в половине деревьев. Также уточняем, что наши деревья укоренены:

cons <- consensus(list(tr1, tr2, tr3), p = 0.5, rooted = TRUE)

Консенсус тоже можно изобразить; дополнительно для узлов укажем силу консенсуса (2/3 = 0.67):

par(mfrow = c(1,1), mar = c(5,5,5,5))
plot.phylo(cons, tip.color = 2)
nodelabels(round(cons$node.label[3],2), 7, frame = "c", cex = 0.7)
nodelabels(round(cons$node.label[2],2), 6, bg = "yellow")

Это очень простое консенсусное дерево, построенное по методу простого большинства, которое позволяет «обобщить» несколько разных деревьев. Полезно не только эволюционным биологам, но и тем, кто работает с текстами. Чуть позже расскажу, как.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM



tgoop.com/rantiquity/362
Create:
Last Update:

🌳 Придется вам потерпеть еще несколько постов про #филогенетика, пока я разбираюсь в теме. Этот пост о силе консенсуса, но совсем не того, о котором сегодня можно было бы подумать.

Допустим, у нас есть три дерева. Таких, как на картинке 1. Вот код для воспроизведения:

library(ape)
tr1 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")
tr2 <- ape::read.tree(text = "((1,3),(2,4));")
tr3 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")


par(mfrow = c(1, 3), mar = c(5,1,5,1), cex = 1)
plot.phylo(tr1, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr2, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr3, tip.color = 2 )

Кластеры 1-2, 3-4 встречаются в двух деревьях, остальные лишь в одном. Задача — найти наиболее устойчивые кластеры методом простого большинства. Это можно сделать при помощи консенсусных деревьев.

Сначала считаем консенсус, аргумент p указывает, что кластер должен быть представлен не менее, чем в половине деревьев. Также уточняем, что наши деревья укоренены:

cons <- consensus(list(tr1, tr2, tr3), p = 0.5, rooted = TRUE)

Консенсус тоже можно изобразить; дополнительно для узлов укажем силу консенсуса (2/3 = 0.67):

par(mfrow = c(1,1), mar = c(5,5,5,5))
plot.phylo(cons, tip.color = 2)
nodelabels(round(cons$node.label[3],2), 7, frame = "c", cex = 0.7)
nodelabels(round(cons$node.label[2],2), 6, bg = "yellow")

Это очень простое консенсусное дерево, построенное по методу простого большинства, которое позволяет «обобщить» несколько разных деревьев. Полезно не только эволюционным биологам, но и тем, кто работает с текстами. Чуть позже расскажу, как.

BY RAntiquity





Share with your friend now:
tgoop.com/rantiquity/362

View MORE
Open in Telegram


Telegram News

Date: |

Find your optimal posting schedule and stick to it. The peak posting times include 8 am, 6 pm, and 8 pm on social media. Try to publish serious stuff in the morning and leave less demanding content later in the day. During the meeting with TSE Minister Edson Fachin, Perekopsky also mentioned the TSE channel on the platform as one of the firm's key success stories. Launched as part of the company's commitments to tackle the spread of fake news in Brazil, the verified channel has attracted more than 184,000 members in less than a month. Telegram desktop app: In the upper left corner, click the Menu icon (the one with three lines). Select “New Channel” from the drop-down menu. More>> How to create a business channel on Telegram? (Tutorial)
from us


Telegram RAntiquity
FROM American