RANTIQUITY Telegram 362
🌳 Придется вам потерпеть еще несколько постов про #филогенетика, пока я разбираюсь в теме. Этот пост о силе консенсуса, но совсем не того, о котором сегодня можно было бы подумать.

Допустим, у нас есть три дерева. Таких, как на картинке 1. Вот код для воспроизведения:

library(ape)
tr1 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")
tr2 <- ape::read.tree(text = "((1,3),(2,4));")
tr3 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")


par(mfrow = c(1, 3), mar = c(5,1,5,1), cex = 1)
plot.phylo(tr1, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr2, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr3, tip.color = 2 )

Кластеры 1-2, 3-4 встречаются в двух деревьях, остальные лишь в одном. Задача — найти наиболее устойчивые кластеры методом простого большинства. Это можно сделать при помощи консенсусных деревьев.

Сначала считаем консенсус, аргумент p указывает, что кластер должен быть представлен не менее, чем в половине деревьев. Также уточняем, что наши деревья укоренены:

cons <- consensus(list(tr1, tr2, tr3), p = 0.5, rooted = TRUE)

Консенсус тоже можно изобразить; дополнительно для узлов укажем силу консенсуса (2/3 = 0.67):

par(mfrow = c(1,1), mar = c(5,5,5,5))
plot.phylo(cons, tip.color = 2)
nodelabels(round(cons$node.label[3],2), 7, frame = "c", cex = 0.7)
nodelabels(round(cons$node.label[2],2), 6, bg = "yellow")

Это очень простое консенсусное дерево, построенное по методу простого большинства, которое позволяет «обобщить» несколько разных деревьев. Полезно не только эволюционным биологам, но и тем, кто работает с текстами. Чуть позже расскажу, как.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM



tgoop.com/rantiquity/362
Create:
Last Update:

🌳 Придется вам потерпеть еще несколько постов про #филогенетика, пока я разбираюсь в теме. Этот пост о силе консенсуса, но совсем не того, о котором сегодня можно было бы подумать.

Допустим, у нас есть три дерева. Таких, как на картинке 1. Вот код для воспроизведения:

library(ape)
tr1 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")
tr2 <- ape::read.tree(text = "((1,3),(2,4));")
tr3 <- ape::read.tree(text = "((1,2),(3,4));")


par(mfrow = c(1, 3), mar = c(5,1,5,1), cex = 1)
plot.phylo(tr1, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr2, tip.color = 2 )
plot.phylo(tr3, tip.color = 2 )

Кластеры 1-2, 3-4 встречаются в двух деревьях, остальные лишь в одном. Задача — найти наиболее устойчивые кластеры методом простого большинства. Это можно сделать при помощи консенсусных деревьев.

Сначала считаем консенсус, аргумент p указывает, что кластер должен быть представлен не менее, чем в половине деревьев. Также уточняем, что наши деревья укоренены:

cons <- consensus(list(tr1, tr2, tr3), p = 0.5, rooted = TRUE)

Консенсус тоже можно изобразить; дополнительно для узлов укажем силу консенсуса (2/3 = 0.67):

par(mfrow = c(1,1), mar = c(5,5,5,5))
plot.phylo(cons, tip.color = 2)
nodelabels(round(cons$node.label[3],2), 7, frame = "c", cex = 0.7)
nodelabels(round(cons$node.label[2],2), 6, bg = "yellow")

Это очень простое консенсусное дерево, построенное по методу простого большинства, которое позволяет «обобщить» несколько разных деревьев. Полезно не только эволюционным биологам, но и тем, кто работает с текстами. Чуть позже расскажу, как.

BY RAntiquity





Share with your friend now:
tgoop.com/rantiquity/362

View MORE
Open in Telegram


Telegram News

Date: |

But a Telegram statement also said: "Any requests related to political censorship or limiting human rights such as the rights to free speech or assembly are not and will not be considered." The Channel name and bio must be no more than 255 characters long A vandalised bank during the 2019 protest. File photo: May James/HKFP. During a meeting with the president of the Supreme Electoral Court (TSE) on June 6, Telegram's Vice President Ilya Perekopsky announced the initiatives. According to the executive, Brazil is the first country in the world where Telegram is introducing the features, which could be expanded to other countries facing threats to democracy through the dissemination of false content. With the “Bear Market Screaming Therapy Group,” we’ve now transcended language.
from us


Telegram RAntiquity
FROM American