Молитва его была услышана, и в 1588 году, по откровению святого Космы, преподобный Иосиф нашел в лесу, в болотистом месте, икону Божией Матери, от которой получил исцеление. В благодарность преподобный расчистил лесные дебри на месте явления чудотворной иконы и построил часовню, в которой поставил икону. Сам он поселился рядом, приняв иноческий образ с именем Иосиф. Впоследствии по благословению святителя Антония, епископа Вологодского, на месте подвигов Иосифа возникла Заоникиевская обитель, названная так по имени разбойника Аники, некогда обитавшего в этом лесу. Когда обитель расширилась и число иноков возросло, по совету преподобного Иосифа игуменом был избран Антоний. Сам он по смирению не принял настоятельства и, скрывая от других свои строгие подвиги, воспринял юродство Христа ради, ночами стоял на молитве в своей часовне, в жестокие морозы ходил босой.
Преподобный Иосиф преставился 21 сентября 1612 года, в возрасте 83 лет и был погребен в основанной им обители.