Telegram Web
Forwarded from HSE R Meet Up
Работа с гео-данными и временными данными 🌐

На нашем новом митапе мы познакомим вас с методологией анализа пространственных данных. Анализ пространственных данных подразумевает особые инструменты и методы хранения, визуализации и исследования. Кроме методологии моделирования пространственных данных, на митапе будет рассмотрено моделирование взаимодействия пространственных и временных переменных.

Спикер: Георгий Мороз (НИУ ВШЭ, Международная лаборатория языковой конвергенции)

🗓 Когда: 16 мая (пятница)
🕒 Время: 18:00
📍 Где: Онлайн и в Москве по адресу ул. Ст. Басманная, д. 21/4, стр. 5 (корпус Б), аудитория Б-421

🔗 Регистрация обязательна!
Зарегистрироваться здесь.

Не забудьте взять паспорт (или пропуск, если вы местный) для прохода в здание НИУ ВШЭ!

До встречи,
Команда HSE R Meet Up 🚀
Второй сезон лектория разрушителей статистический мифов открыт 🔥

13 мая, 19:00 МСК | Артемий Охотин
🦖Миф №5: Рандомизация – смешать и не взбалтывать

На лекции мы обсудим, зачем нужна рандомизация, работает ли она на малых выборках, может ли она не получиться, и как правильно ее проводить!

Запись лекции будет опубликована на сайте: bioinf.me/stat_myths

В связи с праздниками пропустила первую лекцию второго сезона, ее можно посмотреть на сайте лектория:

🦖Миф №4: Категорически категорично, или «просто разбей на группы» | Алексей Глазков

И еще через неделю будет моя лекция по визуализации данных, где в том числе разберем, как правильно интерпретировать боксплоты 😁, запись будет доступна, но по возможности приходите онлайн

20 мая, 19:00 МСК | Елена Убогоева
🦖Миф №6: Визуализация – это просто красивые графики

Регистрация открыта до 20 мая 17:00 МСК: bioinf.me/stat_myths

До встречи!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Forwarded from Timofey
Друзья, привет! Я wet постдок в UCSF и ищу биоинформатика с хорошим опытом визуализации single cell транскриптомики, для финализации проекта, посвящённого сравнению нормальной паращитовидной железы человека при нормальном и повышенном кальции в крови. Все основные результаты уже получены, большую часть анализа я провёл в Biomage Trailmaker для PARSE 100k kit, и часть подтвердил иммуногистохимией. Требуется человек, чтобы визуализировать pathways, вычленять транскрипционные metagen clusters и проверять лиганд-рецепторные взаимодействия. Есть ещё пара идей нестандартных картинок, которые хотел бы обсудить. Проект уникальный, так как использовались донорские органы, и сравнение дало очень много сильных отличий. Если заинтересовались — пишите в личку!
Forwarded from Нейроинтерфейсы (Sergei Shishkin)
Суперкраткое руководство по написанию научных статей

Нейрофизиолог/психофизиолог Ана Тодорович (Ana Todorovic) описала свой подход к написанию текста научной статьи в виде микроруководства из трех приблизительно таких пунктов:

1. Каждый абзац надо писать так, чтобы его содержание можно было изложить в одном предложении.

2. История, которая составляется из этих предложений, должна быть связной, логичной и полной. Если мысль в ней петляет, теряется и т.п., над структурой статьи еще надо работать.

3. (Правило, которым можно пренебречь, если оно мешает плавному переходу между абзацами) Каждое такое предложение надо ставить в начало абзаца -- это существенно упростит понимание его остального содержания.

Ана отмечает, что эти правила не стоит применять к Методам, где стиль менее важен, чем педантичное описание деталей. В Результатах, впрочем, детали (и специфическая технология их изложения) также важны, поэтому к ним эти правила приложимы частично. В эссе (видимо, и в обзорах? -сш), а также во введении и в обсуждении их можно использовать без ограничений.

Полный текст в оригинале:

http://neuroanatody.com/2023/07/the-shortest-ever-guide-to-academic-writing/
The shortest ever guide to academic writing
July 21, 2023
NeuroAnaTody
Forwarded from 愛理沙
Forwarded from Ivan Petrushin
Кому лень регистрироваться в THE, вот
International early career researchers “would not recommend” pursuing PhD studies in Sweden because of the country’s current strict migration policies, according to a new report.

The Swedish Association of University Teachers and Researchers (SULF) paper features interviews with about 40 PhD students and recent graduates on their experiences after the country drastically tightened its requirements for doctoral students from outside the European Union to obtain permanent residency permits in 2021.

Respondents describe a lack of employment opportunities after finishing their PhD, lengthy permit processing times and systemic bias in case assessments, according to the research, carried out by members of the SULF Doctoral Candidates Association (SULF-DCA).

“Their widely corroborated experiences of professional marginalization, diminished quality of education, and limited research opportunity contrasts starkly with the public image of Sweden’s modern, inclusive, internationalized, and democratic higher education system,” the report states.

Several interviewees said restrictions on travel outside Sweden while seeking permanent residency had cost them international opportunities, with one commenting, “If your intention is to stay in Sweden, you can’t prioritise your research or career – you have to sacrifice it.” In some cases, respondents were unable to leave Sweden for several years while their applications were being processed.

PhD graduates said companies had turned them down because of their residency status, while candidates said that they had delayed their PhD studies in favour of employment outside their field, hoping to fulfil the requirement of a permanent or long-term income source.

ADVERTISEMENT
Respondents from countries perceived as “unfriendly”, such as Russia and Iran, said they were treated as “potential security risks”, with some receiving bans on re-entry to the EU.

A number of interviewees said the difficulties of securing permanent residency caused significant stress or mental health challenges. “I went from an aspiring researcher with a lot of potential to a defeated person,” one said.

Asked if they would encourage other aspiring PhD students to choose Sweden, many respondents said no. “I would definitely not recommend it if you are serious about doing research,” one replied.

A government inquiry published in December proposed a range of policy changes, among them the ability for doctoral students and researchers to qualify for permanent residency after three years rather than four. In a statement, migration minister Johan Forrsell stated that “Sweden should be an attractive country for talent and international expertise”.

SULF-DCA, however, said the proposals “do little to create realistic pathways to a stable residence status” for most doctoral students from non-EU countries. “If the aim is to improve long-term recruitment and retention of international talent in Swedish higher education, these proposals do not go for enough.”

Addressing scholars considering a move to Sweden, SULF-DCA said, “Do your homework, know what to anticipate, and beware the fine print.”
Forwarded from Михаил Гельфанд (Михаил Гельфанд)
Коллеги, биологи, медики и физики. 5 июня планируется защита диссертации "Нейротропная активность и безопасность технологически обработанных модифицированных антител к мозгоспецифическому белку S100 (экспериментальное исследование)"
https://www.tnimc.ru/dissertatsionnye-sovety/dissertatsionnyy-sovet-3/zashchity/kardash-elena-vladimirovna/

Название невинное, но на самом деле там сразу несколько красных флажков:
(1) Изучается препарат "Проспекта", производитель - Материа-Медика.
(2) Препарат - гомеопатический (стопиццот раз разбавленные антитела), хотя это тщательно зашифровано.
(3) Ноотроп.
(4) Препарат еще и электромагнитно облучали для большей лучшести.

Еще не поздно писать отзывы на диссертацию и/или автореферат. Иногда помогает. Отправлять, видимо, лучше и электронно, и бумажно (заказным или EMC) - но письма идут долго, себе оставлять копию, не терять почтовую квитанцию (бывали случАи, когда что-то почему-то терялось). Надо заверять (скажем, в отделе кадров). Там уже висит несколько (положительных) отзывов, можно брать за образец.

После можно будет писать письма в ВАК, но это уже следующая история.
Forwarded from Maria Vlasenok
Всем привет.
Моя психолог в рамках докторантуры проводит исследование влияния эмиграции на ментальное здоровье и психологическое состояние в целом. Насколько я понимаю, цель в том чтобы улучшить методы психологической помощи во время адаптации. Мне кажется, очень актуальная)

Работа на соискание степени. Когда будет опубликована, обещаю прислать ссылку сюда)

Анкета займет 20-25 минут. Для тех, кто уехал - https://forms.gle/KWRDZzDmj65GpkEs8, кто уезжал и вернулся - https://forms.gle/3oJfotZkS5er6Gtq9. Контрольный вариант для тех, кто не уезжал - https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfbIYKQ0uquhnexwi7Wg2dq4V-T6_AVmmi_QWWT7uE_CpnmqA/viewform?pli=1
VII Всероссийская школа-конференция по катализу с международным участием «Каталитический дизайн: от исследований на молекулярном уровне к практической реализации»

С 18 по 24 августа 2025 года в Новосибирске состоится VII Всероссийская школа-конференция по катализу с международным участием «Каталитический дизайн: от исследований на молекулярном уровне к практической реализации».
Школа для молодых ученых, аспирантов и студентов, занятых в различных областях исследования катализа. Мероприятие познакомит молодых исследователей с современными подходами к применению инновационных технологий и фундаментальных основ катализа. Лекции ведущих ученых будут посвящены последним достижениям в области основ приготовления, характеристик и моделирования новых катализаторов, каталитических систем и процессов. Участники школы-конференции получат уникальную возможность обсудить свои исследования с ведущими специалистами.

Место проведения: Технопарк новосибирского Академгородка (центр «Точке кипения - Новосибирск»).

Школы-конференции будет включать пленарные лекции (30 минут), устные доклады (15 минут) и стендовые доклады.

Рабочие языки — русский и английский.

Основные направления:
- механизмы и кинетика каталитических реакций;
- исследование катализаторов на атомно-молекулярном уровне;
- приготовление катализаторов;
- катализ для газо- и нефтехимии, тонкого органического синтеза;
- катализ для энергоэффективных процессов, фото- и электрокатализ;
- катализ для защиты окружающей среды.

Ключевые даты:
20 мая - подача заявки на участие и тезисов докладов;
6 июня - уведомление о принятии докладов и рассылка циркуляра;
16 июня - подтверждение участия;
7 июля - последний день оплаты регистрационного взноса;
11 августа - рассылка итоговой научной программы;
18-21 августа - рабочие дни школы-конференции;
22-24 августа - пост-тур на базу ИК СО РАН.

Подробная информация о мероприятии, форма для подачи заявок на участие, шаблон тезисов опубликованы на сайте конференции

#конференция
Пример онлайн-препринта в Quarto

Уважаемые студенты и их научные руководители, а также все те, кто хочет оформить страничку своей статьи и поделиться ей онлайн! В рамках небольшого курса по R, который завершается через 10 дней, я подготовил компактный шаблон для оформления собственной публикации на платформе Quarto. Вы можете использовать его как основу для создания онлайн-статьи.

Quarto позволяет с минимумом усилий гарантированно отлично оформлять материалы. Основные составляющие шаблона Quarto - это Markdown и метаданные, а мы уже добавляем текст и код.

📌 Отмечу, что если вы хотите, чтобы в статье присутствовала ссылка на ноутбук c вычислениями, необходимо собирать проект как Quarto Manuscripts, а если вам необходимо настроить автоматизированную стилизацию документа, то я очень рекомендую разобраться с BRAND.YML, это будет гораздо проще, чем настраивать CSS или Sass.

📖 Пример страницы

🐙 Онлайн репозиторий
8<-------

Лекция «Принципы визуализации данных и введение в ggplot2» (ссылка на лекцию)
8<-------

Лекция «Расширения и дополнительные возможности ggplot2» (ссылка на лекцию)
Forwarded from Дарья
Уважаемые коллеги, приглашаем вас завтра, 21 мая, в 19:00 (мск) на уютный эфир «Разбор научных данных» c Дарьей Бородко и Еленой Рыбиной

На встрече спикеры трансформируют сырые данные, которые нам прислали реальные ученые, в наглядные графики и понятные цифры. А также расскажут о типичных челленджах в анализе данных и статистике, которые тормозят публикации. Вы сможете повторять код за спикерами и почерпнуть для себя новые знания. В конце встречи можно будет задать ведущим свои вопросы по статистике, программированию и карьере в науке в неформальной обстановке.

Вебинар проходит в рамках образовательной программы «Статистика, R и анализ данных»

Спикеры: 
📌 Дарья Бородко, биоинформатик, сотрудник НИИ общей патологии, специалист в эпигенетике и анализе древней ДНК
📌 Елена Рыбина, научный сотрудник лаборатории когнитивной психологии НИУ ВШЭ, эксперт в области методологии исследований, статистике в R

Регистрация по ссылке: https://www.tgoop.com/BlastimR_bot?start=226447
Приходите!
8<-------

Лекция «Начало работы с Quarto и структура документов» (ссылка на лекцию)
8<-------

Лекция «Формирование и публикация документов в Quarto» (ссылка на лекцию)
8<-------

Лекция «Основы машинного обучения в R» (ссылка на лекцию)
8<-------

Лекция «Работа с географическими данными в R» (ссылка на лекцию)
📚 Практическое руководство по оценке условных предельных эффектов

📖 В начале апреля вышло очень полезное и методологически аккуратное руководство от Цзехан Лю (Stanford), Цзии Лю (Berkeley) и Ицин Сюй (Stanford) — A Practical Guide to Estimating Conditional Marginal Effects (Liu, Liu, Xu, 2025)
Настоящий must-read для прикладных исследователей, работающих с гетерогенными эффектами!

↔️ Зачем нужны условные предельные эффекты?
🟤В прикладных исследованиях важно понять не просто, есть ли эффект от интервенции, а для кого и в каких условиях она работает сильнее или слабее
🟤Это и есть гетерогенность (неоднородность) эффектов: например, лечение может помогать одним участникам эксперимента, но быть бесполезным или даже вредным для других
🟤Чтобы исследовать гетерогенность, используют модераторы — переменные, от которых может зависеть сила эффекта
🟤Условные предельные эффекты (Conditional Marginal Effects, CME) — это строгое определение того, как средний эффект воздействия меняется в зависимости от значений модератора

↔️ Что не так с классическими подходами?
Линейные модели взаимодействия (linear interaction models) (модели, включающие произведение переменной воздействия и модератора) широко распространены, но часто вводят в заблуждение:
🟤неявно определяют целевой объект оценки
🟤опираются на жесткие допущения (например, линейность)
🟤игнорируют проблему недостаточного перекрытия (overlap) между группами

↔️ Как можно лучше?
Авторы последовательно рассматривают более гибкие и точные методы, которые учитывают ограничения классических моделей:
🟤полупараметрические методы (ядерные оценки)
🟤робастные подходы с обратным взвешиванием (AIPW)
🟤современные методы двойного машинного обучения (DML)

Каждый метод разбирается детально: как он устроен, что именно он оценивает, при каких условиях дает валидные выводы, когда применять. Есть симуляции и примеры из политологии

🖥 Вишенка на торте — всё реализовано большой командой разработчиков в пакете interflex для R: и линейные модели, и ядерные оценки, и двойное машинное обучение

↔️ Один из авторов гайда и контрибьюторов пакета, Ицин Сюй (Stanford), имеет послужной список из множества пакетов в сфере оценки эффектов на панельных данных, крайне рекомендуем к посещению его сайт, на котором можно найти много интересного


↔️ А еще, пользуясь случаем, обратимся к посту коллег по цеху

Недавно в канале Наука и данные выходил пост про книгу Model to Meaning Венсана Арель-Бандока (Université de Montréal), Натана Грейфера (Harvard University) и Эндрю Хайсса (Georgia State University) по библиотеке marginaleffects
🟤Книга и библиотека посвящены оценке предельных эффектов
🟤Состав авторов книги и контрибьютеров библиотеки довольно именитый, например, Венсана Арель-Бандока вы можете знать по библиотекам modelsummary и tinytable, Натан Грейфер внес большой вклад в мэтчинг и разработал библиотеки cobalt, weightit, matchIt и др., а Эндрю Хайсс — автор множества учебных материалов по оценке эффектов, визуализации, экономике общественного сектора и др.


#канал_обозревает
#канал_рекомендует
@causal_channel
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
2025/07/13 13:47:52
Back to Top
HTML Embed Code: