Десант химиков от нашей группы синтеза на секции "ГенТех" конференции с запоминающимся названием АПОХ в Шерегеше 🔥
Поговорили об энзиматическом синтезе ДНК, разработке искуственных ферментов и получении рекомбинантных стандартов для количественной протеомики (QCONCAT).
Поговорили об энзиматическом синтезе ДНК, разработке искуственных ферментов и получении рекомбинантных стандартов для количественной протеомики (QCONCAT).
Forwarded from Бiоинформатика и лапки
Котан из Лапкочата напомнил, что вообще реверс-инженерия нужна не только для того, чтобы спиздить чужую технологию. Вообще-то наука и технология работает не так, как описывает Юдковский в своем Гарри Поттере (другую книгу надо блеат). Знания, ноу хау и умения утрачиваются постоянно. Нужно уметь в реверс иногда просто для того, чтобы снова повторить то, что однажды сделала кучка потных и прыщавых задротов из условного MIT в 50-х, потому что тебе это сакральное знание понадобилось для твоей задачи. Реверс-инженерия, умение переделать чужой проект на базе готового изделия, неиронично помогает не изобретать велосипед лишний раз, не проходить процесс проб и ошибок в какой-то части уникальной задачи заново. ЭТО БАЗА, котаны и котессы.
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#обозревая_происходящее
Вот это да. В смысле, охренеть. Свеженькая статья в Nature - генетически кодируемый (!) "дизайнерский" фермент с фрагментом бороновой кислоты, который работает как энантиоселективный катализатор. Это вполне себе прорыв в биокатализе.Все бы голландцам (авторы из Нидерландов) всякое дизайнерское варить...
Для неспециалистов: есть "биологические" катализаторы-ферменты, как правило, это очень сложные большие органические молекулы (чаще белки, но не только). Именно они ответственны за многие удивительные и невообразимые с позиции классической химии превращения веществ в живых организмах. Их преимущества - в их высокой точности и эффективности, поэтому такие прекрасные реагенты уже давно поставили на службу народному хозяйству, получая не толькобанальный этанол всякие интересные напитки, но и очень многие нужные вещества.
Проблема с ферментами в том, что в них по умолчанию присутствуют только "природные" фрагменты - функциональные группы. Да, их довольно много и из них обычно можно собрать нужный "ансамбль", который будет катализатором для той или иной реакции. Но иногда понятно сразу: если бы в белок можно было бы впендюрить "противоестественный" фрагмент, то катализ пойдет еще лучше. А если это сделать так, чтобы такой белок был еще и генетически кодируемым и его сам можно было бы нарабатывать биотехнологически, то вообще победа.
Так вот, именно это и было сделано. В белок ввели бор в виде пара-боронфенилаланина, который таки поддается кодированию, и в итоге получился фермент, катализирующий несколько интересных реакций именно из-за наличия бора. Это, конечно, один из первых шагов, но по мере появления новых "дизайнерских ферментов" в инструментарии биотеха появится куда больше интересного.
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07391-3
Вот это да. В смысле, охренеть. Свеженькая статья в Nature - генетически кодируемый (!) "дизайнерский" фермент с фрагментом бороновой кислоты, который работает как энантиоселективный катализатор. Это вполне себе прорыв в биокатализе.
Для неспециалистов: есть "биологические" катализаторы-ферменты, как правило, это очень сложные большие органические молекулы (чаще белки, но не только). Именно они ответственны за многие удивительные и невообразимые с позиции классической химии превращения веществ в живых организмах. Их преимущества - в их высокой точности и эффективности, поэтому такие прекрасные реагенты уже давно поставили на службу народному хозяйству, получая не только
Проблема с ферментами в том, что в них по умолчанию присутствуют только "природные" фрагменты - функциональные группы. Да, их довольно много и из них обычно можно собрать нужный "ансамбль", который будет катализатором для той или иной реакции. Но иногда понятно сразу: если бы в белок можно было бы впендюрить "противоестественный" фрагмент, то катализ пойдет еще лучше. А если это сделать так, чтобы такой белок был еще и генетически кодируемым и его сам можно было бы нарабатывать биотехнологически, то вообще победа.
Так вот, именно это и было сделано. В белок ввели бор в виде пара-боронфенилаланина, который таки поддается кодированию, и в итоге получился фермент, катализирующий несколько интересных реакций именно из-за наличия бора. Это, конечно, один из первых шагов, но по мере появления новых "дизайнерских ферментов" в инструментарии биотеха появится куда больше интересного.
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07391-3
Nature
Boron catalysis in a designer enzyme
Nature - A completely genetically encoded boronic-acid-containing designer enzyme was created and characterized using X-ray crystallography, high-resolution mass spectrometry and 11B NMR...
Forwarded from Лаба дорогого брата
"Синтезировать и нормально очистить, вот всё что требуется от химика"
Цитаты великих
Цитаты великих
A Certain Scientific Impostor
"Синтезировать и нормально очистить, вот всё что требуется от химика" Цитаты великих
На секции по CAR-T тоже было легендарное: "Есть ложь, наглая ложь, статистика, и еще есть биоинформатика"😁
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#music
А еще у этой группы есть синглы Glycolysis, Photosynthesis и целый альбом посвященный органической химии:
Organic
Sigmatropic Rearrangement
Cycloaddition
Olefin Metathesis
Помимо того очевидного факта, что создатель - химик органик и выпускник лицея, это еще пример очень талантливого прог-металла. Мой тотальный рекоммендасьон.
А еще у этой группы есть синглы Glycolysis, Photosynthesis и целый альбом посвященный органической химии:
Organic
Sigmatropic Rearrangement
Cycloaddition
Olefin Metathesis
Помимо того очевидного факта, что создатель - химик органик и выпускник лицея, это еще пример очень талантливого прог-металла. Мой тотальный рекоммендасьон.
Forwarded from Nizravich Channel
А у нас музыкальная пауза. Мой друг сделал единственный в своём роде и первый в мире видеоклип на инструментальную гитарную музыку в полнокупольном формате (так показывают фильмы в Планетариях), в котором к тому же показан механизм реакции 4+2 циклоприсоединения (вплоть до молекулярных орбиталей!). В общем, очень уникально и очень красиво.
https://www.youtube.com/watch?v=Z-aKbrME_iM
https://www.youtube.com/watch?v=Z-aKbrME_iM
YouTube
Minor Second Inc. — Cycloaddition (fulldome music video)
This music video is a symbiosis of music, science and abstract art. We visualized a graphical scientific explanation of cycloaddition reaction and turned it into a piece of abstract digital art. We showed all the stages of cycloaddition in the rhythm created…
Forwarded from Oleg Fedorov
A Certain Scientific Impostor
на hh вакуха висит, это ваша?
наша, но на олигосинтез уже скорее всего закрыта. на пептидный есть вакуха
Forwarded from Oleg Fedorov
A Certain Scientific Impostor
наша, но на олигосинтез уже скорее всего закрыта. на пептидный есть вакуха
в принципе можно по договоренности поменяться сферами с другим кандидатом
Forwarded from Oleg Fedorov
Кстати, да, если кто хочет вкатиться в пептиды и биотех - велкам. Есть вакуха среднего уровня, технологически очень интересно но поначалу будет довольно линейно.
Потом, если сдюжим, потихоньку уедем в сторону разработки препаратов, есть по минималке все что необходимо. из прикольных плюшек - фаговый дисплей есть (будет) в институте и виварий + мощный расчетный кластер.
По синтезу все для пептидной химии в наличии.
И у нас очень панк-институт, так что будет весело. Ждем тех кому не хватает в жизни челленджа так сказать
Потом, если сдюжим, потихоньку уедем в сторону разработки препаратов, есть по минималке все что необходимо. из прикольных плюшек - фаговый дисплей есть (будет) в институте и виварий + мощный расчетный кластер.
По синтезу все для пептидной химии в наличии.
И у нас очень панк-институт, так что будет весело. Ждем тех кому не хватает в жизни челленджа так сказать
A Certain Scientific Impostor
Кстати, да, если кто хочет вкатиться в пептиды и биотех - велкам. Есть вакуха среднего уровня, технологически очень интересно но поначалу будет довольно линейно. Потом, если сдюжим, потихоньку уедем в сторону разработки препаратов, есть по минималке все…
очень-low effort объявление о вакансии к нам в группу =)
Forwarded from Византийский радар (Anton)
«Функция Эйлера»/ дерево, темпера, поталь/ 120х120х120см/2024/
Пожалуй самая сложная работа сделанная на заказ на сегодняшний день.
Картина на тему поиска простых чисел.
Ознакомившись с предметом, мне пришла идея взять за основу легенду о святом Августине и мальчике вычерпывающем раковиной океан. Бесконечность познания, связь макро и микро..
Ну а остальное в цитате от клиента:
«Простые числа таят в себе загадки, для решения которых математикам нужно очень много терпения. А для доказательства некоторых гипотез нужно не только терпение, но и количество энергии, находящееся на галактическом уровне по шкале Кардашёва. Как мальчик в видении святого Августина вычерпывал море ракушкой, так и математики прилежно ищут простые числа в бесконечном числовом море. В этом им помогают постоянная Эйлера—Маскерони e^γ, которая показывает распределение простых чисел, и группа Z_n^×, которая показывает структуры, порождаемые простыми числами.»
Пожалуй самая сложная работа сделанная на заказ на сегодняшний день.
Картина на тему поиска простых чисел.
Ознакомившись с предметом, мне пришла идея взять за основу легенду о святом Августине и мальчике вычерпывающем раковиной океан. Бесконечность познания, связь макро и микро..
Ну а остальное в цитате от клиента:
«Простые числа таят в себе загадки, для решения которых математикам нужно очень много терпения. А для доказательства некоторых гипотез нужно не только терпение, но и количество энергии, находящееся на галактическом уровне по шкале Кардашёва. Как мальчик в видении святого Августина вычерпывал море ракушкой, так и математики прилежно ищут простые числа в бесконечном числовом море. В этом им помогают постоянная Эйлера—Маскерони e^γ, которая показывает распределение простых чисел, и группа Z_n^×, которая показывает структуры, порождаемые простыми числами.»