Forwarded from В 33-х парсеках от Земли
Be-real-not-surreal (2): ОТК РНК и ОТ
Purity, Integrity, Inhibition (c) MIQE
Протоколы для выделения РНК могут быть разными, но я убеждена, что лучше потратить час на раскап и форез, чем потом гадать, что случилось с образцом.
✍ После выделения РНК мы всегда ставим электрофорез в 1% агарозном геле с этидием на 40-60 мин. А для скорости мы капаем образцы в планшеты Терасаки - как для NanoDrop, так и для фореза.
Насколько критичны значения от NanoDrop - вопрос, мне кажется, дискуссионный, но низкие соотношения 260/230 (контаминация органикой) у нас действительно коррелировали с ингибированием ПЦР, по результатам оценки эффективности праймеров. На значения 260/280 (контаминацией геномной ДНК), поскольку подбираем праймеры так, чтобы не нужно было обрабатывать ДНКазой: т.е. чтобы один отжигался на границе экзонов или праймеры были разделены большими интронами. Это решает основные проблемы, кроме наличия псевдогенов, что у нас встречалось нечасто. Но опять же, мы проверяем на количество геномной ДНК электрофорезе и ставим NRT контроль: либо нормальный RT-, либо просто разведенные аликвоты РНК.
(Кстати, если смотреть не с помощью гельсканирующей системы, а трансиллюминатора с ультрафиолетом, то смотреть РНК чаще можно только один раз.)
✍ Для синтеза первой цепи используем случайные гексамеры (от "ДНК-синтез"), поскольку наши праймеры отжигаются на очень разных участках кДНК. Когда-то давно пробовала декамеры от Еврогена, но мне не понравилось, выход ниже. Oligo-dT не используем, потому что праймеры отжигаются в различных местах, зачастую далеко от 3'-конца. Количество РНК стараемся брать одинаковое, чтобы было проще отслеживать возможные выбросы в результатах реал-тайма.
Пользуемся ревертазой Mint от Еврогена. Мы в приступе желанияпокапать подушнить выбрать лучшее однажды взяли одинаковое количество одной и той же РНК, сделали строго по методике ревертирование тремя ревертазами от Еврогена: MMLV, Mint и Magnus - и прогнали на ПЦР с праймерами на ген домашнего хозяйства (тубулин или TBP). С большим отрывом победила Mint: мятная кДНК оставила позади соперников и вышла на несколько циклов раньше, - и в итоге мы решили продолжать использовать именно ее. В относительно ближайшее время Биолабмикс обещает привезти пробник ревертазы, чтобы мы сравнили с Mint.
#surrealtime #лабораторный_могул #импортозамещение
Purity, Integrity, Inhibition (c) MIQE
Протоколы для выделения РНК могут быть разными, но я убеждена, что лучше потратить час на раскап и форез, чем потом гадать, что случилось с образцом.
Насколько критичны значения от NanoDrop - вопрос, мне кажется, дискуссионный, но низкие соотношения 260/230 (контаминация органикой) у нас действительно коррелировали с ингибированием ПЦР, по результатам оценки эффективности праймеров. На значения 260/280 (контаминацией геномной ДНК), поскольку подбираем праймеры так, чтобы не нужно было обрабатывать ДНКазой: т.е. чтобы один отжигался на границе экзонов или праймеры были разделены большими интронами. Это решает основные проблемы, кроме наличия псевдогенов, что у нас встречалось нечасто. Но опять же, мы проверяем на количество геномной ДНК электрофорезе и ставим NRT контроль: либо нормальный RT-, либо просто разведенные аликвоты РНК.
(Кстати, если смотреть не с помощью гельсканирующей системы, а трансиллюминатора с ультрафиолетом, то смотреть РНК чаще можно только один раз.)
Пользуемся ревертазой Mint от Еврогена. Мы в приступе желания
#surrealtime #лабораторный_могул #импортозамещение
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
fenotropil_kak_retseptornyy_modulyator_sinapticheskoy_neyroperedachi.pdf
311.4 KB
На стриме сейчас спросили дать эту статью по фенотропилу - пожалуйста :3
В принципе, из всех отечественных "нейропротекторов" это один из немногих препаратов, для которого хотя бы идентифицирована мишень.
В принципе, из всех отечественных "нейропротекторов" это один из немногих препаратов, для которого хотя бы идентифицирована мишень.
Forwarded from Медач | Medical Channel
22 июня 1941 года, 84 года назад, эпидемия Третьего рейха ворвалась на границы Советского Союза и навсегда изменила судьбу практически каждого его жителя. Однако свои форму и идею нацизм обрел задолго до этого трагического события — идеи реваншизма и бесчеловечной идеологии, приправленные экономическим кризисом, положили начало учению, поделившем людей на «правильных» и «неправильных», на тех, кто достоин жизни, а кто — нет. Гетто, фильтрационные лагеря и бесчеловечные эксперименты стали неотъемлемой частью этого режима.
Сегодня, в день памяти и скорби, мы поговорим о мрачной истории программы Т-4, которая зародилась в самом сердце Третьего рейха. Первыми ее жертвами стали сами немцы, а в процессе военной экспансии — жители восточной Европы и СССР.
💳 Поддержать Медач
#биоэтика #евгеника #история
Сегодня, в день памяти и скорби, мы поговорим о мрачной истории программы Т-4, которая зародилась в самом сердце Третьего рейха. Первыми ее жертвами стали сами немцы, а в процессе военной экспансии — жители восточной Европы и СССР.
#биоэтика #евгеника #история
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Forwarded from Anna Vakh | BIOTECH
🧬 #биохакерскиеистории
Мой друг-биохакер вколол себе AAV-генную терапию с IGF-1 в одну ногу, а другую оставил для контроля.
⠀
Через несколько месяцев нога, которую он колол, выросла в окружности на 3 дюйма. Он американец, в см это около 7.6 см, что нормально так! Вторая осталась как была. Причём рост остановился и вышел на плато, сейчас прошло около 8-9 месяцев с укола.
⠀
📌 Для меня это супер важно, так как мы работаем с AAV терапией фоллистатином — и каждый пример на человеке — на вес золота.
С фоллистатином мы видим схожую историю: локальный эффект у мышцы введения (несмотря на то, что это AAV, а не плазмида), выход роста мышцы на плато (хотя AAV работает годами-десятилетиями), фиброз мышцы может сильно влиять на конечный результат.
Такая пластическаяхирургия генная терапия, какую мышцу вам увеличить 😅.
Больше про биотех 👉🏼 @annavakhbio
⠀
#лонживити #геннаятерапия #биохакинг #фоллистатин #igf #мышцы
Мой друг-биохакер вколол себе AAV-генную терапию с IGF-1 в одну ногу, а другую оставил для контроля.
⠀
Через несколько месяцев нога, которую он колол, выросла в окружности на 3 дюйма. Он американец, в см это около 7.6 см, что нормально так! Вторая осталась как была. Причём рост остановился и вышел на плато, сейчас прошло около 8-9 месяцев с укола.
⠀
📌 Для меня это супер важно, так как мы работаем с AAV терапией фоллистатином — и каждый пример на человеке — на вес золота.
С фоллистатином мы видим схожую историю: локальный эффект у мышцы введения (несмотря на то, что это AAV, а не плазмида), выход роста мышцы на плато (хотя AAV работает годами-десятилетиями), фиброз мышцы может сильно влиять на конечный результат.
Такая пластическая
Больше про биотех 👉🏼 @annavakhbio
⠀
#лонживити #геннаятерапия #биохакинг #фоллистатин #igf #мышцы
Я долгое время считал, что "Институт пчеловодства" - это литературная выдумка Пелевина.
А ВОТ НЕТ! ОНО СУЩЕСТВУЕТ!!!!!1111
https://beecentr.ru/
А ВОТ НЕТ! ОНО СУЩЕСТВУЕТ!!!!!1111
https://beecentr.ru/
beecentr.ru
Главная - ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ПЧЕЛОВОДСТВА
МИНИСТЕРСТВО НАУКИ И ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ
«ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ПЧЕЛОВОДСТВА»
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ НАУЧНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ
«ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ПЧЕЛОВОДСТВА»
Forwarded from Глазарий языка
УСТОЙЧИВЫЙ НЕГАТИВНЫЙ РОСТ
Если вы думаете, что этот бред — изобретение российских чиновников, то нет. Ниже дивная подборка формулировок из научных статей, авторы которых пытаются выдать свои незначительные результаты за что-то большее.
a certain trend toward significance (p=0.08)
almost achieved significance (p=0.065)
approached but fell short of significance (p=0.07)
as good as significant (p=0.0502)
at the brink of significance (p=0.06)
barely escaped statistical significance (p=0.07)
bordered on a statistically significant value (p=0.06)
close to the limit of significance (p=0.17)
did not quite achieve acceptable levels of statistical significance (p=0.054)
direction heading towards significance (p=0.10)
effectively significant (p=0.051)
equivocal significance (p=0.06)
essentially significant (p=0.10)
extremely close to significance (p=0.07)
falls just short of standard levels of statistical significance (p=0.06)
flirting with conventional levels of significance (p>0.1)
heading towards significance (p=0.086)
hint of significance (p>0.05)
hovered around significance (p = 0.061)
in the verge of significance (p=0.06)
inconclusively significant (p=0.070)
indeterminate significance (p=0.08)
indicative significance (p=0.08)
is just outside the conventional levels of significance
just above the arbitrary level of significance (p=0.07)
leaning towards statistical significance (p=0.06)
likely to be significant (p=0.054)
loosely significant (p=0.10)
marginally significant tendency (p=0.08)
mildly significant (p=0.07)
missed narrowly statistical significance (p=0.054)
modestly significant (p=0.09)
narrowly avoided significance (p=0.052)
nearing significance (p<0.051)
non-significant in the statistical sense (p>0.05)
not absolutely significant but very probably so (p>0.05)
not insignificant (p=0.056)
not numerically significant (p>0.05)
not obviously significant (p>0.3)
not overly significant (p>0.08)
not that significant (p=0.08)
on the brink of significance (p=0.052)
on the very fringes of significance (p=0.099)
only just failed to meet statistical significance (p=0.051)
partially significant (p=0.08)
perceivable statistical significance (p=0.0501)
possibly marginally significant (p=0.116)
provisionally significant (p=0.073)
quasi-significant (p=0.09)
questionably significant (p=0.13)
remarkably close to significance (p=0.05009)
resides on the edge of significance (p=0.10)
roughly significant (p>0.1)
slightly less than needed for significance (p=0.08)
suggestive but not quite significant (p=0.061)
tailed to insignificance (p=0.1)
tantalisingly close to significance (p=0.104)
teetering on the brink of significance (p=0.06)
uncertain significance (p>0.07)
vaguely significant (p>0.2)
verging on significance (p=0.056)
very closely brushed the limit of statistical significance (p=0.051)
very slightly non-significant (p=0.10)
virtually significant (p=0.059)
weakly non-significant (p=0.07)
well-nigh significant (p=0.11)
Задать вопрос @UchenyjBot
Если вы думаете, что этот бред — изобретение российских чиновников, то нет. Ниже дивная подборка формулировок из научных статей, авторы которых пытаются выдать свои незначительные результаты за что-то большее.
a certain trend toward significance (p=0.08)
almost achieved significance (p=0.065)
approached but fell short of significance (p=0.07)
as good as significant (p=0.0502)
at the brink of significance (p=0.06)
barely escaped statistical significance (p=0.07)
bordered on a statistically significant value (p=0.06)
close to the limit of significance (p=0.17)
did not quite achieve acceptable levels of statistical significance (p=0.054)
direction heading towards significance (p=0.10)
effectively significant (p=0.051)
equivocal significance (p=0.06)
essentially significant (p=0.10)
extremely close to significance (p=0.07)
falls just short of standard levels of statistical significance (p=0.06)
flirting with conventional levels of significance (p>0.1)
heading towards significance (p=0.086)
hint of significance (p>0.05)
hovered around significance (p = 0.061)
in the verge of significance (p=0.06)
inconclusively significant (p=0.070)
indeterminate significance (p=0.08)
indicative significance (p=0.08)
is just outside the conventional levels of significance
just above the arbitrary level of significance (p=0.07)
leaning towards statistical significance (p=0.06)
likely to be significant (p=0.054)
loosely significant (p=0.10)
marginally significant tendency (p=0.08)
mildly significant (p=0.07)
missed narrowly statistical significance (p=0.054)
modestly significant (p=0.09)
narrowly avoided significance (p=0.052)
nearing significance (p<0.051)
non-significant in the statistical sense (p>0.05)
not absolutely significant but very probably so (p>0.05)
not insignificant (p=0.056)
not numerically significant (p>0.05)
not obviously significant (p>0.3)
not overly significant (p>0.08)
not that significant (p=0.08)
on the brink of significance (p=0.052)
on the very fringes of significance (p=0.099)
only just failed to meet statistical significance (p=0.051)
partially significant (p=0.08)
perceivable statistical significance (p=0.0501)
possibly marginally significant (p=0.116)
provisionally significant (p=0.073)
quasi-significant (p=0.09)
questionably significant (p=0.13)
remarkably close to significance (p=0.05009)
resides on the edge of significance (p=0.10)
roughly significant (p>0.1)
slightly less than needed for significance (p=0.08)
suggestive but not quite significant (p=0.061)
tailed to insignificance (p=0.1)
tantalisingly close to significance (p=0.104)
teetering on the brink of significance (p=0.06)
uncertain significance (p>0.07)
vaguely significant (p>0.2)
verging on significance (p=0.056)
very closely brushed the limit of statistical significance (p=0.051)
very slightly non-significant (p=0.10)
virtually significant (p=0.059)
weakly non-significant (p=0.07)
well-nigh significant (p=0.11)
Задать вопрос @UchenyjBot
Forwarded from Бiоинформатика и лапки
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Forwarded from Медач | Medical Channel
Сбор на памятник автору Медача и ученому – Владимиру Бросалову
Три года назад погиб один из главных авторов Медача – Владимир Бросалов, который подписывался под псевдонимом Бровламих Мантис. Владимир 7 лет активно участвовал в работе Медача и был ключевым автором проекта Sons of Medicine. SoM во многом был его детищем и эстетическим убежищем, которому он посвящал значительно больше времени, чем основному Медачу.
Он присоединился к нам в 2015 году и оставил после себя огромное наследие из текстов, статей, идей и серьезных научных концепций. Например, ему принадлежала идея, что опухолевые клетки начинают вести себя подобно древним одноклеточным организмам вроде социальных амеб. Именно он был одним из ключевых инициаторов проекта по трехмерной опухолевой визуализации, который затем вылился в недавно опубликованную статью и инициативу Cancer 3D.
По злой иронии, будучи врачом-патологоанатомом по образованию, он умер от врачебной ошибки (согласно официальному заключению), которая привела к осложнению на фоне лечения перелома бедреной кости. Ему было всего лишь 29 лет. В тот день, 19 марта 2022 года, мы потеряли друга, соратника и единомышленника.
К редакции Медача обратилась недавно его мама – Бросалова Ирина Владимировна. Она собирает средства на установку памятника Владимиру и оказалась в непростом положении. Ей нужно до 09 июля собрать 239 000 рублей. Мы просим вас помочь ей по мере своей возможности. Со стороны редакции мы уже частично внесли средства, но остается еще большая сумма, которую нужно помочь покрыть. О результатах сбора мы будем отчитываться.
Помочь Ирине Владимировне и нам всем вы можете через Сбер: 2202 2018 7833 5674 или +7 937 433-84-89 (получатель Ирина Б.)
Научная работа Владимира:
Unveiling Another Dimension: Advanced Visualization of Cancer Invasion and Metastasis via Micro-CT Imaging
Последние статьи Владимира на Медаче:
• Как постигать медицину: гистология
• Как постигать медицину: патофизиология
• Микробиота: на границах Ойкумены
Три года назад погиб один из главных авторов Медача – Владимир Бросалов, который подписывался под псевдонимом Бровламих Мантис. Владимир 7 лет активно участвовал в работе Медача и был ключевым автором проекта Sons of Medicine. SoM во многом был его детищем и эстетическим убежищем, которому он посвящал значительно больше времени, чем основному Медачу.
Он присоединился к нам в 2015 году и оставил после себя огромное наследие из текстов, статей, идей и серьезных научных концепций. Например, ему принадлежала идея, что опухолевые клетки начинают вести себя подобно древним одноклеточным организмам вроде социальных амеб. Именно он был одним из ключевых инициаторов проекта по трехмерной опухолевой визуализации, который затем вылился в недавно опубликованную статью и инициативу Cancer 3D.
По злой иронии, будучи врачом-патологоанатомом по образованию, он умер от врачебной ошибки (согласно официальному заключению), которая привела к осложнению на фоне лечения перелома бедреной кости. Ему было всего лишь 29 лет. В тот день, 19 марта 2022 года, мы потеряли друга, соратника и единомышленника.
К редакции Медача обратилась недавно его мама – Бросалова Ирина Владимировна. Она собирает средства на установку памятника Владимиру и оказалась в непростом положении. Ей нужно до 09 июля собрать 239 000 рублей. Мы просим вас помочь ей по мере своей возможности. Со стороны редакции мы уже частично внесли средства, но остается еще большая сумма, которую нужно помочь покрыть. О результатах сбора мы будем отчитываться.
Помочь Ирине Владимировне и нам всем вы можете через Сбер: 2202 2018 7833 5674 или +7 937 433-84-89 (получатель Ирина Б.)
Научная работа Владимира:
Unveiling Another Dimension: Advanced Visualization of Cancer Invasion and Metastasis via Micro-CT Imaging
Последние статьи Владимира на Медаче:
• Как постигать медицину: гистология
• Как постигать медицину: патофизиология
• Микробиота: на границах Ойкумены