انجمن علمی دانشجویی بایوسل

#تکنیک_آزمایشگاهی
# scRNA-seq
...................................................

 Single-Cell RNA Sequencing 🔬یا(scRNA-seq)
یک روش پیشرفته در زمینه ژنتیک و بیولوژی مولکولی است که به محققان اجازه می‌دهد تا بیان ژن‌ها را در هر سلول فردی به صورت جداگانه مطالعه کنند. این تکنیک به دلیل توانایی‌اش در شناسایی و تحلیل تنوع سلولی و بیان ژن‌ها در سطح فردی، به یک ابزار کلیدی در تحقیقات بیولوژیکی تبدیل شده است.

✅مراحل اصلی توالی‌یابی RNA سلول منفرد :
 
۱. جداسازی سلول‌ها
ابتدا، نمونه بافت یا مایع حاوی سلول‌ها باید به گونه‌ای جدا شود که سلول‌های فردی به دست آیند. این مرحله معمولاً شامل دایجسشن آنزیمی بافت‌ها و سپس فیلتر کردن یا سانتریفیوژ کردن برای جداسازی سلول‌ها است.
 
۲. تک‌تک سلول‌ها را جدا کردن
بعد از جداسازی، سلول‌ها باید به صورت تک‌تک جدا شوند. این می‌تواند با استفاده از تکنیک‌های مختلف مانند FACS (Fluorescence-Activated Cell Sorting)، میکروفلویدیکس، یا تکنولوژی‌های مبتنی بر کپسول‌های تک‌سلولی انجام شود.
 
۳. استخراج  RNA
RNA از هر سلول تک استخراج می‌شود. این مرحله بسیار حساس است زیرا RNA به راحتی تخریب می‌شود. برای کاهش تخریب، از روش‌های ملایم و سریع استخراج استفاده می‌شود.
 
۴. تبدیل RNA به cDNA
 
   - ریورس ترانسکریپشن: استفاده از آنزیم ریورس ترانسکریپتاز برای تبدیل RNAاستخراج شده به cDNA
 
۵. تقویت cDNA
مقادیر کم cDNA تولید شده نیاز به تقویت دارند. این معمولاً با PCR (Polymerase Chain Reaction) انجام می‌شود.
 
۶. توالی‌گیری
cDNA تقویت شده برای توالی‌گیری آماده می‌شود. توالی‌گیری می‌تواند با استفاده از پلتفرم‌های مختلف مانند Illumina انجام شود.
 
۷. تحلیل داده‌ها
داده‌های توالی‌گیری باید تحلیل شوند تا بیان ژن‌ها در هر سلول تک شناسایی شود. این شامل مراحل زیر است:
   - تطبیق خواندن‌ها (Reads) با ژنوم یا ترانسکریپتوم مرجع
   - شمارش مولکول‌های بیان شده
   - تحلیل بیومتریک و آماری برای شناسایی الگوهای بیان ژنی
   - استفاده از الگوریتم‌های ماشین لرنینگ برای کلاستربندی سلول‌ها بر اساس پروفایل بیان ژنی
 
✅کاربردها و اهمیت:

شناسایی نوع‌های سلولی جدید: با توجه به تنوع بیان ژنی، می‌توان نوع‌های سلولی
نادر یا جدید را شناسایی کرد.

مطالعه بیماری‌ها: تحلیل بیان ژنی در سلول‌های بیمار و سالم می‌تواند به درک مکانیسم‌های بیماری و پیدا کردن
هدف‌های درمانی کمک کند.

تحقیقات توسعه سلولی: نحوه تغییر بیان ژن‌ها در طول توسعه سلولی یا تمایز سلول‌های بنیادی.

بیوتکنولوژی و داروسازی: برای طراحی داروهای هدفمند و تحقیقات مرتبط با سلول‌های بنیادی و تراپی‌های ژنی.
 
✅توالی‌گیری RNA سلول تک نه تنها به محققان اجازه می‌دهد تا بیان ژن‌ها را در سطح فردی مطالعه کنند، بلکه به درک عمیق‌تری از تنوع سلولی، تعاملات سلولی و دینامیک‌های بیان ژنی در زمان و فضا کمک می‌کند. این تکنیک در حال تغییر داده‌های ما از سیستم‌های بیولوژیکی و پیچیدگی‌های زندگی است.


...................................................

📎 لینک منبع:

https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0467-4

#انجمن_علمی_دانشجویی_بیوتکنولوژی
#دانشگاه_علوم_پزشکی_تهران

🌐 @biotechnology_satim
✉️[email protected]

BioMed Central

A practical guide to single-cell RNA-sequencing for biomedical research and clinical applications - Genome Medicine

RNA sequencing (RNA-seq) is a genomic approach for the detection and quantitative analysis of messenger RNA molecules in a biological sample and is useful for studying cellular responses. RNA-seq has fueled much discovery and innovation in medicine over recent…

www.tgoop.com/Biotechnology_satim/140

109 viewsNov 5 at 15:08

#تکنیک_آزمایشگاهی
# scRNA-seq
...................................................

 Single-Cell RNA Sequencing 🔬یا(scRNA-seq)
یک روش پیشرفته در زمینه ژنتیک و بیولوژی مولکولی است که به محققان اجازه می‌دهد تا بیان ژن‌ها را در هر سلول فردی به صورت جداگانه مطالعه کنند. این تکنیک به دلیل توانایی‌اش در شناسایی و تحلیل تنوع سلولی و بیان ژن‌ها در سطح فردی، به یک ابزار کلیدی در تحقیقات بیولوژیکی تبدیل شده است.

✅مراحل اصلی توالی‌یابی RNA سلول منفرد :
 
۱. جداسازی سلول‌ها
ابتدا، نمونه بافت یا مایع حاوی سلول‌ها باید به گونه‌ای جدا شود که سلول‌های فردی به دست آیند. این مرحله معمولاً شامل دایجسشن آنزیمی بافت‌ها و سپس فیلتر کردن یا سانتریفیوژ کردن برای جداسازی سلول‌ها است.
 
۲. تک‌تک سلول‌ها را جدا کردن
بعد از جداسازی، سلول‌ها باید به صورت تک‌تک جدا شوند. این می‌تواند با استفاده از تکنیک‌های مختلف مانند FACS (Fluorescence-Activated Cell Sorting)، میکروفلویدیکس، یا تکنولوژی‌های مبتنی بر کپسول‌های تک‌سلولی انجام شود.
 
۳. استخراج  RNA
RNA از هر سلول تک استخراج می‌شود. این مرحله بسیار حساس است زیرا RNA به راحتی تخریب می‌شود. برای کاهش تخریب، از روش‌های ملایم و سریع استخراج استفاده می‌شود.
 
۴. تبدیل RNA به cDNA
 
   - ریورس ترانسکریپشن: استفاده از آنزیم ریورس ترانسکریپتاز برای تبدیل RNAاستخراج شده به cDNA
 
۵. تقویت cDNA
مقادیر کم cDNA تولید شده نیاز به تقویت دارند. این معمولاً با PCR (Polymerase Chain Reaction) انجام می‌شود.
 
۶. توالی‌گیری
cDNA تقویت شده برای توالی‌گیری آماده می‌شود. توالی‌گیری می‌تواند با استفاده از پلتفرم‌های مختلف مانند Illumina انجام شود.
 
۷. تحلیل داده‌ها
داده‌های توالی‌گیری باید تحلیل شوند تا بیان ژن‌ها در هر سلول تک شناسایی شود. این شامل مراحل زیر است:
   - تطبیق خواندن‌ها (Reads) با ژنوم یا ترانسکریپتوم مرجع
   - شمارش مولکول‌های بیان شده
   - تحلیل بیومتریک و آماری برای شناسایی الگوهای بیان ژنی
   - استفاده از الگوریتم‌های ماشین لرنینگ برای کلاستربندی سلول‌ها بر اساس پروفایل بیان ژنی
 
✅کاربردها و اهمیت:

شناسایی نوع‌های سلولی جدید: با توجه به تنوع بیان ژنی، می‌توان نوع‌های سلولی
نادر یا جدید را شناسایی کرد.

مطالعه بیماری‌ها: تحلیل بیان ژنی در سلول‌های بیمار و سالم می‌تواند به درک مکانیسم‌های بیماری و پیدا کردن
هدف‌های درمانی کمک کند.

تحقیقات توسعه سلولی: نحوه تغییر بیان ژن‌ها در طول توسعه سلولی یا تمایز سلول‌های بنیادی.

بیوتکنولوژی و داروسازی: برای طراحی داروهای هدفمند و تحقیقات مرتبط با سلول‌های بنیادی و تراپی‌های ژنی.
 
✅توالی‌گیری RNA سلول تک نه تنها به محققان اجازه می‌دهد تا بیان ژن‌ها را در سطح فردی مطالعه کنند، بلکه به درک عمیق‌تری از تنوع سلولی، تعاملات سلولی و دینامیک‌های بیان ژنی در زمان و فضا کمک می‌کند. این تکنیک در حال تغییر داده‌های ما از سیستم‌های بیولوژیکی و پیچیدگی‌های زندگی است.


...................................................

📎 لینک منبع:

https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-017-0467-4

#انجمن_علمی_دانشجویی_بیوتکنولوژی
#دانشگاه_علوم_پزشکی_تهران

🌐 @biotechnology_satim
✉️[email protected]

BY انجمن علمی دانشجویی بایوسل