📝 #خلاصه_ارائه
🧬 طراحی سه بعدی RNA

ریبونوکلئیک اسید (RNA) یکی از سه درشت مولکول اصلی در بدن تمام موجودات زنده است.با توجه به اهمیت RNA و کاربرد آن در زمینه های طراحی دارو و درمان بیماری٬ لازم است بتوان RNAهای جدید با عملکرد دلخواه تولید کرد. از آن جا که ساختار سوم RNAها بیانگر عملکرد آنها هستند٬ نیاز به طراحی یک توالی است که در هنگام تاخوردگی٬ ساختار سوم دلخواه را به خود بگیرد.
با توجه به هزینه ی زیاد روش های آزمایشگاهی و زمان بر بودن این روش ها٬ سعی می شود تا با استفاده از روش های محاسباتی به حل آن ها پرداخته شود. به علت NP-سخت بودن این مسئله٬ حل آن نیازمند الگوریتم های مکاشفه ای است.
در این سمینار٬ روش جدیدی مبنی بر یادگیری عمیق٬ برای طراحی RNA با استفاده از ساختار سوم با طول توالی بیش از ۵۰ ارائه می‌شود.

#ارائه_دهنده: #سارا_نوری_زاده
⏰ امروز، ساعت 18

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه سوم : تنظیم اپی‌ژنتیکی بیان ژن در سرطان

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: مینا شایگان

⏰ چهارشنبه، 22 دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 تنظیم اپی‌ژنتیکی بیان ژن در سرطان

سرطان در نهایت یک بیماری بیان ژن است که در آن شبکه های پیچیده حاکم بر هموستاز در موجودات چند سلولی مختل می شوند و به سلول ها اجازه می دهند بدون اشاره به نیازهای ارگانیسم به عنوان یک کل رشد کنند. با این حال، چشم انداز تغییرات ژنتیکی برای توضیح تغییرات بیان ژن فراگیر و تغییرات عملکرد سلولی در سرطان کافی نیست. روشن کردن روابط بین مکانیسم های مختلف اپی ژنتیک و تنظیم بیان ژن آنها برای یافتن منابع پنهان تنوع در سرطان و انتخاب درمانی ضروری می‌سازد. تغییرات اپی ژنتیکی تغییرات ژنومی را در طول پیشرفت سرطان و پاسخ درمانی تکمیل می کند.
در این سمینار، تغییرات اپی‌ژنتیکی را به همراه پایگاه داده‌ها و روش‌های تجزیه و تحلیل آنها ارائه می‌دهیم. در نهایت روابط بین تنظیم اپی ژنتیک و بیان ژن یا پروتئین را تعریف می‌کنیم تا بتوانیم با تعیین مکانیسم های تنظیمی اپی ژنتیک واقعی و محرک های آسیب شناسی سرطان، درمان های اپی ژنتیکی ایجاد کنیم.


#ارائه_دهنده: #مینا_شایگان
⏰ امروز، ساعت 18

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه سوم : تعامل RNA و پروتئین

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: نیکتا گوهری صدر

⏰ چهارشنبه، ۲۹ دی ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

#خلاصه_ارائه
🧬 تعامل RNA و پروتئین

📝 تعاملات آر‌ان‌ای و پروتئین نقش مهمی در فرآیندهای سلولی بنیادی موثر در بیماری های انسان، حیوانات، گیاهان و همچنین تنظیمات بیان ژن دارند. با این حال، الگو و نحوه انتخاب این تعاملات به خوبی درک نشده‌اند. همچنین به دلیل هزینه‌بر و زمان‌گیر بودن روش‌های آزمایشگاهی، نیاز به توسعه روش های محاسباتی قابل اعتماد وجود دارد. پیش‌بینی این تعاملات نیازمند بررسی اطلاعات ساختاری مولکول‌ها می‌باشد، در حالی که این اطلاعات همیشه در دسترس نیست. از طرفی نتیجه تحقیقات روی مدل‌های ترنسفورمر نشان می‌دهد که آن‌ها می‌توانند به خوبی از توالی‌های آران‌ای و پروتئین اطلاعات بیوشیمیایی، بیوفیزیکی و ساختاری مهمی را استخراج کنند.
در این سمینار، از دو ترنسفورمر ProtAlbert و DNABERT استفاده می‌شود تا نمایش مناسبی از ویژگی‌ توالی‌های آران‌ای‌ و پروتئین‌ ساخته شود تا با استفاده از یک مدل یادگیری، تعاملات بین این دو مولکول را پیشگویی شود.


#ارائه_دهنده : #نیکتا_گوهری_صدر
⏰ چهارشنبه، 29 دی ماه 1400، ساعت 18
@CBRC_aut

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه چهارم : رمزگذار RNA

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: آرمین بهجتی

⏰ چهارشنبه، ۶ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 جلسه پنجم : نمایش گونه های ژنتیکی در ژنوم مرجع با ابزار vg

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: سید مصطفی مشکاتی

⏰ چهارشنبه، ۱۳ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

#خلاصه_ارائه
🧬 نمایش گونه های ژنتیکی در ژنوم مرجع با ابزار vg

📝 نقش ژنوم مرجع در بسیاری از تحلیل‌های توالی DNA بر کسی پوشیده نیست. از طرفی استفاده از ژنوم مرجع خطی مرسوم در ابزارها، عموما تنها یک نسخه از ژنوم را در هر جایگاه نشان‌داده و موجب ایجاد بایاس در تحلیل نسبت به ژنوم مرجع می‌شود و از طرفی دیگر، ممکن از باعث نادیده گرفتن گونه‌های مختلف در جمعیت شود.
گراف‌های گونه، نوعی از گراف‌ها هستند که به صورت فشرده، گونه‌های ژنتیکی مختلف را در جمعیت نمایش داده و می‌توانند در تحلیل‌های ژنتیکی به ما کمک کنند.
در این ارائه، به معرفی ابزار vg خواهیم پرداخت که با امکانات مختلف و بهره‌مندی از گراف‌های گونه، موجب استفاده از ساختاری گرافی برای بیان ژنوم مرجع می‌شود تا گونه‌های مختلف در جمعیت دیده شده و بایاس نسبت به ژنوم مرجع کمتر شود.

👨🏻‍💻 ارائه دهنده : #سید_مصطفی_مشکاتی
⏰ چهارشنبه، ۱۳ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

چنانچه در جلسه اشاره شده، سمینارهای رویداد CWS با موضوع " بایوتک " روز جمعه برگزار خواهد شد.

⏳ برنامه زمانی روز پنجم رویداد، با محوریت بیوتکنولوژی ، ۱۵ بهمن ماه

وبینارها و ورکشاپ های مقدماتی برای دانشجویان کارشناسی و پیشرفته برای دانشجویان تحصیلات تکمیلی مناسب می باشد.
سخنرانی های صنعتی و میزگردها، بدون پیش نیاز علمی هستند.

🎙ساعت ١۵:٠٠، ورکشاپ مقدماتی:
زهرا قربانعلی
📕موضوع ارائه :
"Drug repositioning"

🎙ساعت ١۵:٠٠، ورکشاپ پیشرفته:
دکتر فاضله سادات محسنی صالحی
📕موضوع ارائه :
"A mathematical model of COVID-19 pandemic:The emergence and the evolution of the virus"

🎙 ساعت ۱۷:۰۰ ، وبینار مقدماتی :
دکتر فاطمه زارع میرک آباد
📕 موضوع ارائه :
"Biological Sequences Algorithms"

🎙 ساعت ۱۷:۰۰ ، وبینار پیشرفته :
پروفسور سیروس زینلی
📕 موضوع ارائه :
"Ongoing outbreak of COVID-19 in Iran: challenges and signsof concern with under-reporting of prevalence and deaths"

🎙 ساعت ۱۸:۱۵ ، وبینار مقدماتی :
دکتر سجاد قرقانی
📕 موضوع ارائه :
"Bioinformatics and computational drug design"

🎙 ساعت ١٨:١۵، وبینار پیشرفته :
دکتر احمد واعظ برزانی
📕 موضوع ارائه :
"Artificial Intelligence (AI) in Medicine"

🎙 ساعت ۱۹:١۵ ، سخنرانی صنعتی :
دکتر نازنین حسین‌خان
📕 موضوع ارائه :
"Biomarker detection using high throughput data analyses"

🎙 ساعت ٢٠:١۵ ، میزگرد :
دکتر فاطمه زارع میرک آباد
📕 موضوع ارائه :
"How to start and carry out a research project"

در صورت داشتن هرگونه سوال می توانید با آی‌دی زیر در ارتباط باشید :
@cws_admin

Telegram | Twitter | LinkedIn | Instagram

🔹 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره RNA

🧬 #جلسه_آخر: شناسایی توالی های کات به وسیله یادگیری ماشین

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: نیکا شهابی

⏰ چهارشنبه، 20 بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

#خلاصه_ارائه
🧬 شناسایی توالی های کات به وسیله یادگیری ماشین

📝 کات‌ها دسته‌ای از RNAهای غیرکدکننده هستند که در سال‌های اخیر کاربردهای متفاوتی برای آن‌ها از جمله تنظیم بیان ژن پیدا شده‌ است. اغلب روش‌های شناسایی این توالی‌ها آزمایشگاهی بوده است که بسیار هزینه‌بر و زمان‌گیر هستند. در مقابل، روش‌های محاسباتی و یادگیری ماشین روی مسائل و داده‌های مختلف از جمله داده‌های ژنتیکی نتایج بسیار خوبی نشان داده‌اند. این گونه روش‌ها می‌توانند با صرفه‌جویی در زمان و هزینه، این توالی‌ها در موجودات مختلف تشخیص دهند و راه را برای تحقیق بیشتر درمورد عملکرد آن‌ها باز کنند.

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: #نیکا_شهابی
⏰ امروز، ساعت ۱۸:۰۰

@CBRC_aut

📢 آخرین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC


🔔 آخرین دوره از این جلسات، با موضوع "بیماری"برگزار می‌گردد.



📝 سرفصل ارائه ها به شرح زیر می باشد:

🔹 پیش‌بینی نشانگرهای زیستی برای بیماری اوتیسم

🔸 پیش‌بینی رابطه بیماری و miRNA با استفاده از نمایش گرافی

🔹 پیش‌بینی مقاومت ضد میکروبی در باکتری ها

🔸 تعیین نشانگرهای زیستی براساس داده‌های امیکس چندگانه

🔹 تعیین نشانگرهای زیستی مرتبط با سن بارداری



📅 از چهارشنبه، ۲۷ بهمن ماه ۱۴۰۰

@cbrc_aut

🔹 آخرین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره بیماری

🧬 جلسه اول: پیش‌بینی نشانگرهای زیستی برای بیماری اوتیسم

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: مریم رستگاری

⏰ چهارشنبه، ۲۷ بهمن ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

#خلاصه_ارائه
🧬 پیش بینی نشانگرهای زیستی برای بیماری اوتیسم

📝 اتیسم یک بیماری عصبی-رشدی است که معمولا در اوایل کودکی در فرد تشخیص داده می‌شود. تشخیص به موقع و آغاز هر چه زودتر درمان‌های نظیر رفتار درمانی در این کودکان بسیار حائز اهمیت است. یکی از روش‌های رایج برای شناخت بهتر عوامل موثر در بروز این بیماری، مطالعه‌ی داده‌های بیان ژنی و تلاش برای یافتن نشانگرهای زیستی این بیماری است که می‌تواند گامی در جهت شناخت بهتر و به دنبال آن طراحی یا کشف دارو برای آن باشد. در این ارائه علاوه بر مرور چند روش محاسباتی، چارچوبی با استفاده از شبکه های هم بیان ژنی، شبکه های تعاملی پروتئین-پروتئین و شبکه های ام آر ان ای-میکرو آر ان ای جهت تشخیص ژنها و میکرو آر ان ای‌های درگیر در اتیسم، معرفی می‌گردد.

👩🏻‍💻 #ارائه_دهنده : #مریم_رستگاری
⏰ چهارشنبه، ۲۷ بهمن، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

تمامی ویدئوها در صفحه آپارات آزمایشگاه بارگذاری شده اند. هم اکنون می توانید با کلیک بر روی لینک زیر دانلود کنید:

🌐www.aparat.com/bioinformatics_aut

🔹 آخرین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره بیماری

🧬 جلسه دوم: پیش بینی ارتباط بیماری ها و miRNA ها

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: سهراب صالحی

⏰ چهارشنبه، ۴ اسفند ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

🧬 پیش بینی ارتباط بیماری‌ها با میکرو آران‌ای‌ها

📝 در سال‌های اخیر شاهد رشد قابل ملاحظه‌ای در تولید و تحقیق بر روی دارو‌های پپتیدی بوده‌ایم که عملکرد مناسبی در مقایسه با دارو‌های شیمیایی در درمان بیماری‌های خاص داشته‌اند. حال در جستجو نسل جدید درمان‌ها و داروها به دنبال شیوه‌های نوینی هستیم.
باتوجه به روند رو به رشد طراحی های داروی مبتنی بر آران‌ای‌ها ، کشف ارتباط میان آران‌ای‌ها و بیماری‌ها اهمیت بیشتری پیدا کرده است زیرا شناسایی این روابط را می توان قدم اول در شناسایی عامل بیماری‌زا و کنترل آن دانست. در سال‌های اخیر تمرکز بسیاری از مقالات حوزه‌ی بیوانفورماتیک بر روی آران‌ای‌ها و انواع مختلف آن بوده است. ما در این پژوهش تلاش کردیم به طور خاص بر روی میکرو آران‌ای‌ها تمرکز کرده و مدل مناسبی برای پیش‌بینی این ارتباطات ارائه دهیم. در این جلسه همچنین مشکلات مدل‌های موجود و چالش‌های این مسئله را باهم بررسی خواهیم کرد.

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: #سهراب_صالحی
⏰ چهارشنبه، ۴ اسفند ماه، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

🔹 آخرین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

دوره بیماری

🧬 جلسه سوم: پیش بینی مقاومت ضدمیکروبی در باکتری ها

👩‍💻🏻 ارائه دهنده: زهرا سراج

⏰ چهارشنبه، ۱۱ اسفند ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

🧬 پیش بینی مقاومت ضدمیکروبی در باکتری ها

📝 استفاده گسترده و نادرست از ضدمیکروب ها موجب مقاومت ضدمیکروبی می‌شود که تهدیدی جهانی برای سلامت انسان‌ها و حیوانات است. در صورت عدم کنترل این بحران، نرخ مرگ میر ناشی از عفونت و هزینه‌های مالی مربوط به آن به شدت افزایش خواهد یافت. به همین علت شناسایی سویه‌های مقاوم یا حساس به یک آنتی‌بیوتیک مشخص، برای کنترل مقاومت ضدمیکروبی، ضروری است.
در این سمینار، به بررسی نقش بیوانفورماتیک در کنترل مقاومت ضدمیکروبی پرداخته و مقالات منتشر شده در زمینه مقاومت ضدمیکروبی مرور خواهد شد.

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: #زهرا_سراج
⏰ چهارشنبه، 11 اسفند ماه، ساعت ۱۸

@CBRC_aut