tgoop.com/IRBioinformatics/1501
Last Update:
توالی‌یابی پروتئین‌ها یکی از ابزارهای مهم در مطالعات بیوشیمی و پروتئومیکس است. روش‌های مختلفی برای شناسایی و کمی‌سازی پروتئین‌ها وجود دارد که هر کدام ویژگی‌ها و مزایای خاص خود را دارند. در زیر به تفاوت‌های اصلی بین سه روش iCAT، SILAC و iTRAQ پرداخته می‌شود:
@irbioinformatics
1. iCAT (Isotope-Coded Affinity Tagging)
• روش کار: iCAT از برچسب‌های ایزوتوپی استفاده می‌کند که به گروه‌های خاصی از پروتئین‌ها متصل می‌شوند. این برچسب‌ها به دو نوع سنگین و سبک تقسیم می‌شوند.
• کمی‌سازی: پس از جداسازی پروتئین‌ها، نسبت بین برچسب‌های سنگین و سبک برای تعیین میزان پروتئین‌ها استفاده می‌شود.
• مزایا: دقت بالا در کمی‌سازی و توانایی شناسایی پروتئین‌های کم‌مقدار.
• معایب: نیاز به مراحل اضافی برای جداسازی و همچنین محدودیت در تعداد نمونه‌هایی که می‌توان به طور همزمان مقایسه کرد.
2. SILAC (Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture)
• روش کار: در این روش، سلول‌ها با آمینواسیدهای ایزوتوپی (سنگین و سبک) کشت داده می‌شوند. پروتئین‌های تولید شده در این سلول‌ها با ایزوتوپ‌های مختلف برچسب‌گذاری می‌شوند.
• کمی‌سازی: نسبت بین پروتئین‌های برچسب‌گذاری شده در شرایط مختلف (مثلاً تحت تأثیر یک دارو) اندازه‌گیری می‌شود.
• مزایا: امکان مقایسه چندین نمونه به صورت همزمان و دقت بالا در کمی‌سازی.
• معایب: محدودیت در نوع سلول‌هایی که می‌توانند مورد استفاده قرار گیرند و نیاز به کشت سلولی.
3. iTRAQ (Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation)
• روش کار: iTRAQ از برچسب‌های ایزوباریک استفاده می‌کند که به پروتئین‌ها متصل می‌شوند. این برچسب‌ها در مرحله تجزیه و تحلیل MS به یک سیگنال مشترک تبدیل می‌شوند.
• کمی‌سازی: با استفاده از طیف‌سنجی جرمی، نسبت بین پروتئین‌های مختلف در نمونه‌های مختلف اندازه‌گیری می‌شود.
• مزایا: قابلیت مقایسه چندین نمونه (معمولاً 4 یا 8) به طور همزمان و دقت بالا.
• معایب: پیچیدگی در تجزیه و تحلیل داده‌ها و نیاز به نرم‌افزارهای خاص برای تفسیر نتایج.
هر یک از این روش‌ها مزایا و معایب خاص خود را دارند و انتخاب بین آن‌ها بستگی به نوع تحقیق، نوع نمونه و هدف مطالعه دارد. iCAT بیشتر برای کمی‌سازی دقیق پروتئین‌ها مناسب است، SILAC برای مطالعات کشت سلولی ایده‌آل است و iTRAQ برای مقایسه چندین نمونه به طور همزمان مناسب‌تر است.
BY کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
Share with your friend now:
tgoop.com/IRBioinformatics/1501