Да, кстати, очень важный момент - если уж вас угораздило пить таблетки или к психотерапевту ходить, то не вздумайте рассказывать об этом кому-либо, ну кроме ближайших родственников. Иначе еще спустя несколько лет уважаемые люди будут обмусоливать, какая вы снежинка обоссанная.

Ну то есть никто не любит больных людей. Если вы здоровый и веселый, то вас любят. Если вы больной и унылый, то идите нахуй. Простая истина, знаете.

В связи с рядом обстоятельств начал читать немного про родопсины, какие они бывают. Я думал, что в связи с применением родопсинов в оптогенетике эта тема уже давно должна быть исследована вдоль и поперек, но нет - оказывается, белки эти довольно разнообразные, так что новые группы продолжают открывать. Узнал вот, что в 2018 году открыли какую-то новую группу родопсинов, назвали гелиородопсинами:

https://www.nature.com/articles/s41586-018-0225-9

Узнал еще, что у некоторых бактерий рода Thermus есть какой-то родопсин:
https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)45459-6/fulltext

#читаювсякоеговно

Люди сделали какой-то инструмент на основе snakemake, называется pipemake. Я пока не врубился, как им пользоваться, и не могу понять, насколько это мне будет полезно. Впрочем, я тот еще тормоз, и snakemake освоил только когда им все вокруг уже вовсю давно пользовались.

На первый взгляд выглядит это как обертка над snakemake, которая позволяет использовать конфигурационные файлы, и которая при этом содержит коллекцию готовых пайплайнов для анализа геномных данных. Может, неправильно понял.

https://pipemake.readthedocs.io/

#читаювсякоеговно

И еще один тул из той же серии.

https://github.com/LaborBerlin/ont-assembly-snake

Звучит как прикольная байка, но верится с трудом. Думаю, что это пиздеж или как минимум очень сильное преувеличение.

https://www.tgoop.com/furherring/1707

Говорят, синтетические рубины были получены еще до Вернейля и были доступны на рынке ("женевские рубины"); сначала считалось, что эти рубины были изготовлены сплавлением осколков природных камней. Но в 1960-х годах люди достали откуда-то несколько этих самых "женевских рубинов", сделали анализ химического состава, и по неоднородности содержания элементов (вот тут я ничего не понимаю, впрочем) сделали вывод, что это синтетические рубины, сделанные процессом, похожим на вернейлевский.

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/0022024869900359

Имена изобретателей этой технологии неизвестны, но наверняка это были либо цыгане, либо евреи. Склоняюсь ко второму варианту - для изготовления рубинов наверняка требовались сопла и тигели из тугоплавких материалов, вроде платины или иридия; цыгане бы не стали заморачиваться с выплавкой и просто продали бы эти тигели.

На картинке предполагаемая схема процесса из статьи.

Забавная история. Пишут, что у Toxoplasma gondii какой-то очень странный митохондриальный геном, в топологии которого черт ногу сломит [1]. Однако понятно, что геном маленький, белок-кодирующих генов в нем всего три штуки, а гены рРНК разбиты на очень короткие фрагменты.

Вышла работа, в которой получили структуры митохондриальных рибосом T. gondii [2]. Эти миторибосомы собраны из 53 кусков рРНК, все по длине меньше 300 нуклеотидов, а некоторые из рРНК, согласно статье, длиной всего семь нуклеотидов (вероятно, все-таки без poly-A хвоста?). Большинство рРНК полиаденилированы (и в статье предсказан фермент, который, скорее всего, за это ответственен), и poly-A хвосты важны для формирования структуры. И еще прикол - несколько рРНК встречаются в рибосомах в двух копиях, и каждая из копий принимает разные конформации. Еще обнаружили новые рибосомальные белки, которые, видимо, произошли от транскрипционных факторов (такая вот смена функций).

В связи с этой темой сидел и думал о том, как странно бывает, когда в природе что-то начинает деградировать. Мне кажется, тут сложно сказать, что миторисобома упростилась - суммарная длина рРНК большая, ну и вообще число компонентов выросло, и даже появились новые компоненты (рибосомальные белки), которых раньше не было. Вероятно, тут сказалось два фактора - редукция митохондриального генома на фоне большой нестабильности этого самого митохондриального генома. Пытался к этому какую-нибудь бытовую аналогию привязать.

Вот есть известная история про радиоприемник; если в радиоприемнике сломать какую-нибудь из деталей (почти любой электрический компонент), то приемник перестает работать. Рибосома (и вообще аппарат трансляции) это очень сложный молекулярный механизм, и в нормальных клетках поломка почти любой части этого механизма приводит к тому, что клетка либо вообще не может жить, либо ей становится очень плохо. В случае митохондрий часть этого аппарата становится необязательной (у токсоплазмы миторибосомы синтезируют всего три белка, и все три небольшие и гидрофобные), и есть становится как бы разрешено ломаться.

Можно представить себе такую картину - нужда в нормальных радиоприемниках отпала; радиослушателям доступен всего один канал, и при этом весь контент на этом канале - короткие сообщения, зачитанные монотонным голосом, так что и качество звука уже не важно. Радиоприемники собирают из тех же компонентов, из каких собирали старые, но коробки с этими компонентами по дороге пинают ногами, поэтому все платы приходят разломанные, провода разорванные, и это на месте скручивают с помощью изоленты и клея. Радиоприемник выглядит как груда хлама, работает плохо, но никто не жалуется, потому что, будь радиоприемник хорошим, слушать все равно почти нечего.

1. https://genome.cshlp.org/content/31/5/852
2. https://www.nature.com/articles/s41467-025-56057-9

#читаювсякоеговно

В статье, если я верно понял, присутствует ряд опечаток, которые бросаются в глаза:
На стр. 1, "co-translational rRNA folding" - вероятно, имеется в виду "co-transcriptional rRNA folding", рРНК вряд ли транслируются хоть у кого-то;
На стр. 5, "structure-structure comparison tools (foldseq and DALI)" - наверное, имелся в виду Foldseek, а не foldseq.

Наверное, впопыхах писали.

Должен признаться, что у меня очень волосатые руки.
Я знаю многих выдающихся ученых, работающих в области молекулярной биологии, и у всех них руки практически безволосые. Думаю, это означает, что хорошего ученого из меня не выйдет (ну и не вышло).

В далеком 2020 году мне написали китайцы и попросили поделиться вирусами гипертермофильной бактерии (и самой бактерией), которые когда-то были изолированы в нашей лаборатории. По их работам я понял, что они обнаружили в этих бактериях защитную систему, которая вносит в ДНК фосфоротиоатные модификации (заменяет один из кислородов в фосфате на серу), и теперь ищут бактериофагов, чтобы проверить работу этой системы. Я был бы и не прочь поделиться этими вирусами, и они даже отправили мне какие-то запросы через FedEx; проблема была в том, что мне нужно было сделать какую-то "растаможку", и у меня совсем не было сил с этим разбираться. Еще ситуация осложнялась тем, что китайцы эти находятся в городе Ухань, а вирусы они предлагали отправить под видом раствора фосфата натрия; честно скажу, идея отправлять в Ухань какие-то вирусы в 2020 году меня совсем не вдохновила. Конечно, вирусы эти бактериальные, но объяснять все это фсбшникам мне бы не хотелось. В общем, я слился и ничего им не отправил. В какой-то момент мне позвонил какой-то китаец и на очень ломаном (еще более ломаном, нежели мой) английском сказал, что вирусы им очень важны. Я ответил, что да, вирусы реально важны, еще раз позвонил в этот гбс-брокер, понял, что я ничего не понял, и ничего не стал делать. Стыдно, да, вообще в научном сообществе принято делиться такими вещами.

Пять лет спустя у них реально вышла статья про фосфоротиоатные системы гипертермофильных организмов, причем в хорошем журнале вышла. В общем, гипертермофильные бактерии и археи кодируют систему из трех генов; один ген кодирует белок, который вносит фосфоротиоатные модификации, а два других кодируют нуклеазу и хеликазу; эти два белка образуют комплекс, который вносит одноцепочечные разрывы в ДНК, которая не содержит фосфоротиоатных модификаций. Так эта система позволяет повреждать чужеродную ДНК и защищает клетку от вирусов.
Интересная статья, они структуры сделали вот.
https://www.nature.com/articles/s41589-024-01832-w

#читаювсякоеговно

Есть еще прикольный момент. Я в прошлом году ездил в Грузию на свадьбу к сектантам-христианам, и заехал на горячие источники, что располагаются неподалеку от города Зугдиди. Из этих источников я набрал воды, и в лаборатории выделил из этой воды одного злобного бактериофага, который заражает бактерию Thermus thermophilus. Фага решили назвать Цаца, в честь маленькой паршивой собачки, которой владеют друзья моего коллеги, патлатого эмо.

Геном этого бактериофага оказался очень похож на геном фага, который уже открыли до нас какие-то японцы. Однако геном нашего фага содержит добавочный ген, который кодирует фермент, очень похожий (но тут надо проверить) на тот фермент из этих фосфоротиоатных систем, который как раз вносит модификации в ДНК. И вот я сижу и думаю - может, этот ген позволяет фагу модифицировать свою ДНК (внедрять фосфоротиоатные модификации) и обходить защитные PT-системы клетки? Надо бы выделить ДНК из этого фага и проверить ее на наличие модификаций, да вот только масс-спектрометров подходящих поблизости как будто бы нет.

https://www.mdpi.com/1999-4915/16/9/1410

#читаювсякоеговно

Слушайте, очень важный вопрос для людей, имеющих отношение к преподаванию.

В одном из ведущих российских ВУЗов сейчас пишут учебник по биологии для продвинутых школ. В этих школах будут учиться дети из хороших семей, которые потом уедут в США или Европу и будут учить нас, как правильно бороться с режимом. По этой причине очень важно, чтобы эти дети получили качественное образование, в том числе в области биологии (в частности, для того, чтобы они могли опираться на научный бэкграунд, рассуждая о рабском сознании русских).

Учебник на текущий момент написан довольно сумбурно. В частности, есть большая проблема с разделами генетики и молекулярной биологии, которые идут как будто параллельно друг другу. Условно, в разделе генетики рассказывается про гены и их взаимодействия как про абстракции, слово "ДНК" там нигде не мелькает. В разделе молекулярной биологии рассказывается про ДНК, про гены и про регуляцию, но при чтении непонятно, как это соотносится с классической генетикой. Во многом это повторяет шизофреническую ситуацию, которая сложилась на биофаке МГУ, где генетика и молекулярная биология существуют параллельно друг другу. Тем не менее, думаю, что нужно попытаться найти выход из этого.

У вас есть на примете учебники и/или учебные курсы, где молбиол и то, что называется генетикой, органично бы сочетались? Есть идеи, как это вообще нужно преподавать?

В человеческой иммунологии не разбираюсь и дальше абстракта не читал, но выглядит интересно.

Пишут (по крайней мере, как я это понял), что нарколепсия 1 типа вызывается аутоиммунной реакцией против нейронов, секретирующих орексины, а эта аутоиммунная реакция может вызываться перенесенной инфекцией некоторыми штаммами вируса гриппа (а также вакцинацией против этих вирусов гриппа, см. Pandemrix) из-за сходства между фрагментами вирусного белка и процессированным предшественником орексинов.

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1818150116

#читаювсякоеговно

Какие-то китайцы намайнили новых гомологов Cas12 вирусного происхождения; пишут, что многие из обнаруженных ими белков содержат участки, для которых не предсказывается стабильной вторичной структуры (intrinsically disordered regions); предполагается, что за счет этих участков белки могут взаимодействовать с какими-то другими белками.

Тут для одного фагового Cas12 предсказали, что он связывается с клеточным белком тиоредоксином; эксперименты показывают, что он с ним действительно связывается, и присутствие тиоредоксина сильно повышает эффективность иммунного ответа против фагов (in vivo) и эффективность расщепления ДНК мишени (in vitro).

Статья, впрочем, как-то странно написана как будто, подробностей мало (непонятно вот, например, как они сконструировали sgRNA для этого Cas12). Почему-то этот вариант Cas12 они назвали "hacker". Почему хакер?

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.01.20.633832v1.abstract

#читаювсякоеговно

Вот, кстати, как выглядит этот lox. В принципе я такое тоже ем иногда.

Изображение с сайта myjewishlearning.com.

Ну что, какой в научном сообществе консенсус - нарекается ли Панчин сукой, крысой и стукачом?

Среди ночи задумался о том, какие есть гетеротрофные организмы, способные, так сказать, к максимально автономному существованию - чтобы могли расти на самых простейших средах. Хотелось бы найти какую-нибудь скотину, которой для роста требуются источники азота и фосфора в форме неорганических солей, коктейль из микроэлементов, а чтобы в качестве источника углерода (ну и энергии) она бы жрала что-то совсем простое, вроде глицерина или метанола.

Я думал, что грибы на такое способны, но похоже, что скорее нет - N. crassa нужен биотин для роста. Это не очень интересно. Кто-нибудь знает таких тварей?

Цианобактерии могут расти на среде, состоящей только из минеральных солей (за исключением буферного компонента и хелаторов, чтобы все это в осадок не выпало), но это тоже не так интересно.

Интересно пишут. Кажется, автор канала специалист во всей этой шняге, я ему поверю.

В конце 2024г. вышла важная публикация в области олигосинтеза.

В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.

Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.

Суть нового метода - в хитром методе обогащения.

Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.

Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.

Радикальное решение - способ обогащения через полимеризацию намертво в полиакридамид, или, как его называют авторы, catching-by-polymerization (CBP) метод. Делается это посредством специальной тритильной защиты с фрагментом акриламида на длинном линкере.

Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.

Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.