The Botanist

Базы данных. Часть 3.

Сегодняшняя подборка будет посвящена базам данных, которые содержат сведения о нуклеотидных последовательностях и объектах изучения из области «omics»: геномах, протеомах и транскриптомах. Молекулярные биологи не должны скучать среди нашего биоразнообразия :)

Итак, начнем:

National Center for Biotechnology Information (NCBI) – огромный ресурс, где содержится большое количество последовательностей нуклеотидов и аминокислот, представлены геномы, транскриптомы, протеомы. Снабжен алгоритмом BLAST.

China National GeneBank DataBase (CNGBdb). Здесь собраны различные последовательности, которые могут как присутствовать в NCBI, так и быть уникальными. Есть кросс-ссылки на другие базы данных.

1000 Plants (1KP) – ресурс, где представлено более тысячи транскриптомов различных растений, начиная от мхов в самом широком смысле и заканчивая покрытосеменными. Более того, почти всегда есть указание, какую часть растения использовали для получения данных.

Tree of Life – проект ботанического сада Кью (Лондон), собравший огромное количество транскриптомов покрытосеменных растений.

Phytozome – база данных геномов. В ней опубликованы геномы разных растений: некоторых мхов, папоротников, плаунов, голо- и покрытосеменных. Более того, есть сведения по красным и зелёным водорослям.

#базы_данных
#наука
#студенту

www.tgoop.com/in_plantae_veritas/233

488 viewsValentina Domashkina, edited  Jul 19, 2022 at 09:24

Базы данных. Часть 3.

Сегодняшняя подборка будет посвящена базам данных, которые содержат сведения о нуклеотидных последовательностях и объектах изучения из области «omics»: геномах, протеомах и транскриптомах. Молекулярные биологи не должны скучать среди нашего биоразнообразия :)

Итак, начнем:

National Center for Biotechnology Information (NCBI) – огромный ресурс, где содержится большое количество последовательностей нуклеотидов и аминокислот, представлены геномы, транскриптомы, протеомы. Снабжен алгоритмом BLAST.

China National GeneBank DataBase (CNGBdb). Здесь собраны различные последовательности, которые могут как присутствовать в NCBI, так и быть уникальными. Есть кросс-ссылки на другие базы данных.

1000 Plants (1KP) – ресурс, где представлено более тысячи транскриптомов различных растений, начиная от мхов в самом широком смысле и заканчивая покрытосеменными. Более того, почти всегда есть указание, какую часть растения использовали для получения данных.

Tree of Life – проект ботанического сада Кью (Лондон), собравший огромное количество транскриптомов покрытосеменных растений.

Phytozome – база данных геномов. В ней опубликованы геномы разных растений: некоторых мхов, папоротников, плаунов, голо- и покрытосеменных. Более того, есть сведения по красным и зелёным водорослям.

#базы_данных
#наука
#студенту

BY The Botanist