🎉 روز دانشجو مبارک!

👨‍💻 تو که با ترکیب زیست‌شناسی و کامپیوتر، داروی فردا رو طراحی می‌کنی و آینده رو می‌سازی، امیدواریم هر روزت پر از کشف‌های جدید و هیجان‌انگیز باشه.

✔️ یادمون باشه، علم بیوانفورماتیک، مثل یه پازل بزرگ و پیچیده‌ست که هر کدوم از ما، یه تکه از اون رو تکمیل می‌کنیم. پس به همدیگه افتخار کنیم و به راهمون ادامه بدیم.

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

💻جهش ژنومیکس
از توالی‌یابی نسل جدید تا تک سلولی و ابزار "CRISPR-Cas9"

「#بیوانفورماتیک #ژنومیکس #جهش #توالی‌یابی」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔎 بررسی سن رونویسی تک سلولی در انسان

❓ اگرچه ساعت‌های پیری که سن ارگانیسم‌های یک فرد را پیش‌بینی می‌کنند، به‌طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته‌اند، سن تک تک سلول‌ها تا حد زیادی ناشناخته باقی مانده است.

📊 اخیراً الگوریتمی به‌نام "scAge" ساخته شده‌است که می‌تواند سن تک سلولی را براساس داده‌های متیلاسیون تعیین کند و سن سلول‌های مختلف (مانند سلول‌های کبدی، سلول‌های بنیادی ماهیچه‌ای و سلول‌های مختلف جنین) را از موش‌ها ارزیابی کند.

👀 اومیکس تک سلولی، به‌ویژه ترانس کریپتومیکس تک سلولی، انقلابی در زیست‌شناسی سلولی است که با پروفایل سلول‌های منفرد انواع مختلف سلولی را ایجاد می‌کند. این ساعت‌های ترانسکریپتومیکس می‌توانند به‌عنوان ابزاری برای ارزیابی، به توسعه استراتژی‌های هدفمند جوان‌سازی کمک کنند و امکان بررسی عمیق‌تر و در سطح سلولی فرآیند پیری را فراهم کنند.

✅ اطلاعات بیشتر

💠 سهیلا سلحشورفرد
🔍 فاطمه براری

「#رونویسی #scAge #بیوانفورماتیک #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🔴 از جعبه سیاه تا تفاسیر روشن، "AutoML" در تصویربرداری پزشکی

📈 از مزایای AutoML کم‌نگفتیم! اما در مقابل وجود ویژگی‌های فوق‌العاده، این حوزه چالش‌هایی را نیز به‌همراه داشته است.

📖 نیاز به حجم زیاد داده‌های آموزشی، عدم تعمیم و مطابقت داده‌های جدید با آموزش‌های اولیه، گوشه‌ای از محدویت‌های AotoML است. همچنین متخصصان توان تفسیر نحوه‌کار این مدل‌ها را ندارند و به همین‌دلیل به این حوزه لقب «جعبه سیاه» تعلق گرفته است.

📌در صورتی‌که مشکلاتی اعم از نویز و روند صعودی و نزولی شدید شدت بیماری در بین افراد مختلف را در نظر نگیریم و همچنین آموزش‌های استفاده از یادگیری عمیق (Deep Learning) را در تصویربرداری فراگرفته باشیم، یکی از امیدوارکننده‌ترین نتایج طبقه‌بندی تصاویر پزشکی را با AutoML را مشاهده خواهیم کرد.

🔖 سرمایه‌گذاری عظیم روی توسعه‌ی مسیر آینده‌ این حوزه، نشان‌دهنده پتانسیل بالای AutoML است. انتخاب خودکار مدل ماشین لرنینگ، پیش‌پردازش داده‌ها، تنظیم خودکار پارامتر‌ها و ... گوشه‌ای از کمک‌های AutoML به افرادی با تخصص محدودتر در این زمینه است.

✍️ محمد قلیزاده

<پارت قبل

「#بیوانفورماتیک #AutoML #پزشکی #Deep_Learning」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

😀 استفاده از "PPI" برای پیش‌بینی تأثیر جهش‌ها بر عملکرد پروتئین‌ها

👩‍💻 دیپ لرنینگ "PIANO" به منظور بهبود پیش‌بینی برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین طراحی شده است. این مدل از یک نمودار خود تقطیر پوشانده شده برای پیش‌آموزش ساختار هندسی پروتئین بهره می‌برد.

🔡 ابزار "PIANO" از یک شبکه‌ چند شاخه استفاده می‌کند که رمزگذاری‌های متنوعی را برای توالی‌یابی آمینواسیدها، اتم‌ها و پروتئین‌ها فراهم می‌آورد. این رویکرد به افزایش دقت پیش‌بینی‌ها و درک بهتر تعاملات پروتئینی کمک می‌کند.

😀 با استفاده از ابزارهای دیپ لرنینگ، این مدل به‌طور مؤثری در طراحی دارو، مداخلات درمانی و مهندسی پروتئین کاربرد دارد. به‌علاوه، ابزار "PPI"، نقش مهمی در عملکردهای بیوشیمیایی ازجمله مسیرهای سیگنالینگ، فعالیت‌های آنزیمی و عملکردهای مولکولی ایفا می‌کند.

🌟 این ابزار جدید به‌طور گسترده در تحلیل ساختارهای پیچیده استفاده می‌شود و در مقایسه با سایر فناوری‌ها، عملکرد بسیار بهتری در پیش‌بینی ویژگی‌ها ارائه می‌دهد. این قابلیت‌ها درک عمیق‌تری از تعاملات مولکولی و فرآیندهای بیوشیمیایی را فراهم و به توسعه راهکارهای جدید در تکنولوژی کمک می‌کند.

⛓ اطلاعات بیشتر

✍️ مریم ولی‌محمدی
🔍 فاطمه براری

「#Deep_Learning #بیوانفورماتیک #خبر」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group

🐧 لینوکس: سلاح مخفی محققان بیوانفورماتیک!

🪄 لینوکس، یکی از محبوب‌ترین سیستم‌ عامل‌‌ها در دنیای بیوانفورماتیک است. این سیستم‌ عامل رایگان و اوپن سورس، به محققان کمک می‌کند تا ابزار‌ها و برنامه‌های پیچیده بیوانفورماتیکی را به‌صورت مؤثر و کارآمد اجرا کنند.

❔ چرا لینوکس؟
🟠 کارایی بالا در پردازش داده‌های بزرگ
⚪️ پشتیبانی از ابزار‌های تخصصی: بسیاری از ابزار‌های بیوانفورماتیکی معروف مثل BWA ،FASTX-Toolkit و Bowtie
🟠 خودکارسازی فرآیندها: با استفاده از اسکریپت‌نویسی، می‌توان بسیاری از فرآیندهای تکراری را به‌صورت خودکار و با در زمان اجرا کرد.
⚪️ پایدار و امنیت بالا در اجرای پروژه‌های بزرگ

「#بیوانفورماتیک #Linux #دوره 」

╠ Σ آکادمی بیوانفورماتیک ایران
╠ Σ @ir_bioinf_group