معرفی پایگاه داده Rhea
تدوین: ح. رسولی
پایگاه داده Rhea یک پایگاه داده تخصصی و ویرایش شده از واکنشهای بیوشیمیایی است که از اطلاعات شیمیایی ChEBI برای نمایش اجزای واکنش استفاده میکند. این پایگاه شامل واکنشهای آنزیمی و انتقالی است و همچنین واکنشهایی که بهصورت خودبهخودی در سیستمهای زیستی رخ میدهند را پوشش میدهد. Rhea بهعنوان واژگان مرجع برای حاشیهنویسی آنزیمها در پایگاه UniProtKB پذیرفته شده است و دادههای واکنش آن به منابع دیگری از جمله پایگاههای آنزیم IntEnz و Enzyme Portal، مخزن دادههای متابولومیکس MetaboLights، پایگاه لیپیدومیکس SwissLipids، و پایگاه داده PubChem ارائه میشود. در طراحی BioBrickها و همچنین ایجاد مسیرهای متابولیکی کامپوزیتی یا ترکیبی می توان از اطلاعات این پایگاه داده استفاده نمود.
منبع
تدوین: ح. رسولی
پایگاه داده Rhea یک پایگاه داده تخصصی و ویرایش شده از واکنشهای بیوشیمیایی است که از اطلاعات شیمیایی ChEBI برای نمایش اجزای واکنش استفاده میکند. این پایگاه شامل واکنشهای آنزیمی و انتقالی است و همچنین واکنشهایی که بهصورت خودبهخودی در سیستمهای زیستی رخ میدهند را پوشش میدهد. Rhea بهعنوان واژگان مرجع برای حاشیهنویسی آنزیمها در پایگاه UniProtKB پذیرفته شده است و دادههای واکنش آن به منابع دیگری از جمله پایگاههای آنزیم IntEnz و Enzyme Portal، مخزن دادههای متابولومیکس MetaboLights، پایگاه لیپیدومیکس SwissLipids، و پایگاه داده PubChem ارائه میشود. در طراحی BioBrickها و همچنین ایجاد مسیرهای متابولیکی کامپوزیتی یا ترکیبی می توان از اطلاعات این پایگاه داده استفاده نمود.
منبع
سلولهای بنیادی به دستهای از سلولها اطلاق میشود که توانایی تبدیل به انواع مختلف سلولهای تخصصی بدن را دارند. این سلولها ویژگیهای خاصی مانند توانایی تقسیم و خودترمیمی دارند و میتوانند به سلولهای مختلف تبدیل شوند، که این ویژگیها باعث استفاده گسترده از آنها در پزشکی و تحقیقات سلولی شده است. سلولهای بنیادی به طور کلی به دو دسته اصلی تقسیم میشوند: سلولهای بنیادی جنینی و سلولهای بنیادی بالغ.
منبع...
ادامه مطلب...
منبع...
ادامه مطلب...
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
Photo
سلولهای بنیادی جنینی (Embryonic Stem Cells): این سلولها از جنینهای در حال توسعه استخراج میشوند و قادرند به تمامی انواع سلولهای بدن تبدیل شوند، به عبارت دیگر، این سلولها توانایی "پلوریپوتنت" دارند که به معنای توانایی تمایز به هر نوع سلول بالغ در بدن است. این نوع سلولها معمولاً از جنینهایی که در مرحله بلاستوسیست قرار دارند به دست میآیند. استفاده از سلولهای بنیادی جنینی، بهویژه در تحقیقات پزشکی، به دلیل قابلیتهای زیاد و تواناییهای درمانی بالقوه آنها در زمینههای مختلف مانند ترمیم بافتها، درمان بیماریهای عصبی و بازسازی اعضای آسیبدیده، توجه زیادی را به خود جلب کرده است. اما بهدلیل مسائل اخلاقی و حقوقی پیرامون استفاده از جنینهای انسانی، استفاده از این نوع سلولها محدودیتهایی دارد.
سلولهای بنیادی بالغ (Adult Stem Cells): این سلولها که به نام سلولهای بنیادی بدن نیز شناخته میشوند، در بافتهای مختلف بدن افراد بالغ یافت میشوند و معمولاً برای ترمیم و بازسازی بافتهای آسیبدیده نقش دارند. سلولهای بنیادی بالغ معمولاً محدودتر از سلولهای بنیادی جنینی هستند و توانایی تمایز به انواع خاصی از سلولها را دارند. به این سلولها معمولاً "سلولهای بنیادی چندتوان" یا "multipotent" گفته میشود. به عنوان مثال، سلولهای بنیادی مغز استخوان میتوانند به سلولهای خونی تبدیل شوند، و سلولهای بنیادی پوست میتوانند به سلولهای پوستی و سلولهای لایههای دیگر پوست تبدیل شوند. این نوع سلولها نسبت به سلولهای بنیادی جنینی از نظر اخلاقی کمچالشتر هستند و در حال حاضر در بسیاری از درمانها مانند پیوند مغز استخوان برای درمان بیماریهای خونی بهطور گستردهای مورد استفاده قرار میگیرند.
سلولهای بنیادی القا شده (Induced Pluripotent Stem Cells - iPSCs): این سلولها نوعی سلول بنیادی هستند که در آزمایشگاه از سلولهای بالغ معمولی (مانند سلولهای پوست یا خون) با استفاده از تکنیکهای مهندسی ژنتیک به سلولهای بنیادی جنینی تبدیل میشوند. این نوع سلولها ویژگیهای مشابه سلولهای بنیادی جنینی دارند، از جمله توانایی تمایز به انواع مختلف سلولهای بدن. مزیت اصلی این سلولها در مقایسه با سلولهای بنیادی جنینی، نداشتن مشکلات اخلاقی و حقوقی مربوط به استفاده از جنینهای انسانی است. سلولهای iPSC پتانسیلهای درمانی زیادی دارند و در تحقیقاتی مانند درمان بیماریهای ژنتیکی، بازسازی بافتها، و مدلسازی بیماریها در آزمایشگاه کاربرد دارند.
سلولهای بنیادی نوزادی (Perinatal Stem Cells): این نوع سلولها از بافتهای مختلف موجود در دوران نوزادی، مانند خون بند ناف یا مایع آمنیوتیک، استخراج میشوند. این سلولها میتوانند به انواع خاصی از سلولها تبدیل شوند و در برخی مواقع از نظر قابلیتهای تمایز با سلولهای بنیادی جنینی و بالغ قابل مقایسه هستند. سلولهای بنیادی نوزادی در تحقیقات و درمانهای مختلف، بهویژه در زمینه ترمیم بافتها و درمان بیماریهای عصبی و قلبی، مورد توجه قرار دارند.
سلولهای بنیادی با تواناییهای منحصر به فرد خود در ترمیم و بازسازی بافتها، بهویژه در درمان بیماریها و اختلالات مختلف، نقش مهمی در پزشکی آینده ایفا خواهند کرد. استفاده از این سلولها در درمانهای نوین پزشکی، از جمله درمان بیماریهای سرطانی، بیماریهای عصبی، دیابت و بیماریهای قلبی، امیدوارکننده به نظر میرسد.
سلولهای بنیادی بالغ (Adult Stem Cells): این سلولها که به نام سلولهای بنیادی بدن نیز شناخته میشوند، در بافتهای مختلف بدن افراد بالغ یافت میشوند و معمولاً برای ترمیم و بازسازی بافتهای آسیبدیده نقش دارند. سلولهای بنیادی بالغ معمولاً محدودتر از سلولهای بنیادی جنینی هستند و توانایی تمایز به انواع خاصی از سلولها را دارند. به این سلولها معمولاً "سلولهای بنیادی چندتوان" یا "multipotent" گفته میشود. به عنوان مثال، سلولهای بنیادی مغز استخوان میتوانند به سلولهای خونی تبدیل شوند، و سلولهای بنیادی پوست میتوانند به سلولهای پوستی و سلولهای لایههای دیگر پوست تبدیل شوند. این نوع سلولها نسبت به سلولهای بنیادی جنینی از نظر اخلاقی کمچالشتر هستند و در حال حاضر در بسیاری از درمانها مانند پیوند مغز استخوان برای درمان بیماریهای خونی بهطور گستردهای مورد استفاده قرار میگیرند.
سلولهای بنیادی القا شده (Induced Pluripotent Stem Cells - iPSCs): این سلولها نوعی سلول بنیادی هستند که در آزمایشگاه از سلولهای بالغ معمولی (مانند سلولهای پوست یا خون) با استفاده از تکنیکهای مهندسی ژنتیک به سلولهای بنیادی جنینی تبدیل میشوند. این نوع سلولها ویژگیهای مشابه سلولهای بنیادی جنینی دارند، از جمله توانایی تمایز به انواع مختلف سلولهای بدن. مزیت اصلی این سلولها در مقایسه با سلولهای بنیادی جنینی، نداشتن مشکلات اخلاقی و حقوقی مربوط به استفاده از جنینهای انسانی است. سلولهای iPSC پتانسیلهای درمانی زیادی دارند و در تحقیقاتی مانند درمان بیماریهای ژنتیکی، بازسازی بافتها، و مدلسازی بیماریها در آزمایشگاه کاربرد دارند.
سلولهای بنیادی نوزادی (Perinatal Stem Cells): این نوع سلولها از بافتهای مختلف موجود در دوران نوزادی، مانند خون بند ناف یا مایع آمنیوتیک، استخراج میشوند. این سلولها میتوانند به انواع خاصی از سلولها تبدیل شوند و در برخی مواقع از نظر قابلیتهای تمایز با سلولهای بنیادی جنینی و بالغ قابل مقایسه هستند. سلولهای بنیادی نوزادی در تحقیقات و درمانهای مختلف، بهویژه در زمینه ترمیم بافتها و درمان بیماریهای عصبی و قلبی، مورد توجه قرار دارند.
سلولهای بنیادی با تواناییهای منحصر به فرد خود در ترمیم و بازسازی بافتها، بهویژه در درمان بیماریها و اختلالات مختلف، نقش مهمی در پزشکی آینده ایفا خواهند کرد. استفاده از این سلولها در درمانهای نوین پزشکی، از جمله درمان بیماریهای سرطانی، بیماریهای عصبی، دیابت و بیماریهای قلبی، امیدوارکننده به نظر میرسد.
Standardization of Synthetic Biology Tools and Assembly Methods for Saccharomyces cerevisiae and Emerging Yeast Species
این مقاله بر اهمیت استانداردسازی روشها و قطعات DNA در زیستشناسی سنتزی تأکید میکند، بهویژه در مهندسی مخمرها مانند ساکارومایسس سرویسیه. توسعه کیتهای ابزار استاندارد برای این گونه، به تسهیل اصلاحات ژنتیکی و پیشرفتهای سریع در کاربردهایی همچون مهندسی متابولیک و تشخیص بیماریها کمک کرده است. همچنین، کیتهای ابزار برای گونههای مخمری غیرمعمولی مانند Yarrowia lipolytica، Komagataella phaffii و Kluyveromyces marxianus نیز در حال گسترش هستند. با وجود این پیشرفتها، هنوز چالشهایی برای استفاده از زیستشناسی سنتزی در کاربردهای پیچیدهتری مانند بیواتوماسیون وجود دارد و این نشاندهنده نیاز به توسعه بیشتر ابزارها و استراتژیهای پیشرفته است.
این مقاله بر اهمیت استانداردسازی روشها و قطعات DNA در زیستشناسی سنتزی تأکید میکند، بهویژه در مهندسی مخمرها مانند ساکارومایسس سرویسیه. توسعه کیتهای ابزار استاندارد برای این گونه، به تسهیل اصلاحات ژنتیکی و پیشرفتهای سریع در کاربردهایی همچون مهندسی متابولیک و تشخیص بیماریها کمک کرده است. همچنین، کیتهای ابزار برای گونههای مخمری غیرمعمولی مانند Yarrowia lipolytica، Komagataella phaffii و Kluyveromyces marxianus نیز در حال گسترش هستند. با وجود این پیشرفتها، هنوز چالشهایی برای استفاده از زیستشناسی سنتزی در کاربردهای پیچیدهتری مانند بیواتوماسیون وجود دارد و این نشاندهنده نیاز به توسعه بیشتر ابزارها و استراتژیهای پیشرفته است.
خودت را بساز تا آدم امنی شوی
برای روزهایی که نمیشود به
هیچ کس پناه برد....🍃
برای روزهایی که نمیشود به
هیچ کس پناه برد....🍃
نانوذرات بهعنوان ابزارهای نوظهور در ایمونوتراپی سرطان، توانایی تعدیل تومور و سلولهای کشنده طبیعی (NK) درونی بدن را دارند. این فناوریها با هدف غلبه بر راهبردهای فرار ایمنی تومورها و تقویت پاسخ ایمنی طبیعی بدن به کار میروند. نانوذرات با هدف قرار دادن محیط میکروتومور (TME) و مهار مولکولهای سرکوبکننده مانند TGF-β و IDO، یا بهبود اکسیژنرسانی به این محیط، فعالیت سلولهای NK را تقویت میکنند. همچنین، این مواد میتوانند سیتوکینهای تحریککننده مانند IL-15 و IL-12 را مستقیماً به سلولهای NK برسانند تا تکثیر و فعالیت آنها را بهبود دهند. استفاده از بازدارندههای مسیرهای سرکوبگر مانند PD-1 و TIGIT نیز از دیگر قابلیتهای این فناوری است. ترکیب این رویکردها، سرکوب ایمنی را کاهش داده و فعالیت سلولهای NK را افزایش میدهد، که میتواند به استراتژی مؤثری برای مقابله با سرطانهای مقاوم و تهاجمی تبدیل شود.
ترجمه و تدوین: ح.رسولی
منبع...
ادامه مطلب...
ترجمه و تدوین: ح.رسولی
منبع...
ادامه مطلب...
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
نانوذرات بهعنوان ابزارهای نوظهور در ایمونوتراپی سرطان، توانایی تعدیل تومور و سلولهای کشنده طبیعی (NK) درونی بدن را دارند. این فناوریها با هدف غلبه بر راهبردهای فرار ایمنی تومورها و تقویت پاسخ ایمنی طبیعی بدن به کار میروند. نانوذرات با هدف قرار دادن محیط…
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
سلولهای دندریتیک نوع 1 (cDC1) تشکیل، نگهداری و عملکرد ساختارهای لنفوئیدی ثالثیه (TLS) را در سرطان کنترل میکنند
Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer
ترجمه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
29 دسامبر 2024
منبع...
Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer
ترجمه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
29 دسامبر 2024
منبع...
مهارکنندههای نقاط کنترلی ایمنی (Immune Checkpoint Inhibitors یا ICIs) ابزارهای قدرتمندی در ایمونوتراپی سرطان هستند که با تقویت پاسخ سیستم ایمنی بدن علیه تومورها، نتایج درمانی چشمگیری به همراه دارند. با این حال، این درمانها اغلب با عوارض جانبی مرتبط با سیستم ایمنی (irAEs) همراه هستند که میتوانند اندامهای مختلف بدن را تحت تأثیر قرار دهند و چالشهایی در استفاده گسترده از آنها ایجاد کنند.
ترجمه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
29 دسامبر 2024
ادامه مطلب
ترجمه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
29 دسامبر 2024
ادامه مطلب
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
مهارکنندههای نقاط کنترلی ایمنی (Immune Checkpoint Inhibitors یا ICIs) ابزارهای قدرتمندی در ایمونوتراپی سرطان هستند که با تقویت پاسخ سیستم ایمنی بدن علیه تومورها، نتایج درمانی چشمگیری به همراه دارند. با این حال، این درمانها اغلب با عوارض جانبی مرتبط با سیستم…
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
سیستم آموزشی طوری طراحی شده است که شما را از رسیدن به شغل رویاییتان باز دارد. اگر مدرک دکترا دارید، شما برای زیر سؤال بردن سیستم آموزش دیدهاید. برای نگاه کردن به فراتر از سیستم. برای یافتن راهحلهای خلاقانه خارج از سیستم. برای پیشروی در مرزها و کشف روشهای جدید برای انجام امور. برای کشف اطلاعات کاملاً جدید. برای طرح پرسشهای بزرگتر و بزرگتر. برای آزمایش، امتحان، اصلاح و در نهایت حل مسائل. در سال ۲۰۲۵ از این مهارتها استفاده کنید تا به شغل رویاییتان برسید، زیرا شما لایق آن هستید و دنیا به شما نیاز دارد.
عناصر cis و ترانس دو نوع عنصر مهم در تنظیم بیان ژن هستند که نقش کلیدی در کنترل فعالیت ژنها ایفا میکنند.
عناصر cis
عناصر cis به توالیهای دیانای اطلاق میشود که در نزدیکی ژن قرار دارند و به طور مستقیم بر روی آن ژن تأثیر میگذارند. این عناصر معمولاً شامل پروموترها، انترنها و تنظیمکنندههای دیگر هستند. برخی از ویژگیهای عناصر cis عبارتند از:
• پروموترها: ناحیهای از دیانای که RNA پلیمراز به آن متصل میشود تا آغاز رونویسی را شروع کند.
• عناصر تنظیمی: مانند enhancerها و silencerها که میتوانند به افزایش یا کاهش بیان ژن کمک کنند.
• توالیهای خاص: این توالیها به پروتئینهای تنظیمی (مانند فاکتورهای رونویسی) متصل میشوند و فعالیت ژن را تحت تأثیر قرار میدهند.
عناصر trans
عناصر trans به مولکولهای پروتئینی یا RNA اشاره دارد که از یک ناحیه ژنی به ناحیه دیگر منتقل میشوند و میتوانند بر روی بیان ژنهای دیگر تأثیر بگذارند. ویژگیهای عناصر trans شامل:
• فاکتورهای رونویسی: پروتئینهایی که به عناصر cis متصل میشوند و رونویسی ژن را تنظیم میکنند. این فاکتورها میتوانند به صورت فعالکننده یا سرکوبکننده عمل کنند.
• میکرو RNAها: مولکولهای RNA کوچک که میتوانند به mRNAهای خاص متصل شوند و بیان آنها را کاهش دهند.
• پروتئینهای تنظیمی: این پروتئینها ممکن است از یک ناحیه ژنی تولید شوند و بر روی نواحی دیگر تأثیر بگذارند.
تنظیم بیان ژن یک فرایند پیچیده است که شامل تعاملات بین عناصر cis و trans میشود. این تعاملات به سلولها امکان میدهد تا پاسخهای مناسبی به سیگنالهای داخلی و خارجی بدهند و در نتیجه عملکردهای مختلف بیولوژیکی را تنظیم کنند.
عناصر cis
عناصر cis به توالیهای دیانای اطلاق میشود که در نزدیکی ژن قرار دارند و به طور مستقیم بر روی آن ژن تأثیر میگذارند. این عناصر معمولاً شامل پروموترها، انترنها و تنظیمکنندههای دیگر هستند. برخی از ویژگیهای عناصر cis عبارتند از:
• پروموترها: ناحیهای از دیانای که RNA پلیمراز به آن متصل میشود تا آغاز رونویسی را شروع کند.
• عناصر تنظیمی: مانند enhancerها و silencerها که میتوانند به افزایش یا کاهش بیان ژن کمک کنند.
• توالیهای خاص: این توالیها به پروتئینهای تنظیمی (مانند فاکتورهای رونویسی) متصل میشوند و فعالیت ژن را تحت تأثیر قرار میدهند.
عناصر trans
عناصر trans به مولکولهای پروتئینی یا RNA اشاره دارد که از یک ناحیه ژنی به ناحیه دیگر منتقل میشوند و میتوانند بر روی بیان ژنهای دیگر تأثیر بگذارند. ویژگیهای عناصر trans شامل:
• فاکتورهای رونویسی: پروتئینهایی که به عناصر cis متصل میشوند و رونویسی ژن را تنظیم میکنند. این فاکتورها میتوانند به صورت فعالکننده یا سرکوبکننده عمل کنند.
• میکرو RNAها: مولکولهای RNA کوچک که میتوانند به mRNAهای خاص متصل شوند و بیان آنها را کاهش دهند.
• پروتئینهای تنظیمی: این پروتئینها ممکن است از یک ناحیه ژنی تولید شوند و بر روی نواحی دیگر تأثیر بگذارند.
تنظیم بیان ژن یک فرایند پیچیده است که شامل تعاملات بین عناصر cis و trans میشود. این تعاملات به سلولها امکان میدهد تا پاسخهای مناسبی به سیگنالهای داخلی و خارجی بدهند و در نتیجه عملکردهای مختلف بیولوژیکی را تنظیم کنند.