معرفی SelenzymeRF
ابزار Selenzyme یک ابزار رتروبایوسنتزی است که آنزیم‌های کاندید برای واکنش‌های درخواست‌شده توسط کاربر را پیشنهاد می‌دهد. در این ابزار پیشنهادات آنزیم بر اساس واکنش‌های مشابه و یکسان ارائه می‌شود، زیرا آنزیم‌ها معمولاً قادر به اتصال به سوبستراهای مختلف هستند. این پلتفرم محاسباتی انلاین معمولا برای مهندسی مسیرهای کاتالیتیکی مورد استفاده در زیست شناسی مصنوعی در چرخه Design-Build-Test-Learn مورد استفاده قرار می گیرد. این ابزار به دیتابیس های Rhea و Uniprot متصل است و از اطلاعات آنها تغذیه می کند.
ابزار Selenzyme یک ابزار رتروبایوسنتزی است که آنزیم‌های کاندید برای واکنش‌های درخواست‌شده توسط کاربر را پیشنهاد می‌دهد. در این ابزار پیشنهادات آنزیم بر اساس واکنش‌های مشابه و یکسان ارائه می‌شود، زیرا آنزیم‌ها معمولاً قادر به اتصال به سوبستراهای مختلف هستند. این پلتفرم محاسباتی انلاین معمولا برای مهندسی مسیرهای کاتالیتیکی مورد استفاده در زیست شناسی مصنوعی در چرخه Design-Build-Test-Learn مورد استفاده قرار می گیرد. این ابزار به دیتابیس های Rhea و Uniprot متصل است و از اطلاعات آنها تغذیه می کند.
👍5
متخصص بیوشیمی، کری مولیس، در حالی که در شب و در مسیر آشنایی که به طور مکرر می‌رفت، در حال رانندگی بود، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) را کشف کرد.
@irbioinformatics
افکارش منحرف شد و قطعات یک معما که مدت‌ها در ذهنش در حال شکل‌گیری بود، به هم پیوستند و باقی ماجرا تاریخ ساز شد.
مولیس به خاطر اختراع روش PCR که به کمک آن مقدار کمی از DNA را می‌توان در مدت زمان کوتاهی به مقادیر زیادی تکثیر کرد، جایزه نوبل شیمی 1993 را دریافت کرد.
با اعمال گرما، دو رشته مولکول DNA از یکدیگر جدا می‌شوند و بلوک‌های ساختمانی DNA که به آن اضافه شده‌اند، به هر رشته پیوند می‌خورند. با کمک آنزیم DNA پلیمراز، زنجیره‌های جدید DNA تشکیل می‌شود و این فرایند می‌تواند دوباره تکرار شود. PCR در تحقیق پزشکی، بیوتکنولوژی و علوم جنایی از اهمیت زیادی برخوردار است.
@irbioinformatics
افکارش منحرف شد و قطعات یک معما که مدت‌ها در ذهنش در حال شکل‌گیری بود، به هم پیوستند و باقی ماجرا تاریخ ساز شد.
مولیس به خاطر اختراع روش PCR که به کمک آن مقدار کمی از DNA را می‌توان در مدت زمان کوتاهی به مقادیر زیادی تکثیر کرد، جایزه نوبل شیمی 1993 را دریافت کرد.
با اعمال گرما، دو رشته مولکول DNA از یکدیگر جدا می‌شوند و بلوک‌های ساختمانی DNA که به آن اضافه شده‌اند، به هر رشته پیوند می‌خورند. با کمک آنزیم DNA پلیمراز، زنجیره‌های جدید DNA تشکیل می‌شود و این فرایند می‌تواند دوباره تکرار شود. PCR در تحقیق پزشکی، بیوتکنولوژی و علوم جنایی از اهمیت زیادی برخوردار است.
👍6
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
آشنایی با انواع ترانسپوزون ها
ترانسپوزون‌ها، که به آنها "ژن‌های جهش‌زا" نیز گفته می‌شود، بخش‌هایی از DNA هستند که می‌توانند از یک نقطه به نقطه دیگر در ژنوم منتقل شوند. این انتقال می‌تواند در داخل یک ژنوم (درون‌ژنی) یا بین ژنوم‌های مختلف (بین‌ژنی) رخ دهد. ترانسپوزون‌ها معمولاً از مکانیسم‌های مختلفی برای انتقال استفاده می‌کنند. این مکانیسم‌ها به طور کلی به دو دسته اصلی تقسیم می‌شوند:
1. ترانسپوزون‌های کلاس 1 (ترانسپوزون‌های معکوس رونویسی، Retrotransposons)
این ترانسپوزون‌ها ابتدا به صورت RNA رونویسی می‌شوند و سپس از طریق یک فرایند به نام ترانسکریپت معکوس به DNA تبدیل می‌شوند. این DNA جدید به ژنوم میزبان وارد می‌شود. فرآیند انتقال شامل مراحل زیر است:
رونویسی به RNA: ترانسپوزون ابتدا به RNA رونویسی می‌شود.
ترانسکریپت معکوس: این RNA به کمک آنزیم معکوس ترانسکریپتاز به DNA تبدیل می‌شود.
ادغام در ژنوم میزبان: DNA معکوس شده به ژنوم میزبان وارد می‌شود.
این نوع ترانسپوزون‌ها معمولاً در دو دسته تقسیم می‌شوند:
عناصرLTR (Long Terminal Repeat) retrotransposons: این‌ها دارای تکرارهای بلند در انتهای خود هستند و مشابه ویروس‌های رتروویروس هستند.
عناصرNon-LTR retrotransposons: این‌ها بدون تکرارهای بلند انتهایی هستند و شامل گروه‌هایی مانند LINEs و SINEs می‌شوند
. ترانسپوزون‌های کلاس 2 (ترانسپوزون‌های مستقیم، DNA Transposons)
ترانسپوزون‌های کلاس 2 به صورت مستقیم از یک نقطه ژنوم به نقطه دیگر منتقل می‌شوند. این انتقال معمولاً بدون واسطه RNA صورت می‌گیرد و از طریق یک فرایند به نام انتقال قطع و چسباندن انجام می‌شود. مراحل این فرآیند به شرح زیر است:
برش از ژنوم میزبان: ترانسپوزون به کمک آنزیم‌های خاصی، مانند ترانسپوزاز، از محل اصلی خود بریده می‌شود.
انتقال به محل جدید: ترانسپوزون بریده‌شده به یک محل جدید در ژنوم منتقل می‌شود.
چسباندن به محل جدید: ترانسپوزون به محل جدید چسبانده می‌شود.
در این نوع ترانسپوزون‌ها، معمولاً هیچ RNA واسطه‌ای وجود ندارد و فقط DNA به محل جدید منتقل می‌شود.
تفاوت‌های اصلی بین کلاس 1 و کلاس 2:
کلاس 1: انتقال از طریق RNA به DNA (واسطه RNA).
کلاس 2: انتقال مستقیم از یک نقطه به نقطه دیگر در DNA (بدون واسطه RNA).
اهمیت ترانسپوزون‌ها:
ترانسپوزون‌ها می‌توانند تغییرات ژنتیکی ایجاد کنند و باعث تنوع ژنتیکی شوند.
آنها نقش مهمی در تکامل دارند، زیرا با ایجاد جهش‌های جدید، ممکن است ویژگی‌های جدیدی را در موجودات ایجاد کنند.
برخی ترانسپوزون‌ها می‌توانند باعث بروز بیماری‌های ژنتیکی یا سرطان شوند، زیرا انتقال آنها می‌تواند منجر به اختلال در عملکرد ژن‌ها و تنظیمات ژنومی شود.
1. ترانسپوزون‌های کلاس 1 (ترانسپوزون‌های معکوس رونویسی، Retrotransposons)
این ترانسپوزون‌ها ابتدا به صورت RNA رونویسی می‌شوند و سپس از طریق یک فرایند به نام ترانسکریپت معکوس به DNA تبدیل می‌شوند. این DNA جدید به ژنوم میزبان وارد می‌شود. فرآیند انتقال شامل مراحل زیر است:
رونویسی به RNA: ترانسپوزون ابتدا به RNA رونویسی می‌شود.
ترانسکریپت معکوس: این RNA به کمک آنزیم معکوس ترانسکریپتاز به DNA تبدیل می‌شود.
ادغام در ژنوم میزبان: DNA معکوس شده به ژنوم میزبان وارد می‌شود.
این نوع ترانسپوزون‌ها معمولاً در دو دسته تقسیم می‌شوند:
عناصرLTR (Long Terminal Repeat) retrotransposons: این‌ها دارای تکرارهای بلند در انتهای خود هستند و مشابه ویروس‌های رتروویروس هستند.
عناصرNon-LTR retrotransposons: این‌ها بدون تکرارهای بلند انتهایی هستند و شامل گروه‌هایی مانند LINEs و SINEs می‌شوند
. ترانسپوزون‌های کلاس 2 (ترانسپوزون‌های مستقیم، DNA Transposons)
ترانسپوزون‌های کلاس 2 به صورت مستقیم از یک نقطه ژنوم به نقطه دیگر منتقل می‌شوند. این انتقال معمولاً بدون واسطه RNA صورت می‌گیرد و از طریق یک فرایند به نام انتقال قطع و چسباندن انجام می‌شود. مراحل این فرآیند به شرح زیر است:
برش از ژنوم میزبان: ترانسپوزون به کمک آنزیم‌های خاصی، مانند ترانسپوزاز، از محل اصلی خود بریده می‌شود.
انتقال به محل جدید: ترانسپوزون بریده‌شده به یک محل جدید در ژنوم منتقل می‌شود.
چسباندن به محل جدید: ترانسپوزون به محل جدید چسبانده می‌شود.
در این نوع ترانسپوزون‌ها، معمولاً هیچ RNA واسطه‌ای وجود ندارد و فقط DNA به محل جدید منتقل می‌شود.
تفاوت‌های اصلی بین کلاس 1 و کلاس 2:
کلاس 1: انتقال از طریق RNA به DNA (واسطه RNA).
کلاس 2: انتقال مستقیم از یک نقطه به نقطه دیگر در DNA (بدون واسطه RNA).
اهمیت ترانسپوزون‌ها:
ترانسپوزون‌ها می‌توانند تغییرات ژنتیکی ایجاد کنند و باعث تنوع ژنتیکی شوند.
آنها نقش مهمی در تکامل دارند، زیرا با ایجاد جهش‌های جدید، ممکن است ویژگی‌های جدیدی را در موجودات ایجاد کنند.
برخی ترانسپوزون‌ها می‌توانند باعث بروز بیماری‌های ژنتیکی یا سرطان شوند، زیرا انتقال آنها می‌تواند منجر به اختلال در عملکرد ژن‌ها و تنظیمات ژنومی شود.
👍5🔥1
Scientists redesigning plants for astronauts to grow and eat in space
دانشمندان در حال توسعه گیاهان اصلاح‌شده ژنتیکی با محتوای غذایی غنی برای فضانوردان هستند. آنها می‌گویند انسان‌ها در چند سال آینده قادر خواهند بود گیاهان را روی ماه کشت و تکثیر کنند.
گام بعدی چیست؟ این تحقیق بخشی از محموله ارزشمندی خواهد بود که در ماموریت آرتمیس III ناسا، که قرار است در اواسط سال ۲۰۲۷ به فضا پرتاب شود، حمل خواهد شد.
دانشمندان در حال توسعه گیاهان اصلاح‌شده ژنتیکی با محتوای غذایی غنی برای فضانوردان هستند. آنها می‌گویند انسان‌ها در چند سال آینده قادر خواهند بود گیاهان را روی ماه کشت و تکثیر کنند.
گام بعدی چیست؟ این تحقیق بخشی از محموله ارزشمندی خواهد بود که در ماموریت آرتمیس III ناسا، که قرار است در اواسط سال ۲۰۲۷ به فضا پرتاب شود، حمل خواهد شد.
👍4
مدل ABC برای توسعه گل یکی از مدل‌های مهم و شناخته‌شده در بیولوژی مولکولی است که توسطEnrico S. Coen & Elliot M. Meyerowitzدر دهه ۱۹۹۰ پیشنهاد شد. این مدل توضیح می‌دهد که چگونه ژن‌های مختلف در گیاهان برای تنظیم توسعه گل و تشکیل بخش‌های مختلف آن، از جمله گلبرگ‌ها، پرچم‌ها و کاسبرگ‌ها، فعالیت می‌کنند.
@irbioinformatics
مدل ABC به سه گروه از ژن‌ها اشاره دارد که به نام‌های A، B و C شناخته می‌شوند و به طور مشترک به تنظیم بیان صفات مختلف گل کمک می‌کنند. این ژن‌ها در مراحل مختلف توسعه گل فعال می‌شوند و ترکیب آنها الگوی خاصی را برای تشکیل اندام‌های گل ایجاد می‌کند.
@irbioinformatics
مدل ABC به سه گروه از ژن‌ها اشاره دارد که به نام‌های A، B و C شناخته می‌شوند و به طور مشترک به تنظیم بیان صفات مختلف گل کمک می‌کنند. این ژن‌ها در مراحل مختلف توسعه گل فعال می‌شوند و ترکیب آنها الگوی خاصی را برای تشکیل اندام‌های گل ایجاد می‌کند.
👍4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
مدل ABC برای توسعه گل یکی از مدل‌های مهم و شناخته‌شده در بیولوژی مولکولی است که توسطEnrico S. Coen & Elliot M. Meyerowitzدر دهه ۱۹۹۰ پیشنهاد شد. این مدل توضیح می‌دهد که چگونه ژن‌های مختلف در گیاهان برای تنظیم توسعه گل و تشکیل بخش‌های مختلف آن، از جمله گلبرگ‌ها،…
1. ژن‌های گروه A:
ژن‌های گروه A مسئول تشکیل کاسبرگ‌ها (sepal) و گلبرگ‌ها (petal) در گل هستند. در حقیقت، این ژن‌ها در بخش ابتدایی توسعه گل نقش دارند و مسئول شکل‌گیری بخش‌هایی هستند که در جلوی گل قرار می‌گیرند.
مثال: در گیاه مدل Arabidopsis thaliana، ژن AP1 (A-class) مسئول توسعه کاسبرگ‌ها و گلبرگ‌ها است.
2. ژن‌های گروه B:
ژن‌های گروه B مسئول توسعه گلبرگ‌ها و پرچم‌ها (stamens) هستند. این ژن‌ها نقش مهمی در تولید بخش‌های میانه گل دارند.
این ژن‌ها معمولاً با ژن‌های گروه A ترکیب می‌شوند تا به توسعه گلبرگ‌ها و پرچم‌ها کمک کنند.
مثال: در Arabidopsis thaliana، ژن‌های AP3 و PI از گروه B هستند که توسعه گلبرگ‌ها و پرچم‌ها را هدایت می‌کنند.
3. ژن‌های گروه C:
ژن‌های گروه C مسئول توسعه پرچم‌ها و کاسه‌های گل (carpels) هستند. این ژن‌ها بخش‌های داخلی گل را ایجاد می‌کنند و به تکامل ساختارهای تولید مثل در گل کمک می‌کنند.
ژن‌های گروه C برای تشکیل کاسه‌های گل (که در واقع اندام‌های تولید مثل ماده هستند) و پرچم‌ها که بخش‌های مردانه گل هستند، فعال می‌شوند.
مثال: در Arabidopsis thaliana، ژن AG (AGAMOUS) از گروه C است که برای تکامل پرچم‌ها و کاسه‌های گل ضروری است.
ترکیب ژن‌ها:
این مدل بیان می‌کند که ترکیب‌های مختلف این ژن‌ها باعث ایجاد ویژگی‌های مختلف در اندام‌های گل می‌شود. به طور خاص:
ترکیب A تنها باعث تشکیل کاسبرگ‌ها می‌شود.
ترکیب A و B باعث تشکیل گلبرگ‌ها می‌شود.
ترکیب B و C باعث تشکیل پرچم‌ها می‌شود.
ترکیب C تنها باعث تشکیل کاسه‌های گل (ماده) می‌شود.
ژن‌های گروه A مسئول تشکیل کاسبرگ‌ها (sepal) و گلبرگ‌ها (petal) در گل هستند. در حقیقت، این ژن‌ها در بخش ابتدایی توسعه گل نقش دارند و مسئول شکل‌گیری بخش‌هایی هستند که در جلوی گل قرار می‌گیرند.
مثال: در گیاه مدل Arabidopsis thaliana، ژن AP1 (A-class) مسئول توسعه کاسبرگ‌ها و گلبرگ‌ها است.
2. ژن‌های گروه B:
ژن‌های گروه B مسئول توسعه گلبرگ‌ها و پرچم‌ها (stamens) هستند. این ژن‌ها نقش مهمی در تولید بخش‌های میانه گل دارند.
این ژن‌ها معمولاً با ژن‌های گروه A ترکیب می‌شوند تا به توسعه گلبرگ‌ها و پرچم‌ها کمک کنند.
مثال: در Arabidopsis thaliana، ژن‌های AP3 و PI از گروه B هستند که توسعه گلبرگ‌ها و پرچم‌ها را هدایت می‌کنند.
3. ژن‌های گروه C:
ژن‌های گروه C مسئول توسعه پرچم‌ها و کاسه‌های گل (carpels) هستند. این ژن‌ها بخش‌های داخلی گل را ایجاد می‌کنند و به تکامل ساختارهای تولید مثل در گل کمک می‌کنند.
ژن‌های گروه C برای تشکیل کاسه‌های گل (که در واقع اندام‌های تولید مثل ماده هستند) و پرچم‌ها که بخش‌های مردانه گل هستند، فعال می‌شوند.
مثال: در Arabidopsis thaliana، ژن AG (AGAMOUS) از گروه C است که برای تکامل پرچم‌ها و کاسه‌های گل ضروری است.
ترکیب ژن‌ها:
این مدل بیان می‌کند که ترکیب‌های مختلف این ژن‌ها باعث ایجاد ویژگی‌های مختلف در اندام‌های گل می‌شود. به طور خاص:
ترکیب A تنها باعث تشکیل کاسبرگ‌ها می‌شود.
ترکیب A و B باعث تشکیل گلبرگ‌ها می‌شود.
ترکیب B و C باعث تشکیل پرچم‌ها می‌شود.
ترکیب C تنها باعث تشکیل کاسه‌های گل (ماده) می‌شود.
👍2👏1
به طور خلاصه تفاوت مدل ABC و ABCDE توسعه گل به شرح زیر است:
در مدل ABC:
'A' genes control the sepals
'A' and 'B' genes in combination control the petals
'B' and 'C' genes in combination control the stamens
'C' genes control the carpels
در مدل ABCDE:
'A' genes control the sepals and activation of 'B' and 'C' genes
'A' and 'B' genes in combination control the petals
'B' and 'C' genes in combination control the stamens
'C' genes control the carpels
'C' and 'D' genes control ovule identity and development
'E' genes establish a floral context in which the 'A', 'B' and 'C' genes can function
در مدل ABC:
'A' genes control the sepals
'A' and 'B' genes in combination control the petals
'B' and 'C' genes in combination control the stamens
'C' genes control the carpels
در مدل ABCDE:
'A' genes control the sepals and activation of 'B' and 'C' genes
'A' and 'B' genes in combination control the petals
'B' and 'C' genes in combination control the stamens
'C' genes control the carpels
'C' and 'D' genes control ovule identity and development
'E' genes establish a floral context in which the 'A', 'B' and 'C' genes can function
👍3👏1
«سلاما علی من یعرفون معنی الحُب ولا یملکون حبیبا.»
سلام بر کسانی که معنی عشق را می‌دانند ولی محبوبی ندارند.
#جبران_خلیل_جبران
سلام بر کسانی که معنی عشق را می‌دانند ولی محبوبی ندارند.
#جبران_خلیل_جبران
❤7👍2