تفاوت Fanzor vs Cas9
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تفاوت اصلی بین پروتئین‌های Fanzor و Cas9 در منشأ و سازگاری آن‌ها است. Fanzor یک سیستم RNA-هدایت‌شونده است که به طور طبیعی در یوکاریوت‌ها (مانند قارچ‌ها و جانوران) یافت می‌شود، در حالی که Cas9 بخشی از سیستم CRISPR است که در پروکاریوت‌ها (باکتری‌ها و آرکئا) وجود دارد. Fanzor از RNAهای غیرکدکننده (ωRNA) برای هدف‌گیری DNA استفاده می‌کند و به دلیل منشأ یوکاریوتی، ممکن است در سلول‌های انسانی سازگاری بهتری داشته و پاسخ ایمنی کمتری ایجاد کند. همچنین، Fanzor اندازه کوچک‌تری دارد و فاقد فعالیت جانبی (برش غیرهدفمند) است، که آن را به گزینه‌ای ایمن‌تر برای ویرایش ژنوم تبدیل می‌کند.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1682
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تفاوت اصلی بین پروتئین‌های Fanzor و Cas9 در منشأ و سازگاری آن‌ها است. Fanzor یک سیستم RNA-هدایت‌شونده است که به طور طبیعی در یوکاریوت‌ها (مانند قارچ‌ها و جانوران) یافت می‌شود، در حالی که Cas9 بخشی از سیستم CRISPR است که در پروکاریوت‌ها (باکتری‌ها و آرکئا) وجود دارد. Fanzor از RNAهای غیرکدکننده (ωRNA) برای هدف‌گیری DNA استفاده می‌کند و به دلیل منشأ یوکاریوتی، ممکن است در سلول‌های انسانی سازگاری بهتری داشته و پاسخ ایمنی کمتری ایجاد کند. همچنین، Fanzor اندازه کوچک‌تری دارد و فاقد فعالیت جانبی (برش غیرهدفمند) است، که آن را به گزینه‌ای ایمن‌تر برای ویرایش ژنوم تبدیل می‌کند.
تصاویر پیوست: تصویر سه بعدی پروتئین Fanzor یوکاریوتی (شماره دسترسی 9CET)
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1682
👍4👏2🔥1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
تفاوت Fanzor vs Cas9 تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران تفاوت اصلی بین پروتئین‌های Fanzor و Cas9 در منشأ و سازگاری آن‌ها است. Fanzor یک سیستم RNA-هدایت‌شونده است که به طور طبیعی در یوکاریوت‌ها (مانند قارچ‌ها و جانوران) یافت…
نحوه برهمکنش سیستم Fanzor با DNA میزبان
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
مکانیسم برهمکنش Fanzor-DNA در میزبان به این صورت است که Fanzor با استفاده از یک RNA راهنما (ωRNA) به توالی خاصی از DNA متصل می‌شود. این RNA راهنما با توالی DNA هدف جفت شده و Fanzor را به محل دقیق برش هدایت می‌کند. پس از اتصال، Fanzor به عنوان یک اندونوکلئاز عمل کرده و هر دو رشته DNA را در محل هدف برش می‌دهد. این فرآیند مشابه سیستم CRISPR-Cas9 است، اما Fanzor به دلیل منشأ یوکاریوتی و ساختار متفاوت، ممکن است دقت و سازگاری بهتری در سلول‌های پیچیده‌تر مانند سلول‌های انسانی داشته باشد و در مقایسه با کریسپر کمتر حالت تهاجمی داشته باشد.
انتشار با ذکر منبع بلامانع است. استفاده از تصاویر پیوست با کسب اجازه از کانال میسر است.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1686
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
مکانیسم برهمکنش Fanzor-DNA در میزبان به این صورت است که Fanzor با استفاده از یک RNA راهنما (ωRNA) به توالی خاصی از DNA متصل می‌شود. این RNA راهنما با توالی DNA هدف جفت شده و Fanzor را به محل دقیق برش هدایت می‌کند. پس از اتصال، Fanzor به عنوان یک اندونوکلئاز عمل کرده و هر دو رشته DNA را در محل هدف برش می‌دهد. این فرآیند مشابه سیستم CRISPR-Cas9 است، اما Fanzor به دلیل منشأ یوکاریوتی و ساختار متفاوت، ممکن است دقت و سازگاری بهتری در سلول‌های پیچیده‌تر مانند سلول‌های انسانی داشته باشد و در مقایسه با کریسپر کمتر حالت تهاجمی داشته باشد.
انتشار با ذکر منبع بلامانع است. استفاده از تصاویر پیوست با کسب اجازه از کانال میسر است.
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1686
1- Xu et al. 2024. Cell
2- Omura & Nureki, 2024. Cell
👍5🔥2🕊1💅1
اصلاح گیاهان زارعی با استفاده از جهش‌زایی (Mutation Breeding)، که به آن اصلاح تنوع نیز گفته می‌شود، روشی است که از تابش‌های فیزیکی یا عوامل شیمیایی برای ایجاد تغییرات ژنتیکی خودبه‌خودی در گیاهان استفاده می‌کند تا انواع جدیدی از محصولات کشاورزی توسعه یابد. جهش منبع اصلی تنوع ژنتیکی و موتور محرک تکامل است. جهش یک فرآیند طبیعی است که به‌طور خودبه‌خودی و به آرامی (در طول نسل‌ها) در انسان‌ها، گیاهان، حیوانات و همه موجودات زنده رخ می‌دهد و شامل تغییر در DNA آن‌ها می‌شود که منجر به ایجاد ویژگی‌های جدید در موجودات می‌گردد. با استفاده از روش‌های شیمیایی یا فیزیکی مانند تابش (پرتوافشانی)، می‌توان سرعت جهش‌ها را افزایش داد تا ویژگی‌های مفیدی برای کشاورزی، مانند مقاومت به بیماری‌ها یا افزایش عملکرد، به دست آید.
1- Pattanayak et al. 2024
2- Shahzeb et al. 2024
👍3👏1💅1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
اصلاح گیاهان زارعی با استفاده از جهش‌زایی (Mutation Breeding)، که به آن اصلاح تنوع نیز گفته می‌شود، روشی است که از تابش‌های فیزیکی یا عوامل شیمیایی برای ایجاد تغییرات ژنتیکی خودبه‌خودی در گیاهان استفاده می‌کند تا انواع جدیدی از محصولات کشاورزی توسعه یابد.…
استفاده از پرتوافشانی (Irradiation) می‌تواند برای تولید انواع گیاهی با کیفیت‌های بهبودیافته، مانند بازدهی بالاتر، زمان کشت کوتاه‌تر، مقاومت در برابر بیماری‌ها، آفات و تأثیرات تغییرات اقلیمی (مانند رویدادهای آب‌وهوایی شدید) به کار رود. کشت و گسترش این انواع گیاهی به پایدارتر شدن تولید جهانی غذا کمک کرده و نیازهای کشاورزان، به ویژه در کشورهای در حال توسعه و مناطق آسیب‌پذیر در برابر تغییرات اقلیمی، را برطرف می‌کند.
@irbioinformatics
گیاهان پرورش‌یافته با پرتوافشانی به همان اندازه ایمن هستند که گیاهان پرورش‌یافته از طریق روش‌های سنتی یا اصلاح نژاد با کمک نشانگرهای ژنتیکی، زیرا پرتوافشانی به نسل‌های بعدی گیاه منتقل نمی‌شود. بنابراین، گیاهان می‌توانند برای چندین نسل پرورش داده شوند تا بهترین نتایج به دست آیند، بدون اینکه آسیب ببینند یا آلودگی رادیواکتیویته را به نسل بعد منتقل کنند. در طول ۱۰۰ سال گذشته، بسیاری از انواع محصولات کشاورزی که از طریق پرورش جهش‌زایی توسعه یافته‌اند، در سراسر جهان کشت شده‌اند.
@irbioinformatics
در روش اصلاح نژاد با واسطه جهش زایی از تغییرات ژنتیکی ایجادشده در ابتدای فرآیند اصلاح نباتات کلاسیک استفاده می شود تا به سرعت جمعیت‌های بزرگی از گیاهان بهبودیافته تولید گردد. این گیاهان می‌توانند تا دستیابی به نتیجه مطلوب، رشد کنند. این روش مزایای مقایسه‌ای قابل توجه زیادی دارد: به طور کلی این روش مقرون‌به‌صرفه، سریع، اثبات‌شده و قابل اعتماد است، همچنین قابل انتقال به عنوان یک دانش فنی، به‌طور جهانی کاربردی، بی‌خطر و سازگار با محیط زیست است. علاوه بر این، این روش عملکردی بودن خود را پس داده است، زیرا برای چندین دهه، تغییرات ژنتیکی خودبه‌خودی در آزمایشگاه‌ها از طریق پرتوافشانی القا شده‌اند.
@irbioinformatics
قرار گرفتن در معرض پرتوافشانی باعث ایجاد تغییرات در DNA می‌شود و نرخ جهش را ۱۰۰۰ تا ۱ میلیون برابر افزایش می‌دهد. این امر امکان پرورش مؤثرتر گیاهان و تولید انواع بیشتر محصولات را در زمان کوتاه‌تر فراهم می‌کند. به عنوان مثال، در سال ۲۰۲۱، یک نوع رقم جدید پنبه با عملکرد زراعی بهبودیافته و کیفیت الیاف بهتر تنها در پنج سال در بنگلادش توسعه یافت که این مورد نشان دهنده قدرت این شیوه از اصلاح نباتات محصولات زراعی است. با توجه به در دسترس بودن تکنولوژی پرتوافشانی در کشور، محققان علوم اصلاح نباتات می توانند با تکیه بر دانش بومی و تجربیات با ارزش خود از این روش جهت تولید ارقام جدید و مقاوم به تغییرات محیطی متناسب و سازگار با شرایط اقلیمی کشور اقدام نمایند، اگرچه در این راه چالش های سیاسی، اجتماعی و اقتصادی می تواند به عنوان عوامل محدود کننده در نظر گرفته شود.
@irbioinformatics
گیاهان پرورش‌یافته با پرتوافشانی به همان اندازه ایمن هستند که گیاهان پرورش‌یافته از طریق روش‌های سنتی یا اصلاح نژاد با کمک نشانگرهای ژنتیکی، زیرا پرتوافشانی به نسل‌های بعدی گیاه منتقل نمی‌شود. بنابراین، گیاهان می‌توانند برای چندین نسل پرورش داده شوند تا بهترین نتایج به دست آیند، بدون اینکه آسیب ببینند یا آلودگی رادیواکتیویته را به نسل بعد منتقل کنند. در طول ۱۰۰ سال گذشته، بسیاری از انواع محصولات کشاورزی که از طریق پرورش جهش‌زایی توسعه یافته‌اند، در سراسر جهان کشت شده‌اند.
@irbioinformatics
در روش اصلاح نژاد با واسطه جهش زایی از تغییرات ژنتیکی ایجادشده در ابتدای فرآیند اصلاح نباتات کلاسیک استفاده می شود تا به سرعت جمعیت‌های بزرگی از گیاهان بهبودیافته تولید گردد. این گیاهان می‌توانند تا دستیابی به نتیجه مطلوب، رشد کنند. این روش مزایای مقایسه‌ای قابل توجه زیادی دارد: به طور کلی این روش مقرون‌به‌صرفه، سریع، اثبات‌شده و قابل اعتماد است، همچنین قابل انتقال به عنوان یک دانش فنی، به‌طور جهانی کاربردی، بی‌خطر و سازگار با محیط زیست است. علاوه بر این، این روش عملکردی بودن خود را پس داده است، زیرا برای چندین دهه، تغییرات ژنتیکی خودبه‌خودی در آزمایشگاه‌ها از طریق پرتوافشانی القا شده‌اند.
@irbioinformatics
قرار گرفتن در معرض پرتوافشانی باعث ایجاد تغییرات در DNA می‌شود و نرخ جهش را ۱۰۰۰ تا ۱ میلیون برابر افزایش می‌دهد. این امر امکان پرورش مؤثرتر گیاهان و تولید انواع بیشتر محصولات را در زمان کوتاه‌تر فراهم می‌کند. به عنوان مثال، در سال ۲۰۲۱، یک نوع رقم جدید پنبه با عملکرد زراعی بهبودیافته و کیفیت الیاف بهتر تنها در پنج سال در بنگلادش توسعه یافت که این مورد نشان دهنده قدرت این شیوه از اصلاح نباتات محصولات زراعی است. با توجه به در دسترس بودن تکنولوژی پرتوافشانی در کشور، محققان علوم اصلاح نباتات می توانند با تکیه بر دانش بومی و تجربیات با ارزش خود از این روش جهت تولید ارقام جدید و مقاوم به تغییرات محیطی متناسب و سازگار با شرایط اقلیمی کشور اقدام نمایند، اگرچه در این راه چالش های سیاسی، اجتماعی و اقتصادی می تواند به عنوان عوامل محدود کننده در نظر گرفته شود.
👏3🐳1😈1
علائم شایع ابتلا به ویروس HMPV
در بزرگسالان سالم، علائم HMPV معمولاً خفیف است و ممکن است شامل موارد زیر باشد:
آبریزش یا گرفتگی بینی
گلو درد
سرفه
تب خفیف
سردرد
با این حال، افراد مسن و کسانی که سیستم ایمنی ضعیف‌تری دارند ممکن است علائم شدیدتری از HMPV را تجربه کنند، مانند:
تب بالا
خس‌خس سینه
مشکل در تنفس
ذات‌الریه
کودکان خردسال مبتلا به HMPV اغلب علائمی مشابه بزرگسالان را تجربه می‌کنند، اما ممکن است بیشتر درگیر عفونت‌های دستگاه تنفسی تحتانی شوند. علائم شایع HMPV در کودکان شامل موارد زیر است:
سرفه
آبریزش بینی
تب
خس‌خس سینه
مشکل در تنفس
استفراغ
در بزرگسالان سالم، علائم HMPV معمولاً خفیف است و ممکن است شامل موارد زیر باشد:
آبریزش یا گرفتگی بینی
گلو درد
سرفه
تب خفیف
سردرد
با این حال، افراد مسن و کسانی که سیستم ایمنی ضعیف‌تری دارند ممکن است علائم شدیدتری از HMPV را تجربه کنند، مانند:
تب بالا
خس‌خس سینه
مشکل در تنفس
ذات‌الریه
کودکان خردسال مبتلا به HMPV اغلب علائمی مشابه بزرگسالان را تجربه می‌کنند، اما ممکن است بیشتر درگیر عفونت‌های دستگاه تنفسی تحتانی شوند. علائم شایع HMPV در کودکان شامل موارد زیر است:
سرفه
آبریزش بینی
تب
خس‌خس سینه
مشکل در تنفس
استفراغ
👍3👏2
معرفی پایگاه داده IEDB برای پیش بینی اپیتوپ
پایگاه داده IEDB یا The Immune Epitope Database یک منبع آزاد و رایگان است که توسط موسسه NIAID تأمین مالی می‌شود. این پایگاه داده، اطلاعات تجربی مربوط به اپیتوپ‌های آنتی‌بادی و سلول T را که در انسان و سایر گونه‌های حیوانی در زمینه‌های بیماری‌های عفونی، آلرژی، خودایمنی و پیوند مطالعه شده‌اند، فهرست‌بندی می‌کند. IEDB همچنین ابزارهای پیش‌بینی و تحلیل اپیتوپ را به صورت رایگان ارائه می‌دهد و دارای یک سایت مکمل به نام CEDAR (که توسط NCI تأمین مالی می‌شود) است که اپیتوپ‌های سرطان را در خود جای داده است. برای کار با این دیتابیس و ابزارهای رایگان موجود در آن فقط کافی است تنظیمات دلخواه را در صفحه اول وبسایت اعمال نمایید و سپس آنالیزهای بیوانفورماتیکی خود را با آن انجام دهید.
پایگاه داده IEDB یا The Immune Epitope Database یک منبع آزاد و رایگان است که توسط موسسه NIAID تأمین مالی می‌شود. این پایگاه داده، اطلاعات تجربی مربوط به اپیتوپ‌های آنتی‌بادی و سلول T را که در انسان و سایر گونه‌های حیوانی در زمینه‌های بیماری‌های عفونی، آلرژی، خودایمنی و پیوند مطالعه شده‌اند، فهرست‌بندی می‌کند. IEDB همچنین ابزارهای پیش‌بینی و تحلیل اپیتوپ را به صورت رایگان ارائه می‌دهد و دارای یک سایت مکمل به نام CEDAR (که توسط NCI تأمین مالی می‌شود) است که اپیتوپ‌های سرطان را در خود جای داده است. برای کار با این دیتابیس و ابزارهای رایگان موجود در آن فقط کافی است تنظیمات دلخواه را در صفحه اول وبسایت اعمال نمایید و سپس آنالیزهای بیوانفورماتیکی خود را با آن انجام دهید.
1- IEDB database and tools
2- CEDAR database and tools
👍2👏1
معرفی هوش مصنوعی CellWhisperer
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
مقاله پیوست ابزار CellWhisperer یک مدل هوش مصنوعی چندوجهی و نرم‌افزاری که برای تحلیل تعاملی داده‌های scRNA-seq (توالی‌یابی RNA تک‌سلولی) طراحی شده است را معرفی می کند.
این ابزار با ترکیب داده‌های ترنسکریپتومی و متنی، امکان پرس‌و‌جو و تفسیر داده‌ها را به زبان انگلیسی فراهم می‌کند. CellWhisperer با استفاده از یک مجموعه‌داده بزرگ شامل بیش از یک میلیون جفت پروفایل RNA-seq و حاشیه‌نویسی‌های متنی مرتبط- منظور همان انوتیشن های متنی-، آموزش دیده و می‌تواند بدون نیاز به داده‌های مرجع، تحلیل‌های دقیقی ارائه دهد.
این ابزار با مرورگر CELLxGENE ادغام شده و به کاربران امکان می‌دهد تا داده‌های RNA-seq را از طریق یک رابط گرافیکی و چت تعاملی بررسی کنند. این ابزار کار با داده‌های پیچیده ترنسکریپتومی را ساده‌تر و شهودی‌تر می‌کند.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
مقاله پیوست ابزار CellWhisperer یک مدل هوش مصنوعی چندوجهی و نرم‌افزاری که برای تحلیل تعاملی داده‌های scRNA-seq (توالی‌یابی RNA تک‌سلولی) طراحی شده است را معرفی می کند.
این ابزار با ترکیب داده‌های ترنسکریپتومی و متنی، امکان پرس‌و‌جو و تفسیر داده‌ها را به زبان انگلیسی فراهم می‌کند. CellWhisperer با استفاده از یک مجموعه‌داده بزرگ شامل بیش از یک میلیون جفت پروفایل RNA-seq و حاشیه‌نویسی‌های متنی مرتبط- منظور همان انوتیشن های متنی-، آموزش دیده و می‌تواند بدون نیاز به داده‌های مرجع، تحلیل‌های دقیقی ارائه دهد.
این ابزار با مرورگر CELLxGENE ادغام شده و به کاربران امکان می‌دهد تا داده‌های RNA-seq را از طریق یک رابط گرافیکی و چت تعاملی بررسی کنند. این ابزار کار با داده‌های پیچیده ترنسکریپتومی را ساده‌تر و شهودی‌تر می‌کند.
1- لینک به مقاله CellWhisperer
2- لینک به ابزار CellWhisperer
3- لینک به ابزار CELLxGENE
👍3👏2