آشنایی با Bioreactorها
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
بیوراکتور یک سیستم کنترل‌شده است که برای کشت میکروارگانیسم‌ها یا سلول‌ها در محیطی مناسب استفاده می‌شود. این دستگاه با تنظیم دقیق شرایط محیطی مانند دما، pH، اکسیژن و مواد مغذی، رشد بهینه و تولید محصولات زیستی مانند آنزیم‌ها، پروتئین‌ها، آنتی‌بیوتیک‌ها یا سوخت‌های زیستی را امکان‌پذیر می‌کند. بیوراکتورها در صنایع دارویی، غذایی، کشاورزی و زیست‌فناوری کاربرد گسترده‌ای دارند.
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1784
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
بیوراکتور یک سیستم کنترل‌شده است که برای کشت میکروارگانیسم‌ها یا سلول‌ها در محیطی مناسب استفاده می‌شود. این دستگاه با تنظیم دقیق شرایط محیطی مانند دما، pH، اکسیژن و مواد مغذی، رشد بهینه و تولید محصولات زیستی مانند آنزیم‌ها، پروتئین‌ها، آنتی‌بیوتیک‌ها یا سوخت‌های زیستی را امکان‌پذیر می‌کند. بیوراکتورها در صنایع دارویی، غذایی، کشاورزی و زیست‌فناوری کاربرد گسترده‌ای دارند.
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1784
❤4🔥2👏2👍1
معرفی روش قدرتمند بیوتکنولوژیکیBarnase/Barstar برای تولید بذر هیبرید گیاهان زراعی
تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
روش Barnase/Barstar یک سیستم بیوتکنولوژیکی قدرتمند برای ایجاد نر عقیمی یا (Male Sterility) در گیاهان است که از دو پروتئین باکتریایی به نام‌های Barnase و Barstar استفاده می‌کند.
پروتئین Barnase یک آنزیم RNase بسیار قوی است که RNA را تخریب می‌کند و در صورت بیان در سلول‌های گیاهی، باعث مرگ سلول می‌شود. پروتئین Barstar یک مهارکننده‌ی اختصاصی Barnase است که فعالیت آن را خنثی می‌کند.
این سیستم به‌طور گسترده در تولید بذرهای هیبرید بخصوص درتولید بذر هیبرید کلزا در کانادا به کار می‌رود، زیرا امکان کنترل دقیق فرآیند نرعقیمی را فراهم می‌کند. با توجه به وجود بانک بذر قوی ایران، این روش می تواند به عنوان یک روش هدفمند در تولید بذرهای هیبرید و پر عملکرد سبزی و صیفی و دانه های روغنی به کار رود تا ارزآوری اقتصادی گسترده ای برای کشور داشته باشد.
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1788
تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
روش Barnase/Barstar یک سیستم بیوتکنولوژیکی قدرتمند برای ایجاد نر عقیمی یا (Male Sterility) در گیاهان است که از دو پروتئین باکتریایی به نام‌های Barnase و Barstar استفاده می‌کند.
پروتئین Barnase یک آنزیم RNase بسیار قوی است که RNA را تخریب می‌کند و در صورت بیان در سلول‌های گیاهی، باعث مرگ سلول می‌شود. پروتئین Barstar یک مهارکننده‌ی اختصاصی Barnase است که فعالیت آن را خنثی می‌کند.
این سیستم به‌طور گسترده در تولید بذرهای هیبرید بخصوص در
...بیشتر بخوانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1788
❤4
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
معرفی روش قدرتمند بیوتکنولوژیکیBarnase/Barstar برای تولید بذر هیبرید گیاهان زراعی تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران روش Barnase/Barstar یک سیستم بیوتکنولوژیکی قدرتمند برای ایجاد نر عقیمی یا (Male Sterility) در گیاهان…
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل امیدوارکننده در حال حاضر در درمان سرطان مطرح هستند، زیرا بیان آن‌ها در سلول‌های سرطانی منجر به مرگ سلولی از طریق آپوپتوز می‌شود.
برای جلوگیری از سمیت در سلول‌های تولیدکننده‌ی ویروس، از روش‌هایی مانند استفاده از پروموترهای القایی، اینترون‌های species-specific و بیان همزمان Barstar/ Barnase استفاده می‌شود.
این استراتژی‌ها امکان تولید وکتورهای ویروسی حاوی ژن‌های سمی را فراهم کرده و نتایج امیدوارکننده‌ای در کشتن سلول‌های سرطانی نشان داده‌اند.
...بیشتر بدانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1791
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل امیدوارکننده در حال حاضر در درمان سرطان مطرح هستند، زیرا بیان آن‌ها در سلول‌های سرطانی منجر به مرگ سلولی از طریق آپوپتوز می‌شود.
برای جلوگیری از سمیت در سلول‌های تولیدکننده‌ی ویروس، از روش‌هایی مانند استفاده از پروموترهای القایی، اینترون‌های species-specific و بیان همزمان Barstar/ Barnase استفاده می‌شود.
این استراتژی‌ها امکان تولید وکتورهای ویروسی حاوی ژن‌های سمی را فراهم کرده و نتایج امیدوارکننده‌ای در کشتن سلول‌های سرطانی نشان داده‌اند.
...بیشتر بدانید...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1791
❤5👌1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران هدف اصلی درمان سرطان، حذف کامل سلول‌های سرطانی بدون آسیب به سلول‌های سالم است. در ژن درمانی، ریبونوکلئازهایی مانند Barnase به‌عنوان عوامل…
کاربرد سیستم Barnase/Barstar در درمان سرطان تخمدان در شرایط درون سلولی
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در مطالعه پیوست، از فناوری پیش‌هدف‌گیری برای بهبود هدف‌گیری درون‌تنی نانولیپوزوم‌های حامل توکسین PE40 یک فرم کوتاه‌شده از اگزوتوکسین A باکتری سودوموناس آئروژینوزا به سلول‌های سرطانی استفاده شده است.
سیستم پیش‌هدف‌گیری شامل آنزیم Barnase و مهارکننده طبیعی آن Barstar است. Barstar که به پروتئین‌های مهندسی‌شده خاص آنتی‌ژن‌های توموری مانند HER2 و EpCAM متصل شده، به‌عنوان ماژول اولیه برای شناسایی دقیق سلول‌های سرطانی عمل می‌کند.
پروتئین Barnase نیز به عامل درمانی متصل شده و به‌عنوان ماژول ثانویه برای از بین بردن سلول‌های سرطانی استفاده می‌شود. آزمایش‌ها روی موش‌های حامل تومور SKOV-3 در این مطالعه نشان داد که رویکرد پیش‌هدف‌گیری، صرف‌نظر از نوع ماژول هدف‌گیرنده، بسیار مؤثرتر از هدف‌گیری تک‌مرحله‌ای است. این روش می‌تواند گامی نوین در درمان کارسینوم تخمدان با تکیه بر سیستم Barnase/Barstar باشد.
...بیشتر بدانید...
🆔@irbioinformatics
🆔 Instagram
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
در مطالعه پیوست، از فناوری پیش‌هدف‌گیری برای بهبود هدف‌گیری درون‌تنی نانولیپوزوم‌های حامل توکسین PE40 یک فرم کوتاه‌شده از اگزوتوکسین A باکتری سودوموناس آئروژینوزا به سلول‌های سرطانی استفاده شده است.
سیستم پیش‌هدف‌گیری شامل آنزیم Barnase و مهارکننده طبیعی آن Barstar است. Barstar که به پروتئین‌های مهندسی‌شده خاص آنتی‌ژن‌های توموری مانند HER2 و EpCAM متصل شده، به‌عنوان ماژول اولیه برای شناسایی دقیق سلول‌های سرطانی عمل می‌کند.
پروتئین Barnase نیز به عامل درمانی متصل شده و به‌عنوان ماژول ثانویه برای از بین بردن سلول‌های سرطانی استفاده می‌شود. آزمایش‌ها روی موش‌های حامل تومور SKOV-3 در این مطالعه نشان داد که رویکرد پیش‌هدف‌گیری، صرف‌نظر از نوع ماژول هدف‌گیرنده، بسیار مؤثرتر از هدف‌گیری تک‌مرحله‌ای است. این روش می‌تواند گامی نوین در درمان کارسینوم تخمدان با تکیه بر سیستم Barnase/Barstar باشد.
...بیشتر بدانید...
🆔@irbioinformatics
❤6
معرفی کتاب The new statistics with R
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
یکی از بهترین و خلاصه ترین کتاب های کاربردی در زمینه یادگیری آنالیزهای آماری با استفاده از نرم افزار R. این کتاب در 20 فصل و 277صفحه نوشته شده است و مباحث مختلف آماری را همراه با کدهای مورداستفاده در تجزیه و تحیل های آماری را پوشش داده است. این کتاب از متن سلیس و ساده ای برخوردار است و برای دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری به راحتی قابل استفاده است.
...دانلود کتاب...
...لینک کانال...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1797
تهیه و تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
یکی از بهترین و خلاصه ترین کتاب های کاربردی در زمینه یادگیری آنالیزهای آماری با استفاده از نرم افزار R. این کتاب در 20 فصل و 277صفحه نوشته شده است و مباحث مختلف آماری را همراه با کدهای مورداستفاده در تجزیه و تحیل های آماری را پوشش داده است. این کتاب از متن سلیس و ساده ای برخوردار است و برای دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری به راحتی قابل استفاده است.
...دانلود کتاب...
...لینک کانال...
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1797
👏4❤2🔥1
معرفی ابزار ژنومیکسی SynVisio
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزارSynVisio به شما امکان می‌دهد تا نتایج McScanX، یک نرم افزار محبوب برای تشخیص هم‌راستایی (Synteny) و هم‌خطی (Collinearity) ژن‌ها را بررسی کنید و تصاویر با کیفیتی برای انتشار در مقالات خود ایجاد نمایید.
ابزار SynVisio برای اجرا به دو فایل نیاز دارد:
1- فایل gff ساده‌شده که به عنوان ورودی برای جستجوی McScanX مورد استفاده قرار گرفته است.
2- فایل collinearity که توسط McScanX به عنوان خروجی برای همان جستجو تولید شده است.
ابزار SynVisio انواع مختلفی از نمودارها را ارائه می‌دهد، از جمله:
Linear Parallel Plots
Hive Plots
Stacked Parallel Plots
Dot Plots
@irbioinformatics
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
ابزارSynVisio به شما امکان می‌دهد تا نتایج McScanX، یک نرم افزار محبوب برای تشخیص هم‌راستایی (Synteny) و هم‌خطی (Collinearity) ژن‌ها را بررسی کنید و تصاویر با کیفیتی برای انتشار در مقالات خود ایجاد نمایید.
ابزار SynVisio برای اجرا به دو فایل نیاز دارد:
1- فایل gff ساده‌شده که به عنوان ورودی برای جستجوی McScanX مورد استفاده قرار گرفته است.
2- فایل collinearity که توسط McScanX به عنوان خروجی برای همان جستجو تولید شده است.
ابزار SynVisio انواع مختلفی از نمودارها را ارائه می‌دهد، از جمله:
Linear Parallel Plots
Hive Plots
Stacked Parallel Plots
Dot Plots
@irbioinformatics
❤3👍1👏1
Souvenirs
Ô Lake
این آهنگ بی‌کلام یه آرامش خاصی به ادم می‌ده. انگار میگه ببین ادامه بده مسیرت، آخرش قشنگ می‌شه♥️
❤7🥰2👍1🔥1
معرفی نرم افزار QTL IciMapping
تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
✍ نرم افزار QTL IciMapping یک ابزار قدرتمند و کاربردی در حوزه ژنتیک و اصلاح نباتات است که برای شناسایی و نقشه‌یابی مکان‌های ژنی مرتبط با صفات کمی (QTL) استفاده می‌شود.
✍ نرم افزار IciMapping از الگوریتم‌های پیشرفتهای برای تجزیه و تحلیل داده‌ها استفاده می‌کند و قابلیت‌هایی مانند نقشه‌یابی فاصله‌ای، تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی و شناسایی QTLهای چندگانه را فراهم می‌کند. نسخه 4.2 این نرم افزار به راحتی بر روی سیستم عامل ویندوز 64 بیتی و 32 بیتی نصب می گردد. نسخه های قدیمی و جدید آن بر روی ویندوز 11 به راحتی نصب و اجرا می شوند. این نرم افزار رایگان است.
تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
✍ نرم افزار QTL IciMapping یک ابزار قدرتمند و کاربردی در حوزه ژنتیک و اصلاح نباتات است که برای شناسایی و نقشه‌یابی مکان‌های ژنی مرتبط با صفات کمی (QTL) استفاده می‌شود.
در مورد مکان های ژنی مرتبط با صفات کمی یا QTLها در لینک بیشتر بخوانید✍ این نرم افزار به محققان امکان می‌دهد تا با استفاده از داده‌های ژنتیکی و فنوتیپی، مکان‌های ژنی مؤثر بر صفات مهم زراعی مانند مقاومت به بیماری‌ها، عملکرد محصول و کیفیت را شناسایی کنند.
✍ نرم افزار IciMapping از الگوریتم‌های پیشرفتهای برای تجزیه و تحلیل داده‌ها استفاده می‌کند و قابلیت‌هایی مانند نقشه‌یابی فاصله‌ای، تجزیه و تحلیل پیوستگی ژنتیکی و شناسایی QTLهای چندگانه را فراهم می‌کند. نسخه 4.2 این نرم افزار به راحتی بر روی سیستم عامل ویندوز 64 بیتی و 32 بیتی نصب می گردد. نسخه های قدیمی و جدید آن بر روی ویندوز 11 به راحتی نصب و اجرا می شوند. این نرم افزار رایگان است.
⬇1- x64 version
⬇2- x86 version
👍6💅1
آشنایی با پایگاه های داده بیوانفورماتیک
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
افزایش حجم داده‌های زیستی، نیاز به توسعه ابزارهای محاسباتی برای مدیریت و تحلیل این داده‌ها را ایجاد کرد که منجر به شکل‌گیری حوزه‌ای جدید به نام بیوانفورماتیک شد.
بیوانفورماتیک یک حوزه به سرعت در حال رشد در زیست‌شناسی است که بر توسعه و کاربرد ابزارهای محاسباتی برای تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی تمرکز دارد. نرم‌افزارها، ابزارها و پایگاه‌های داده بیوانفورماتیک برای پردازش، ذخیره‌سازی، تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی استفاده می‌شوند.
در این پست اطلاعات کلیدی در رابطه با پایگاه های داده بیوانفورماتیک خدمت همراهان گرامی ارائه می شود تا بدون شرکت در دوره های آشنایی با این پایگاه ها به صورت خودآماز اطلاعات کلیدی پیرامون این ابرپایگاه‌ها یا فراگیرند.
...بیشتر بدانید... (این فِرسته به مرور بروزرسانی می شود)
کانال آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی را با دوستان خود به اشتراک بگذارید.
@irbioinformatics
تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
افزایش حجم داده‌های زیستی، نیاز به توسعه ابزارهای محاسباتی برای مدیریت و تحلیل این داده‌ها را ایجاد کرد که منجر به شکل‌گیری حوزه‌ای جدید به نام بیوانفورماتیک شد.
بیوانفورماتیک یک حوزه به سرعت در حال رشد در زیست‌شناسی است که بر توسعه و کاربرد ابزارهای محاسباتی برای تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی تمرکز دارد. نرم‌افزارها، ابزارها و پایگاه‌های داده بیوانفورماتیک برای پردازش، ذخیره‌سازی، تحلیل و تفسیر داده‌های زیستی استفاده می‌شوند.
در این پست اطلاعات کلیدی در رابطه با پایگاه های داده بیوانفورماتیک خدمت همراهان گرامی ارائه می شود تا بدون شرکت در دوره های آشنایی با این پایگاه ها به صورت خودآماز اطلاعات کلیدی پیرامون این ابرپایگاه‌ها یا فراگیرند.
...بیشتر بدانید... (این فِرسته به مرور بروزرسانی می شود)
کانال آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی را با دوستان خود به اشتراک بگذارید.
@irbioinformatics
👍2👏1💯1💅1
معرفی دیتابیس FWAlgaeDB ویژه تحقیقات ژنومی حوزه جلبک
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تحقیقات ژنومیک جلبکی به درک عمیق‌تری از تکامل جلبک‌ها کمک کرده و استنتاجات ژنومیکی مرتبط با عملکردهای مختلف را فراهم می‌کند. با توجه به چالش‌های مونتاژ یا اسمبلی ژنوم، توالی‌های ژنومی منتشرشده جلبک‌ها بسیار محدود هستند و وجود یک دیتابیس برای سازماندهی این داده ها ضروری به نظر می رسد.
با افزایش سریع داده‌های ژنومی جلبک‌های آب شیرین به لطف پیشرفتهای اخیر در فناوری‌های نسل جدید توالی‌یابی و بیوانفورماتیک، نیاز به یک رابط برای ذخیره، اتصال و نمایش این داده‌ها احساس شده است.
در این راستا برای ارائه منبع ژنومی جامع مخصوص جلبک‌های آب شیرین، پایگاه داده FWAlgaeDB توسعه یافته است که یک مخزن آنلاین کاربرپسند و به‌روزرسانی‌شونده برای یکپارچه‌سازی داده‌های ژنومی و اطلاعات حاشیه‌نویسی است.
تدوین: ح.رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
تحقیقات ژنومیک جلبکی به درک عمیق‌تری از تکامل جلبک‌ها کمک کرده و استنتاجات ژنومیکی مرتبط با عملکردهای مختلف را فراهم می‌کند. با توجه به چالش‌های مونتاژ یا اسمبلی ژنوم، توالی‌های ژنومی منتشرشده جلبک‌ها بسیار محدود هستند و وجود یک دیتابیس برای سازماندهی این داده ها ضروری به نظر می رسد.
با افزایش سریع داده‌های ژنومی جلبک‌های آب شیرین به لطف پیشرفتهای اخیر در فناوری‌های نسل جدید توالی‌یابی و بیوانفورماتیک، نیاز به یک رابط برای ذخیره، اتصال و نمایش این داده‌ها احساس شده است.
در این راستا برای ارائه منبع ژنومی جامع مخصوص جلبک‌های آب شیرین، پایگاه داده FWAlgaeDB توسعه یافته است که یک مخزن آنلاین کاربرپسند و به‌روزرسانی‌شونده برای یکپارچه‌سازی داده‌های ژنومی و اطلاعات حاشیه‌نویسی است.
1- Front. Environ. Sci., 18 July 2023
👍4👏1💅1