معرفی ابزار iSeqQC
کنترل کیفیت در هر فناوری توالی‌یابی با توان بالا (high-throughput sequencing) یک گام حیاتی است که اگر نادیده گرفته شود، می‌تواند به یک آزمایش و نتایج حاصل از آن آسیب برساند.
روش‌های متعددی برای شناسایی سوگیری‌ها در طول توالی‌یابی یا همترازی (alignment) وجود دارد، اما ابزارهای کمی برای تفسیر سوگیری‌های ناشی از داده‌های پرت (outliers) وجود دارد. ابزار iSeqQC یک ابزار کنترل کیفیت (QC) سریع و سبک مبتنی بر بیان ژن است که با استفاده از روش‌های آماری مختلف، داده‌های پرت را شناسایی می‌کند و کیفیت داده های شما را مشخص می کند.
این ابزار به صورت رایگان در دسترس است و می توانید با نصب آن به عنوان یک ماژول در نرم افزار R از آن برای کنترل کیفی داده های RNAseq خود استفاده نمایید. برای دانلود بر روی لینک زیر کلیک کنید
کنترل کیفیت در هر فناوری توالی‌یابی با توان بالا (high-throughput sequencing) یک گام حیاتی است که اگر نادیده گرفته شود، می‌تواند به یک آزمایش و نتایج حاصل از آن آسیب برساند.
روش‌های متعددی برای شناسایی سوگیری‌ها در طول توالی‌یابی یا همترازی (alignment) وجود دارد، اما ابزارهای کمی برای تفسیر سوگیری‌های ناشی از داده‌های پرت (outliers) وجود دارد. ابزار iSeqQC یک ابزار کنترل کیفیت (QC) سریع و سبک مبتنی بر بیان ژن است که با استفاده از روش‌های آماری مختلف، داده‌های پرت را شناسایی می‌کند و کیفیت داده های شما را مشخص می کند.
این ابزار به صورت رایگان در دسترس است و می توانید با نصب آن به عنوان یک ماژول در نرم افزار R از آن برای کنترل کیفی داده های RNAseq خود استفاده نمایید. برای دانلود بر روی لینک زیر کلیک کنید
iSeqQC: An Expression based Quality Control tool
دانلود مستقیم کدهای منبع این بسته نرم افزاری R
👍5❤1🔥1
iSeqQC-master.zip
3.6 MB
برای نصب iSeqQC می توانید به صورت زیر عمل کنید
1- یا به صورت source code با استفاده از فایل پیوست آن را در R نصب کنید
2- یا به صورت زیر در R با استفاده از دستورات زیر آن را نصب کنید. کد زیر را در ترمینال R وارد کنید و سپس دکمه اینتر را بزنید.
1- یا به صورت source code با استفاده از فایل پیوست آن را در R نصب کنید
2- یا به صورت زیر در R با استفاده از دستورات زیر آن را نصب کنید. کد زیر را در ترمینال R وارد کنید و سپس دکمه اینتر را بزنید.
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()BiocManager::install(c("shiny", "FactoMineR", "factoextra", "som", "psych", "data.table", "ape", "corrplot", "limma", "DESeq2"))
👍5💋1
وبینار آموزشی رایگان نحوه کنترل کیفیت داده های RNAseq
مدت زمان: 26 دقیقه
زبان: انگلیسی
مباحث پوشش داده شده: Quality control & preprocessing of raw reads
لینک ورود به وبینار:
برای ورود کلیک کنید
مدت زمان: 26 دقیقه
زبان: انگلیسی
مباحث پوشش داده شده: Quality control & preprocessing of raw reads
لینک ورود به وبینار:
👍9🔥1
وبینار رایگان آموزش آمار و تست های آماری
مدت زمان دوره: 4 ساعت
تاریخ ایجاد دوره: 2 می 2024
زبان دوره: انگلیسی
کیفیت دوره: HD
خلاصه دوره: در این دوره آموزشی اصول پایه آمار و تست های آماری برای محققان مختلف توضیح داده می شود. این دوره همراه با ارائه مثال های مختلف برای انجام تست های آماری متنوع است و پس از مشاهده این آموزش به راحتی می توانید با انواع متداول پارامترهای آماری و تست های آماری برای تحقیق خود آشنا شوید و از آنها استفاده کنید. همچنین در این دوره آموزش ها بر اساس یک نرم افزار اماری است که لینک آن در زیر قرار داده شده است.
مشاهده دوره:برای مشاهده دوره کلیک کنید
مدت زمان دوره: 4 ساعت
تاریخ ایجاد دوره: 2 می 2024
زبان دوره: انگلیسی
کیفیت دوره: HD
خلاصه دوره: در این دوره آموزشی اصول پایه آمار و تست های آماری برای محققان مختلف توضیح داده می شود. این دوره همراه با ارائه مثال های مختلف برای انجام تست های آماری متنوع است و پس از مشاهده این آموزش به راحتی می توانید با انواع متداول پارامترهای آماری و تست های آماری برای تحقیق خود آشنا شوید و از آنها استفاده کنید. همچنین در این دوره آموزش ها بر اساس یک نرم افزار اماری است که لینک آن در زیر قرار داده شده است.
مشاهده دوره:
👍8🔥1
Alireza Ghorbani Ghete Shooshtari [BibakMusic.com]
Alireza Ghorbani [BibakMusic.com]
تا نسوزد برنیاید بوی عود
پخته داند کاین سخن با خام نیست
پخته داند کاین سخن با خام نیست
🔥5🥰1
معرفی مجله Pesticide Biochemistry and Physiology
مجله بیوشیمی و فیزیولوژی آفت‌کش‌ها مقالات علمی اصیل را منتشر می‌کند که به مکانیسم عمل عوامل محافظت از گیاهان مانند حشره‌کش‌ها، قارچ‌کش‌ها، علف‌کش‌ها و ترکیبات مشابه، از جمله عوامل کنترل غیرکشنده آفات، بیوسنتز فرومون‌ها، هورمون‌ها و عوامل مقاومت گیاهی مربوط می‌شوند.
مقالات ممکن است شامل مطالعات بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی یا مولکولی برای درک سم‌شناسی مقایسه‌ای یا سمیت انتخابی در ارگانیسم‌های هدف و غیرهدف باشند. تیم ادیتوریال این مجله علاقه ویژه‌ای به مطالعات مربوط به زیست‌شناسی مولکولی کنترل آفات، سم‌شناسی و مقاومت به آفت‌کش‌ها از خود نشان می دهند.
زمان داوری: 34 روز
زمان تایید یا رد مقاله قبل از داوری: 6 روز
گزینه های چاپ: رایگان، و Open access
این مجله به هیچ عنوان برای سابمیت یا چاپ مقالات که گزینه OA را نویسنده انتخاب نکرده باشد پولی دریافت نمی کند.
نمونه مقالات
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1860
مجله بیوشیمی و فیزیولوژی آفت‌کش‌ها مقالات علمی اصیل را منتشر می‌کند که به مکانیسم عمل عوامل محافظت از گیاهان مانند حشره‌کش‌ها، قارچ‌کش‌ها، علف‌کش‌ها و ترکیبات مشابه، از جمله عوامل کنترل غیرکشنده آفات، بیوسنتز فرومون‌ها، هورمون‌ها و عوامل مقاومت گیاهی مربوط می‌شوند.
مقالات ممکن است شامل مطالعات بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی یا مولکولی برای درک سم‌شناسی مقایسه‌ای یا سمیت انتخابی در ارگانیسم‌های هدف و غیرهدف باشند. تیم ادیتوریال این مجله علاقه ویژه‌ای به مطالعات مربوط به زیست‌شناسی مولکولی کنترل آفات، سم‌شناسی و مقاومت به آفت‌کش‌ها از خود نشان می دهند.
زمان داوری: 34 روز
زمان تایید یا رد مقاله قبل از داوری: 6 روز
گزینه های چاپ: رایگان، و Open access
این مجله به هیچ عنوان برای سابمیت یا چاپ مقالات که گزینه OA را نویسنده انتخاب نکرده باشد پولی دریافت نمی کند.
نمونه مقالات
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1860
❤2👍2🥰2
چگونه یک مقاله مروری بنویسیم؟
در فایل پیوست نحوه نگارش یک مقاله مروری حرفه ای که توسط ادیتورهای پابلیشر الزویر تدریس شده است ارائه گردیده است.
با مطالعه این فایل می توانید نکات کلیدی که بایستی هنگام نگارش یک مقاله مروری مدنظر قرار دهید را یاد بگیرید و در انجام پژوهش های تحقیقاتی خود از آنها استفاده کنید.
این دوره آموزشی توسط Elsevier Researcher Academy برگزار شده است و فایل آن برای اولین بار تقدیم همراهان ارجمند این کانال می گردد.
دانلود فایل دوره: برای دانلود فایل کلیک کنید
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1862
در فایل پیوست نحوه نگارش یک مقاله مروری حرفه ای که توسط ادیتورهای پابلیشر الزویر تدریس شده است ارائه گردیده است.
با مطالعه این فایل می توانید نکات کلیدی که بایستی هنگام نگارش یک مقاله مروری مدنظر قرار دهید را یاد بگیرید و در انجام پژوهش های تحقیقاتی خود از آنها استفاده کنید.
این دوره آموزشی توسط Elsevier Researcher Academy برگزار شده است و فایل آن برای اولین بار تقدیم همراهان ارجمند این کانال می گردد.
دانلود فایل دوره:
https://www.tgoop.com/IRBioinformatics/1862
❤2🥰2🍓2