خبر بزرگی امروز منتشر شد ...
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
شرکت NVIDIA چارچوب BioNeMo را متن‌باز یا open-source کرد. این چارچوب مجموعه‌ای از منابع برنامه‌نویسی، کتابخانه‌ها و مدل‌های هوش مصنوعی است که برای کشف دارو طراحی شده‌اند.
این نسخه، ابزارهای پیشرفته‌ای را در اختیار آزمایشگاه‌های دانشگاهی و شرکت‌های زیست‌فناوری قرار می‌دهد، از جمله:
طراحی پروتئین
تولید مولکول‌های کوچک
توسعه مدل‌های سفارشی
همانطور که می دانید BioNeMo با بهینه‌سازی برای پردازنده‌های گرافیکی (GPU) ساخته شده است تا مدل‌سازی پیش‌بینی‌گر بیوشیمیایی را تسریع کند. این گام مهمی در توسعه روش‌های کشف کامپیوتری بیومولکول‌ها محسوب می‌شود و میتواند تأثیرات قابل‌توجهی در پیشرفت پژوهش‌های دارویی و زیستی داشته باشد.
نظر شما در مورد متن‌باز شدن چنین ابزارهایی چیست؟
لینک دسترسی به ماژول های توضیح داده شده در سایت شرکت NVIDIA
https://nvidia.github.io/bionemo-framework/
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
شرکت NVIDIA چارچوب BioNeMo را متن‌باز یا open-source کرد. این چارچوب مجموعه‌ای از منابع برنامه‌نویسی، کتابخانه‌ها و مدل‌های هوش مصنوعی است که برای کشف دارو طراحی شده‌اند.
این نسخه، ابزارهای پیشرفته‌ای را در اختیار آزمایشگاه‌های دانشگاهی و شرکت‌های زیست‌فناوری قرار می‌دهد، از جمله:
طراحی پروتئین
تولید مولکول‌های کوچک
توسعه مدل‌های سفارشی
همانطور که می دانید BioNeMo با بهینه‌سازی برای پردازنده‌های گرافیکی (GPU) ساخته شده است تا مدل‌سازی پیش‌بینی‌گر بیوشیمیایی را تسریع کند. این گام مهمی در توسعه روش‌های کشف کامپیوتری بیومولکول‌ها محسوب می‌شود و میتواند تأثیرات قابل‌توجهی در پیشرفت پژوهش‌های دارویی و زیستی داشته باشد.
نظر شما در مورد متن‌باز شدن چنین ابزارهایی چیست؟
لینک دسترسی به ماژول های توضیح داده شده در سایت شرکت NVIDIA
https://nvidia.github.io/bionemo-framework/
👍4
#خبر
با استفاده از تکنولوژی کریسپر محققان توانستند گوجه فرنگی های بزرگ و واقعا شیرینی تولید کنند. گزارش این دستاورد در مجله تحقیقاتی نیچر به چاپ رسیده است که با استفاده از لینک زیر می توانید این مقاله را مطالعه کنید.
https://doi.org/10.1038/d41586-024-03722-6
با استفاده از تکنولوژی کریسپر محققان توانستند گوجه فرنگی های بزرگ و واقعا شیرینی تولید کنند. گزارش این دستاورد در مجله تحقیقاتی نیچر به چاپ رسیده است که با استفاده از لینک زیر می توانید این مقاله را مطالعه کنید.
https://doi.org/10.1038/d41586-024-03722-6
❤3👍1🔥1
گامی رو به جلو در درمان بیماری های قلبی مادرزادی
گروهی از محققین با انتشار مقاله ای در مجله Cell Transplantation نشان دادند که سلول های ماهیچه قلبی که از سلول های بنیادی پرتوان انسانی ایجاد شده اند میتوانند با قلب میمون ادغام پیدا بکنند.
این تحقیق امکان پذیری و ایمنی استفاده از سلول های بنیادی در یک مدل پریمات غیرانسانی را نشان داد. نمایش ادغام و بلوغ موفقیت آمیز سلول ها در یک قلب آسیب دیده، گامی امیدوارکننده به سوی کاربرد بالینی برای اختلالات مادرزادی قلب است.
اختلالات قلبی مادرزادی موجب ناراحتی های مختلف از جمله افزایش تپش قلب، درد در ناحیه سینه و... می شود و برخی از آن ها اگر درمان نشوند جان فرد بیمار را خواهند گرفت. چنین افرادی باید در صف اهدای عضو قرار بگیرند که محدودیت بسیاری را بهمراه دارد.
این تحقیق سرآغازی از یک روش جایگزین فوق العاده برای درمان چنین بیمارانی باشد. درمان از طریق سلول های بنیادی یکروزی میتواند دریافت عضو رو به تاخیر و یا حتی از آن جلوگیری بکند.
گروهی از محققین با انتشار مقاله ای در مجله Cell Transplantation نشان دادند که سلول های ماهیچه قلبی که از سلول های بنیادی پرتوان انسانی ایجاد شده اند میتوانند با قلب میمون ادغام پیدا بکنند.
این تحقیق امکان پذیری و ایمنی استفاده از سلول های بنیادی در یک مدل پریمات غیرانسانی را نشان داد. نمایش ادغام و بلوغ موفقیت آمیز سلول ها در یک قلب آسیب دیده، گامی امیدوارکننده به سوی کاربرد بالینی برای اختلالات مادرزادی قلب است.
اختلالات قلبی مادرزادی موجب ناراحتی های مختلف از جمله افزایش تپش قلب، درد در ناحیه سینه و... می شود و برخی از آن ها اگر درمان نشوند جان فرد بیمار را خواهند گرفت. چنین افرادی باید در صف اهدای عضو قرار بگیرند که محدودیت بسیاری را بهمراه دارد.
این تحقیق سرآغازی از یک روش جایگزین فوق العاده برای درمان چنین بیمارانی باشد. درمان از طریق سلول های بنیادی یکروزی میتواند دریافت عضو رو به تاخیر و یا حتی از آن جلوگیری بکند.
توضیح شکل:
سلول ماهیچه انسانی (سبز رنگ) که با ماهیچه قلبی میمون ادغام شده است.
📝 رفرنس
👍5
«الن دوباتن»:
یه نشونه والدین خوب اینه که بچه‌شون دوست نداره معروف بشه چون معنیش اینه سیستم تایید validation درونیش سالمه و خوب کار میکنه و نیازی نمیبینه که غریبه‌ها بشناسنش و تاییدش کنن
یه نشونه والدین خوب اینه که بچه‌شون دوست نداره معروف بشه چون معنیش اینه سیستم تایید validation درونیش سالمه و خوب کار میکنه و نیازی نمیبینه که غریبه‌ها بشناسنش و تاییدش کنن
👏8👍3❤2
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
اگه کاکتوس دارین لاک‌پشت نگیرید ، یه جور بخاطر کاکتوس حمله کرد انگار جلو بچه ماکارانی گذاشتن 😂
😁4👍1
ریبوزیم Tetrahymena یک مولکول RNA خودبرش‌دهنده است که در یوکاریوت تک‌سلولی Tetrahymena thermophila کشف شد. این ریبوزیم اولین ریبوزیمی است که شناسایی شد و به عنوان RNA کاتالیتیک معرفی گردید. این کشف اهمیت زیادی در زیست‌شناسی مولکولی داشت و شواهدی برای پتانسیل کاتالیتیکی RNA ارائه کرد. ریبوزیم مذکور برش خودبه‌خودی اینترون خود را از RNA پیش‌ساز کاتالیز کرده و اتصال اگزون‌ها را تسهیل می‌کند، که نشان‌دهنده توانایی RNA در انجام عملکردهای آنزیمی است که معمولاً به پروتئین‌ها نسبت داده می‌شود.
@irbioinformatics
کشف ریبوزیم Tetrahymena تأثیرات عمیقی بر درک زیست‌شناسی RNA و تکامل آن داشت. توانایی‌های کاتالیتیکی آن نشان داد که RNA میتواند نقش دوگانه‌ای به عنوان ماده ژنتیکی و کاتالیزور در موجودات اولیه ایفا کند، که از فرضیه دنیای RNA پشتیبانی می‌کند. علاوه بر این، مطالعه این ریبوزیم بینش‌هایی در مورد تاخوردگی RNA، شناسایی مولکولی و منشأ عملکردهای آنزیمی فراهم کرده است.
@irbioinformatics
کشف ریبوزیم Tetrahymena تأثیرات عمیقی بر درک زیست‌شناسی RNA و تکامل آن داشت. توانایی‌های کاتالیتیکی آن نشان داد که RNA میتواند نقش دوگانه‌ای به عنوان ماده ژنتیکی و کاتالیزور در موجودات اولیه ایفا کند، که از فرضیه دنیای RNA پشتیبانی می‌کند. علاوه بر این، مطالعه این ریبوزیم بینش‌هایی در مورد تاخوردگی RNA، شناسایی مولکولی و منشأ عملکردهای آنزیمی فراهم کرده است.
فراتر از اهمیت تکاملی، ریبوزیم Tetrahymena در زیست‌فناوری و زیست‌شناسی سنتزی نیز کاربرد دارد. این ریبوزیم به عنوان یک سیستم مدل برای مهندسی RNAهای کاتالیتیکی و توسعه ابزارهایی برای اصلاح اختصاصی RNA و مداخلات درمانی استفاده می‌شود. رابطه ساختار-عملکرد آن همچنان موضوع تحقیق علمی است و اصول بنیادی زیست‌شناسی مولکولی و منشأ حیات را روشن می‌کند. در اینجا می‌توانید ساختار کریو-EM ریبوزیم Tetrahymena را مشاهده کنید (کد PDB: 9CBX).
@irbioinformatics
@irbioinformatics
❤1
#یادبود
در چنین روزی در سال ۱۹۲۸، الکساندر فلمینگ کشف کرد که کپکی که با آن کار می‌کرد، ماده‌ای تولید می‌کند که میتواند بسیاری از باکتری‌های رایج را از بین ببرد. او این ماده جدید و هیجان‌انگیز را "آب کپک یا mould juice" نامید. سپس فلمینگ نام پنی‌سیلین را برای این ماده جدید انتخاب کرد
@irbioinformatics
در چنین روزی در سال ۱۹۲۸، الکساندر فلمینگ کشف کرد که کپکی که با آن کار می‌کرد، ماده‌ای تولید می‌کند که میتواند بسیاری از باکتری‌های رایج را از بین ببرد. او این ماده جدید و هیجان‌انگیز را "آب کپک یا mould juice" نامید. سپس فلمینگ نام پنی‌سیلین را برای این ماده جدید انتخاب کرد
@irbioinformatics
❤1
انواع روش های اسپلایسینگ مولکول mRNA
🔸 پیرایش دائمی (Constitutive Splicing): فرایندی که به طور مداوم اینترون‌ها را حذف کرده و منجر به تولید mRNA بالغ آماده برای ترجمه می‌شود.
◼ حذف/درج اگزون (Exon Skipping/Inclusion): برخی از اگزون‌ها حذف می‌شوند و این امر امکان تولید پروتئین‌های متنوع از یک ژن را فراهم می‌کند.
🟠 محل‌های جایگزین پیرایش 5' (Alternative 5' Splice Sites): شروع‌های مختلف در انتهای 5’، mRNA را تغییر داده و پروتئین نهایی را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
🔸 محل‌های جایگزین اسپلیسینگ 3' یا (Alternative 3' Splice Sites): تنوع در انتهای 3’ نسخه‌های مختلفی از پروتئین را ایجاد می‌کند.
◼ نگهداری اینترون (Intron Retention): حفظ اینترون‌ها میتواند میزان بیان پروتئین را تنظیم کند.
🟠 اگزون‌های متقابل انحصاری (Mutually Exclusive Exons): فقط یکی از دو اگزون درج می‌شود و این امر تنوع عملکردی را فراهم می‌کند.
🔸 پیرایش دائمی (Constitutive Splicing): فرایندی که به طور مداوم اینترون‌ها را حذف کرده و منجر به تولید mRNA بالغ آماده برای ترجمه می‌شود.
◼ حذف/درج اگزون (Exon Skipping/Inclusion): برخی از اگزون‌ها حذف می‌شوند و این امر امکان تولید پروتئین‌های متنوع از یک ژن را فراهم می‌کند.
🟠 محل‌های جایگزین پیرایش 5' (Alternative 5' Splice Sites): شروع‌های مختلف در انتهای 5’، mRNA را تغییر داده و پروتئین نهایی را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
🔸 محل‌های جایگزین اسپلیسینگ 3' یا (Alternative 3' Splice Sites): تنوع در انتهای 3’ نسخه‌های مختلفی از پروتئین را ایجاد می‌کند.
◼ نگهداری اینترون (Intron Retention): حفظ اینترون‌ها میتواند میزان بیان پروتئین را تنظیم کند.
🟠 اگزون‌های متقابل انحصاری (Mutually Exclusive Exons): فقط یکی از دو اگزون درج می‌شود و این امر تنوع عملکردی را فراهم می‌کند.
👍2
#راهنمای نصب
اگر میخواهید از اخرین ورژن برنامه الفافولد3 برای پیش بینی ساختار پروتئین های تعیین ساختار نشده استفاده کنید می توانید از لینک زیر این برنامه را مطابق اموزشی که ارائه شده است دانلود و نصب کنید. دقت داشته باشید این اموزش برای نصب الفافولد 3 بر روی لینوکس توزیع فدورا است و بایستی سیستم شما از لحاظ سخت افزاری توانایی پیشتیبانی از نصب این نرم افزار را داشته باشد. بهتر است بر روی سرور محاسباتی این نرم افزار را نصب کنید تا بهترین عملکرد و خروجی ان را تجربه کنید . قبل از نصب الفا فولد مطمئن شوید که نرم افزار داکر بر روی سیستم عامل شما نصب باشد
نصب آلفافولد 3 بر روی سیستم عامل لینوکس
اگر میخواهید از اخرین ورژن برنامه الفافولد3 برای پیش بینی ساختار پروتئین های تعیین ساختار نشده استفاده کنید می توانید از لینک زیر این برنامه را مطابق اموزشی که ارائه شده است دانلود و نصب کنید. دقت داشته باشید این اموزش برای نصب الفافولد 3 بر روی لینوکس توزیع فدورا است و بایستی سیستم شما از لحاظ سخت افزاری توانایی پیشتیبانی از نصب این نرم افزار را داشته باشد. بهتر است بر روی سرور محاسباتی این نرم افزار را نصب کنید تا بهترین عملکرد و خروجی ان را تجربه کنید . قبل از نصب الفا فولد مطمئن شوید که نرم افزار داکر بر روی سیستم عامل شما نصب باشد
نصب آلفافولد 3 بر روی سیستم عامل لینوکس
👍2
سازمان غذا و داروی ایالات متحده (FDA) اخیراً تأیید تسریع‌شده‌ای را برای داروی تارلاتاماب (با نام تجاری Imdelltra) صادر کرده است. این دارو برای برخی از بیماران مبتلا به سرطان ریه سلول کوچک (SCLC)، که تهاجمی‌ترین نوع سرطان ریه محسوب می‌شود، تجویز می‌شود.
@irbioinformatics
تارلاتاماب یک مولکول گیرنده دوگانه T-cell (BiTE) است، یک داروی دو بازویی که به طور همزمان به سلول‌های تومور و سلول‌های T متصل می‌شود. این پیوند موجب نزدیکی سلول‌های T و سلول‌های سرطانی شده و به سلول‌های T کمک می‌کند تا سلول‌های سرطانی را شناسایی و تخریب کنند.
@irbioinformatics
تارلاتاماب یک مولکول گیرنده دوگانه T-cell (BiTE) است، یک داروی دو بازویی که به طور همزمان به سلول‌های تومور و سلول‌های T متصل می‌شود. این پیوند موجب نزدیکی سلول‌های T و سلول‌های سرطانی شده و به سلول‌های T کمک می‌کند تا سلول‌های سرطانی را شناسایی و تخریب کنند.
👍3
آشنایی با پروتئین Cas9
تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
پروتئین Cas9 پروتئین همراه با CRISPR 9، که قبلاً Cas5، Csn1 یا Csx12 نامیده می‌شد یک پروتئین 160 کیلودالتونی است که نقش حیاتی در دفاع ایمنی برخی باکتری‌ها در برابر ویروس‌های DNA و پلاسمیدها ایفا می‌کند و در حوزه مهندسی ژنتیک به طور گسترده استفاده می‌شود.
@irbioinformatics
عملکرد اصلی این پروتئین برش DNA و در نتیجه تغییر ژنوم سلول است. فناوری ویرایش ژنوم CRISPR-Cas9 نقش کلیدی در اعطای جایزه نوبل شیمی در سال 2020 به امانوئل #شارپنتیه و جنیفر #دودنا داشت. از نظر فنی، Cas9 یک آنزیم اندونوکلئاز RNA-هدایت‌شده است که با سیستم ایمنی تطبیقی CRISPR (تکرارهای کوتاه پالیندرویم با فاصله‌های منظم) در باکتری Streptococcus pyogenes مرتبط است.
@irbioinformatics
این باکتری از CRISPR برای ذخیره حافظه‌ای از DNA خارجی و از Cas9 برای بررسی و برش آن در مراحل بعدی استفاده می‌کند، مانند DNA فاژهای مهاجم. این آنزیم DNA خارجی را باز کرده و محل‌هایی را که با بخش 20 نوکلئوتیدی منطقه راهنمای RNA (gRNA) مکمل هستند بررسی می‌کند. در صورتی که DNA مکمل gRNA باشد، Cas9 DNA مهاجم را برش می‌دهد. این مکانیسم شباهت‌های قابل توجهی با تداخل RNA (RNAi) در یوکاریوت‌ها دارد.
تهیه و تدوین: ح.رسولی دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
پروتئین Cas9 پروتئین همراه با CRISPR 9، که قبلاً Cas5، Csn1 یا Csx12 نامیده می‌شد یک پروتئین 160 کیلودالتونی است که نقش حیاتی در دفاع ایمنی برخی باکتری‌ها در برابر ویروس‌های DNA و پلاسمیدها ایفا می‌کند و در حوزه مهندسی ژنتیک به طور گسترده استفاده می‌شود.
@irbioinformatics
عملکرد اصلی این پروتئین برش DNA و در نتیجه تغییر ژنوم سلول است. فناوری ویرایش ژنوم CRISPR-Cas9 نقش کلیدی در اعطای جایزه نوبل شیمی در سال 2020 به امانوئل #شارپنتیه و جنیفر #دودنا داشت. از نظر فنی، Cas9 یک آنزیم اندونوکلئاز RNA-هدایت‌شده است که با سیستم ایمنی تطبیقی CRISPR (تکرارهای کوتاه پالیندرویم با فاصله‌های منظم) در باکتری Streptococcus pyogenes مرتبط است.
@irbioinformatics
این باکتری از CRISPR برای ذخیره حافظه‌ای از DNA خارجی و از Cas9 برای بررسی و برش آن در مراحل بعدی استفاده می‌کند، مانند DNA فاژهای مهاجم. این آنزیم DNA خارجی را باز کرده و محل‌هایی را که با بخش 20 نوکلئوتیدی منطقه راهنمای RNA (gRNA) مکمل هستند بررسی می‌کند. در صورتی که DNA مکمل gRNA باشد، Cas9 DNA مهاجم را برش می‌دهد. این مکانیسم شباهت‌های قابل توجهی با تداخل RNA (RNAi) در یوکاریوت‌ها دارد.
❤8
در اینجا می‌توانید ساختار کریستالی آنزیم Cas9 با RNA راهنما و DNA هدف مصنوعی را مشاهده کنید (کد PDB: 4OO8).
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
@irbioinformatics
👍4