سلول‌های بنیادی جنینی (Embryonic Stem Cells): این سلول‌ها از جنین‌های در حال توسعه استخراج می‌شوند و قادرند به تمامی انواع سلول‌های بدن تبدیل شوند، به عبارت دیگر، این سلول‌ها توانایی "پلوریپوتنت" دارند که به معنای توانایی تمایز به هر نوع سلول بالغ در بدن است. این نوع سلول‌ها معمولاً از جنین‌هایی که در مرحله بلاستوسیست قرار دارند به دست می‌آیند. استفاده از سلول‌های بنیادی جنینی، به‌ویژه در تحقیقات پزشکی، به دلیل قابلیت‌های زیاد و توانایی‌های درمانی بالقوه آنها در زمینه‌های مختلف مانند ترمیم بافت‌ها، درمان بیماری‌های عصبی و بازسازی اعضای آسیب‌دیده، توجه زیادی را به خود جلب کرده است. اما به‌دلیل مسائل اخلاقی و حقوقی پیرامون استفاده از جنین‌های انسانی، استفاده از این نوع سلول‌ها محدودیت‌هایی دارد.

سلول‌های بنیادی بالغ (Adult Stem Cells): این سلول‌ها که به نام سلول‌های بنیادی بدن نیز شناخته می‌شوند، در بافت‌های مختلف بدن افراد بالغ یافت می‌شوند و معمولاً برای ترمیم و بازسازی بافت‌های آسیب‌دیده نقش دارند. سلول‌های بنیادی بالغ معمولاً محدودتر از سلول‌های بنیادی جنینی هستند و توانایی تمایز به انواع خاصی از سلول‌ها را دارند. به این سلول‌ها معمولاً "سلول‌های بنیادی چندتوان" یا "multipotent" گفته می‌شود. به عنوان مثال، سلول‌های بنیادی مغز استخوان می‌توانند به سلول‌های خونی تبدیل شوند، و سلول‌های بنیادی پوست می‌توانند به سلول‌های پوستی و سلول‌های لایه‌های دیگر پوست تبدیل شوند. این نوع سلول‌ها نسبت به سلول‌های بنیادی جنینی از نظر اخلاقی کم‌چالش‌تر هستند و در حال حاضر در بسیاری از درمان‌ها مانند پیوند مغز استخوان برای درمان بیماری‌های خونی به‌طور گسترده‌ای مورد استفاده قرار می‌گیرند.

سلول‌های بنیادی القا شده (Induced Pluripotent Stem Cells - iPSCs): این سلول‌ها نوعی سلول بنیادی هستند که در آزمایشگاه از سلول‌های بالغ معمولی (مانند سلول‌های پوست یا خون) با استفاده از تکنیک‌های مهندسی ژنتیک به سلول‌های بنیادی جنینی تبدیل می‌شوند. این نوع سلول‌ها ویژگی‌های مشابه سلول‌های بنیادی جنینی دارند، از جمله توانایی تمایز به انواع مختلف سلول‌های بدن. مزیت اصلی این سلول‌ها در مقایسه با سلول‌های بنیادی جنینی، نداشتن مشکلات اخلاقی و حقوقی مربوط به استفاده از جنین‌های انسانی است. سلول‌های iPSC پتانسیل‌های درمانی زیادی دارند و در تحقیقاتی مانند درمان بیماری‌های ژنتیکی، بازسازی بافت‌ها، و مدل‌سازی بیماری‌ها در آزمایشگاه کاربرد دارند.

سلول‌های بنیادی نوزادی (Perinatal Stem Cells): این نوع سلول‌ها از بافت‌های مختلف موجود در دوران نوزادی، مانند خون بند ناف یا مایع آمنیوتیک، استخراج می‌شوند. این سلول‌ها می‌توانند به انواع خاصی از سلول‌ها تبدیل شوند و در برخی مواقع از نظر قابلیت‌های تمایز با سلول‌های بنیادی جنینی و بالغ قابل مقایسه هستند. سلول‌های بنیادی نوزادی در تحقیقات و درمان‌های مختلف، به‌ویژه در زمینه ترمیم بافت‌ها و درمان بیماری‌های عصبی و قلبی، مورد توجه قرار دارند.

سلول‌های بنیادی با توانایی‌های منحصر به فرد خود در ترمیم و بازسازی بافت‌ها، به‌ویژه در درمان بیماری‌ها و اختلالات مختلف، نقش مهمی در پزشکی آینده ایفا خواهند کرد. استفاده از این سلول‌ها در درمان‌های نوین پزشکی، از جمله درمان بیماری‌های سرطانی، بیماری‌های عصبی، دیابت و بیماری‌های قلبی، امیدوارکننده به نظر می‌رسد.