Kardymonchik Channel

Про хайп с AlphaFold3 или почему я критикую исключительно математическое оценивание инструментов для биологии:

Весь май тг-каналы разрывались от прогнозов очередной новой эры в драг дизайне, массового увольнения структурных биологов и биоинформатиков и быстрого (не боялись слова «революционного») решения всех проблем взаимодействий белок-белок, белок-лиганд, белок-ДНК или РНК. Ну что ж… и не такое читали мы в ваших пабликах, а что-то шар земной по-прежнему круглый.

Я тут как-то на досуге сравнивала как собирает AlphaFold-Multimer и AlphaFold3 комплекс лизоцима с дарпином, скачанный из Protein Data Bank (PDBid - 5op1, кому интересно). И что-то совсем не впечатлилась:

- 16 мая при первой попытке AlphaFold3 просто собрал по отдельности 2 белка и поставил их один за другим, никак не определяя их отношения между собой («тьфу»- сказала я и пошла делом заниматься).

- в середине июня попробовала еще раз. Ага! крутят что-то под капотом своего веб-сервиса. АФ3 сделал комплекс! Даже в петли дарпина запихнул лизоцим! прогнала аналогично АФ-мультимер - и этот делает (но в нем мы не сомневались уже), но комплексы разные. Посмотрев на исходную структуру ясно, что не знает ни второй, ни третий где конкретно наиболее эффективное место связывания структур (эпитоп для дарпина), хотя, казалось бы, уж из PDB ты должен был выучить этот пример… Кажется, что вместо этого предполагает, что в петли дарпина надо больше неструктурированных участков лизоцима впихнуть…plddt , в целом, высокий (средний для АФ-Мультимер - 86, а для АФ3 - 83), но вобще ни разу не за 90 для таких простых структур. Правда, это может быть связано с подвижными хвостами дарпина и петлями, он их не очень предсказывает, но если строить только дарпины вне комплекса - plddt за 90.

Ну а если АФ рандомно связывает белки в комплексы, даже видя исходный пример в обучении (или неужели не видел?….), то какая тут революция и массовые увольнения структурщиков. Работаем дальше и спим спокойно, коллеги. Заодно напоминаем всем впечатлительным друзьям из других областей, что при большом желании циферку в модели можно какую угодно получить, а вот сварится ли реально такой комплекс - это вообще не факт… Особенно когда не знаешь в какие позиции белки подставлять… ну а дальше - сами понимаете: нет комплекса - нет взаимодействия - нет нужного эффекта.

Итого, что имеем «с гуся»:

- тех.репорт по АФ3
- веб-сервер с ограниченным функционалом для работы
- отсутсвие кода
- слабо описанная архитектура
- и много, очень много хайпа

И как-то так грустно мне стало… вроде как обещали скорый отпуск и прокачку новых скиллов, тк старые уже ИИ отжал… вдруг дальше пересмотр трудового законодательства и эра с короткими рабочими неделями за те же деньги… но нет… придется еще ковыряться в структурах с осознанием реальности и хайпа вокруг красивой и важной темы.

www.tgoop.com/kardymonchik/185

1.3K viewsJun 27, 2024 at 15:01

Про хайп с AlphaFold3 или почему я критикую исключительно математическое оценивание инструментов для биологии:

Весь май тг-каналы разрывались от прогнозов очередной новой эры в драг дизайне, массового увольнения структурных биологов и биоинформатиков и быстрого (не боялись слова «революционного») решения всех проблем взаимодействий белок-белок, белок-лиганд, белок-ДНК или РНК. Ну что ж… и не такое читали мы в ваших пабликах, а что-то шар земной по-прежнему круглый.

Я тут как-то на досуге сравнивала как собирает AlphaFold-Multimer и AlphaFold3 комплекс лизоцима с дарпином, скачанный из Protein Data Bank (PDBid - 5op1, кому интересно). И что-то совсем не впечатлилась:

- 16 мая при первой попытке AlphaFold3 просто собрал по отдельности 2 белка и поставил их один за другим, никак не определяя их отношения между собой («тьфу»- сказала я и пошла делом заниматься).

- в середине июня попробовала еще раз. Ага! крутят что-то под капотом своего веб-сервиса. АФ3 сделал комплекс! Даже в петли дарпина запихнул лизоцим! прогнала аналогично АФ-мультимер - и этот делает (но в нем мы не сомневались уже), но комплексы разные. Посмотрев на исходную структуру ясно, что не знает ни второй, ни третий где конкретно наиболее эффективное место связывания структур (эпитоп для дарпина), хотя, казалось бы, уж из PDB ты должен был выучить этот пример… Кажется, что вместо этого предполагает, что в петли дарпина надо больше неструктурированных участков лизоцима впихнуть…plddt , в целом, высокий (средний для АФ-Мультимер - 86, а для АФ3 - 83), но вобще ни разу не за 90 для таких простых структур. Правда, это может быть связано с подвижными хвостами дарпина и петлями, он их не очень предсказывает, но если строить только дарпины вне комплекса - plddt за 90.

Ну а если АФ рандомно связывает белки в комплексы, даже видя исходный пример в обучении (или неужели не видел?….), то какая тут революция и массовые увольнения структурщиков. Работаем дальше и спим спокойно, коллеги. Заодно напоминаем всем впечатлительным друзьям из других областей, что при большом желании циферку в модели можно какую угодно получить, а вот сварится ли реально такой комплекс - это вообще не факт… Особенно когда не знаешь в какие позиции белки подставлять… ну а дальше - сами понимаете: нет комплекса - нет взаимодействия - нет нужного эффекта.

Итого, что имеем «с гуся»:

- тех.репорт по АФ3
- веб-сервер с ограниченным функционалом для работы
- отсутсвие кода
- слабо описанная архитектура
- и много, очень много хайпа

И как-то так грустно мне стало… вроде как обещали скорый отпуск и прокачку новых скиллов, тк старые уже ИИ отжал… вдруг дальше пересмотр трудового законодательства и эра с короткими рабочими неделями за те же деньги… но нет… придется еще ковыряться в структурах с осознанием реальности и хайпа вокруг красивой и важной темы.

BY Kardymonchik Channel