Земля без соли

Некоторые бактериофаги в ходе инфекции используют клеточные белки, причем иногда используют их какими-то нестандартными способами. Например, фаг Qbeta, на который дрочил Шпигельман, для репликации использует свою вирусную RdRp и три клеточных белка - рибосомальный белок S1 (который сам по себе очень странная хуйня) и два фактора элонгации трансляции (Tu и Ts, впрочем, они и в клетке образуют комплекс). Кстати, история про Шпигельмана и его монстра довольно интересная, кажется, это был первый эксперимент по созданию организма с синтетическим геномом, если так можно выразиться:
https://profiles.nlm.nih.gov/spotlight/px/feature/monster

Узнал тут недавно (точнее, давно знал, потом давно забыл, а теперь вот недавно вспомнил), что в состав репликативного комплекса фага T7 входит тиоредоксин, это типа фактор процессивности для фаговой ДНК-полимеразы. Без тиоредоксина T7 не реплицируется, и ген тиоредоксина можно использовать в качестве селективного маркера при редактировании геномов фага (если растить его на штамме с делецией trxA). Не очень понятно, почему эта полимераза использует именно тиоредоксин, и вообще не уверен, есть ли в этом какой-то глубокий смысл.

Но вот нашел забавную статью - пишут, что ДНК-полимераза T7 по структуре очень похожа на ДНК-полимеразу I E. coli. ДНКП I это репаративная ДНК-полимераза, которая участвует в репарации фрагментов Оказаки, и процессивность у нее очень низкая. T7 ДНКП похожа на ДНКП I E. coli, но у нее еще есть дополнительный домен, вставленный в район большого пальца. В общем, если воткнуть этот домен в большой палец ДНКП I, то ее процессивность в присутствии тиоредоксина возрастает в десятки раз.

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.94.2.479

Не знаю, для чего и кому может быть полезно это знание. Но есть, к примеру, следующее соображение насчет процессивности полимераз. Традиционно считается, что beta-clamp/PCNA требуются для обеспечения процессивности репликативных полимераз, однако у некоторых бактериофагов есть полимеразы, которые по процессивности не уступают полимеразам с клэмпами. В общем, есть мнение, что основная функция клэмпа состоит в том, что 1) он остается на ДНК после репликации; 2) поскольку у него есть полярность, он может позволять отличать предковую цепь ДНК от новосинтезированной дочерней, и это типа может использоваться для репарации.

#читаювсякоеговно

PNAS

The thioredoxin binding domain of bacteriophage T7 DNA polymerase confers processivity on Escherichia coli DNA polymerase I

Bacteriophage T7 DNA polymerase shares extensive sequence homology with Escherichia coli DNA polymerase I. However, in vivo, E. coli DNA polymerase...

www.tgoop.com/eternalblizzard/265

228 viewsedited  Mar 21, 2023 at 15:53

Некоторые бактериофаги в ходе инфекции используют клеточные белки, причем иногда используют их какими-то нестандартными способами. Например, фаг Qbeta, на который дрочил Шпигельман, для репликации использует свою вирусную RdRp и три клеточных белка - рибосомальный белок S1 (который сам по себе очень странная хуйня) и два фактора элонгации трансляции (Tu и Ts, впрочем, они и в клетке образуют комплекс). Кстати, история про Шпигельмана и его монстра довольно интересная, кажется, это был первый эксперимент по созданию организма с синтетическим геномом, если так можно выразиться:
https://profiles.nlm.nih.gov/spotlight/px/feature/monster

Узнал тут недавно (точнее, давно знал, потом давно забыл, а теперь вот недавно вспомнил), что в состав репликативного комплекса фага T7 входит тиоредоксин, это типа фактор процессивности для фаговой ДНК-полимеразы. Без тиоредоксина T7 не реплицируется, и ген тиоредоксина можно использовать в качестве селективного маркера при редактировании геномов фага (если растить его на штамме с делецией trxA). Не очень понятно, почему эта полимераза использует именно тиоредоксин, и вообще не уверен, есть ли в этом какой-то глубокий смысл.

Но вот нашел забавную статью - пишут, что ДНК-полимераза T7 по структуре очень похожа на ДНК-полимеразу I E. coli. ДНКП I это репаративная ДНК-полимераза, которая участвует в репарации фрагментов Оказаки, и процессивность у нее очень низкая. T7 ДНКП похожа на ДНКП I E. coli, но у нее еще есть дополнительный домен, вставленный в район большого пальца. В общем, если воткнуть этот домен в большой палец ДНКП I, то ее процессивность в присутствии тиоредоксина возрастает в десятки раз.

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.94.2.479

Не знаю, для чего и кому может быть полезно это знание. Но есть, к примеру, следующее соображение насчет процессивности полимераз. Традиционно считается, что beta-clamp/PCNA требуются для обеспечения процессивности репликативных полимераз, однако у некоторых бактериофагов есть полимеразы, которые по процессивности не уступают полимеразам с клэмпами. В общем, есть мнение, что основная функция клэмпа состоит в том, что 1) он остается на ДНК после репликации; 2) поскольку у него есть полярность, он может позволять отличать предковую цепь ДНК от новосинтезированной дочерней, и это типа может использоваться для репарации.

#читаювсякоеговно

BY Земля без соли