Земля без соли

Forwarded from A Certain Scientific Impostor

В конце 2024г. вышла важная публикация в области олигосинтеза.

В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.

Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.

Суть нового метода - в хитром методе обогащения.

Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.

Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.

Радикальное решение - способ обогащения через полимеризацию намертво в полиакридамид, или, как его называют авторы, catching-by-polymerization (CBP) метод. Делается это посредством специальной тритильной защиты с фрагментом акриламида на длинном линкере.

Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.

Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.

www.tgoop.com/eternalblizzard/957

188 viewsFeb 4 at 22:55

В конце 2024г. вышла важная публикация в области олигосинтеза.

В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.

Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.

Суть нового метода - в хитром методе обогащения.

Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.

Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.

Радикальное решение - способ обогащения через полимеризацию намертво в полиакридамид, или, как его называют авторы, catching-by-polymerization (CBP) метод. Делается это посредством специальной тритильной защиты с фрагментом акриламида на длинном линкере.

Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.

Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.

BY Земля без соли